genome.fa.s7932.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007932.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110342_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1116633

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750816--751037	117	1.9	118	85	4	306	27	15	5	51	1.65
755225--755755	133	4.0	131	81	4	552	31	21	16	30	1.95
755439--755807	130	2.8	130	81	4	343	30	21	15	31	1.95
755848--755962	43	2.6	44	86	5	151	41	0	9	47	1.42
757174--757238	32	2.0	32	96	0	121	15	7	38	38	1.76
768233--768280	4	12.2	4	95	4	89	25	0	22	52	1.48
771286--771398	50	2.3	50	88	0	163	15	37	29	18	1.91
771288--771413	50	2.5	49	83	2	153	15	38	26	19	1.91
771770--771892	3	41.7	3	88	6	189	33	0	0	65	1.04
772379--772419	21	2.0	21	90	0	64	75	7	17	0	1.02
774006--774055	18	2.9	17	75	16	57	26	0	2	72	0.96
777384--777416	15	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
784669--784738	11	6.3	10	81	16	68	81	0	15	2	0.81
785763--786069	83	3.7	83	95	2	521	27	13	22	37	1.92
786804--787564	114	6.6	115	90	4	999	36	13	20	29	1.91
787699--787835	3	45.7	3	92	0	229	32	2	0	64	1.11
788331--788371	19	2.2	19	90	0	64	73	9	17	0	1.09
789260--789300	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
793144--793230	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
793442--793486	15	3.0	15	83	0	54	17	35	15	31	1.92
793444--793498	21	2.6	21	88	0	74	16	36	16	30	1.91
793465--793495	15	2.1	15	100	0	62	12	35	19	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793806--793847	18	2.3	18	100	0	84	19	23	42	14	1.87
793803--793850	18	2.4	21	80	20	75	16	25	45	12	1.82
793879--793954	18	4.2	18	91	0	116	22	21	28	27	1.99
795795--795836	10	4.1	10	82	14	50	40	0	28	30	1.57
795796--795835	20	2.0	20	95	0	71	42	0	25	32	1.55
795801--795836	11	3.5	11	85	14	58	41	0	25	33	1.55
795982--796082	50	2.0	50	84	0	130	22	26	30	19	1.98
796238--796287	17	2.9	17	75	0	64	30	4	2	64	1.23
796434--796501	26	2.8	23	81	14	75	17	4	1	76	1.03
796466--796558	14	6.4	14	70	22	59	22	2	4	70	1.15
796518--796552	12	2.6	14	86	13	56	22	2	0	74	0.95
796466--796558	36	2.8	32	70	20	82	22	2	4	70	1.15
796631--796671	18	2.4	17	84	11	57	14	2	4	78	1.03
802131--802167	15	2.4	16	78	13	51	16	54	5	24	1.63
802144--802203	33	1.9	32	83	10	79	15	55	8	21	1.66
802199--802311	30	3.8	30	83	0	118	14	62	6	16	1.50
802229--802308	15	5.3	15	72	0	52	15	63	5	16	1.47
803702--803744	21	2.0	21	82	8	52	4	32	2	60	1.30
803462--803793	168	2.0	168	90	2	524	21	23	12	42	1.87
804605--804643	20	2.0	19	90	5	60	30	20	28	20	1.98
804631--804681	20	2.5	20	80	0	57	33	13	23	29	1.93
808914--808963	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809307--809335	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
809304--809373	36	1.9	36	91	0	113	17	17	21	44	1.87
812615--812659	15	3.0	14	81	15	54	60	0	0	40	0.97
816874--816934	23	2.7	23	82	7	72	63	8	14	13	1.50
818409--818501	29	3.3	28	82	12	102	32	2	1	64	1.12
818409--818478	29	2.4	29	88	6	106	25	2	1	70	1.10
819780--819814	18	2.0	18	88	5	54	57	14	14	14	1.66
825577--825628	16	3.5	15	77	22	56	30	5	0	63	1.18
825573--825628	27	2.0	29	86	13	82	30	5	0	64	1.16
827052--827128	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
828007--828076	22	3.3	21	92	6	115	7	22	48	21	1.74
828021--828076	5	10.8	5	80	14	60	5	23	51	19	1.67
827992--828076	42	2.0	42	88	4	127	9	24	45	20	1.80
828073--828170	9	10.3	9	74	12	63	29	27	26	16	1.97
835199--835226	7	4.0	7	100	0	56	28	28	28	14	1.95
835218--835253	16	2.3	16	95	4	65	13	27	38	19	1.90
835218--835293	16	5.2	16	75	13	58	11	25	44	18	1.83
835211--835296	21	4.0	21	86	7	120	12	25	43	18	1.86
835316--835366	19	2.7	18	79	11	57	29	31	25	13	1.94
835316--835389	29	2.5	31	85	10	102	31	27	24	17	1.97
846569--847341	222	3.5	223	92	3	1182	38	15	19	27	1.91
846562--847341	113	7.0	112	94	2	1146	38	15	18	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848635--848686	16	3.5	15	77	22	56	30	5	0	63	1.18
848631--848686	27	2.0	29	86	13	82	30	5	0	64	1.16
853376--853455	24	3.3	24	96	0	142	38	13	17	30	1.88
854656--854704	24	2.0	24	84	7	64	38	2	6	53	1.38
855431--855505	35	2.1	35	90	0	114	36	0	18	45	1.50
859336--859391	20	2.7	21	81	8	62	33	12	3	50	1.58
863016--863042	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
864125--864167	20	2.2	20	87	4	61	20	20	16	41	1.90
864286--864336	22	2.3	22	93	0	84	21	43	15	19	1.88
864736--864791	19	2.8	20	81	8	69	17	23	16	42	1.88
864756--864810	19	2.8	20	88	2	85	12	20	18	49	1.79
866486--866535	21	2.4	21	86	0	73	24	14	30	32	1.94
866552--866601	21	2.4	21	80	6	57	20	12	38	30	1.88
866608--866656	21	2.3	21	92	0	80	24	14	20	40	1.89
866608--866668	21	2.9	21	83	9	79	26	11	24	37	1.89
866949--867000	18	2.7	19	91	8	79	25	40	17	17	1.90
868534--868578	20	2.2	20	92	0	72	37	24	17	20	1.93
868794--868829	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
869529--869654	34	3.8	34	74	17	129	42	10	15	31	1.80
869932--869986	24	2.3	23	81	9	67	20	5	3	70	1.22
869993--870106	40	3.0	37	77	10	113	31	2	0	65	1.06
870032--870164	27	4.8	27	71	20	78	22	3	0	74	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869991--870106	38	3.1	37	77	15	121	31	2	0	65	1.06
870052--870160	47	2.4	46	80	7	123	19	1	0	78	0.83
870248--870277	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
873273--873352	7	11.0	7	74	15	56	78	5	15	1	0.98
873260--873348	31	3.0	29	79	9	92	76	6	15	1	1.05
873265--873316	8	6.6	8	84	8	63	76	3	19	0	0.93
873260--873342	14	5.7	14	73	12	62	75	7	16	0	1.01
874404--874439	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
874919--875164	36	7.0	36	78	12	278	25	19	13	41	1.88
874944--875005	21	3.2	21	65	25	64	25	19	12	41	1.87
874975--875306	65	4.9	66	72	14	228	28	19	11	40	1.86
874945--875127	101	1.8	102	91	1	305	27	17	13	41	1.87
874923--875227	138	2.2	137	86	2	423	26	20	13	40	1.89
875113--875295	68	2.7	67	84	4	219	30	21	9	38	1.85
875900--876453	105	5.3	105	84	6	655	33	26	18	21	1.96
877002--877127	34	3.8	34	73	17	120	42	9	15	32	1.79
877395--877456	23	2.8	22	75	20	58	20	6	4	67	1.32
877410--877455	24	2.0	23	83	12	58	19	6	4	69	1.28
877526--877655	9	13.4	9	73	15	82	17	5	0	76	0.96
877452--877590	40	3.4	40	78	12	133	28	2	1	68	1.10
877540--877623	24	3.6	23	76	16	75	19	3	0	77	0.91
877526--877655	54	2.4	52	80	13	138	17	5	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877530--877695	90	1.8	90	81	10	205	16	7	0	75	1.06
877739--877768	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
880485--880523	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
880679--880787	20	5.4	20	71	17	82	34	14	23	26	1.94
880679--880799	40	3.0	40	79	7	136	34	14	23	27	1.93
880797--880840	20	2.2	20	83	0	52	27	22	18	31	1.97
880807--880847	20	2.0	20	95	0	73	24	19	21	34	1.97
882691--882755	23	2.8	23	85	0	94	32	23	24	20	1.98
889938--890060	65	1.9	63	83	6	158	32	25	17	24	1.97
891835--891924	23	4.0	22	75	8	74	20	22	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6