genome.fa.s7935.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007935.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110345_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073174

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689425--690447	89	11.6	89	91	2	1530	38	6	22	31	1.81
690853--690892	21	1.9	21	89	0	62	22	20	27	30	1.98
695410--695965	59	9.5	59	74	10	435	37	11	21	29	1.88
695411--696013	117	5.1	117	89	1	825	37	11	21	30	1.89
695411--695927	58	8.8	58	75	8	406	37	11	21	30	1.88
696201--696959	44	17.2	44	91	1	1141	38	6	23	31	1.81
696201--696959	89	8.6	89	92	1	1158	38	6	23	31	1.81
697899--697949	23	2.2	23	83	13	61	29	27	19	23	1.98
699169--699243	36	2.1	36	82	7	89	45	2	6	45	1.43
699228--699275	12	4.3	12	75	20	59	60	0	2	37	1.09
699455--699533	3	26.3	3	94	0	140	65	1	1	31	1.08
701478--701513	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
703257--703308	15	3.5	15	86	0	77	17	21	55	5	1.62
704866--704930	31	2.1	31	91	0	103	27	7	9	55	1.59
704866--704942	31	2.5	32	81	8	88	27	9	11	51	1.68
705364--705427	7	9.4	7	93	6	114	14	29	0	56	1.39
705364--705427	20	3.2	20	97	2	119	14	29	0	56	1.39
707849--707881	13	2.5	13	85	14	50	45	0	9	45	1.35
707958--708013	20	2.8	20	94	0	94	33	8	30	26	1.87
707958--708021	20	3.3	19	85	8	58	35	7	31	25	1.84
708170--708244	37	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
719691--719847	65	2.4	65	93	2	262	28	12	31	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722729--722770	13	3.5	13	75	24	56	50	14	0	35	1.43
722726--722769	22	2.0	22	100	0	88	54	13	0	31	1.39
723004--723044	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
723421--723456	18	2.1	17	89	5	54	16	47	19	16	1.83
736470--737110	85	7.5	84	83	4	757	26	18	19	35	1.95
736476--737068	256	2.3	256	85	2	787	26	18	19	34	1.95
736477--737110	341	1.9	341	86	1	903	26	19	19	34	1.95
737174--737382	86	2.4	86	87	0	301	21	25	23	29	1.99
738455--738634	99	1.8	100	87	3	274	31	16	20	31	1.95
742521--742562	15	2.8	14	86	13	57	80	4	0	14	0.86
742992--743063	3	24.0	3	82	16	87	69	1	0	29	0.97
749649--749749	36	2.8	35	79	8	105	20	5	14	58	1.57
749738--749776	19	2.0	20	95	5	71	25	5	20	48	1.70
754352--754407	24	2.3	24	90	0	94	30	16	14	39	1.88
754631--754696	30	2.2	30	88	0	96	10	31	24	33	1.89
755024--755069	18	2.6	17	82	3	56	39	4	26	30	1.75
755426--756045	258	2.4	260	88	5	918	40	20	12	26	1.88
757430--757482	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
757675--757724	13	3.8	13	75	15	57	50	12	4	34	1.58
757710--757808	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
757803--757842	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
758343--758410	33	2.1	33	100	0	136	20	25	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760315--760372	28	2.1	28	84	9	75	22	15	13	48	1.80
762194--762225	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
763318--763384	16	4.2	16	76	3	73	19	26	13	40	1.89
763642--763688	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
763641--763690	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
764831--764868	20	2.0	20	94	5	69	42	0	31	26	1.56
764786--764886	46	2.2	46	79	15	111	41	0	30	27	1.56
764955--764996	16	2.4	18	80	11	52	23	9	2	64	1.35
765099--765154	7	8.0	7	79	0	58	53	28	0	17	1.44
765100--765158	28	2.1	28	93	0	100	52	28	0	18	1.46
765099--765158	21	2.9	21	82	0	66	53	28	0	18	1.45
765176--765235	2	29.0	2	76	6	57	50	6	1	41	1.39
765399--765432	15	2.3	15	94	0	59	41	2	5	50	1.42
765351--765510	78	2.1	77	91	3	259	44	5	2	47	1.40
765479--765707	13	17.2	13	67	18	91	43	3	4	48	1.41
765531--765683	18	8.1	18	74	19	116	44	2	5	47	1.39
765477--765679	98	2.1	99	93	0	345	42	3	5	47	1.44
765599--765712	17	7.1	15	70	23	56	44	1	3	50	1.29
769455--769489	18	2.0	17	88	5	52	11	28	0	60	1.32
769560--769615	24	2.3	24	84	0	76	17	25	21	35	1.95
777815--777862	23	2.1	23	84	0	60	66	0	0	33	0.92
778323--778361	15	2.4	17	79	12	55	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778416--778450	17	2.1	17	100	0	70	28	11	11	48	1.74
785528--785709	91	2.0	92	83	10	230	27	18	24	30	1.98
792087--792126	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
795062--795186	58	2.2	58	100	0	250	52	7	11	28	1.63
796440--796477	15	2.4	17	86	13	62	57	0	0	42	0.98
796436--796474	15	2.8	14	81	11	53	51	0	0	48	1.00
799964--800001	17	2.4	16	87	12	53	71	0	0	28	0.87
803653--803677	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
803958--804016	29	2.0	29	87	6	84	64	0	0	35	0.94
805671--806571	454	2.0	455	95	1	1637	39	8	10	40	1.71
814064--814131	30	2.3	30	78	14	77	41	5	13	39	1.68
816200--816265	29	2.2	30	81	10	82	43	10	15	30	1.80
816200--816275	30	2.6	30	72	19	70	42	9	14	34	1.78
820291--820357	29	2.3	30	86	2	100	44	10	13	31	1.77
821622--821707	10	9.0	10	78	10	99	16	26	30	26	1.97
821611--821698	10	9.2	9	77	10	86	15	25	29	29	1.96
821624--821707	19	4.4	19	92	4	143	16	27	30	25	1.97
821716--821748	17	1.9	17	100	0	66	18	42	24	15	1.88
821738--821781	7	6.4	7	89	5	72	18	29	27	25	1.98
821738--821777	13	3.0	13	92	3	62	17	30	27	25	1.97
821738--821781	20	2.1	21	91	4	72	18	29	27	25	1.98
828999--829055	17	3.4	17	97	0	105	17	43	22	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830841--830893	14	4.0	14	69	20	51	45	5	15	33	1.69
831526--831580	28	1.9	28	85	3	74	50	0	3	45	1.19
831784--832239	232	2.0	231	92	0	750	29	17	16	37	1.91
832354--832437	30	2.8	29	72	13	73	39	8	15	36	1.78
833329--833372	13	3.2	14	87	12	65	56	0	0	43	0.99
833827--833870	13	3.5	12	81	9	52	25	2	2	70	1.10
836060--836114	28	1.9	28	85	3	74	50	0	3	45	1.19
836300--836756	232	2.0	232	89	2	704	29	17	15	37	1.90
836871--836954	30	2.8	29	72	13	73	39	8	15	36	1.78
838424--838478	28	1.9	28	85	3	74	50	0	3	45	1.19
838682--839138	232	2.0	232	89	2	713	29	17	15	37	1.91
839253--839336	30	2.8	29	72	13	73	39	8	15	36	1.78
840228--840271	13	3.2	13	93	6	70	54	0	0	45	0.99
840727--840770	13	3.5	12	81	9	52	25	2	2	70	1.10
847232--847285	28	1.9	28	85	7	74	48	0	3	48	1.19
849371--849410	15	2.5	17	84	12	57	52	0	0	47	1.00
849958--850030	30	2.5	29	75	18	71	41	8	16	34	1.78
850783--850843	25	2.4	25	100	0	122	49	8	13	29	1.70
852956--853137	73	2.5	72	81	5	186	39	16	20	23	1.92
853557--853956	79	5.1	79	95	0	692	37	10	24	28	1.88
853998--854114	59	2.0	59	98	0	225	33	11	18	36	1.86
862139--862355	115	1.9	115	91	0	353	29	11	11	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865215--865276	24	2.9	20	76	17	61	11	12	24	51	1.72
865228--865276	24	2.0	24	100	0	98	8	14	24	53	1.68
865228--865269	14	3.3	14	75	25	56	7	14	26	52	1.67
865234--865289	24	2.3	24	90	0	85	12	10	19	57	1.64
866308--866374	16	4.3	16	92	3	102	10	10	19	59	1.58
866306--866366	32	1.9	32	96	0	113	8	13	22	55	1.64
866436--866476	16	2.7	16	85	7	59	12	9	17	60	1.57
866737--866772	12	2.9	13	84	16	58	8	11	50	30	1.67
866737--866791	24	2.3	24	87	0	74	12	12	47	27	1.78
866792--866893	32	3.2	32	78	12	102	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6