genome.fa.s7935.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007935.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110345_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073174

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 616 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--21915	119	187.9	119	90	4	33626	28	13	18	39	1.88
22039--22069	15	2.1	15	93	0	53	12	35	0	51	1.40
22062--22105	23	2.0	22	86	8	63	20	31	4	43	1.72
35062--35106	12	3.8	11	80	13	54	4	0	11	84	0.76
35169--35195	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
35402--35492	16	5.6	16	73	17	71	16	6	2	74	1.12
35398--35487	34	2.7	32	76	17	94	16	6	2	74	1.13
35440--35552	5	22.0	5	70	18	56	16	6	2	74	1.14
36677--36706	16	1.9	15	93	6	51	6	16	3	73	1.18
41164--41732	85	6.7	84	84	3	516	36	18	17	27	1.94
41175--41732	170	3.3	170	82	3	640	36	18	17	26	1.94
41207--41732	255	2.1	256	81	1	608	36	18	17	27	1.93
43498--43542	11	4.1	11	80	8	56	2	0	13	84	0.72
43494--43542	19	2.4	22	90	10	77	2	0	14	83	0.73
43490--43550	19	3.2	19	77	9	61	4	0	13	81	0.83
43702--43755	2	26.5	2	83	3	63	44	3	0	51	1.19
43850--43903	25	2.2	25	90	6	83	7	1	9	81	0.94
43915--44013	17	5.6	17	69	17	60	15	8	2	74	1.13
43923--44017	30	3.1	30	73	19	97	15	8	1	74	1.10
44848--44951	19	5.5	19	83	0	127	46	7	15	30	1.74
44935--44987	19	2.8	19	82	8	63	47	5	15	32	1.68
47074--47116	13	3.3	13	83	6	52	27	18	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56247--56349	19	5.4	19	83	3	136	43	5	18	32	1.74
56247--56361	38	3.0	38	85	2	142	43	6	19	30	1.77
57970--58026	25	2.3	25	96	0	105	35	5	19	40	1.74
60051--60099	21	2.3	21	82	10	64	38	4	0	57	1.18
61722--61829	52	2.0	53	91	3	173	41	15	23	19	1.89
66293--66398	52	2.0	53	85	3	142	44	14	20	20	1.86
79700--79918	83	2.7	78	77	11	172	30	19	18	31	1.96
79812--80010	82	2.4	82	80	9	208	29	19	17	33	1.95
89372--89430	24	2.5	24	80	0	64	23	10	15	50	1.74
93809--93882	24	3.1	24	82	0	94	18	12	16	52	1.74
98659--98767	6	17.3	6	72	15	69	2	18	3	75	1.08
98672--98722	21	2.5	22	84	12	72	3	19	3	72	1.16
98657--98735	33	2.4	33	83	12	92	3	17	2	75	1.06
98656--98752	17	5.8	16	75	12	79	3	16	3	77	1.03
101407--101515	24	4.5	24	75	8	87	20	11	15	53	1.72
103918--103991	23	3.3	22	67	14	62	25	21	25	27	2.00
112542--112627	37	2.2	37	80	13	86	31	3	2	62	1.24
112804--112851	4	12.0	4	83	16	64	25	2	0	72	0.95
116010--116059	14	3.8	13	80	19	59	76	4	18	2	1.04
116010--116060	13	3.8	14	82	12	63	74	3	17	3	1.12
116008--116060	27	2.0	26	92	3	88	75	3	16	3	1.10
116131--116268	69	2.0	69	89	0	213	36	20	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117198--117277	31	2.5	32	82	10	101	32	12	16	38	1.86
117547--117625	35	2.3	35	95	4	142	43	17	10	29	1.82
119037--119063	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
119045--119114	33	2.2	31	82	5	77	21	5	4	68	1.28
119801--120124	134	2.4	134	88	2	481	26	15	30	27	1.96
120300--120587	66	4.4	66	85	3	352	36	13	21	28	1.91
120507--120745	97	2.4	97	76	8	239	38	11	19	30	1.87
120668--120819	74	2.1	74	83	2	189	36	11	20	31	1.89
120668--120798	37	3.6	36	85	4	172	36	11	19	32	1.88
123436--123507	19	3.5	20	77	15	76	26	13	30	29	1.94
123835--124277	54	8.2	54	88	2	615	27	17	20	34	1.95
130014--130081	34	2.0	34	88	0	100	26	23	11	38	1.89
130137--130285	45	3.6	44	72	19	165	29	25	13	31	1.94
129982--130295	79	4.0	79	89	4	472	28	24	12	35	1.91
129982--130293	159	2.0	158	89	4	477	28	24	12	35	1.91
132956--133038	27	3.2	25	64	18	60	28	19	18	33	1.95
132947--133393	54	8.3	54	88	0	651	28	18	20	32	1.96
138081--138115	12	2.8	13	86	8	54	14	8	2	74	1.17
139782--140257	55	8.6	55	91	3	751	35	10	18	34	1.86
162087--162144	26	2.2	26	100	0	116	37	29	3	29	1.74
174137--174182	16	2.9	16	81	15	51	76	0	10	13	1.03
176546--176796	41	6.2	41	90	6	349	43	6	4	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176541--176794	82	3.2	79	89	8	387	44	6	3	44	1.48
178155--178191	19	1.9	19	94	0	65	43	0	0	56	0.99
180244--180290	15	3.1	15	82	8	60	8	17	6	68	1.37
180239--180283	16	2.8	16	80	10	56	8	20	6	64	1.44
180788--180840	21	2.5	21	85	8	72	56	0	3	39	1.17
181135--181297	90	1.8	89	84	6	222	25	22	22	30	1.99
181284--181535	55	4.6	54	82	10	305	24	15	22	36	1.94
181494--181669	90	2.0	90	82	4	221	24	22	22	30	1.99
181760--182374	123	5.0	122	78	4	513	24	18	21	35	1.96
183780--183820	17	2.4	17	100	0	82	26	12	12	48	1.75
190296--190335	20	2.0	20	85	0	53	5	30	7	57	1.48
191479--191509	10	2.9	11	90	9	55	38	0	16	45	1.47
191848--192078	116	2.0	116	92	1	383	22	24	21	30	1.99
191613--192215	254	2.4	248	89	4	899	23	22	21	32	1.98
191964--192340	137	2.7	136	89	2	574	23	21	22	32	1.98
192470--192597	63	2.0	63	90	3	204	39	0	22	37	1.60
192664--192693	14	2.1	14	93	0	51	30	0	10	60	1.30
192801--192873	34	2.1	34	92	0	119	36	4	6	52	1.48
194933--194989	24	2.4	24	82	8	64	63	1	0	35	1.05
204370--204408	19	2.0	18	85	14	51	64	2	0	33	1.08
204432--204481	24	2.1	24	92	0	82	44	6	34	16	1.72
204866--204919	20	2.6	20	75	16	56	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204895--204974	31	2.6	29	81	16	83	43	1	2	52	1.22
205054--205134	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
205247--205311	22	3.0	22	78	14	64	55	0	1	43	1.09
207678--207726	24	2.0	24	88	0	71	46	0	0	53	1.00
207680--207732	12	4.2	13	81	13	58	49	0	0	50	1.00
207696--207736	14	2.8	15	82	14	50	46	0	0	53	1.00
208619--208695	3	26.7	3	82	12	99	33	1	0	64	1.01
208599--208649	23	2.3	22	80	6	57	39	0	0	60	0.97
209960--210001	18	2.4	17	80	11	50	21	0	9	69	1.17
210008--210039	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
210719--210772	28	2.0	27	85	3	72	33	5	1	59	1.31
210736--210817	24	3.6	24	71	17	59	29	6	2	62	1.32
211361--211408	25	1.9	24	83	8	60	31	10	2	56	1.45
212395--212447	22	2.3	25	81	12	69	52	0	3	43	1.19
213590--213645	23	2.4	22	79	8	67	0	12	19	67	1.22
214049--214112	3	20.7	3	93	6	110	67	0	0	32	0.91
214252--214538	121	2.4	123	83	6	345	22	18	16	42	1.89
214465--215025	113	5.0	113	87	6	766	28	18	15	38	1.91
214465--215026	225	2.5	222	87	5	797	28	17	15	38	1.91
215813--216288	93	5.1	93	94	1	778	34	21	14	29	1.93
217290--217341	4	13.5	4	82	11	56	1	15	0	82	0.75
217287--217341	29	1.9	28	92	3	92	1	14	0	83	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224679--224710	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
228553--228606	22	2.3	25	81	9	69	53	0	3	42	1.18
229812--229860	21	2.4	21	82	3	73	0	14	20	65	1.27
230277--230324	3	16.7	3	91	8	82	68	0	0	31	0.90
230277--230322	17	2.7	17	100	0	92	69	0	0	30	0.89
232433--232464	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
236240--236271	9	3.6	9	91	0	55	21	21	0	56	1.43
239796--239895	21	4.7	21	72	18	73	80	0	15	5	0.88
239811--239895	10	7.9	11	75	17	65	81	0	15	3	0.83
239807--239895	24	3.6	24	75	23	78	80	0	14	4	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6