genome.fa.s7935.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007935.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110345_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073174

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866989--867013	6	4.2	6	100	0	50	0	64	16	20	1.30
869869--869910	15	2.8	15	100	0	84	30	19	21	28	1.97
870408--870463	3	18.7	3	92	0	94	32	3	0	64	1.11
870724--871092	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
871766--871812	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
871987--872011	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
874316--874623	19	17.4	19	78	17	351	47	18	20	14	1.83
874316--874645	33	9.5	34	79	16	267	46	18	20	14	1.83
874344--874623	52	5.2	53	90	5	351	47	17	20	15	1.83
874383--874623	71	3.4	71	83	11	348	47	17	19	15	1.83
874652--874734	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
874861--874897	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
874892--874964	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
874878--874950	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
876818--876874	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
876799--876891	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
876762--876896	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
876892--877004	19	6.5	19	74	19	120	7	17	28	46	1.74
876892--876983	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
876892--877019	19	7.3	18	72	19	92	8	17	28	45	1.78
877063--877442	93	4.1	93	99	0	753	46	18	12	22	1.83
877063--877442	185	2.0	186	99	0	753	46	18	12	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879148--879237	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
879140--879254	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
879147--879259	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
879271--879325	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
879446--879516	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
879698--879752	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
879898--880090	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
879898--880090	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
880146--880197	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
882550--882603	3	18.0	3	81	7	65	64	1	0	33	1.04
882550--882609	21	2.9	21	89	0	84	66	1	0	31	1.01
882567--882613	24	2.0	24	87	8	69	72	2	0	25	0.96
883072--883482	227	1.8	223	90	2	660	28	20	13	37	1.90
883072--883513	113	3.9	113	87	2	631	29	20	13	36	1.91
889075--889100	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
890742--890776	14	2.5	14	90	0	52	57	11	17	14	1.66
890750--890792	20	2.2	20	86	0	59	60	11	11	16	1.59
895249--895287	3	13.0	3	84	10	53	69	2	0	28	1.02
895250--895293	21	2.1	21	95	0	79	72	2	0	25	0.96
897011--897085	22	3.3	21	68	17	60	49	1	10	38	1.46
897507--897546	20	2.0	21	86	13	59	50	2	0	47	1.14
897605--897716	32	3.5	32	79	7	109	20	14	21	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897641--897731	32	2.8	32	83	8	112	16	13	24	46	1.82
897731--897982	21	11.9	21	76	11	121	38	19	19	23	1.94
897730--897935	42	4.9	43	80	7	176	40	17	18	23	1.91
897730--897958	63	3.6	63	77	9	250	38	18	19	23	1.93
897782--897958	84	2.1	83	82	6	205	38	19	19	22	1.93
898820--898883	2	32.0	2	85	6	85	45	3	0	51	1.17
899938--899971	15	2.2	16	89	5	52	20	2	0	76	0.92
900113--900172	2	30.0	2	89	0	93	46	1	3	48	1.28
900245--900278	15	2.4	14	90	5	50	14	5	0	79	0.91
904154--904335	95	1.9	95	89	2	285	32	15	20	31	1.94
905681--905754	36	2.0	37	89	2	114	28	17	9	44	1.80
905688--905792	35	3.0	36	77	4	106	20	19	12	48	1.80
905809--906077	36	7.4	37	85	3	327	28	18	10	42	1.83
905847--905906	19	3.3	19	65	25	56	28	18	6	46	1.74
905812--906077	109	2.4	109	88	1	383	29	19	10	41	1.84
905808--906178	72	5.2	72	76	11	345	28	19	10	41	1.84
905956--906052	19	5.3	19	67	20	64	28	20	5	45	1.72
906097--906268	36	4.9	36	70	16	121	26	18	13	41	1.87
905999--906336	101	3.3	101	85	3	428	28	20	10	40	1.85
908228--908257	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
908257--908299	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
908907--908942	17	2.1	18	94	5	65	30	2	0	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909227--909260	18	1.9	17	94	5	59	41	8	11	38	1.73
909227--909260	17	2.0	17	88	0	50	41	8	11	38	1.73
909450--909502	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
909698--909752	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
909743--909838	33	2.9	33	93	1	158	43	15	6	34	1.72
914296--914338	20	2.2	20	95	0	77	55	37	0	6	1.27
915703--916529	57	14.6	57	90	2	1245	35	19	12	32	1.89
915715--916529	282	2.9	281	93	1	1344	35	19	12	31	1.90
915703--916529	225	3.6	228	89	2	1245	35	19	12	32	1.89
916962--917011	19	2.5	20	93	3	84	26	26	16	32	1.96
923310--923587	57	4.8	57	85	1	376	35	19	11	33	1.88
925991--926020	5	5.8	5	92	7	51	23	0	0	76	0.78
925988--926020	11	3.1	11	91	8	59	24	0	0	75	0.80
929448--929472	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
943026--943183	53	3.0	54	81	6	189	29	12	19	38	1.89
943239--943419	94	1.9	94	92	2	301	32	17	18	32	1.94
943335--944100	240	3.2	238	86	2	1009	31	16	16	35	1.92
946650--946686	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
946712--946752	20	2.0	20	90	0	64	51	39	0	9	1.35
947542--947609	20	3.5	20	85	2	75	33	22	8	35	1.85
947814--947870	21	2.9	19	85	12	80	49	8	12	29	1.70
953942--954340	109	3.7	109	83	6	461	33	16	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953942--954318	164	2.3	162	83	3	479	33	16	20	28	1.95
953942--954318	55	6.9	55	82	5	451	33	16	20	28	1.95
962704--962742	21	1.9	20	89	5	60	38	20	12	28	1.89
970780--970835	23	2.4	23	96	0	103	26	16	17	39	1.91
972364--972412	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
973194--973261	27	2.5	27	92	2	109	45	35	7	11	1.69
973460--973620	81	2.0	81	86	2	225	29	21	12	36	1.90
973957--974530	47	12.2	47	90	1	873	21	21	13	43	1.87
974303--974423	20	5.3	20	66	24	71	21	23	14	40	1.90
976494--976756	55	4.8	55	86	0	319	33	16	21	28	1.95
984001--984073	18	3.9	18	71	7	56	31	28	16	23	1.96
984326--984351	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
987689--987725	16	2.4	16	91	8	60	0	32	0	67	0.91
987690--987725	7	4.9	7	87	12	54	0	30	0	69	0.89
993005--993106	13	7.8	13	88	0	132	35	19	17	27	1.94
1000363--1000403	19	2.2	19	100	0	82	24	26	9	39	1.86
1010133--1010212	22	3.7	22	80	11	94	25	30	25	20	1.99
1010133--1010194	23	2.7	23	87	5	81	24	29	24	22	1.99
1010175--1010212	20	2.0	20	89	5	60	26	34	26	13	1.93
1013934--1013984	15	3.5	15	78	5	68	45	13	7	33	1.73
1014953--1015025	18	3.7	19	79	13	76	24	35	20	19	1.95
1018834--1018876	18	2.4	18	100	0	86	32	23	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020777--1020859	23	3.7	23	78	12	109	27	26	16	28	1.97
1020752--1020857	44	2.4	43	85	7	133	31	26	16	26	1.96
1024955--1024983	11	2.7	11	94	5	51	0	24	0	75	0.80
1024947--1024985	17	2.4	17	86	4	53	2	20	0	76	0.90
1024941--1024987	17	3.1	15	80	14	51	2	17	0	80	0.80
1024954--1024997	15	3.0	14	80	9	52	0	22	0	77	0.77
1025667--1025754	5	17.6	5	74	15	58	2	21	0	76	0.90
1025672--1025718	22	2.1	22	88	7	69	2	14	0	82	0.75
1025681--1025720	6	7.0	6	83	16	50	0	17	0	82	0.67
1044004--1044156	44	3.5	44	79	7	166	34	14	21	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6