genome.fa.s7943.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007943.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110365_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1187827

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638886--639336	200	2.3	200	89	1	681	38	14	15	31	1.88
641722--642422	200	3.5	196	81	6	707	39	13	15	31	1.86
641722--642428	199	3.5	199	79	7	725	39	13	15	31	1.86
642530--642574	23	2.0	23	95	0	81	37	15	8	37	1.79
642446--642608	87	1.9	87	90	2	265	33	11	11	42	1.78
643089--643134	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
647567--647619	14	3.8	14	84	0	61	64	18	3	13	1.43
648982--649015	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
651281--651337	21	2.7	21	97	0	105	49	8	10	31	1.68
652660--652721	18	3.4	18	90	0	106	16	22	33	27	1.95
652660--652729	36	1.9	36	91	0	113	18	22	32	25	1.97
656369--656412	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
656854--656897	16	2.6	16	85	7	52	54	0	2	43	1.12
656824--656975	62	2.5	60	79	6	162	50	1	2	44	1.27
667746--667900	77	2.0	77	100	0	310	38	11	21	28	1.89
670890--670937	7	6.9	7	92	0	78	8	62	0	29	1.24
670878--670937	14	4.3	14	91	0	93	6	61	0	31	1.22
670878--670937	21	2.9	21	82	9	77	6	61	0	31	1.22
675380--675425	23	2.0	23	100	0	92	43	17	13	26	1.85
675380--675440	23	2.8	23	87	7	74	40	18	11	29	1.85
684296--684381	41	2.0	42	82	6	102	26	18	19	34	1.95
693794--693896	51	2.0	51	100	0	206	29	19	30	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694398--694710	40	7.7	40	78	4	178	35	15	17	31	1.92
694387--694696	41	7.6	41	76	4	207	35	15	17	30	1.92
694387--694676	83	3.5	82	75	2	233	35	15	17	31	1.91
705091--705142	2	26.5	2	96	3	97	50	0	0	50	1.00
706314--706339	11	2.4	11	100	0	52	69	7	0	23	1.14
709062--709107	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
709608--709668	23	2.7	23	84	0	77	21	26	24	27	1.99
715677--715706	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
716834--716867	14	2.5	13	90	4	50	47	2	0	50	1.16
717374--717405	15	2.1	15	94	0	55	40	21	15	21	1.91
717563--717594	15	2.1	15	94	0	55	40	21	15	21	1.91
717271--717650	189	2.0	191	97	2	730	32	12	22	32	1.91
717580--717828	102	2.4	101	87	3	347	42	10	20	27	1.83
717650--717884	37	6.6	37	78	14	228	44	11	19	25	1.83
717739--718041	36	8.4	36	77	9	246	41	11	17	29	1.85
717651--718025	181	2.1	172	89	4	552	42	11	17	28	1.84
717794--718104	141	2.2	140	90	4	484	41	11	17	29	1.85
719258--719440	95	1.9	95	89	2	287	31	19	17	31	1.95
721140--721182	10	4.3	10	90	0	59	83	0	2	13	0.74
721142--721184	17	2.5	17	88	11	61	81	0	2	16	0.79
723719--723746	13	2.2	13	100	0	56	32	0	0	67	0.91
723866--723912	22	2.1	22	96	0	85	36	4	14	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727278--727369	34	2.8	32	82	9	112	64	14	1	20	1.35
729646--729694	16	3.0	16	81	3	53	63	0	4	32	1.13
735194--735251	20	2.7	20	76	10	53	31	20	24	24	1.98
736769--736838	23	3.0	23	85	0	95	24	22	20	32	1.97
743332--743369	20	1.9	19	89	5	58	68	0	0	31	0.90
745811--745912	7	14.7	7	85	8	129	57	0	39	2	1.14
745812--745862	4	14.0	4	80	19	67	54	0	45	0	0.99
750547--750585	20	1.9	20	89	5	60	23	10	2	64	1.37
750944--751174	58	4.0	57	77	11	204	34	6	3	56	1.39
750950--751106	29	5.4	28	82	11	165	36	6	3	53	1.45
751086--751132	25	1.9	24	82	4	58	23	8	2	65	1.31
751117--751172	28	2.0	28	78	7	51	32	5	1	60	1.29
757006--757087	23	3.7	23	80	9	98	25	24	21	28	1.99
759329--759371	21	2.0	21	95	0	77	34	0	37	27	1.57
759375--759406	13	2.4	14	85	15	50	40	9	6	43	1.62
759760--759912	64	2.4	65	83	7	179	29	22	16	32	1.95
759789--759912	65	1.9	64	85	8	171	29	23	16	31	1.96
767644--767686	21	2.0	21	95	0	77	32	0	37	30	1.58
768787--768823	16	2.3	16	100	0	74	29	5	37	27	1.79
768960--769029	30	2.4	29	79	9	79	50	2	4	42	1.37
769060--769106	18	2.5	20	77	19	57	38	0	12	48	1.41
769060--769112	18	2.9	18	75	8	54	35	0	15	49	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770655--770690	14	2.6	14	95	0	63	50	13	13	22	1.77
773583--773636	9	5.7	9	89	10	81	64	0	35	0	0.94
773562--773636	18	3.7	20	84	12	91	61	0	36	2	1.10
774320--774376	22	2.6	21	81	10	60	35	3	0	61	1.13
774363--774524	29	5.8	28	74	15	122	32	5	2	59	1.34
774344--774470	29	4.4	28	79	12	116	32	4	1	61	1.26
774345--774470	58	2.2	58	81	8	150	32	4	1	61	1.27
774529--774665	30	4.6	28	78	8	121	52	0	5	41	1.29
774529--774665	29	4.6	29	77	10	125	52	0	5	41	1.29
777920--778001	23	3.5	23	72	1	83	35	26	15	21	1.94
778807--778919	20	5.6	20	86	5	140	30	24	12	32	1.92
780129--780193	34	1.9	34	87	0	94	26	26	15	32	1.95
784179--784221	20	2.0	20	82	8	50	32	25	6	34	1.83
787652--787750	34	2.9	34	96	0	180	40	9	9	41	1.68
789251--789291	20	2.1	19	86	4	55	26	19	9	43	1.82
803680--803710	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
805064--805245	54	3.4	54	91	0	283	25	20	21	31	1.98
806310--806336	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
810230--810650	211	2.0	208	93	4	711	37	19	7	35	1.79
810443--814201	530	7.0	541	94	3	6606	35	20	9	34	1.85
814584--814657	3	25.0	3	80	13	82	31	1	0	67	0.99
815895--815934	21	1.9	21	84	0	53	37	2	2	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815943--815986	13	3.5	13	78	6	54	38	2	0	59	1.10
819804--819835	15	2.1	15	94	0	55	31	21	6	40	1.78
827368--827413	16	2.6	18	87	12	69	32	8	4	54	1.51
827368--827413	19	2.6	17	90	10	67	32	8	4	54	1.51
828168--828440	83	3.3	83	88	2	397	28	12	21	37	1.90
829238--829894	113	5.9	113	82	7	729	37	15	18	28	1.91
829238--829894	226	3.0	219	85	6	844	37	15	18	28	1.91
829815--830088	120	2.3	115	81	11	333	39	15	20	24	1.91
830238--830301	3	21.0	3	93	3	110	31	0	0	68	0.90
830428--830469	16	2.7	16	88	3	59	11	50	19	19	1.78
830440--830479	16	2.6	16	96	4	73	7	57	17	17	1.62
834333--834393	23	2.7	23	89	0	86	31	24	22	21	1.98
845112--845314	72	2.8	72	78	4	167	36	36	11	14	1.83
845112--845287	36	4.9	36	76	4	142	36	37	11	14	1.82
845187--845314	36	3.6	36	74	16	113	35	40	10	13	1.78
846697--846722	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
854535--854587	23	2.3	23	93	0	88	30	24	13	32	1.93
856837--856875	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
862322--862382	23	2.7	23	84	5	79	18	26	22	32	1.97
868469--868497	15	1.9	15	100	0	58	34	20	17	27	1.95
869218--869280	23	2.7	23	80	0	72	15	25	23	34	1.95
877443--877478	16	2.2	16	90	5	54	47	8	2	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881539--881602	12	5.2	12	75	14	51	48	1	1	48	1.20
881548--881603	24	2.3	23	79	11	58	46	0	1	51	1.11
881804--881854	23	2.3	22	82	3	66	7	15	15	60	1.56
883097--883138	14	2.8	15	80	20	52	50	9	4	35	1.56
883227--883279	22	2.3	23	93	3	90	35	5	24	33	1.79
883428--883488	21	2.9	21	82	4	77	26	22	24	26	2.00
883430--883488	22	2.8	21	82	5	73	25	23	25	25	2.00
888748--888799	19	2.7	19	93	0	86	26	17	34	21	1.95
889708--889769	18	3.4	18	88	0	88	16	24	29	30	1.96
889708--889777	36	1.9	36	88	0	104	18	24	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6