genome.fa.s7943.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007943.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110365_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1187827

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893048--893091	19	2.3	19	96	0	79	27	18	36	18	1.94
893144--893169	12	2.2	12	100	0	52	30	23	19	26	1.98
893984--894044	18	3.4	18	93	4	106	14	21	34	29	1.93
896112--896150	20	1.9	20	85	15	53	33	0	30	35	1.58
896969--897031	21	3.0	21	74	4	63	28	25	19	26	1.98
898559--898594	17	2.1	17	90	10	56	72	0	2	25	0.98
901512--901552	8	5.4	8	82	8	50	78	0	2	19	0.87
901622--901655	4	8.2	4	87	6	50	73	2	0	23	0.97
901618--901655	17	2.2	17	90	0	58	73	2	0	23	0.95
904111--904173	5	12.6	5	79	12	58	71	1	4	22	1.13
907121--907160	7	5.4	8	85	8	50	77	0	2	20	0.88
907226--907259	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
912344--912460	21	5.6	20	80	8	108	38	23	12	25	1.90
912344--912460	42	2.8	42	79	7	130	38	23	12	25	1.90
913712--913752	20	2.0	20	100	0	82	31	14	9	43	1.78
914133--914172	20	2.0	20	90	9	64	42	10	25	22	1.84
914862--914886	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
915845--916238	55	7.2	55	92	0	621	35	17	18	28	1.94
919582--919924	123	2.8	118	78	9	343	24	20	16	37	1.93
920094--920163	38	1.9	35	82	8	86	38	8	17	35	1.80
920244--920511	36	7.2	36	73	6	212	38	11	19	31	1.87
920236--920546	73	4.2	73	89	2	417	36	12	18	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920616--920723	42	2.6	41	77	4	108	28	22	23	25	1.99
920892--920992	42	2.4	42	86	1	132	30	20	23	24	1.99
921192--921242	20	2.6	20	79	14	61	35	21	23	19	1.96
921598--921654	23	2.7	21	82	17	73	36	8	15	38	1.79
921608--921650	23	1.9	22	95	4	77	37	9	13	39	1.78
924285--924318	9	3.6	9	85	14	50	2	11	0	85	0.71
930263--930316	28	2.0	26	82	13	65	44	9	7	38	1.65
933266--933290	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
940223--940409	96	2.0	95	93	1	320	15	15	18	50	1.78
949015--949048	15	2.3	15	94	0	59	5	17	67	8	1.37
955119--955180	23	2.7	23	97	0	115	37	8	0	54	1.30
955305--955332	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
957203--957242	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
959687--959743	30	1.9	30	86	10	82	61	5	1	31	1.28
965859--965885	14	1.9	14	100	0	54	0	14	3	81	0.82
965859--965889	15	2.0	16	93	6	55	0	16	6	77	0.97
966354--966386	9	3.7	9	88	11	50	42	0	0	57	0.98
966382--966460	3	26.3	3	94	0	140	63	0	2	34	1.08
966597--967351	114	6.6	113	92	3	1072	29	19	13	37	1.91
968068--968710	167	3.8	167	90	2	956	36	22	12	28	1.91
968068--968707	83	7.7	83	89	1	890	36	22	12	28	1.91
969805--969885	9	8.4	9	77	12	72	6	9	0	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
981867--981893	14	1.9	14	100	0	54	0	14	3	81	0.82
982376--982466	3	30.3	3	93	4	157	64	0	1	34	1.01
985172--985307	21	6.5	21	81	6	152	30	23	22	24	1.99
985213--985343	62	2.1	62	83	8	160	31	21	20	26	1.98
985425--985451	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
986061--986112	20	2.6	20	100	0	104	38	17	21	23	1.93
986102--986257	21	7.5	21	75	13	126	23	21	23	30	1.99
986122--986237	41	2.8	41	92	2	189	23	21	21	33	1.97
986144--986216	20	3.6	20	79	17	96	23	20	20	35	1.96
986102--986257	62	2.5	62	78	12	160	23	21	23	30	1.99
987789--987835	23	2.0	23	91	0	76	44	14	23	17	1.85
995483--995589	44	2.4	44	88	0	151	30	20	19	28	1.97
997552--997610	25	2.2	28	85	14	81	18	0	20	61	1.35
998263--998392	65	2.0	64	86	4	181	27	23	16	31	1.96
998276--998418	65	2.2	64	80	9	157	30	23	16	30	1.96
1000275--1000308	17	2.1	17	88	5	52	52	0	8	38	1.33
1002372--1002473	39	2.6	40	83	7	129	20	16	12	50	1.78
1007949--1008031	38	2.2	36	76	18	89	56	8	7	27	1.55
1009244--1009280	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
1010394--1010447	16	3.2	17	84	10	67	66	1	0	31	1.02
1011004--1011029	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1025899--1025962	33	1.9	33	100	0	128	40	3	21	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1030661--1030696	15	2.3	16	85	9	56	30	5	2	61	1.33
1033450--1033522	25	3.1	25	73	15	91	24	26	12	36	1.91
1033778--1033818	12	3.6	12	74	12	50	17	24	4	53	1.63
1033764--1033829	22	2.6	25	79	20	84	21	24	4	50	1.67
1033773--1033824	22	2.4	22	96	0	95	19	25	3	51	1.63
1041056--1041128	29	2.5	29	80	4	85	35	19	5	39	1.75
1056095--1056147	24	2.2	24	80	16	65	71	0	3	24	1.02
1060475--1060519	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
1060476--1060544	23	3.0	23	82	6	68	46	0	1	52	1.09
1060508--1060607	27	3.4	30	76	14	102	50	1	0	49	1.07
1060509--1060703	27	7.0	27	69	17	98	49	1	0	49	1.07
1060532--1060690	53	3.0	52	74	17	132	50	1	0	48	1.08
1060622--1060700	8	9.5	8	72	12	52	49	0	0	50	1.00
1060620--1060683	5	12.8	5	71	12	51	45	0	0	54	0.99
1060635--1060700	35	1.9	34	87	3	96	48	0	0	51	1.00
1060601--1060712	55	2.1	53	81	9	129	48	0	0	50	1.06
1060936--1061017	41	2.0	41	92	0	137	50	18	13	18	1.79
1066930--1067018	37	2.4	34	83	10	97	39	0	2	58	1.11
1067145--1067198	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
1068731--1068775	21	2.1	21	83	0	54	24	37	13	24	1.91
1068785--1068854	21	3.3	21	80	7	79	20	31	25	22	1.98
1069374--1069452	28	2.8	28	88	5	106	55	3	1	39	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1069398--1069475	34	2.3	34	88	2	111	56	3	3	35	1.36
1069684--1069726	22	1.9	22	85	4	59	34	20	0	44	1.52
1069840--1070953	128	8.7	128	94	1	1934	33	21	24	21	1.97
1071036--1071076	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
1078283--1078320	18	2.1	18	90	0	58	36	42	10	10	1.74
1078797--1078872	39	1.9	39	86	0	107	14	27	19	38	1.91
1085823--1085880	21	2.8	21	81	0	71	25	27	24	22	2.00
1102236--1102366	57	2.3	57	97	0	244	37	12	16	33	1.87
1104099--1104132	17	2.0	17	94	0	59	38	14	11	35	1.83
1104658--1105006	171	2.0	172	90	0	556	28	26	14	30	1.95
1112388--1112488	46	2.2	48	85	7	138	35	8	17	37	1.82
1116887--1117012	20	6.3	20	85	3	164	26	17	19	36	1.94
1130571--1130607	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1131194--1131218	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1136660--1136766	43	2.5	43	98	1	207	53	14	1	30	1.51
1139807--1140181	188	2.0	189	98	0	725	26	14	14	44	1.84
1140230--1140574	38	9.6	36	78	10	264	46	4	6	42	1.51
1140252--1140581	36	9.3	35	76	11	241	46	5	6	42	1.52
1140298--1140600	102	2.9	102	76	9	240	43	5	6	43	1.53
1145500--1145695	95	2.1	94	84	5	261	32	15	18	34	1.92
1146873--1147791	165	5.6	165	81	3	921	29	23	20	25	1.99
1146873--1147783	249	3.7	244	84	5	900	29	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1146919--1147738	329	2.5	330	87	3	1128	29	23	20	26	1.99
1147837--1147924	37	2.4	37	86	5	117	27	23	13	35	1.93
1147910--1148033	34	3.6	34	85	3	167	45	16	8	29	1.77
1148715--1148823	39	2.7	42	81	14	124	48	3	7	40	1.49
1148757--1149083	38	9.1	35	78	10	285	44	5	7	42	1.54
1148751--1149082	36	9.3	34	74	15	230	45	5	6	41	1.54
1148768--1149083	35	8.9	33	77	14	219	45	5	6	42	1.54
1149104--1149146	19	2.3	18	80	11	50	18	2	2	76	1.00
1159827--1159887	26	2.4	25	82	12	72	34	3	0	62	1.12
1171362--1172012	105	6.2	105	93	1	1040	33	26	17	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6