genome.fa.s7950.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007950.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110372_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1941792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3040--3115	36	2.0	38	82	12	95	52	2	0	44	1.14
4315--4366	3	18.0	3	80	7	63	30	1	1	65	1.14
4907--4954	13	3.6	13	78	15	53	83	4	10	2	0.87
6929--6972	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
8484--8545	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
9516--9560	22	2.0	23	83	12	58	37	28	13	20	1.90
10570--10618	24	2.1	22	85	7	62	77	8	10	4	1.10
10585--10631	12	3.9	12	80	8	51	74	10	10	4	1.20
10583--10631	18	2.8	18	77	22	59	73	10	12	4	1.22
12183--12320	36	3.9	35	79	7	152	31	18	12	36	1.88
12287--12532	105	2.4	105	82	4	304	29	20	11	38	1.88
12736--12774	20	2.0	19	85	5	51	28	7	5	58	1.47
12770--13010	27	8.8	27	91	3	351	28	9	14	47	1.76
12766--13024	80	3.2	81	85	6	362	28	9	13	47	1.75
13020--13124	53	2.0	53	98	0	201	33	14	16	36	1.89
13111--13173	30	2.1	30	94	2	110	34	11	14	39	1.81
13157--13227	37	2.0	36	86	5	99	30	15	8	45	1.76
13140--13369	98	2.3	99	78	11	240	32	12	12	42	1.81
13140--13408	98	2.7	95	74	14	233	32	14	12	40	1.84
13459--13523	30	2.3	29	76	7	71	26	13	9	50	1.71
13503--13725	120	1.9	119	79	10	258	31	13	11	43	1.80
13730--13808	40	2.0	40	95	2	142	30	21	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14079--14105	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
14250--14425	66	2.7	65	78	6	171	25	21	15	37	1.93
14662--14772	40	2.8	40	91	4	181	23	34	18	24	1.96
15102--15148	3	16.0	3	82	4	60	31	2	2	63	1.18
17724--17767	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
21539--21599	21	3.2	21	61	29	55	29	4	21	44	1.73
21531--21649	35	3.3	36	86	8	163	31	5	20	43	1.73
25092--25207	35	3.2	36	91	4	182	31	5	19	43	1.73
26884--26910	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
30355--30412	23	2.5	23	82	2	80	39	1	13	44	1.54
33884--33917	17	2.0	17	100	0	68	52	17	11	17	1.73
34073--34147	31	2.4	32	76	10	84	34	34	20	10	1.87
37830--37883	21	2.6	21	100	0	108	24	25	18	31	1.97
41005--41042	21	1.9	20	89	10	60	39	31	10	18	1.85
41045--41094	19	2.6	19	81	9	57	54	0	0	46	1.00
41044--41096	20	2.6	21	82	8	65	52	0	0	47	1.00
42274--42321	19	2.5	19	89	0	78	20	18	37	22	1.94
45223--45248	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
45363--45405	21	2.0	21	86	8	61	32	41	2	23	1.67
51563--51685	45	2.7	46	87	3	187	31	19	7	41	1.79
55907--55956	19	2.6	19	80	0	55	40	0	4	56	1.18
69788--69833	19	2.4	19	88	0	65	41	10	13	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70421--70540	31	3.9	31	83	2	152	37	17	16	28	1.92
70418--70542	62	2.0	62	90	3	198	38	18	16	27	1.91
71348--71552	64	3.2	63	79	10	211	27	19	23	29	1.98
73835--73880	21	2.2	21	88	0	65	30	28	26	15	1.96
74460--74494	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
75491--75557	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
78671--78717	21	2.2	22	80	7	60	29	27	27	14	1.96
79292--79326	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
80339--80405	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
85330--85389	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
88230--88300	19	3.7	19	98	0	124	28	21	29	21	1.98
89975--90034	21	2.8	22	89	2	86	23	25	25	26	2.00
99943--100300	195	1.8	195	88	0	554	30	14	20	34	1.93
103412--103623	107	2.0	107	98	0	406	28	16	21	33	1.95
113939--113986	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
114026--114686	329	2.0	331	93	3	1138	38	10	7	42	1.68
114739--114801	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
115202--115288	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
115546--115582	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
115971--116021	25	2.0	25	88	0	75	39	17	7	35	1.79
116208--116259	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
116218--116280	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116566--116631	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
119093--120342	182	6.9	183	96	1	2273	33	16	14	35	1.89
119093--120342	365	3.4	364	96	0	2281	33	16	14	35	1.89
121765--121806	3	14.0	3	89	0	66	28	33	2	35	1.70
121765--121830	12	5.2	12	78	10	60	24	31	6	37	1.80
123290--124399	199	5.6	199	98	0	2118	31	16	15	36	1.90
123290--124839	398	3.9	398	95	3	2775	31	16	15	36	1.91
124206--124580	181	2.1	182	93	3	641	32	17	15	35	1.90
124388--124845	200	2.3	199	96	1	850	29	16	17	35	1.93
124958--125006	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
126792--126857	33	2.0	33	87	0	96	24	48	0	27	1.51
129178--129220	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
129183--129229	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
129351--129396	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
131779--131835	28	2.1	28	90	3	89	38	10	12	38	1.77
131954--132012	31	1.9	30	82	3	73	42	10	8	38	1.69
134592--134620	14	2.0	15	93	6	51	13	13	13	58	1.63
137088--137151	33	1.9	33	93	0	110	17	28	20	34	1.95
139862--139895	16	2.1	17	94	5	61	61	5	0	32	1.20
148107--148181	36	2.1	36	89	0	114	17	12	29	41	1.85
149165--149243	31	2.5	30	80	8	95	37	3	12	45	1.60
149254--149295	22	1.9	22	90	0	66	42	2	7	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149254--149294	20	2.0	22	85	9	59	43	2	7	46	1.44
149308--149380	7	9.9	7	75	19	60	30	1	2	65	1.15
149308--149380	24	3.3	22	75	16	71	30	1	2	65	1.15
156756--156825	34	2.1	34	84	5	90	22	28	15	32	1.95
157182--157274	20	4.7	20	97	0	168	30	23	30	16	1.96
157319--157372	21	2.6	21	90	0	90	22	18	37	22	1.95
158415--158462	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
159323--159384	33	1.9	31	83	6	79	25	27	17	29	1.98
159607--159646	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
159748--159800	20	2.7	20	93	0	88	30	22	30	16	1.96
159834--159876	22	1.9	23	90	4	70	23	20	30	25	1.99
163100--163194	45	2.1	44	82	5	111	35	16	21	26	1.94
163204--163262	24	2.5	24	91	0	100	33	18	22	25	1.96
164071--164162	32	2.9	32	75	16	93	35	18	14	31	1.90
165567--165738	94	1.8	94	87	5	258	36	15	23	24	1.94
166109--166497	59	7.0	59	83	9	389	31	15	21	30	1.94
166224--166364	47	3.0	47	90	2	230	30	15	24	29	1.96
166847--167210	68	5.5	68	86	7	505	31	13	23	31	1.93
166847--167210	129	2.8	130	88	3	543	31	13	23	31	1.93
167096--167228	68	2.0	68	87	0	194	31	14	24	30	1.94
167260--167452	45	4.3	45	86	3	255	47	5	20	26	1.72
169063--169120	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171923--171988	32	2.1	31	81	13	73	51	15	0	33	1.43
172972--173029	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
182572--182839	63	4.3	63	97	0	509	23	22	36	18	1.95
182660--182831	36	5.3	36	58	27	87	21	21	37	19	1.95
191610--191665	20	2.8	20	86	0	76	42	8	23	25	1.82
191611--191673	20	3.2	20	84	4	67	44	7	23	23	1.80
193458--193509	23	2.3	23	100	0	104	11	30	36	21	1.89
199941--199968	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
201105--201177	36	2.0	36	89	0	110	58	10	10	19	1.61
201110--201181	18	4.0	18	72	0	63	58	11	9	20	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10