genome.fa.s7950.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007950.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110372_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1941792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1138 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
635344--635368	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
637520--637586	30	2.2	30	75	0	71	19	32	19	28	1.96
643739--643764	12	2.2	12	100	0	52	7	34	15	42	1.75
644500--644563	23	2.9	21	77	11	56	60	3	0	35	1.12
644516--644566	23	2.2	23	89	0	75	62	1	0	35	1.06
644817--644856	20	2.0	20	85	9	55	42	7	0	50	1.30
645062--645111	23	2.1	23	85	3	64	46	0	6	48	1.27
646422--646453	16	2.0	16	93	0	55	28	37	3	31	1.73
648705--648734	16	1.9	15	93	6	51	23	0	10	66	1.21
651117--651143	13	2.1	13	100	0	54	48	7	14	29	1.71
652986--653025	20	2.0	20	100	0	80	15	25	20	40	1.90
662238--662264	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
668745--668778	16	2.1	16	88	5	50	44	0	17	38	1.49
668751--668783	16	2.1	16	94	0	57	39	0	21	39	1.53
672404--672456	24	2.2	24	100	0	106	37	16	22	22	1.94
673533--673580	14	3.4	14	82	0	60	14	12	14	58	1.64
673744--673781	20	1.9	20	94	0	67	18	13	10	57	1.63
674447--674475	13	2.1	14	93	6	51	41	31	0	27	1.56
677632--677742	54	2.0	54	89	5	170	39	16	6	37	1.74
678443--678481	19	2.0	20	90	5	62	53	2	2	41	1.28
678844--678897	20	2.7	20	77	11	74	27	31	14	25	1.95
678921--678965	20	2.2	20	92	0	72	42	24	15	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681118--681167	21	2.4	21	75	0	55	22	14	28	36	1.92
683099--683137	20	2.0	20	94	0	69	17	20	23	38	1.93
683430--683470	18	2.3	18	91	0	64	17	2	26	53	1.56
685726--685779	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
685726--685793	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
686651--686795	20	7.4	19	70	14	73	33	13	22	31	1.93
686669--686798	20	6.6	20	67	14	81	30	13	22	33	1.93
708700--708747	23	2.1	23	88	0	69	54	2	2	41	1.24
709294--709400	31	3.5	31	84	2	135	34	12	25	28	1.91
709295--709384	30	3.0	30	86	1	117	36	12	22	28	1.90
711947--712013	31	2.2	31	94	0	116	34	14	29	20	1.93
717932--718003	35	2.1	35	86	0	99	9	31	18	40	1.83
720462--720487	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
722872--722911	20	2.0	20	90	0	62	45	0	7	47	1.31
723932--723960	15	1.9	15	100	0	58	41	0	13	44	1.44
724122--724160	4	9.8	4	94	0	69	25	46	0	28	1.53
725248--725536	147	2.0	144	86	3	400	45	20	13	20	1.85
725969--726002	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
726201--726499	53	5.7	52	83	5	302	32	9	18	39	1.82
726212--726463	105	2.4	105	83	2	299	33	9	18	39	1.82
726201--726499	158	1.9	156	82	5	370	32	9	18	39	1.82
729120--729165	16	2.9	16	80	9	58	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732554--732607	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
733059--733201	20	7.1	20	80	4	162	26	25	20	27	1.99
733374--733416	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
733808--733896	20	4.5	19	81	5	79	15	14	23	46	1.83
733859--733902	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
735623--735672	18	2.8	18	100	0	100	32	20	6	42	1.76
735892--735956	20	3.4	19	85	8	87	18	20	26	35	1.95
736762--736830	5	12.0	5	75	24	57	17	52	20	10	1.73
736766--736825	13	4.8	13	84	12	90	16	50	21	11	1.77
736762--736834	18	4.1	18	80	19	98	17	49	20	12	1.79
736762--736812	23	2.2	23	96	0	93	17	52	19	9	1.72
739313--739421	24	4.5	24	69	8	78	21	15	16	46	1.83
740630--740728	21	4.7	21	71	5	67	22	35	19	23	1.96
740650--740732	42	2.0	42	83	4	105	22	37	18	21	1.94
742293--742345	20	2.7	20	81	0	61	45	26	15	13	1.82
742357--742491	34	3.8	34	76	12	137	25	20	20	34	1.96
742391--742653	20	13.8	20	76	10	264	27	18	21	32	1.97
742349--742531	74	2.5	74	92	0	303	27	20	19	32	1.97
742624--742893	140	1.9	140	95	1	488	41	14	13	30	1.84
742954--742989	18	2.0	18	94	0	63	16	8	30	44	1.77
745020--745056	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
745258--745304	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746121--746209	20	4.4	20	82	4	99	28	20	22	29	1.98
760570--760697	63	2.1	62	83	9	158	48	14	10	26	1.76
762085--762161	24	3.3	24	62	20	63	45	15	1	37	1.55
762075--762172	46	2.1	47	98	1	189	44	12	2	40	1.53
762988--763033	23	2.0	22	83	8	56	41	0	0	58	0.98
768899--768955	20	2.8	21	81	7	73	31	22	15	29	1.95
768990--769068	21	3.9	19	75	11	68	36	20	18	24	1.95
768973--769046	21	3.6	20	73	12	69	36	22	17	22	1.95
768973--769068	41	2.3	42	81	1	113	35	21	18	23	1.96
769086--769128	22	2.0	22	86	4	61	39	11	9	39	1.74
779990--780149	65	2.5	63	84	9	198	33	21	17	27	1.96
781672--781711	19	2.1	19	95	0	71	37	7	27	27	1.84
783831--783928	42	2.3	42	81	6	110	30	23	21	24	1.99
787274--787312	20	2.0	20	90	5	62	53	7	2	35	1.43
787500--787563	26	2.5	26	84	5	76	51	15	0	32	1.44
788681--789070	192	2.0	192	92	2	658	32	15	10	41	1.81
798405--798575	20	8.7	19	76	16	129	43	23	13	19	1.86
798471--798575	39	2.7	40	89	3	167	46	25	11	16	1.80
798618--798666	20	2.5	20	86	0	80	28	16	22	32	1.95
798599--798741	76	1.9	75	88	1	214	29	15	20	34	1.94
798696--798760	19	3.3	20	91	6	107	27	13	27	30	1.94
798621--798817	95	2.1	96	90	2	308	27	14	22	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798733--798930	56	3.5	57	86	3	285	27	15	21	36	1.93
798896--798939	19	2.2	20	80	4	54	29	9	22	38	1.85
798910--798949	19	2.0	20	90	4	64	27	15	22	35	1.94
799018--799093	36	2.1	36	97	0	143	39	23	14	22	1.91
799161--799827	20	33.2	20	70	15	278	23	15	22	39	1.91
799181--799327	79	1.9	80	86	4	217	22	14	23	39	1.91
799161--799432	59	4.6	60	72	16	237	22	15	22	39	1.91
799544--799716	81	2.1	81	88	5	253	21	15	23	40	1.90
799829--799866	20	1.9	20	94	0	67	26	18	18	36	1.94
799547--799875	120	2.7	121	80	8	334	21	15	22	41	1.90
801003--801066	23	2.5	26	80	17	89	62	0	18	18	1.33
801017--801073	23	2.5	23	94	0	105	56	0	17	26	1.41
801766--801804	21	1.9	20	94	5	69	48	15	5	30	1.66
811556--811604	17	3.0	17	80	16	59	44	8	0	46	1.33
822827--822866	20	2.0	20	85	0	53	45	10	25	20	1.81
824825--824871	21	2.3	21	81	3	60	27	21	17	34	1.95
834616--834657	20	2.1	20	86	0	57	35	23	9	30	1.87
835351--835393	21	2.0	21	100	0	86	46	18	11	23	1.82
838720--838903	44	4.2	44	82	6	187	34	17	23	24	1.96
838835--838951	43	2.8	42	84	2	146	39	15	19	25	1.91
838719--838951	85	2.7	86	81	4	236	34	17	22	24	1.96
838717--838981	42	6.1	43	81	3	230	33	18	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839075--839110	19	2.0	18	89	10	56	55	16	0	27	1.42
839088--839135	22	2.2	21	78	10	53	58	6	0	35	1.23
841444--841596	24	6.3	24	81	11	170	7	7	41	42	1.63
841444--841595	8	19.8	8	80	9	122	7	7	42	42	1.63
841475--841584	4	28.0	4	70	3	80	5	7	44	42	1.55
841475--841584	6	18.7	6	74	3	80	5	7	44	42	1.55
842040--842123	43	2.0	42	90	2	132	53	15	19	11	1.72
844806--844848	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
845900--846055	61	2.6	61	89	6	228	27	22	20	29	1.98
858761--858884	31	4.0	32	77	9	130	29	16	20	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10