genome.fa.s7950.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007950.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110372_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1941792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1138 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202192--202258	32	2.1	32	85	0	89	34	14	4	46	1.65
204333--204373	20	2.2	20	86	8	59	34	7	4	53	1.50
208912--208979	12	5.7	12	92	0	100	11	11	48	27	1.75
208913--208979	24	2.8	24	97	0	116	10	11	49	28	1.73
208977--209068	2	49.0	2	69	12	52	47	0	0	52	1.00
209088--209124	12	3.0	12	92	4	56	10	16	54	18	1.71
213328--213368	18	2.3	18	91	0	64	21	29	12	36	1.90
216918--216958	21	2.0	21	90	9	66	34	19	7	39	1.80
217442--217476	17	2.1	17	88	0	52	48	14	0	37	1.44
219102--219153	21	2.5	21	75	3	52	36	21	17	25	1.94
219183--219271	21	4.2	21	77	5	72	30	32	14	22	1.94
223441--223493	26	2.0	27	82	10	65	66	0	1	32	1.03
224376--224441	30	2.2	30	94	0	114	24	33	28	13	1.93
230901--230956	28	2.0	29	86	10	80	44	0	3	51	1.18
236566--236773	103	2.0	106	80	6	235	24	19	11	44	1.83
237020--237081	12	5.1	12	82	9	81	14	1	4	79	0.98
237024--237088	31	2.1	31	83	11	80	13	1	6	78	1.01
238411--238471	30	2.1	30	84	3	79	55	9	9	24	1.63
242179--242209	4	7.8	4	92	0	53	29	0	45	25	1.54
252585--252637	20	2.6	21	78	6	54	9	18	3	67	1.33
254779--254807	10	2.9	10	100	0	58	89	0	0	10	0.48
260033--260086	19	2.8	20	77	11	58	75	3	18	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260040--260103	24	2.6	25	75	7	69	75	4	18	1	1.06
260051--260097	15	3.2	15	82	14	62	78	6	12	2	1.02
261747--261940	64	3.0	64	94	0	334	36	22	12	29	1.90
261964--262128	65	2.6	62	88	4	226	36	21	15	26	1.93
262158--262359	55	3.5	54	69	18	163	33	26	17	22	1.96
262089--262678	121	4.8	124	88	3	818	34	25	16	24	1.95
266930--266982	26	2.0	26	88	0	79	50	22	13	13	1.75
267788--267852	31	2.1	31	100	0	130	30	21	15	32	1.94
269652--269848	92	2.1	92	93	0	331	30	11	11	46	1.75
269742--270221	112	4.4	112	87	7	725	31	11	13	43	1.79
269569--270182	204	3.0	203	87	4	809	33	11	12	42	1.78
269907--270221	100	3.0	101	86	8	418	32	11	13	41	1.81
270008--270226	113	1.9	114	90	2	352	33	12	12	41	1.80
270474--270522	22	2.2	23	85	3	64	34	18	10	36	1.85
270559--270609	23	2.2	23	89	0	75	39	15	7	37	1.77
270458--270715	87	3.0	87	93	0	419	33	12	10	43	1.76
270645--270696	23	2.3	23	79	0	59	38	13	7	40	1.73
271960--271985	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
272794--272828	6	5.7	6	89	3	52	17	48	0	34	1.47
274293--274554	108	2.4	107	82	5	305	40	10	11	37	1.76
274733--275026	154	1.9	155	83	6	380	37	9	9	43	1.70
275064--275127	23	2.8	23	73	2	58	32	10	18	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275103--275433	75	4.4	75	86	1	425	33	12	12	41	1.81
275103--275433	149	2.2	150	85	3	445	33	12	12	41	1.81
276306--276421	21	5.6	21	70	10	78	33	25	19	21	1.97
276428--276581	41	3.8	41	87	3	213	37	25	16	19	1.93
276450--276581	21	6.4	20	78	4	138	37	25	17	18	1.93
276427--276583	20	7.7	20	76	10	149	36	26	17	19	1.94
277141--277265	40	3.3	40	79	13	140	52	18	16	12	1.74
277141--277269	20	6.8	20	81	13	125	52	17	17	11	1.73
277221--277285	14	4.3	14	76	17	67	49	20	23	7	1.74
277160--277297	33	3.9	33	81	15	152	50	18	20	10	1.77
277298--277380	33	2.5	33	92	0	130	9	20	20	49	1.76
277309--277373	14	4.3	14	76	17	67	9	21	20	49	1.76
277356--277439	20	4.2	21	79	11	79	14	22	15	47	1.81
279110--279488	94	4.1	93	94	1	634	21	12	18	47	1.81
279552--279623	19	3.7	19	75	3	63	48	20	18	12	1.80
279610--279636	14	1.9	14	100	0	54	48	29	14	7	1.71
279592--279655	33	1.9	33	93	0	110	48	26	15	9	1.75
279576--279661	19	4.8	19	79	13	92	47	25	17	9	1.77
279711--279797	20	4.3	20	92	0	138	20	19	20	39	1.93
280283--280324	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
280279--280383	42	2.5	41	76	4	102	20	34	19	25	1.96
281730--281779	14	3.7	14	78	5	50	26	0	20	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281876--281938	19	3.6	19	67	20	55	47	15	20	15	1.82
281879--281970	33	2.8	32	88	6	130	44	16	21	17	1.86
281993--282032	20	2.0	20	95	4	73	25	25	20	30	1.99
282487--282581	40	2.4	40	84	7	122	24	21	21	33	1.97
282497--282567	20	3.5	20	96	3	126	22	19	19	38	1.94
282512--282596	40	2.1	40	80	8	93	24	22	20	32	1.97
282694--282887	20	9.6	20	76	7	167	19	17	24	38	1.92
282694--282877	41	4.5	40	79	8	160	19	17	25	38	1.92
282696--282887	101	1.9	102	89	1	296	19	17	24	39	1.92
282998--283051	20	2.7	19	69	8	54	16	16	31	35	1.92
288166--288202	17	2.2	17	86	13	51	37	5	0	56	1.22
288160--288202	16	2.7	16	80	20	54	39	6	0	53	1.28
288793--288833	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
293800--294032	118	2.0	117	83	5	292	45	8	8	36	1.65
294123--294149	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
295310--295345	16	2.2	16	90	0	54	25	22	33	19	1.97
295589--295641	3	19.0	3	81	14	60	66	1	0	32	1.03
295589--295644	19	3.0	18	79	7	67	66	1	0	32	1.03
295567--295645	22	3.8	21	77	14	74	62	1	0	36	1.04
295589--295652	22	2.9	22	77	13	69	67	3	0	29	1.06
295993--296751	113	6.8	113	88	2	1048	27	19	15	37	1.92
296801--296976	76	2.4	73	84	5	237	29	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304628--304656	12	2.3	13	94	5	51	51	6	13	27	1.66
304729--304767	14	2.8	14	88	0	60	53	5	12	28	1.60
306890--306947	29	2.0	30	86	3	82	51	0	1	46	1.11
308711--308763	3	19.0	3	81	14	60	66	1	0	32	1.03
308711--308766	19	3.0	18	79	7	67	66	1	0	32	1.03
308689--308767	22	3.8	21	77	14	74	62	1	0	36	1.04
310397--310444	23	2.1	23	88	0	69	39	8	16	35	1.79
310356--310522	87	1.9	86	95	1	298	41	11	13	33	1.81
310523--311046	201	2.6	198	84	4	662	31	15	13	39	1.86
310873--311213	177	1.9	178	87	1	497	32	12	14	40	1.83
311912--311961	23	2.2	23	85	0	64	38	8	18	36	1.80
311875--312037	87	1.9	87	94	0	290	41	12	13	33	1.82
312038--312561	200	2.6	196	85	4	676	31	14	13	39	1.86
312388--312728	177	1.9	178	87	1	497	32	12	14	40	1.83
313417--313466	23	2.2	23	85	7	66	38	6	20	36	1.77
313380--313542	87	1.9	87	94	0	290	41	11	13	33	1.81
313543--314059	194	2.6	194	83	5	641	31	15	13	39	1.86
315412--315481	34	2.1	32	86	5	95	22	28	15	32	1.95
318651--319419	200	3.8	199	82	4	890	31	14	13	40	1.85
318651--319421	399	1.9	398	83	4	998	31	14	13	40	1.85
319655--319691	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
321013--321044	12	2.7	12	95	0	55	25	31	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322520--323668	200	5.8	200	84	4	1432	31	16	14	37	1.89
324021--324069	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
326094--326153	29	2.0	30	90	6	95	35	6	15	43	1.72
326233--326309	21	3.7	21	87	3	111	22	35	19	23	1.96
328817--328877	30	2.0	31	90	6	99	34	6	14	44	1.72
328957--329054	21	4.7	21	93	2	153	21	36	19	22	1.95
328957--329054	42	2.4	41	92	1	169	21	36	19	22	1.95
329474--329543	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
336860--337162	149	2.0	148	91	0	489	26	15	21	36	1.93
337359--337419	21	2.9	21	80	4	61	49	1	18	31	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10