genome.fa.s7962.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007962.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110391_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1774241

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236--290	3	18.0	3	82	17	69	67	3	0	29	1.08
488--767	40	6.7	40	76	11	185	23	20	32	23	1.97
577--762	83	2.2	83	91	0	291	22	20	33	22	1.97
963--1314	110	3.3	105	83	6	465	41	11	15	31	1.83
1288--1388	35	2.8	36	83	1	132	34	10	17	36	1.85
2206--2420	65	3.3	66	86	5	276	44	13	13	29	1.81
2259--2384	37	3.6	38	66	24	105	44	11	12	30	1.79
2248--2414	66	2.5	67	93	2	284	44	11	13	29	1.79
2368--2524	30	5.1	30	72	18	128	41	14	11	33	1.81
2302--2562	93	2.8	93	91	4	400	40	14	12	32	1.83
2512--2615	52	2.0	53	92	3	174	36	16	13	33	1.88
2611--2671	28	2.2	28	91	5	97	44	13	8	34	1.73
2655--2756	52	2.0	53	88	7	156	36	16	12	34	1.87
2419--2846	141	3.0	143	92	3	689	42	14	11	31	1.82
3059--3162	36	3.0	36	83	4	133	36	11	19	32	1.87
3060--3178	36	3.4	36	80	6	120	36	12	20	30	1.90
3583--3616	4	9.0	4	87	12	54	23	0	26	50	1.50
4804--4852	18	2.7	18	72	12	55	0	14	14	71	1.15
5480--5561	26	3.4	26	69	19	86	40	9	25	24	1.86
5468--5561	46	2.1	45	89	2	143	37	9	26	26	1.87
6960--7021	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
10518--10572	3	18.0	3	82	17	69	67	3	0	29	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11067--11136	20	3.5	20	72	14	63	38	15	11	34	1.84
12813--12840	6	4.7	6	100	0	56	35	46	17	0	1.49
13160--13258	39	2.5	39	100	0	198	30	17	21	31	1.96
13491--13719	42	5.5	42	89	0	359	37	21	19	20	1.94
13485--13719	84	2.8	84	95	0	407	37	21	20	21	1.95
13720--13770	21	2.4	21	90	0	75	33	29	19	17	1.95
17634--17683	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
21300--21325	13	2.0	13	100	0	52	23	30	15	30	1.95
26183--26258	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
27279--27326	16	2.8	17	87	6	71	33	6	31	29	1.82
27674--27801	39	3.3	38	83	4	159	42	37	8	11	1.72
28100--28171	22	3.3	21	75	14	65	13	26	2	56	1.51
29661--29694	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
29828--29856	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
30017--30051	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
33402--33741	130	2.6	131	83	3	436	38	15	12	32	1.86
36138--36173	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
37329--37398	18	3.7	18	80	14	86	20	24	31	24	1.98
39870--39902	16	2.0	17	88	5	50	39	9	18	33	1.82
40138--40347	109	1.9	109	88	1	314	48	19	13	19	1.81
43697--43744	14	3.4	14	75	16	53	37	10	14	37	1.81
43936--43991	20	2.8	19	77	17	60	25	16	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53424--53462	20	1.9	21	89	5	62	51	7	12	28	1.67
54254--54332	37	2.1	37	95	0	140	41	11	16	30	1.83
54912--55114	20	10.1	20	74	12	134	33	24	11	30	1.91
55034--55113	22	3.7	22	91	3	128	31	22	10	36	1.87
55078--55227	61	2.5	61	80	4	160	28	22	14	35	1.92
56019--56052	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
56178--56231	24	2.2	24	86	0	81	22	18	20	38	1.93
58491--58537	12	3.9	12	82	0	58	53	25	4	17	1.62
58490--58524	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
58822--58931	20	5.8	20	66	16	72	45	20	11	21	1.83
60026--60082	12	4.9	12	74	8	55	38	24	15	21	1.92
60028--60099	22	3.1	23	82	7	74	38	26	13	20	1.90
61325--61396	3	22.3	3	75	13	63	58	0	34	6	1.25
61325--61395	20	3.6	19	90	5	99	57	0	35	7	1.26
61325--61394	13	5.4	13	72	16	56	57	0	35	7	1.26
61345--61406	20	2.8	22	80	14	74	59	0	33	6	1.23
70751--70817	21	3.2	21	71	0	53	25	14	38	20	1.91
71177--71381	21	9.8	21	80	6	218	33	34	11	20	1.88
71195--71379	63	2.9	62	91	1	280	34	34	10	21	1.87
71480--71691	42	5.0	41	88	4	298	24	15	37	23	1.93
71480--71691	84	2.5	84	91	0	343	24	15	37	23	1.93
71860--71900	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71900--71936	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
73263--73320	20	2.8	21	92	5	100	50	20	13	15	1.78
73321--73384	20	3.2	20	79	0	83	15	14	20	50	1.78
73969--74014	20	2.3	20	84	0	56	34	10	26	28	1.90
74016--74079	20	3.2	20	72	0	65	35	14	23	26	1.93
74108--74167	20	3.1	19	75	15	68	26	18	18	36	1.94
74109--74185	40	1.9	40	84	10	104	29	15	19	35	1.93
81214--81245	4	8.0	4	92	0	55	75	0	3	21	0.95
81546--81638	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
81546--81638	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
81566--81699	41	3.3	41	82	6	130	37	20	21	20	1.95
81628--81721	20	4.7	20	77	2	89	32	23	18	25	1.97
81909--81952	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
83571--83615	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
84045--84192	19	8.3	19	72	15	93	12	19	24	43	1.86
84061--84118	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
84045--84134	32	2.8	33	93	3	155	11	18	23	46	1.81
84121--84173	20	2.7	19	88	5	79	15	24	24	35	1.94
86044--86079	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
86196--86251	19	2.9	19	91	0	94	48	14	21	16	1.81
86282--86339	20	2.9	20	92	0	89	17	20	22	39	1.92
86488--86536	19	2.6	19	100	0	98	48	16	20	14	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86574--86631	20	2.9	20	89	0	89	18	22	20	37	1.94
86113--86701	292	2.0	292	97	0	1106	33	17	19	29	1.95
87683--87736	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
87911--87935	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
90227--90354	19	7.5	19	63	24	79	42	19	22	14	1.88
90227--90350	33	3.8	33	86	4	187	42	19	22	15	1.88
90227--90357	66	2.0	66	95	0	235	41	19	22	16	1.90
90350--90391	19	2.2	19	91	0	66	16	19	23	40	1.91
90359--90423	19	3.8	19	71	26	72	12	21	21	44	1.85
90365--90423	31	1.9	31	96	0	109	11	22	22	44	1.85
90529--90565	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
91922--91988	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
91922--92044	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
94072--94170	33	3.0	33	86	1	126	39	24	23	13	1.90
94047--94213	20	9.1	19	70	17	102	43	21	22	12	1.86
94209--94272	19	3.4	19	97	0	119	6	14	31	48	1.68
94828--94921	20	4.7	20	81	7	109	22	19	24	34	1.97
94828--94942	61	1.9	61	81	3	142	20	20	23	34	1.96
99108--99132	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
100409--100465	18	3.2	18	89	0	96	40	8	10	40	1.71
100410--100459	9	5.6	9	80	0	64	38	8	12	42	1.71
101979--102013	9	3.9	9	96	0	61	45	20	8	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103141--103168	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
105967--106015	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
112303--112561	127	2.0	130	85	5	357	31	20	15	32	1.94
116471--116517	20	2.3	20	92	0	76	25	10	34	29	1.90
116520--116887	183	2.0	184	96	1	677	33	15	18	32	1.92
117820--117937	32	3.7	32	78	4	130	33	16	21	28	1.94
119080--119128	21	2.3	21	89	0	80	55	0	6	38	1.25
119080--119125	12	3.8	12	79	0	56	54	0	6	39	1.26
119080--119128	15	3.3	15	85	0	53	55	0	6	38	1.25
122305--122351	18	2.8	16	84	9	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8