genome.fa.s7962.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007962.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110391_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1774241

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664556--664594	21	1.9	20	85	15	53	53	30	12	2	1.52
665269--665300	6	5.7	6	92	7	50	15	15	0	68	1.21
666026--666065	20	2.0	20	85	0	53	30	17	20	32	1.95
678175--678255	3	28.0	3	72	16	64	29	3	2	64	1.24
679818--679858	21	1.9	22	90	5	66	26	21	14	36	1.93
684365--685836	737	2.0	737	98	0	2863	32	12	15	38	1.85
689563--689593	12	2.6	12	94	0	53	19	12	35	32	1.90
690263--690464	44	4.6	44	91	0	296	43	11	22	22	1.86
691961--692446	44	11.1	44	88	1	672	43	10	22	23	1.84
693208--693312	37	2.8	37	83	0	138	40	14	13	32	1.84
693835--693859	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
693980--694059	19	4.3	19	76	9	67	26	3	0	70	1.04
694002--694045	8	5.2	8	86	10	52	20	0	0	79	0.73
694003--694059	27	2.1	28	83	3	71	21	1	0	77	0.86
699893--699929	18	2.0	19	89	5	58	21	5	29	43	1.75
700441--701716	106	12.0	106	93	0	2027	33	25	18	22	1.96
702468--702572	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	31	1.85
703000--703046	22	2.0	24	84	8	62	25	4	0	70	1.05
703127--703152	13	2.0	13	100	0	52	23	7	0	69	1.14
703305--703338	15	2.3	15	89	0	50	11	0	0	88	0.52
703299--703356	27	2.1	28	90	3	91	17	1	0	81	0.78
703301--703356	13	3.7	16	73	26	59	17	1	0	80	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706263--706305	11	3.9	11	82	8	52	9	11	0	79	0.95
706263--706299	11	3.3	12	89	10	53	10	8	0	81	0.89
706968--707014	17	2.7	18	87	9	71	0	14	2	82	0.75
713810--714302	44	11.2	44	89	1	675	43	12	21	23	1.86
718846--718892	17	2.8	17	87	6	69	2	10	4	82	0.88
718837--718890	24	2.4	24	81	9	69	1	12	3	81	0.91
726776--726819	16	2.6	18	79	17	58	45	13	0	40	1.44
731727--731753	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
731026--732545	766	2.0	766	97	2	2885	40	14	13	32	1.84
734517--734582	32	2.1	32	94	0	114	45	6	6	42	1.53
735788--736034	68	3.6	68	96	1	424	15	14	17	52	1.75
737370--737641	21	13.4	21	78	7	267	22	21	23	32	1.98
737355--737648	40	7.3	42	75	7	234	22	21	22	32	1.98
737355--737641	120	2.4	122	94	1	497	22	21	23	32	1.98
737590--737654	21	3.2	21	73	6	71	23	24	18	33	1.96
737355--737641	61	4.7	61	95	1	497	22	21	23	32	1.98
737734--737764	6	5.2	6	100	0	62	32	16	0	51	1.44
738110--738149	19	2.2	19	90	4	64	35	25	2	37	1.69
742082--742281	104	1.9	107	79	7	230	28	23	14	34	1.93
745065--745100	17	2.1	17	100	0	72	25	16	11	47	1.79
751122--751151	15	1.9	16	93	6	53	26	10	30	33	1.89
751941--751979	20	1.9	20	84	5	51	33	7	2	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755200--755227	14	2.0	14	100	0	56	14	14	35	35	1.86
760639--760671	9	3.8	9	92	8	59	0	0	9	90	0.44
760639--760671	17	1.9	17	100	0	66	0	0	9	90	0.44
760636--760671	8	4.5	8	90	10	56	0	0	8	91	0.41
769461--769523	29	2.2	29	88	5	92	46	14	3	36	1.61
769537--769587	12	4.4	12	85	9	79	13	23	45	17	1.84
769544--769612	22	3.1	22	87	4	95	13	21	46	18	1.83
770074--770098	12	2.1	12	100	0	50	8	12	40	40	1.72
770369--771041	82	8.4	82	84	5	858	34	15	14	34	1.89
770369--771041	163	4.2	163	83	6	858	34	15	14	34	1.89
770369--771041	245	2.8	243	84	7	899	34	15	14	34	1.89
773252--773491	120	2.0	120	100	0	480	38	18	15	27	1.91
778423--778882	228	2.0	230	99	0	906	31	14	23	29	1.95
786051--786090	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
786986--787017	15	2.1	15	94	0	55	31	0	43	25	1.55
795004--795037	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
798522--798566	21	2.1	21	84	8	56	35	28	22	13	1.92
800241--800549	103	3.1	103	93	3	506	26	13	23	36	1.92
800566--800628	23	2.7	23	90	0	90	20	28	25	25	1.99
807426--807468	2	23.0	2	81	13	56	46	2	0	51	1.13
809106--809152	11	4.5	11	84	10	62	82	2	14	0	0.75
809105--809144	9	4.3	9	84	15	55	85	2	12	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809111--809149	20	2.0	20	94	0	69	87	0	12	0	0.55
819945--819990	23	2.0	23	83	8	58	69	2	21	6	1.22
820434--820514	29	2.8	29	81	7	85	19	17	17	45	1.85
820468--820571	29	3.6	30	78	7	99	20	22	17	40	1.91
821473--821531	31	1.9	31	92	0	100	30	30	13	25	1.94
837721--837759	8	5.0	8	81	6	53	33	0	28	38	1.57
837832--838346	128	4.0	128	96	0	942	21	23	21	33	1.97
838742--838842	34	3.2	33	79	16	122	37	1	4	55	1.33
838773--838843	28	2.5	27	88	8	106	38	0	4	57	1.18
839364--839478	21	5.5	21	85	4	142	23	26	31	19	1.98
841484--841586	50	2.1	50	87	3	145	20	32	31	16	1.95
848812--848945	61	2.3	57	86	8	173	58	17	11	11	1.63
849419--849458	21	1.9	21	89	0	62	52	5	5	37	1.45
855256--855282	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
874798--874866	21	3.3	21	79	0	66	23	15	24	36	1.94
874883--874940	20	2.8	20	78	5	62	29	15	24	31	1.95
874883--874960	41	1.9	41	82	10	97	28	16	23	32	1.96
880423--880472	20	2.6	19	87	9	75	26	2	10	62	1.38
884765--884799	17	2.1	17	100	0	70	34	25	17	22	1.96
886202--886239	17	2.3	17	90	4	60	47	5	2	44	1.39
886485--886561	29	2.6	29	77	2	91	45	11	7	35	1.70
886460--886836	138	2.7	137	87	2	542	41	10	11	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886635--886698	29	2.2	29	91	0	101	45	9	10	34	1.72
886773--886837	29	2.2	29	94	0	112	44	10	9	35	1.71
887429--887496	29	2.3	29	85	7	84	33	5	20	39	1.77
894130--894172	20	2.2	19	88	12	61	20	2	0	76	0.89
898851--899962	84	13.5	84	83	4	1095	35	22	17	25	1.95
898851--899962	168	6.7	166	85	3	1257	35	22	17	25	1.95
898851--899922	164	6.5	164	84	4	1187	35	22	17	24	1.95
901884--901931	16	3.1	17	80	17	59	25	0	0	75	0.81
901889--901931	19	2.2	20	84	12	54	23	0	0	76	0.78
902090--902120	7	4.6	7	92	8	55	38	0	0	61	0.96
902091--902119	13	2.2	13	100	0	58	41	0	0	58	0.98
903860--903997	40	3.2	40	65	29	102	39	15	7	36	1.76
903829--904012	91	2.0	91	98	0	359	40	16	5	36	1.74
906955--907228	82	3.4	82	83	5	315	33	16	14	36	1.88
909371--909411	16	2.6	16	100	0	82	46	12	0	41	1.41
909371--909411	8	5.1	8	78	21	50	46	12	0	41	1.41
909990--910026	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
910290--910340	22	2.3	22	93	0	84	21	45	13	19	1.85
910796--910836	21	2.0	21	90	0	64	14	14	19	51	1.77
911677--911726	24	2.1	24	84	0	64	38	16	20	26	1.92
911689--911735	24	2.0	24	86	0	67	34	12	21	31	1.91
913933--914030	45	2.2	45	92	0	160	36	9	3	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914283--914340	18	3.7	15	79	18	57	70	3	1	24	1.12
914385--914793	201	2.0	201	89	1	615	50	6	18	24	1.71
919452--919500	25	2.0	24	84	4	62	40	22	2	34	1.66
919944--920017	21	3.5	21	90	0	103	14	0	51	33	1.43
919943--920044	24	4.2	24	92	0	150	14	0	50	33	1.50
919944--920044	27	3.7	27	93	0	148	14	0	50	33	1.50
919943--920029	3	29.0	3	90	0	66	13	0	52	33	1.41
919968--920046	15	5.7	14	69	22	60	15	1	49	34	1.52
920829--920869	20	2.0	20	95	0	73	36	31	19	12	1.89
922123--922172	19	2.6	19	100	0	100	26	16	32	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8