genome.fa.s7962.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007962.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110391_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1774241

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122308--122341	18	1.9	18	94	5	61	47	0	0	52	1.00
125757--125824	3	22.3	3	81	3	82	38	1	0	60	1.06
125757--125824	21	3.2	21	89	2	100	38	1	0	60	1.06
139906--140167	83	3.2	83	96	1	463	28	13	20	38	1.90
140952--141719	113	6.8	113	92	1	1222	35	14	19	30	1.91
141666--141755	36	2.5	37	96	1	164	48	8	21	21	1.76
142002--142084	3	27.3	3	85	2	76	42	1	0	56	1.07
144986--145049	33	2.0	31	90	6	101	57	0	3	39	1.14
146481--146526	24	1.9	24	100	0	92	36	0	0	63	0.95
147455--147484	15	2.0	15	93	0	51	56	0	3	40	1.16
147674--147716	9	4.9	9	80	5	52	30	2	13	53	1.53
147946--147974	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
148400--148604	7	29.4	7	70	2	81	42	30	2	24	1.67
148409--148564	69	2.2	70	97	1	296	44	28	2	25	1.67
148492--148604	42	2.7	42	83	5	138	43	28	2	25	1.68
150451--150527	11	6.8	11	76	5	73	35	15	19	29	1.93
150451--150505	12	4.8	12	80	6	69	36	16	18	29	1.92
150451--150529	23	3.5	23	84	1	97	35	15	20	29	1.93
150451--150527	34	2.3	34	84	4	102	35	15	19	29	1.93
151183--151220	18	2.2	17	90	4	58	76	0	0	23	0.79
151196--151222	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
152621--152682	13	4.5	13	76	11	61	72	0	1	25	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152616--152682	10	7.8	9	76	17	63	73	0	1	25	0.92
152616--152682	3	23.3	3	79	14	63	73	0	1	25	0.92
152793--153067	37	7.2	37	83	7	304	45	5	3	45	1.44
152793--153067	76	3.6	74	81	8	313	45	5	3	45	1.44
152793--153067	113	2.4	110	83	7	320	45	5	3	45	1.44
153107--153145	12	3.2	12	85	0	51	41	0	7	51	1.31
153100--153134	2	17.5	2	87	0	52	45	2	2	48	1.32
153675--154619	84	11.4	83	78	4	804	24	19	24	31	1.98
153665--154619	249	3.8	248	82	3	1044	24	19	23	32	1.98
153675--154513	333	2.5	328	80	5	928	24	19	24	31	1.98
155725--155948	95	2.5	87	78	16	253	33	18	18	29	1.95
155773--155972	95	2.1	96	89	3	314	33	17	16	33	1.92
159385--159422	14	2.6	15	95	4	69	78	0	0	21	0.74
160861--160913	10	5.1	10	80	13	54	67	0	3	28	1.07
160862--160913	16	3.2	16	76	10	61	67	0	3	28	1.08
160862--160913	3	16.3	3	80	11	50	67	0	3	28	1.08
160882--160913	13	2.5	13	100	0	64	68	0	0	31	0.90
161023--161124	44	2.4	41	85	8	125	43	2	3	50	1.36
161025--161110	37	2.2	39	84	12	106	45	2	4	47	1.36
161055--161153	44	2.3	44	85	5	130	45	4	1	49	1.27
161045--161288	36	6.7	35	74	14	190	42	4	2	50	1.37
161260--161307	12	3.8	12	76	15	51	47	4	0	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161260--161333	28	2.7	27	81	6	78	50	4	0	45	1.20
161287--161399	38	2.9	38	78	8	120	45	5	0	48	1.31
161394--161429	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
166440--166645	106	1.9	106	85	1	279	36	7	21	34	1.81
166698--166736	20	2.0	20	94	0	69	56	7	7	28	1.55
174878--174982	53	2.0	53	86	0	147	28	20	14	37	1.91
181339--181377	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
181276--181482	64	3.2	63	83	8	206	30	26	16	26	1.97
183565--183604	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
183564--183608	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
188505--188548	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
189556--189594	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
189493--189701	65	3.2	64	82	8	203	30	26	16	26	1.97
189542--189704	65	2.5	65	84	3	213	30	26	15	26	1.96
192273--192304	15	2.1	16	94	5	57	25	15	12	46	1.81
195972--196048	38	2.0	39	92	2	129	32	23	14	29	1.94
196323--196354	13	2.4	14	85	15	50	65	0	3	31	1.08
197586--197622	9	4.1	9	100	0	74	75	0	10	13	1.04
197628--197678	26	2.0	26	88	7	77	62	1	1	33	1.17
197617--197679	25	2.6	22	79	16	72	63	1	1	33	1.13
197666--197836	87	2.0	88	87	3	247	42	8	3	45	1.51
197750--197902	36	4.2	37	77	9	163	43	7	3	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205405--205465	32	1.9	31	86	3	86	44	6	0	49	1.28
214537--214885	176	2.0	176	98	0	680	29	10	17	42	1.84
215604--215646	20	2.2	20	100	0	86	20	34	16	27	1.94
220488--220546	23	2.6	23	86	0	82	44	22	8	25	1.81
227164--227199	18	2.0	18	100	0	72	27	5	33	33	1.80
245647--245681	12	2.9	12	100	0	70	8	8	51	31	1.63
245647--245701	24	2.3	24	83	0	65	12	14	47	25	1.80
245801--245845	13	3.5	13	87	3	65	15	15	46	22	1.83
254184--254214	15	2.1	15	93	0	53	25	6	16	51	1.68
264963--265039	29	2.7	29	95	0	136	18	14	27	40	1.89
275118--275147	12	2.4	13	94	5	53	23	3	6	66	1.30
277049--277083	18	1.9	18	100	0	70	34	14	0	51	1.42
277445--277472	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
278191--278325	30	4.5	30	85	5	166	28	35	20	15	1.93
281825--281871	18	2.6	19	76	10	53	23	8	8	59	1.54
288107--288236	20	6.4	20	83	5	172	28	29	18	23	1.98
288107--288215	41	2.7	41	85	8	143	30	28	17	23	1.97
289557--289623	27	2.5	27	97	2	127	34	13	25	26	1.93
291398--291432	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
291490--292052	140	4.0	140	96	0	1036	28	12	15	43	1.83
292023--292336	20	16.6	20	76	13	281	35	21	18	24	1.96
292023--292267	94	2.6	94	87	1	357	35	22	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292125--292336	54	3.8	54	77	10	205	34	22	18	24	1.96
292326--292403	20	3.9	20	89	0	111	12	17	25	43	1.85
293854--293976	42	2.9	42	78	7	142	24	17	35	21	1.95
293854--293971	21	5.6	21	75	0	101	23	17	35	22	1.95
294452--294495	20	2.2	20	87	0	61	50	18	13	18	1.79
294482--294529	20	2.4	20	92	0	78	37	25	20	16	1.93
295085--295109	12	2.1	12	100	0	50	40	0	32	28	1.57
296657--296688	14	2.3	14	94	0	55	50	15	21	12	1.77
297074--297124	22	2.3	22	89	0	75	21	15	41	21	1.90
297086--297131	22	2.1	22	91	0	74	17	15	45	21	1.85
297291--297362	20	3.6	20	72	7	65	25	19	23	31	1.98
313908--313946	19	2.1	19	90	9	62	15	23	10	51	1.73
316348--316504	43	3.7	43	88	3	253	18	15	24	41	1.89
316322--316537	86	2.5	84	85	4	306	23	16	22	37	1.93
320138--320390	125	2.0	124	85	2	337	33	17	16	32	1.92
320225--320556	41	8.0	42	70	15	181	31	18	19	30	1.96
320380--320517	42	3.3	42	70	18	126	26	21	22	29	1.99
320273--320556	83	3.5	82	83	3	313	31	19	19	29	1.96
330025--330066	18	2.3	18	80	8	50	42	26	2	28	1.67
330995--331020	13	2.0	13	100	0	52	61	7	23	7	1.49
333565--333645	32	2.6	32	82	2	92	34	22	13	29	1.92
335656--335774	60	2.0	60	96	0	220	30	23	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343919--343983	31	2.1	31	85	0	85	38	3	18	40	1.66
346657--346989	165	2.0	164	83	1	416	27	14	22	35	1.93
347936--347985	26	1.9	26	100	0	100	38	8	20	34	1.82
354070--354099	6	5.0	6	95	0	51	46	3	0	50	1.18
354463--354916	225	2.0	228	96	3	855	24	20	20	34	1.96
358060--358104	2	22.5	2	100	0	90	0	51	0	48	1.00
361649--361707	24	2.4	25	80	11	68	45	3	5	45	1.42
364216--364558	131	2.6	134	87	2	494	23	18	32	26	1.97
364560--364792	66	3.6	65	86	4	310	42	14	19	24	1.88
364756--364851	37	2.6	35	74	6	102	40	10	19	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8