genome.fa.s7980.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007980.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110419_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1499237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7027--7081	21	2.6	21	97	0	101	21	29	16	32	1.95
7871--7896	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
11289--11323	14	2.4	15	90	4	54	48	22	14	14	1.79
12995--13042	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
16937--16992	23	2.5	22	76	2	58	30	1	1	66	1.12
22502--22536	13	2.8	12	83	8	52	25	0	2	71	1.00
31651--31687	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
34085--34113	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
34524--34608	32	2.7	32	85	1	109	54	8	16	21	1.68
36885--37269	199	1.9	199	94	1	682	22	21	21	34	1.97
39336--39364	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
40003--40060	20	2.9	19	72	7	53	29	3	3	63	1.27
40974--41079	34	3.1	33	86	2	140	49	18	16	16	1.80
41834--41888	26	2.1	26	86	0	74	43	5	3	47	1.44
44196--44239	21	2.1	21	100	0	88	9	13	20	56	1.64
46971--47766	194	4.1	194	75	11	611	32	21	10	35	1.88
48413--48440	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
48877--48911	17	2.0	18	88	5	54	37	11	8	42	1.72
50595--50639	22	2.0	22	95	0	81	31	31	8	28	1.88
58019--58151	65	2.0	67	95	4	243	51	16	18	13	1.77
60548--60591	19	2.3	19	100	0	88	20	18	20	40	1.91
68346--68385	19	2.1	19	90	0	62	35	5	2	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69470--69511	19	2.2	19	91	0	66	35	0	2	61	1.09
72606--72647	18	2.3	19	83	4	59	26	23	21	28	1.99
72936--72984	19	2.7	18	84	9	55	26	0	24	48	1.51
73285--73319	18	1.9	18	94	0	61	17	22	31	28	1.96
73299--73348	23	2.2	23	85	0	64	26	18	22	34	1.96
75959--76020	24	2.6	24	82	7	65	74	0	22	3	0.96
87048--87121	31	2.4	31	86	4	105	17	44	20	17	1.87
87054--87127	13	5.3	13	72	15	67	17	43	20	18	1.88
89034--89079	20	2.3	20	96	0	83	34	17	10	36	1.85
90762--90798	15	2.5	15	86	0	56	29	24	29	16	1.96
90789--90823	13	2.7	13	90	0	52	20	28	37	14	1.91
90801--90832	13	2.5	13	94	0	55	15	21	43	18	1.87
90810--90846	18	2.1	18	89	0	56	13	21	45	18	1.84
90801--90869	31	2.2	31	82	5	86	18	20	42	18	1.90
100271--100328	20	2.6	22	86	10	75	29	24	22	24	1.99
100403--100427	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
101127--101305	89	2.0	88	98	1	349	29	11	15	43	1.82
103718--103755	20	1.9	20	88	0	58	31	21	23	23	1.98
103831--103885	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
104197--104244	21	2.3	21	96	0	87	45	6	14	33	1.70
105574--105607	16	2.1	17	94	5	61	44	17	0	38	1.49
108003--108056	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109224--109259	13	2.4	16	82	17	51	75	2	5	16	1.12
110409--110483	30	2.5	29	78	6	78	42	5	13	38	1.67
110458--110506	25	2.0	24	84	7	64	36	10	14	38	1.80
112892--113051	61	2.6	62	80	4	162	26	22	20	30	1.98
118968--119864	201	4.5	196	82	7	956	31	14	14	39	1.86
118952--119864	400	2.3	398	82	6	1064	31	14	14	40	1.86
123373--124736	201	6.8	198	84	4	1589	31	15	13	39	1.87
123373--124736	399	3.4	395	85	5	1692	31	15	13	39	1.87
125033--125085	25	2.1	25	92	0	88	50	7	3	37	1.49
127601--128537	200	4.7	200	83	4	1044	32	17	14	36	1.89
128402--128673	135	2.0	135	91	3	440	33	18	13	35	1.89
128206--128872	335	2.0	335	97	0	1253	32	18	14	34	1.91
128537--129292	200	3.8	199	85	4	909	32	17	14	35	1.90
128002--129068	535	2.0	536	87	3	1569	32	17	14	35	1.91
127802--129265	735	2.0	736	84	5	1906	32	17	14	35	1.90
128540--129292	400	1.9	400	84	5	1022	32	16	14	35	1.90
129642--129690	19	2.6	19	93	0	80	53	12	2	32	1.50
131270--131307	17	2.3	17	86	4	51	10	15	5	68	1.36
131371--131495	66	1.9	66	81	0	151	24	40	2	32	1.68
131516--131560	21	2.1	21	88	8	65	15	31	6	46	1.72
133961--134633	182	3.7	182	89	0	970	27	17	13	40	1.88
140033--140070	16	2.3	16	90	4	58	44	2	13	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157040--157064	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
159812--159929	58	2.0	58	82	6	141	33	5	11	50	1.59
166616--166678	6	9.8	6	86	13	90	33	3	14	49	1.59
168658--168693	19	1.9	18	88	5	54	11	8	33	47	1.69
169597--169635	20	2.0	20	89	0	60	35	15	10	38	1.81
169671--169709	20	2.0	20	89	0	60	28	15	30	25	1.96
173392--173462	34	2.1	33	87	7	99	33	15	29	21	1.94
179273--179317	14	3.4	14	76	17	60	66	0	4	28	1.11
179255--179279	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
179263--179330	25	2.7	25	93	4	111	69	0	4	26	1.07
183698--183739	12	3.5	12	93	0	75	23	9	52	14	1.71
183842--184039	75	2.6	75	83	4	231	51	14	6	27	1.67
183959--183987	12	2.5	12	94	5	51	62	10	0	27	1.28
186347--186438	45	2.0	45	100	0	184	53	8	15	22	1.69
186956--187293	112	3.0	112	98	0	649	43	15	14	26	1.85
194907--194997	47	1.9	47	80	8	105	70	2	7	19	1.23
198718--198747	11	2.8	11	95	5	53	66	0	0	33	0.92
198799--198848	4	12.8	4	75	12	50	76	0	2	22	0.89
198798--198848	13	3.9	13	77	12	52	76	0	1	21	0.88
198798--198848	18	2.9	16	82	11	57	76	0	1	21	0.88
198866--198971	50	2.1	53	84	12	141	67	0	8	22	1.23
199079--199124	20	2.2	22	88	7	69	56	15	13	15	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200569--201549	84	11.9	83	73	11	557	24	21	24	30	1.99
200994--201549	164	3.4	164	87	2	774	24	21	25	28	1.99
201343--201549	85	2.5	84	91	0	315	23	22	25	28	1.99
204944--204988	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
206671--206700	11	2.8	11	95	5	53	66	0	0	33	0.92
206752--206801	4	12.8	4	75	12	50	76	0	2	22	0.89
206751--206887	17	8.2	16	69	20	59	72	2	6	18	1.17
206827--206871	18	2.6	17	83	10	56	71	0	11	17	1.14
206860--206890	4	7.8	4	92	0	53	70	3	0	25	1.02
206899--206950	21	2.5	20	75	9	59	73	1	7	17	1.16
207041--207086	20	2.2	22	88	7	69	56	15	13	15	1.68
209078--209106	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
213524--213555	10	3.1	11	86	13	50	21	0	0	78	0.76
213522--213555	14	2.5	14	95	4	61	20	0	0	79	0.73
214875--214914	20	1.9	22	85	10	57	37	27	0	35	1.57
214903--214944	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
217355--217392	17	2.2	18	90	4	60	31	23	15	28	1.96
223569--223629	23	2.7	23	86	0	95	19	27	26	26	1.99
227417--227466	17	3.1	17	68	26	54	20	6	22	52	1.68
233100--233142	7	6.1	7	97	0	77	16	16	0	67	1.24
236696--236751	6	9.7	6	75	12	55	75	1	12	10	1.14
236667--236751	40	2.1	40	87	8	120	72	1	15	10	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236685--236752	28	2.4	28	83	11	84	75	1	13	10	1.12
236681--236745	13	4.9	13	71	15	53	75	1	12	10	1.12
237642--238015	105	3.6	105	92	1	581	38	16	20	24	1.92
241410--241448	14	2.5	17	84	16	57	41	28	0	30	1.57
241422--241471	23	2.2	23	89	7	75	42	28	0	30	1.56
243045--243096	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
245435--245468	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
245478--245507	10	3.1	10	90	9	53	60	20	20	0	1.37
245478--245507	9	3.2	9	95	4	51	60	20	20	0	1.37
246163--246203	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8