genome.fa.s7980.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007980.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110419_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1499237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  5  of  8  ( 886 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816202--816252	15	3.4	15	78	10	68	33	3	35	27	1.75
818009--818061	20	2.7	20	100	0	106	39	28	9	22	1.85
819226--819273	23	2.0	23	84	8	60	54	0	4	41	1.20
820220--820258	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
820843--820904	29	2.1	30	87	6	90	48	6	8	37	1.59
821465--821502	9	4.2	9	93	6	60	21	23	23	31	1.98
821465--821523	21	3.1	19	83	11	68	22	22	23	32	1.98
821468--821523	10	5.8	10	79	8	55	21	21	25	32	1.98
821486--821526	21	2.0	21	95	0	73	21	21	24	31	1.98
821475--821536	10	6.0	11	72	10	51	20	20	27	30	1.98
825266--825295	5	5.8	5	96	4	51	23	60	16	0	1.36
825067--825684	281	2.3	267	87	8	857	39	21	13	26	1.89
826373--826412	17	2.3	18	86	4	55	65	0	0	35	0.93
827680--827724	20	2.3	19	84	7	54	26	22	17	33	1.96
829206--829258	18	2.9	18	85	0	79	20	22	32	24	1.98
836083--836135	18	2.9	18	86	10	81	18	22	32	26	1.97
841617--841680	21	3.1	21	70	4	58	18	17	25	39	1.92
841693--841756	19	3.4	19	100	0	128	20	20	17	42	1.90
841747--841799	22	2.4	22	90	0	88	18	15	28	37	1.91
842436--842460	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
851358--851390	16	2.0	17	88	5	50	57	3	6	33	1.38
851927--851998	35	2.1	35	94	0	126	40	9	19	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852513--852552	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
854449--854505	30	1.9	29	89	3	87	42	17	19	21	1.90
861184--861402	120	1.8	119	83	8	293	31	26	19	21	1.97
861370--861617	106	2.3	106	79	8	259	32	24	20	22	1.98
861681--861876	106	1.8	106	85	4	279	36	26	15	21	1.94
861406--861961	280	2.0	281	88	1	837	34	24	18	22	1.96
862382--862453	35	2.1	35	97	0	135	41	11	20	26	1.86
863012--863055	16	2.9	15	76	6	52	15	6	0	77	0.97
863103--863214	2	57.5	2	94	5	203	48	0	0	51	1.00
863103--863242	12	11.3	13	92	6	172	45	0	0	53	1.10
863109--863264	14	12.6	11	86	11	54	44	1	1	53	1.17
863115--863272	38	4.3	35	84	12	119	43	1	1	53	1.19
863105--863269	42	4.0	42	83	13	154	43	1	1	53	1.19
864886--864925	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
865693--865812	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
865744--865804	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
865695--865839	35	4.1	36	83	11	142	41	19	6	33	1.76
870316--870435	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
870367--870427	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
870318--870462	35	4.1	36	83	11	142	41	19	6	33	1.76
871689--871750	3	20.7	3	100	0	124	67	0	32	0	0.91
872111--872207	37	2.6	37	88	0	149	40	16	13	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872638--872778	64	2.2	63	82	7	162	32	4	4	58	1.39
872737--872774	19	2.0	19	85	10	51	34	2	0	63	1.09
872984--873032	12	4.3	12	77	10	50	30	4	4	61	1.33
876168--876214	16	2.9	16	81	15	53	76	6	17	0	0.98
876162--876223	24	2.7	23	83	9	74	77	6	16	0	0.97
876187--876247	21	2.9	21	73	11	54	72	8	18	1	1.18
876866--876942	22	3.5	22	92	0	127	38	27	12	20	1.89
877689--879040	106	12.9	106	87	4	1875	33	24	18	23	1.96
877689--879041	533	2.6	530	89	4	2039	33	24	18	23	1.96
879771--879875	37	2.8	37	85	0	147	40	15	16	28	1.88
880346--880440	23	4.3	23	67	23	69	34	3	2	60	1.25
880346--880434	19	4.6	19	69	20	60	33	3	2	60	1.25
883519--883563	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
883919--884005	33	2.6	34	85	5	99	28	13	17	40	1.88
883937--884005	33	2.1	33	94	0	120	27	11	17	43	1.83
884848--884895	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
886941--886981	16	2.4	16	88	8	55	41	4	4	48	1.46
886950--886983	16	2.1	17	94	5	61	35	5	5	52	1.50
886995--887054	26	2.3	25	83	11	68	43	3	3	50	1.35
887035--887118	2	43.0	2	82	9	84	47	1	3	47	1.27
887089--887151	18	3.6	18	78	8	58	49	3	1	46	1.27
887128--887172	23	1.9	24	90	4	74	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891802--891869	34	2.0	33	88	2	100	32	0	23	44	1.54
892969--893050	43	1.9	43	94	0	146	35	15	23	25	1.94
915014--915054	21	2.0	21	90	9	66	17	24	4	53	1.63
915009--915084	24	3.3	23	75	20	79	17	19	2	60	1.47
916675--916740	20	3.3	20	89	0	96	28	22	10	37	1.88
917444--917572	41	3.1	41	79	6	129	34	18	17	30	1.94
917594--917740	41	3.6	40	72	10	118	30	21	19	29	1.97
918427--918497	32	2.1	34	80	12	85	38	0	5	56	1.23
927934--927959	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
934383--934452	20	3.3	21	72	16	63	44	4	1	50	1.30
941155--941192	20	1.9	20	89	10	60	42	2	2	52	1.29
941154--941326	90	1.9	89	91	1	283	43	6	10	39	1.64
944998--945064	32	2.1	32	94	0	116	47	7	10	34	1.66
948342--948398	27	2.1	26	81	12	62	68	5	5	21	1.29
948334--948398	34	1.9	34	81	6	78	67	6	6	20	1.34
950385--950458	25	3.2	25	62	25	61	28	22	8	40	1.83
951479--951550	31	2.4	30	88	4	110	36	23	5	34	1.78
952500--952572	30	2.4	30	80	13	87	31	19	9	39	1.84
955680--955733	23	2.3	23	96	0	99	24	22	29	24	1.99
959719--959748	15	2.0	15	93	0	51	53	10	6	30	1.60
963033--963141	21	4.8	23	75	15	86	45	2	6	44	1.43
963034--963133	24	4.4	21	72	17	76	46	3	7	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965528--965610	31	2.7	31	100	0	166	22	26	4	45	1.72
966222--966570	176	2.0	175	97	0	662	47	6	2	43	1.41
966799--966855	29	2.0	29	92	0	96	17	35	28	19	1.94
966873--966897	12	2.1	12	100	0	50	40	8	36	16	1.77
966926--966981	29	1.9	29	96	0	103	12	37	30	19	1.89
966997--967143	10	13.3	10	67	16	60	10	34	30	24	1.90
967070--967123	20	2.7	20	88	0	90	11	27	35	25	1.90
967110--967137	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
967180--967237	29	2.0	29	82	0	71	24	22	34	18	1.96
970058--970135	6	14.0	6	69	15	60	15	2	47	34	1.59
970068--970117	15	3.5	15	73	15	61	14	4	44	38	1.63
970058--970124	27	2.5	27	100	0	134	14	2	46	35	1.61
970068--970129	15	4.3	15	74	12	58	14	3	46	35	1.61
970062--970129	21	3.2	21	78	0	73	14	2	47	35	1.60
972317--972425	21	4.8	23	75	15	86	45	2	6	44	1.43
972318--972417	24	4.4	21	72	17	76	46	3	7	44	1.46
972342--972451	21	4.7	25	71	18	60	41	1	7	49	1.41
974803--974885	31	2.7	31	100	0	166	22	26	4	45	1.72
975911--975967	29	2.0	29	92	0	96	17	35	28	19	1.94
975985--976009	12	2.1	12	100	0	50	40	8	36	16	1.77
976038--976122	29	2.9	29	98	0	161	11	37	30	20	1.88
976126--976195	33	2.1	33	89	5	106	8	40	24	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976138--976210	33	2.2	33	85	0	92	10	36	26	26	1.89
976211--976264	20	2.7	20	85	0	81	12	27	33	25	1.93
976251--976278	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
976211--976264	10	5.4	10	76	8	56	12	27	33	25	1.93
976321--976378	29	2.0	29	86	0	80	24	25	34	15	1.95
979198--979281	6	15.0	6	71	14	72	15	2	47	34	1.58
979202--979245	21	2.1	21	91	0	70	13	2	47	36	1.56
979198--979281	33	2.5	33	96	0	150	15	2	47	34	1.58
979208--979275	15	4.3	15	76	10	64	14	2	47	35	1.60
979230--979283	21	2.6	21	75	0	54	16	1	48	33	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8