genome.fa.s7987.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007987.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110432_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  872063

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473--1582	31	3.4	32	85	9	170	43	22	23	10	1.83
1478--1587	14	6.8	18	68	28	70	41	23	24	10	1.85
1599--1653	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
1583--1653	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
1594--1675	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
1606--1694	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
1773--1842	32	2.2	33	89	2	106	47	18	22	11	1.81
2020--2073	22	2.5	21	78	3	63	20	16	38	24	1.92
2219--2411	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2219--2411	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2467--2518	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
14302--14426	62	2.0	61	80	7	137	26	27	28	17	1.98
17259--17292	13	2.6	13	90	0	50	20	20	41	17	1.91
17272--17301	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
17278--17323	18	2.6	18	92	0	74	13	21	47	17	1.81
46921--46990	34	2.1	34	94	2	124	24	5	28	41	1.77
58484--58524	20	2.2	19	91	8	66	29	26	17	26	1.97
66878--66959	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
71645--71726	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
75605--75719	60	1.9	60	84	7	153	34	16	5	43	1.70
76602--76714	60	1.9	60	89	7	176	34	18	14	32	1.91
76589--76726	60	2.3	60	82	7	174	34	18	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78726--78752	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
78475--79012	269	2.0	266	96	1	988	36	13	13	36	1.85
79103--79135	14	2.3	15	94	5	59	39	9	21	30	1.84
82920--82959	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
82954--83050	33	3.0	32	91	4	151	32	7	14	45	1.72
83036--83090	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
83629--83660	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
86051--86094	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
92415--92447	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
98415--98611	54	3.6	55	92	3	328	25	23	19	31	1.98
98415--98611	107	1.8	110	93	3	346	25	23	19	31	1.98
98650--99031	51	7.7	51	94	4	676	25	27	16	30	1.96
98650--99031	101	3.8	102	93	5	676	25	27	16	30	1.96
100346--100468	27	4.6	26	69	21	85	4	21	0	72	1.09
100352--100416	18	3.6	18	76	15	55	3	24	0	72	0.99
100392--100438	13	3.6	13	77	11	51	4	19	2	74	1.09
100412--100475	18	3.4	19	82	12	62	6	18	1	73	1.12
100374--100462	46	1.9	47	84	6	119	4	22	1	71	1.10
100428--100478	17	2.8	18	91	5	77	5	19	0	74	1.02
101516--102338	51	15.6	51	90	5	848	27	25	16	30	1.97
101900--102349	149	3.0	149	97	1	837	25	27	16	31	1.96
103663--103785	27	4.6	26	69	21	85	4	21	0	72	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103669--103733	18	3.6	18	76	15	55	3	24	0	72	0.99
103709--103755	13	3.6	13	77	11	51	4	19	2	74	1.09
103729--103792	18	3.4	19	82	12	62	6	18	1	73	1.12
103691--103779	46	1.9	47	84	6	119	4	22	1	71	1.10
103745--103795	17	2.8	18	91	5	77	5	19	0	74	1.02
113443--113539	44	2.1	47	88	7	146	40	20	11	27	1.87
117433--117512	42	1.9	41	85	7	108	42	23	10	23	1.84
120044--120100	18	3.1	18	84	2	78	29	29	22	17	1.97
120036--120106	18	3.9	18	76	7	72	26	30	21	21	1.98
120997--121034	20	1.9	20	88	0	58	23	23	21	31	1.98
122482--122541	23	2.7	22	81	2	75	20	21	23	35	1.96
122482--122532	23	2.3	23	89	3	77	23	19	21	35	1.96
123326--123356	12	2.6	12	100	0	62	16	22	6	54	1.64
126891--127101	116	1.8	116	87	2	316	47	4	10	36	1.58
129369--129431	33	2.0	30	84	9	81	39	14	0	46	1.45
132069--132117	26	1.9	25	88	12	73	42	4	4	48	1.40
142213--142269	23	2.3	24	82	11	62	59	1	1	36	1.18
148916--148955	21	2.0	19	85	9	53	50	5	0	45	1.23
149972--150194	112	2.0	110	95	3	403	22	23	17	35	1.95
159480--160466	410	2.4	408	85	3	1270	27	25	16	31	1.96
165055--165140	3	29.0	3	97	2	165	66	0	0	33	0.92
165765--165799	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168521--168560	21	1.9	21	100	0	80	25	27	22	25	2.00
169232--169355	31	4.0	31	75	5	124	31	19	20	29	1.97
169230--169353	62	2.0	62	85	4	169	30	20	20	29	1.97
169853--170169	158	2.0	158	98	0	616	33	17	9	40	1.81
171969--172219	125	2.0	125	98	0	484	36	18	7	37	1.79
172822--172878	12	4.9	12	80	8	73	47	22	12	17	1.81
173665--173748	32	2.7	32	83	7	102	32	21	19	27	1.97
175025--175075	26	1.9	27	84	4	68	35	21	3	39	1.72
182780--182810	15	2.1	15	100	0	62	25	19	29	25	1.99
201369--201519	45	3.3	45	90	3	221	31	9	18	39	1.84
221712--221764	11	4.7	11	90	4	79	79	0	16	3	0.88
221708--221902	23	8.6	22	75	15	95	73	0	18	7	1.08
221738--221794	20	2.9	19	73	17	53	73	1	19	5	1.11
221787--221902	24	4.9	24	87	6	139	74	0	17	8	1.06
221815--221887	7	9.7	7	80	14	83	75	0	15	9	1.04
221787--221902	47	2.4	49	84	9	152	74	0	17	8	1.06
223218--223580	51	6.9	51	93	2	485	28	15	28	27	1.96
223213--223717	55	9.5	55	90	3	532	27	15	26	30	1.96
228139--228303	18	9.5	17	73	17	101	76	0	15	6	1.02
228128--228303	26	6.6	27	69	18	109	76	0	16	6	1.03
228134--228207	27	2.8	28	85	6	91	77	1	14	6	1.05
228255--228303	13	3.6	13	82	17	64	83	0	10	6	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228137--228287	81	1.9	79	80	6	178	76	0	15	7	1.04
229569--229640	37	2.0	36	94	2	126	36	20	22	20	1.96
229642--229957	51	5.9	52	82	8	286	30	15	22	31	1.95
229651--229955	111	2.9	104	79	13	336	30	15	22	30	1.95
230500--230560	31	2.0	31	86	0	86	37	19	18	24	1.94
232614--232647	18	1.9	17	88	5	50	47	5	20	26	1.73
233954--234089	70	1.9	70	96	0	254	25	8	13	52	1.67
237342--237374	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
240423--240491	24	2.8	24	88	2	84	42	13	15	28	1.85
240438--240493	24	2.3	24	93	0	103	39	16	16	28	1.89
246369--246540	62	2.7	64	82	4	215	29	20	28	20	1.98
252199--252241	20	2.2	20	100	0	86	25	16	4	53	1.62
260962--261020	22	2.6	22	86	2	82	54	23	0	22	1.45
260966--261036	22	3.1	22	82	11	72	50	23	1	23	1.57
268283--268347	10	6.5	10	79	13	62	76	7	3	12	1.10
268293--268355	31	2.0	31	93	0	108	76	7	3	12	1.13
268283--268326	19	2.3	19	92	0	70	77	6	2	13	1.07
268588--268617	15	2.0	15	100	0	60	26	0	33	40	1.57
269665--269772	9	12.2	8	69	20	56	75	3	5	14	1.12
269689--269747	28	2.1	28	83	0	73	77	1	8	11	1.05
270207--270259	27	2.0	27	85	7	72	33	3	0	62	1.13
283412--283536	46	2.7	46	92	2	198	34	15	10	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294431--294460	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
304472--304508	19	1.9	19	100	0	74	32	27	16	24	1.96
304534--304606	20	3.6	20	75	10	76	31	26	19	23	1.98
304553--304627	21	3.6	21	73	10	82	38	24	17	20	1.93
304534--304628	41	2.3	41	92	0	163	34	24	17	23	1.96
305260--305302	20	2.2	20	91	0	68	11	13	20	53	1.71
309028--309053	12	2.2	12	100	0	52	23	0	53	23	1.46
318078--318113	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
317977--318216	121	2.0	121	98	0	462	25	15	24	35	1.94
318096--318311	103	2.1	103	99	0	423	25	14	23	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5