genome.fa.s7987.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007987.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110432_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  872063

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 573 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701697--701740	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
701933--702019	20	4.3	20	89	0	129	25	17	28	28	1.97
702014--702063	20	2.4	21	83	6	66	20	20	16	44	1.87
702050--702102	21	2.5	22	78	6	65	32	18	26	22	1.97
702836--702889	6	9.0	6	100	0	108	16	50	0	33	1.46
703285--703309	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
708348--708398	16	3.1	18	81	10	56	39	0	0	60	0.97
710134--710186	21	2.5	22	76	8	58	41	0	1	56	1.10
711766--711800	18	1.9	18	88	0	52	37	2	2	57	1.29
728555--728598	22	2.1	20	83	8	52	61	0	2	36	1.09
730551--730610	21	2.9	21	89	0	93	30	18	26	25	1.98
732089--732159	31	2.3	31	90	2	117	30	25	5	38	1.79
732201--732262	25	2.4	25	81	7	72	41	8	12	37	1.73
733261--733578	20	15.6	20	77	7	174	39	19	22	18	1.93
733386--733576	40	4.7	40	83	3	229	36	17	24	20	1.94
733365--733576	83	2.6	82	84	3	266	36	17	24	20	1.94
733565--733608	20	2.2	20	91	0	70	54	15	18	11	1.70
733686--733723	6	6.5	6	96	3	69	31	52	15	0	1.43
734419--734455	6	6.5	6	96	3	60	0	16	54	29	1.43
734533--734576	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
734563--734901	20	16.6	20	80	6	157	18	23	20	37	1.94
734565--734755	40	4.7	40	84	3	238	20	25	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734565--734776	83	2.6	82	85	3	275	20	25	17	36	1.94
734766--734818	21	2.5	21	100	0	106	16	24	33	24	1.96
734851--734901	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
735582--735626	24	1.9	23	90	4	72	22	15	15	46	1.83
736249--736288	8	5.1	8	93	6	73	50	0	0	50	1.00
737501--737533	17	1.9	17	100	0	66	12	6	48	33	1.65
738046--738102	29	1.9	30	82	3	71	38	3	1	56	1.27
738983--739039	29	1.9	30	85	3	80	36	3	3	56	1.34
739921--739976	29	1.9	29	85	7	78	37	3	3	55	1.35
740857--740913	29	1.9	30	85	3	80	36	3	3	56	1.34
741793--741850	28	2.1	28	87	6	82	37	3	3	55	1.34
742725--742781	29	1.9	30	85	3	80	36	3	3	56	1.34
737383--745813	939	9.0	939	98	0	16248	32	10	19	38	1.86
743664--743720	29	1.9	30	85	3	80	36	3	3	56	1.34
744603--744659	29	1.9	30	85	3	80	36	3	3	56	1.34
745542--745598	29	1.9	30	85	3	80	36	3	3	56	1.34
750286--750315	15	1.9	16	93	6	53	33	16	10	40	1.82
764232--764283	19	2.9	17	80	11	50	69	5	0	25	1.10
765679--765828	40	3.5	40	70	19	138	24	19	14	42	1.87
765578--766002	92	4.7	92	92	1	615	25	21	14	38	1.91
765574--766002	183	2.4	184	87	2	616	25	21	14	38	1.91
775200--775229	15	2.1	15	93	6	53	20	23	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778133--778196	19	3.5	17	78	14	56	70	4	1	23	1.15
781269--781366	21	4.7	21	75	15	87	38	21	18	21	1.93
781333--781526	20	9.7	20	85	2	219	35	25	20	18	1.95
781907--781977	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
782050--782166	41	3.1	38	79	14	136	45	17	25	11	1.82
782057--782132	21	3.7	21	85	3	109	44	18	25	11	1.83
782117--782173	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
782109--782189	33	2.5	33	93	0	135	45	23	22	8	1.79
782185--782282	19	5.7	19	68	22	72	10	24	23	41	1.85
782207--782296	14	5.7	14	74	23	81	8	25	24	41	1.84
782190--782304	33	3.5	33	95	0	203	9	24	21	44	1.82
784001--784472	93	5.1	93	98	0	912	22	12	19	45	1.83
784516--784643	19	7.3	19	73	17	116	45	28	17	8	1.78
784552--784643	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
784639--784772	19	7.6	19	76	15	119	11	19	23	45	1.82
784661--784716	14	3.7	14	80	17	67	10	21	23	44	1.83
784644--784735	32	2.8	33	91	3	159	10	20	21	46	1.81
786837--786955	19	6.5	19	87	10	185	45	16	22	15	1.85
786837--786955	33	3.2	36	84	12	163	45	16	22	15	1.85
786855--786972	53	2.2	53	95	1	211	44	16	24	14	1.86
786962--787110	19	8.6	19	73	21	139	15	22	18	43	1.87
786962--787078	52	2.2	52	95	0	207	16	21	17	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787019--787110	33	2.8	33	98	1	175	13	23	18	44	1.85
787038--787092	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
787169--787266	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
787169--787285	53	2.2	53	96	1	218	44	17	23	14	1.86
789599--789623	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
789798--789844	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
790512--790721	20	10.5	20	83	4	217	19	18	25	37	1.94
790708--790790	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
790688--790786	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
792138--792213	40	1.9	40	97	0	143	23	10	26	39	1.87
811069--811111	14	3.1	14	81	15	54	44	2	0	53	1.13
815467--815612	57	2.5	59	79	8	165	32	19	6	42	1.76
815739--815854	59	2.0	59	84	5	155	38	6	22	31	1.81
826154--826207	8	6.8	8	93	0	63	50	0	12	37	1.41
826154--826207	12	4.5	12	90	0	63	50	0	12	37	1.41
826173--826203	4	7.8	4	100	0	62	51	0	22	25	1.48
842085--842109	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
844055--844120	32	2.0	34	91	5	109	42	10	19	27	1.84
844294--844358	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
845580--845607	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
862416--862487	31	2.4	30	76	4	74	29	30	9	30	1.89
863233--863344	35	3.2	35	87	0	134	35	0	22	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866216--866292	31	2.5	31	75	6	77	44	5	3	46	1.44
867259--867308	20	2.5	20	81	12	75	52	10	16	22	1.73
867422--867468	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
869747--869809	33	1.9	33	86	0	90	28	1	46	23	1.62
871587--871649	19	3.4	19	95	2	110	31	3	9	55	1.48

Tables:   1   2   3   4   5

The End!