genome.fa.s7993.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007993.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110443_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2245901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678--2737	24	2.5	24	78	10	68	18	13	18	50	1.78
2678--2737	12	5.0	12	74	8	50	18	13	18	50	1.78
4783--4827	18	2.5	18	88	0	63	20	48	17	13	1.80
6647--6696	18	2.8	18	93	0	82	20	48	18	14	1.82
6662--6708	18	2.6	18	89	0	58	27	48	12	10	1.74
9213--9267	24	2.3	24	80	0	65	18	12	16	52	1.74
14066--14117	23	2.3	23	100	0	104	40	13	28	17	1.87
16394--16507	46	2.5	45	77	16	110	29	21	20	28	1.98
17723--18024	117	2.6	117	87	2	430	31	33	16	18	1.93
18945--19065	29	4.1	28	80	6	116	42	21	4	31	1.74
19080--19118	18	2.2	18	90	4	62	10	20	48	20	1.78
24118--24424	117	2.6	117	88	2	431	32	33	15	18	1.93
25370--25496	29	4.4	29	86	5	170	40	21	6	32	1.78
25369--25496	57	2.2	57	87	5	186	39	21	6	32	1.78
25511--25549	18	2.2	18	95	4	71	10	23	48	17	1.78
25518--25590	23	3.2	23	94	0	128	8	20	49	21	1.75
25518--25574	5	10.2	5	75	20	51	7	19	52	21	1.69
26205--26268	22	2.9	22	97	0	119	37	14	15	32	1.87
27667--27913	75	3.3	75	81	3	275	29	21	15	33	1.94
33378--33407	14	2.1	14	93	0	51	60	6	13	20	1.55
33621--33706	43	2.0	43	93	0	145	37	24	9	29	1.86
35051--35083	17	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35080--35105	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
35661--35931	148	1.8	150	89	5	433	47	8	5	38	1.57
37521--37567	24	2.0	24	87	8	69	55	10	4	29	1.53
37526--37575	24	2.1	24	85	7	66	54	16	6	24	1.64
38009--38099	44	2.1	44	85	0	119	35	18	12	34	1.88
40591--40652	19	3.3	19	73	8	72	40	20	19	19	1.92
40644--40684	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
40642--40762	33	3.4	34	73	17	129	36	23	19	20	1.95
42328--42409	3	27.3	3	100	0	164	32	0	0	67	0.91
53367--53438	26	2.7	27	76	8	67	36	4	8	51	1.51
60900--60954	28	2.0	28	92	7	94	40	3	0	56	1.17
61103--61174	28	2.5	28	82	8	74	55	1	4	38	1.28
66400--66438	17	2.3	17	90	0	60	0	15	5	79	0.90
66941--66984	23	1.9	23	86	9	63	65	2	9	22	1.32
67147--68278	274	4.3	261	86	3	1264	33	17	16	31	1.93
67629--67730	42	2.5	41	79	3	132	33	22	21	22	1.97
67904--67990	42	2.1	41	84	2	111	33	19	19	27	1.96
68171--68277	42	2.6	42	82	7	121	32	23	19	24	1.97
68913--68960	19	2.5	20	86	3	62	33	12	6	47	1.66
70205--70244	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
71286--71324	17	2.1	20	86	13	57	41	0	15	43	1.46
76951--77032	43	1.9	43	90	5	130	29	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77535--77572	12	3.0	13	84	7	60	36	13	2	47	1.56
79704--79855	65	2.4	64	84	4	191	28	21	19	30	1.97
86527--86568	15	2.6	16	82	17	52	61	0	4	33	1.17
87695--87747	26	2.0	26	82	13	65	5	15	3	75	1.13
88247--88290	23	1.9	23	86	9	63	65	2	9	22	1.32
88363--88392	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88753--88883	2	66.5	2	69	18	71	43	2	6	47	1.42
88742--88795	12	4.7	12	84	6	67	38	0	11	50	1.38
90726--90871	21	7.0	21	75	12	138	21	19	25	34	1.96
90726--90872	42	3.5	41	88	5	190	21	19	25	34	1.96
90961--90985	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
91586--91798	21	10.4	21	69	21	141	38	22	18	21	1.94
91579--91697	42	2.9	42	96	2	215	35	21	21	22	1.96
91628--91756	59	2.1	61	94	2	226	38	21	18	20	1.93
91689--91817	40	3.2	40	91	2	213	37	24	16	20	1.93
91579--91823	21	11.9	20	72	12	133	36	22	18	22	1.95
95638--95711	30	2.5	30	82	4	96	25	9	39	25	1.86
99801--99906	26	4.1	26	85	0	140	34	27	12	25	1.92
99801--99903	52	2.0	52	90	0	161	33	28	12	25	1.92
100111--100142	16	2.0	16	93	0	55	40	12	6	40	1.68
101593--103391	4	452.8	4	94	2	3159	48	25	1	25	1.60
103389--104091	10	70.3	10	90	0	974	43	49	6	0	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103389--104091	16	43.9	16	89	0	974	43	49	6	0	1.30
103392--104091	26	26.8	26	88	3	949	43	49	6	0	1.30
104655--104812	76	2.1	76	96	0	289	43	19	15	22	1.88
105452--105511	31	1.9	31	83	6	77	33	23	3	40	1.71
107262--107301	18	2.2	18	100	0	80	30	27	15	27	1.96
111775--111920	76	1.9	76	92	0	247	43	19	12	23	1.85
114027--114080	22	2.6	21	82	8	56	33	16	24	25	1.96
114403--114709	54	5.7	54	83	4	323	36	18	16	28	1.93
114403--114709	162	1.9	162	80	2	366	36	18	16	28	1.93
120324--120559	54	4.4	54	84	2	321	36	20	16	25	1.94
120326--120626	162	1.9	162	82	0	377	35	19	16	28	1.94
121972--122097	47	2.8	46	84	5	150	27	21	7	42	1.80
122202--122363	40	4.1	40	97	0	306	32	25	17	23	1.97
126409--126461	24	2.3	23	83	6	70	56	16	15	11	1.67
126451--126485	18	1.9	18	88	11	54	80	0	17	2	0.84
130265--130303	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
130480--130538	20	2.8	21	84	10	75	23	22	32	22	1.98
136907--136948	22	1.9	22	90	0	66	19	19	40	21	1.92
139982--140043	26	2.4	26	94	0	106	30	37	12	19	1.89
145341--145670	186	1.8	179	86	4	480	33	20	14	30	1.93
151012--151049	19	2.0	19	89	0	58	28	0	2	68	1.03
152432--152474	15	2.7	15	78	7	50	32	18	16	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152897--152955	21	2.8	21	86	0	73	20	13	22	44	1.86
154143--154485	45	7.8	45	69	9	195	29	35	6	28	1.82
154243--154478	89	2.6	89	80	9	259	29	36	6	27	1.81
154318--154505	45	4.2	44	73	8	121	29	37	7	25	1.83
155261--155378	64	1.9	61	85	5	164	50	22	10	17	1.76
155535--155577	21	2.0	21	86	8	61	58	11	11	18	1.63
156934--156969	19	1.9	19	88	5	56	38	8	8	44	1.65
160829--161127	56	5.5	56	91	4	479	33	18	13	35	1.89
163569--164173	303	2.0	303	98	0	1174	30	24	9	35	1.88
164645--164692	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
164645--164699	25	2.2	25	86	0	74	34	25	12	27	1.92
168033--168234	56	3.6	56	89	0	314	35	18	10	35	1.85
176463--176620	53	2.9	54	88	1	246	32	13	16	37	1.87
176463--176665	107	1.9	107	83	2	266	31	15	15	36	1.90
182997--183279	54	5.2	54	93	0	485	32	14	15	36	1.89
182997--183328	108	3.1	108	89	0	475	32	16	15	35	1.90
184263--184334	31	2.3	32	90	2	110	51	16	2	29	1.59
184263--184313	15	3.3	15	69	15	50	52	15	1	29	1.54
184602--184645	14	2.9	15	80	13	54	70	4	2	22	1.17
192847--192903	21	2.7	21	86	0	78	26	26	19	28	1.99
192994--193044	20	2.5	21	84	9	70	41	13	11	33	1.81
195605--195660	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200593--200617	12	2.1	12	100	0	50	0	8	8	84	0.79
206578--206609	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
208708--208762	5	10.8	5	81	14	60	0	21	0	78	0.76
208701--208763	26	2.4	26	80	19	78	0	23	0	76	0.79
208701--208760	8	7.4	8	82	16	70	0	25	0	75	0.81
210183--210214	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
215797--215835	19	2.1	19	100	0	78	38	10	30	20	1.86
217031--217060	16	1.9	16	93	6	53	26	26	13	33	1.93
217264--217297	17	2.1	17	88	5	52	38	14	14	32	1.87
231812--231977	89	1.9	90	88	3	255	43	7	13	36	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12