genome.fa.s7993.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007993.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110443_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2245901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  12  of  12  ( 1410 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096086--2096621	151	3.5	151	93	2	907	21	20	22	35	1.96
2096779--2096844	3	21.3	3	78	9	62	43	0	0	56	0.99
2096779--2096844	19	3.3	21	78	18	70	43	0	0	56	0.99
2096779--2096844	14	4.5	14	80	16	71	43	0	0	56	0.99
2099545--2099583	20	2.0	20	85	10	53	28	2	0	69	1.02
2102227--2102271	22	2.0	22	83	8	56	48	6	2	42	1.41
2103732--2103776	21	2.1	21	87	0	63	44	6	15	33	1.73
2104769--2104857	45	2.0	46	88	2	135	28	16	26	28	1.97
2104877--2104914	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2112930--2113018	45	2.0	46	88	2	135	29	17	25	26	1.98
2113038--2113075	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2114440--2114549	29	3.7	29	70	15	73	37	13	1	47	1.54
2114431--2114605	60	2.9	59	81	5	181	32	18	4	45	1.70
2114455--2114551	29	3.3	28	71	21	81	36	15	2	46	1.58
2116524--2116585	25	2.5	24	82	10	72	64	11	4	19	1.43
2118186--2118433	91	2.7	90	88	4	367	24	18	14	42	1.88
2118682--2118832	74	2.0	76	84	5	200	38	15	19	27	1.91
2118768--2118898	66	2.0	67	83	4	167	38	15	18	28	1.91
2118912--2119143	39	5.9	39	95	0	401	34	15	20	28	1.94
2119059--2119123	22	3.2	22	62	20	59	32	15	20	32	1.93
2120246--2120321	40	1.9	39	86	2	107	25	13	17	44	1.84
2127385--2127441	3	19.0	3	78	7	62	61	3	3	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127369--2127449	24	3.4	24	67	16	60	61	2	3	32	1.26
2127385--2127454	21	3.4	21	78	7	65	61	2	2	32	1.25
2130402--2130481	41	2.0	41	82	0	97	38	16	13	31	1.87
2131151--2131198	22	2.1	23	88	11	73	41	6	16	35	1.74
2142196--2142456	139	1.9	139	98	0	504	27	11	26	34	1.91
2144984--2145144	42	3.7	42	76	11	164	32	24	17	26	1.97
2144981--2145141	45	3.7	43	81	6	173	32	23	17	26	1.96
2144985--2145160	43	4.1	43	82	5	194	32	23	18	26	1.97
2147767--2147849	33	2.5	33	94	1	150	12	10	38	38	1.78
2147563--2148115	254	2.2	247	89	6	837	22	11	28	37	1.90
2148021--2148112	38	2.4	38	89	5	132	10	9	38	41	1.73
2147565--2148110	249	2.2	248	88	7	859	22	11	28	37	1.90
2148604--2148677	38	1.9	38	97	0	139	35	22	16	25	1.95
2148665--2148710	18	2.7	18	90	6	69	28	32	4	34	1.77
2149008--2149166	59	2.7	59	72	15	146	40	5	19	34	1.75
2149934--2150031	31	3.2	30	70	11	83	37	16	15	30	1.89
2149919--2150031	60	1.9	60	92	0	190	37	15	14	33	1.87
2151335--2151381	18	2.5	20	76	20	55	63	0	0	36	0.94
2151369--2151415	19	2.6	18	83	6	51	53	2	2	42	1.25
2151392--2151472	26	3.2	25	74	15	85	56	2	0	40	1.12
2151397--2151503	52	2.1	52	96	0	196	54	2	0	42	1.15
2151403--2151504	24	4.0	25	81	12	127	54	1	0	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151493--2151543	12	4.4	11	76	18	50	64	1	0	33	1.05
2155336--2155393	25	2.3	25	82	5	64	55	1	3	39	1.27
2157872--2157896	9	2.8	9	100	0	50	44	0	36	20	1.52
2160478--2160536	26	2.3	26	96	0	109	23	20	16	38	1.92
2163400--2163429	12	2.5	12	94	0	51	3	20	10	66	1.35
2164841--2164892	21	2.5	21	90	0	77	23	11	30	34	1.90
2165862--2165956	47	2.1	45	96	4	172	33	9	12	44	1.75
2170020--2170087	31	2.2	30	84	7	84	29	5	5	58	1.45
2170617--2170736	24	5.0	24	82	3	134	20	0	30	49	1.49
2170794--2170939	28	5.5	27	80	9	128	54	10	8	26	1.62
2170794--2170906	26	4.3	26	81	9	108	53	8	9	27	1.63
2173418--2173540	45	2.7	45	83	9	153	30	21	17	30	1.96
2173516--2173594	19	4.3	19	90	3	99	22	29	20	27	1.98
2173526--2173594	19	3.6	19	94	0	120	21	28	21	27	1.99
2179354--2179431	24	3.5	22	74	12	79	25	25	21	26	2.00
2179335--2179454	43	2.8	44	80	8	122	29	25	20	25	1.99
2181665--2181699	18	1.9	18	88	0	52	31	8	5	54	1.54
2181996--2182033	20	1.9	20	88	0	58	34	31	15	18	1.92
2182012--2182162	64	2.4	63	81	13	184	31	21	18	28	1.97
2182044--2182220	65	2.8	63	81	14	204	28	23	18	29	1.97
2182177--2182220	19	2.5	17	85	7	52	22	31	20	25	1.98
2183926--2183976	18	2.8	18	93	0	84	33	31	19	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184868--2184945	21	3.7	21	80	10	95	26	25	16	30	1.97
2191406--2191455	24	2.1	24	100	0	100	40	8	12	40	1.72
2196604--2196651	20	2.4	20	92	0	78	31	8	18	41	1.80
2199366--2199400	18	1.9	18	94	0	61	51	0	14	34	1.42
2199902--2199942	20	2.0	21	85	4	57	39	17	19	24	1.92
2201010--2201278	89	3.0	87	82	5	299	20	19	25	34	1.96
2204812--2205358	273	2.0	273	97	0	1040	38	14	18	29	1.90
2206913--2207054	74	1.9	74	88	0	212	23	24	28	23	1.99
2207679--2207722	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
2207674--2207724	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
2209661--2209700	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2209683--2209743	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
2213543--2213582	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2215506--2215710	75	2.7	77	84	6	267	20	24	32	22	1.98
2216187--2216408	90	2.5	90	85	2	313	21	20	23	34	1.97
2221418--2221961	271	2.0	272	95	1	973	38	12	8	39	1.74
2223067--2223114	10	4.7	10	78	2	51	68	0	0	31	0.90
2223057--2223115	19	2.8	20	87	10	75	66	0	0	33	0.92
2223167--2223219	20	2.6	21	78	3	63	45	0	7	47	1.31
2228523--2228557	15	2.4	14	90	4	52	40	0	0	60	0.97
2232754--2232791	18	2.1	18	100	0	76	18	39	21	21	1.93
2232757--2232799	18	2.4	18	92	0	68	13	39	20	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242641--2242683	20	2.1	21	95	4	79	32	13	9	44	1.76
2244318--2244361	19	2.3	20	81	14	58	70	0	13	15	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12

The End!