genome.fa.s7993.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007993.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110443_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2245901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  11  of  12  ( 1410 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1923895--1924595	55	12.8	55	86	6	783	27	25	15	30	1.96
1924079--1924595	110	4.7	110	93	0	867	29	25	14	30	1.95
1924079--1924595	165	3.1	165	94	0	876	29	25	14	30	1.95
1925640--1925731	23	4.1	23	73	22	63	8	17	0	73	1.07
1925655--1925723	8	8.6	8	84	12	65	8	15	0	75	1.04
1925667--1925740	8	9.2	8	79	5	51	5	17	0	77	0.96
1925664--1925740	23	3.3	23	70	10	59	5	18	0	76	0.96
1925644--1925723	8	10.6	7	78	12	54	8	15	0	76	1.02
1930165--1930360	96	2.0	96	92	0	320	19	22	19	37	1.94
1933226--1933314	3	30.3	3	76	8	85	57	1	3	38	1.23
1933252--1933307	23	2.4	23	87	3	85	57	1	5	35	1.32
1945541--1945577	18	2.1	18	100	0	74	37	16	24	21	1.93
1945546--1945586	18	2.3	18	86	0	55	34	24	19	21	1.97
1945795--1945831	17	2.2	17	90	0	56	16	0	5	78	0.93
1948772--1949104	8	42.1	8	78	6	250	2	57	0	39	1.15
1948772--1949104	10	33.7	10	78	7	250	2	57	0	39	1.15
1948772--1949104	12	28.1	12	78	7	250	2	57	0	39	1.15
1949181--1949635	2	238.5	2	72	10	247	0	62	0	36	1.04
1949185--1949635	113	4.1	109	80	11	455	0	62	0	36	1.04
1949218--1949603	106	3.7	102	79	16	359	0	63	0	35	1.04
1955690--1955728	14	2.8	14	88	0	60	23	30	20	25	1.98
1955744--1955795	14	3.8	14	84	5	70	17	19	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955757--1955796	13	3.0	13	88	3	62	20	20	22	37	1.94
1957464--1957517	20	2.5	22	82	5	67	37	16	20	25	1.93
1957833--1958609	56	14.0	55	88	5	1034	35	10	18	35	1.86
1957833--1958609	167	4.7	167	89	2	1152	35	10	18	35	1.86
1957833--1958609	55	14.0	55	89	3	1087	35	10	18	35	1.86
1958909--1959125	46	4.7	45	89	1	308	47	10	16	25	1.79
1960119--1960211	26	3.5	26	75	8	105	44	7	19	29	1.78
1960875--1960917	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
1964172--1964517	56	6.2	56	93	1	588	33	11	19	35	1.88
1964172--1964517	111	3.1	112	94	1	588	33	11	19	35	1.88
1964172--1964517	167	2.1	167	94	1	604	33	11	19	35	1.88
1966011--1966098	46	1.9	46	88	4	133	26	17	11	45	1.81
1966389--1966620	55	4.2	55	88	3	324	36	17	11	34	1.86
1966387--1966649	110	2.4	111	85	3	379	36	17	10	35	1.84
1967064--1967116	20	2.7	20	80	11	63	24	32	13	30	1.93
1968500--1968740	46	5.2	46	94	0	419	45	10	22	21	1.82
1968745--1968783	21	1.9	20	85	15	53	71	0	10	17	1.12
1969246--1969417	85	2.0	85	94	0	299	29	12	29	29	1.93
1969405--1969623	55	4.0	55	90	0	357	36	11	16	36	1.85
1969434--1969711	55	5.1	53	77	10	147	34	10	17	37	1.84
1969915--1970131	46	4.7	46	93	0	362	44	11	18	24	1.83
1971874--1971906	16	2.1	16	100	0	66	30	12	18	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977552--1977678	47	2.8	44	80	10	130	29	20	7	42	1.80
1983802--1983826	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1986755--1986795	19	2.3	17	87	8	55	53	0	4	41	1.22
1987609--1987668	21	2.9	21	75	20	63	65	1	5	28	1.23
1987609--1987668	20	2.9	20	80	14	68	65	1	5	28	1.23
1994600--1994667	29	2.3	29	84	2	82	47	4	2	45	1.38
1994640--1994983	37	9.2	37	80	9	324	43	6	3	46	1.48
1994832--1994856	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
1994978--1995054	2	42.0	2	71	17	60	54	3	1	40	1.27
1996223--1996382	65	2.5	65	83	5	182	31	23	18	26	1.97
1996354--1996402	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2003820--2003863	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79
2004931--2005036	45	2.3	45	87	4	142	29	19	20	30	1.97
2005007--2005055	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2007494--2007573	39	2.1	39	97	0	151	43	6	5	45	1.51
2013307--2013346	19	2.1	19	95	0	71	32	12	32	22	1.91
2013366--2013426	31	1.9	31	83	3	77	45	0	11	42	1.40
2017475--2017577	31	3.3	32	85	9	135	41	12	9	35	1.76
2017475--2017590	61	1.9	62	82	8	148	40	13	10	35	1.79
2018909--2018936	6	4.7	6	100	0	56	35	14	14	35	1.86
2019789--2019862	36	2.1	36	97	0	139	28	4	12	55	1.54
2021666--2021809	60	2.4	60	82	4	166	34	22	3	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021929--2022113	60	3.1	60	80	3	187	41	4	20	33	1.73
2023764--2023861	51	1.9	51	87	0	142	14	32	32	20	1.92
2024105--2024157	16	3.2	16	82	12	63	39	0	1	58	1.09
2026430--2026503	33	2.2	34	83	7	89	21	1	13	63	1.37
2026441--2026517	34	2.2	34	86	6	102	20	0	16	62	1.33
2030666--2030793	64	2.0	64	90	0	202	40	12	14	32	1.84
2030800--2031324	200	2.6	198	85	3	696	29	15	14	40	1.86
2034057--2034103	19	2.5	19	96	0	85	51	10	6	31	1.62
2034757--2036822	201	10.4	198	83	6	2095	31	15	14	38	1.88
2037271--2037319	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2038855--2038893	18	2.2	18	100	0	78	5	38	0	56	1.22
2039075--2039142	33	2.0	34	97	2	129	23	48	0	27	1.51
2039345--2039380	9	4.1	9	89	3	56	2	55	8	33	1.44
2039609--2039664	24	2.5	21	76	20	60	48	10	0	41	1.38
2041620--2042279	182	3.6	182	88	3	927	27	16	13	42	1.85
2044042--2044086	20	2.2	20	84	7	56	66	2	2	28	1.15
2044044--2044087	18	2.3	20	88	7	65	63	2	2	31	1.19
2051248--2051408	65	2.5	65	85	3	200	31	21	18	28	1.97
2051386--2051428	19	2.4	19	84	7	54	23	30	18	27	1.98
2051467--2051522	21	2.7	21	97	0	103	21	23	23	32	1.98
2056148--2056173	13	2.0	13	100	0	52	53	15	23	7	1.67
2058626--2058720	47	2.0	47	95	0	172	34	6	21	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059024--2059061	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
2059024--2059228	65	3.2	63	80	10	218	31	22	18	27	1.97
2059023--2059257	129	1.8	130	81	8	300	30	22	19	28	1.98
2059512--2059554	18	2.4	18	80	3	52	23	18	4	53	1.63
2065115--2065163	21	2.3	21	75	0	53	57	0	2	40	1.10
2065688--2065990	141	2.1	138	79	12	296	45	6	7	40	1.58
2067452--2067587	39	3.5	38	86	3	182	21	19	10	49	1.77
2067774--2068049	124	2.3	115	80	12	333	27	17	14	39	1.89
2067804--2068047	124	2.0	124	88	0	364	26	18	14	40	1.89
2068025--2068506	113	4.2	113	87	4	610	26	19	15	38	1.91
2068448--2068512	19	3.4	19	66	18	53	16	24	9	49	1.75
2068938--2069011	20	3.6	21	85	8	107	37	13	13	35	1.84
2073259--2073320	32	1.9	32	86	0	88	20	16	16	46	1.83
2073936--2073989	16	3.4	16	82	12	76	0	16	1	81	0.78
2073933--2073992	23	2.6	22	87	10	84	0	16	1	81	0.77
2073935--2074003	16	4.2	16	84	3	75	0	18	1	79	0.80
2076422--2076450	12	2.3	13	94	5	51	58	3	13	24	1.51
2076421--2076459	19	2.0	19	85	5	51	53	2	17	25	1.56
2076509--2076553	15	3.1	15	80	3	56	60	8	17	13	1.58
2076509--2076553	7	6.3	7	84	5	54	60	8	17	13	1.58
2078926--2079050	43	2.9	42	73	13	112	57	2	1	38	1.21
2081052--2081120	3	23.3	3	77	14	72	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2081052--2081120	21	3.3	22	88	9	101	42	0	0	57	0.98
2084908--2084961	14	3.8	14	82	4	63	24	14	9	51	1.71
2088192--2088227	17	2.1	17	89	5	54	83	0	16	0	0.65
2090481--2090775	83	3.6	83	95	0	527	27	13	21	38	1.90
2093341--2093395	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
2093833--2094684	113	7.5	113	89	3	1228	37	13	20	28	1.91
2095676--2095717	21	2.0	21	90	0	66	26	28	23	21	1.99
2095822--2095887	19	3.5	19	87	4	71	37	13	9	39	1.77
2095952--2096042	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
2096085--2096621	76	7.1	76	94	2	904	21	20	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12