genome.fa.s8016.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008016.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110482_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5469637

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  11  of  25  ( 2971 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365048--2365131	40	2.1	40	86	6	118	34	15	5	44	1.71
2368135--2368175	12	3.4	12	78	21	50	26	0	17	56	1.41
2369302--2369338	6	6.5	6	90	3	51	29	51	16	2	1.58
2369296--2369333	12	3.2	12	88	3	51	31	47	13	7	1.71
2369823--2369874	5	9.5	6	93	6	69	0	17	50	32	1.47
2369970--2370024	21	2.6	23	83	11	64	34	18	21	25	1.96
2381085--2381124	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2387455--2387493	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2389696--2389755	29	2.1	29	100	0	120	15	26	41	16	1.88
2389742--2389863	60	2.0	60	91	0	199	12	18	43	26	1.85
2389896--2389979	29	2.9	29	87	3	116	26	29	28	15	1.96
2390281--2390318	9	4.2	9	83	10	51	31	0	2	65	1.06
2390406--2390469	27	2.3	28	80	17	71	29	1	17	51	1.54
2390580--2390634	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
2390654--2390693	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
2390872--2390967	30	3.2	30	82	11	99	40	1	10	47	1.45
2390941--2390986	22	2.1	22	95	0	83	47	2	13	36	1.54
2393320--2393506	50	3.4	54	81	7	166	50	6	3	39	1.44
2393425--2393607	14	14.3	14	73	17	112	45	7	3	43	1.48
2393412--2393675	11	21.7	11	68	17	89	46	7	2	43	1.45
2393430--2393607	26	7.1	26	80	6	179	46	7	2	43	1.47
2393495--2393541	23	2.2	22	85	11	62	42	6	4	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393629--2393671	12	3.7	11	90	9	68	44	2	0	53	1.13
2394139--2394212	21	3.2	21	66	23	58	40	12	2	44	1.56
2393758--2394338	49	11.9	49	96	0	1056	45	11	1	41	1.52
2397490--2397553	18	3.4	18	75	12	65	48	10	0	40	1.38
2397675--2397715	22	1.9	21	85	5	55	0	31	2	65	1.05
2398009--2398033	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
2398053--2398101	21	2.3	21	82	3	62	55	16	0	28	1.42
2398748--2398942	105	1.9	102	93	4	338	14	40	23	21	1.90
2399658--2399840	75	2.4	75	88	0	258	39	10	15	34	1.82
2399827--2399886	23	2.6	23	83	0	84	36	16	10	36	1.82
2399740--2399984	121	2.0	121	89	0	373	37	13	14	34	1.86
2399838--2400033	98	2.0	98	87	0	284	39	12	14	32	1.84
2399936--2399984	23	2.1	23	88	0	71	36	20	14	28	1.92
2400617--2400687	30	2.4	30	100	0	142	33	8	12	45	1.73
2402765--2402793	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2404012--2404061	20	2.7	18	87	9	66	58	4	2	36	1.29
2404006--2404083	24	3.3	23	81	13	95	57	3	1	37	1.25
2404006--2404098	25	3.5	27	75	23	90	56	5	1	36	1.29
2404025--2404098	15	5.2	15	72	25	54	55	6	0	37	1.27
2405622--2405666	21	2.1	21	87	0	63	46	6	15	31	1.72
2417967--2418042	29	2.5	30	79	12	75	30	0	3	65	1.10
2424078--2424145	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426997--2427049	27	1.9	28	85	11	74	32	1	3	62	1.24
2428497--2428536	16	2.4	17	87	4	55	60	5	0	35	1.19
2428655--2428717	30	2.1	29	85	8	83	63	1	1	33	1.13
2428741--2429058	123	2.6	124	84	6	378	39	11	17	31	1.85
2430241--2430276	18	2.0	18	94	0	63	27	30	11	30	1.91
2435919--2435975	22	2.6	22	88	0	78	21	40	17	21	1.92
2436360--2436422	20	3.2	20	90	0	99	15	19	15	49	1.80
2436390--2436434	20	2.2	20	80	0	54	22	17	13	46	1.83
2438232--2438280	21	2.3	21	86	6	64	22	14	30	32	1.93
2438561--2438658	21	4.7	21	75	0	97	21	35	18	24	1.95
2438565--2438658	42	2.2	42	86	3	127	21	36	19	23	1.95
2440277--2440312	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2442570--2442623	24	2.2	24	86	0	72	40	16	18	24	1.90
2443359--2443396	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2443552--2443683	20	6.6	20	73	11	101	28	12	21	37	1.90
2443564--2443683	40	3.0	41	83	7	131	29	12	21	36	1.90
2444778--2444831	16	3.3	15	74	18	54	40	1	3	53	1.29
2444767--2444869	34	3.0	34	81	8	120	40	2	2	53	1.31
2450638--2450667	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2450871--2450924	27	2.0	26	82	13	65	33	0	5	61	1.19
2452199--2452230	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2461691--2461731	13	3.4	12	78	21	50	56	17	0	26	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465025--2465076	18	3.0	18	91	5	81	28	30	5	34	1.81
2465104--2465168	18	3.8	16	79	15	76	35	6	33	24	1.80
2465635--2465707	37	1.9	38	94	2	130	43	38	6	10	1.67
2467755--2467797	21	2.0	21	86	0	59	58	11	0	30	1.34
2467805--2467833	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2467852--2467895	23	1.9	23	90	9	72	56	18	0	25	1.41
2468726--2468780	2	29.0	2	82	10	71	49	0	1	49	1.11
2468723--2468792	34	2.0	36	83	10	92	47	0	2	50	1.16
2469297--2469334	17	2.2	17	90	0	58	28	2	5	63	1.30
2470228--2470274	23	2.0	24	84	12	62	59	8	2	29	1.39
2473170--2473210	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2473287--2474017	126	5.9	126	91	5	1102	22	25	21	31	1.98
2473287--2474017	248	2.9	254	90	5	1149	22	25	21	31	1.98
2475020--2475110	21	4.3	20	88	4	101	18	25	35	20	1.96
2475017--2475110	42	2.2	42	86	3	127	20	25	34	20	1.96
2475017--2475134	42	2.8	42	81	7	123	22	22	33	21	1.97
2475114--2475161	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
2476666--2476743	29	2.5	32	80	14	74	61	3	0	34	1.14
2485930--2486004	38	2.0	38	86	0	105	34	12	14	38	1.83
2486006--2486065	18	3.2	19	68	11	52	25	15	13	46	1.81
2487024--2487098	21	3.9	21	66	28	58	16	30	32	21	1.95
2487026--2487097	36	2.0	36	100	0	144	16	30	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487662--2487833	31	5.5	31	97	0	308	20	19	20	38	1.93
2488457--2488489	14	2.4	14	94	0	57	24	15	15	45	1.84
2490992--2491062	36	2.0	35	91	8	117	16	32	30	19	1.95
2491625--2491735	31	3.6	31	96	0	195	18	18	22	39	1.92
2496648--2496687	14	2.9	14	76	0	53	0	10	15	75	1.05
2497621--2497658	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2502899--2502947	16	3.0	16	81	3	53	67	2	0	30	1.02
2502914--2502953	17	2.3	19	79	16	50	65	2	0	32	1.06
2503313--2503338	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2508588--2508749	64	2.5	64	81	10	172	25	20	19	33	1.97
2514904--2514954	22	2.3	22	93	0	84	31	33	21	13	1.92
2518770--2518872	37	2.8	36	86	8	136	36	20	16	26	1.93
2522790--2522831	22	1.9	22	85	0	57	47	16	2	33	1.60
2527788--2527830	18	2.4	18	76	0	50	32	25	2	39	1.69
2527988--2528059	23	3.1	23	81	0	90	34	23	20	20	1.96
2527980--2528086	46	2.3	46	83	3	126	32	23	23	20	1.98
2527980--2528086	23	4.7	23	76	2	72	32	23	23	20	1.98
2528162--2528261	45	2.2	45	81	1	110	37	21	5	37	1.75
2528696--2528739	19	2.3	19	96	0	79	31	25	6	36	1.82
2533165--2533198	16	2.1	16	89	10	52	5	38	0	55	1.24
2533899--2534089	94	2.1	92	86	6	264	40	30	11	17	1.85
2535569--2535613	20	2.1	22	80	8	58	17	6	11	64	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537565--2537637	33	2.2	33	85	0	92	12	38	24	24	1.90
2542087--2542140	18	3.2	17	84	5	56	33	5	1	59	1.31
2543801--2543837	18	2.1	18	94	0	65	24	29	21	24	1.99
2544318--2544389	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
2544755--2544783	13	2.2	13	100	0	58	24	24	6	44	1.77
2547754--2547804	21	2.4	21	78	12	59	23	1	29	45	1.64
2549482--2549578	37	2.6	37	88	0	131	41	14	13	30	1.84
2550067--2550095	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2550229--2550259	12	2.7	12	95	5	55	19	0	0	80	0.71
2550179--2550265	29	3.0	29	68	9	70	25	1	3	70	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25