genome.fa.s8016.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008016.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110482_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5469637

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798385--2798421	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2799794--2799875	42	2.0	42	85	0	110	25	15	36	21	1.94
2800296--2800357	31	1.9	31	87	6	88	43	22	22	11	1.85
2800491--2800870	94	4.1	94	94	1	638	46	19	12	21	1.82
2802435--2802488	25	2.1	25	83	10	65	59	16	7	16	1.59
2802575--2802663	33	2.7	33	82	1	115	43	19	23	13	1.86
2802680--2802717	14	2.7	14	87	0	58	10	21	23	44	1.83
2802702--2802745	21	2.1	21	86	0	61	11	20	15	52	1.74
2802740--2802780	20	2.0	20	90	0	64	14	14	12	58	1.63
2803339--2803552	20	10.6	20	76	6	207	19	18	24	37	1.94
2803341--2803552	41	5.2	41	89	1	311	19	17	24	38	1.93
2803561--2803613	20	2.7	20	88	5	72	15	18	22	43	1.87
2803663--2803716	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
2804483--2804511	12	2.4	12	100	0	58	55	0	6	37	1.27
2804632--2804679	22	2.3	20	85	7	60	56	0	0	43	0.99
2804740--2804791	24	2.2	24	83	10	63	59	0	1	38	1.08
2804740--2804785	15	3.1	15	81	12	58	60	0	2	36	1.09
2808355--2808418	28	2.3	28	91	0	101	46	17	0	35	1.48
2810546--2810592	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
2810544--2810721	64	2.8	62	85	8	234	30	18	21	29	1.97
2813414--2813495	23	3.6	23	68	17	64	28	20	24	26	1.99
2817326--2817365	21	1.9	21	89	0	62	30	10	7	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2819308--2819466	64	2.5	62	88	6	248	28	18	22	30	1.97
2820583--2820621	19	2.1	19	90	4	62	76	0	0	23	0.78
2821569--2821638	28	2.5	28	90	0	104	22	21	21	34	1.97
2824082--2824113	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
2825274--2825328	17	3.2	16	81	18	67	45	10	0	43	1.39
2830480--2830513	16	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
2832665--2832710	18	2.5	19	75	10	51	54	0	0	45	0.99
2834238--2834285	20	2.4	20	89	0	78	16	31	22	29	1.96
2837047--2837092	18	2.5	18	89	3	65	0	30	23	45	1.53
2837057--2837107	18	2.8	19	85	5	52	1	27	25	45	1.64
2847027--2847060	18	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
2847021--2847060	19	2.2	19	86	13	57	42	0	2	55	1.13
2847026--2847065	17	2.2	20	82	13	50	47	2	2	47	1.29
2847719--2847773	23	2.4	23	93	0	92	60	16	10	12	1.60
2847979--2848013	10	3.5	10	92	0	61	60	11	14	14	1.60
2847952--2848036	24	3.5	24	71	6	73	58	16	11	12	1.62
2847967--2848036	34	2.1	34	86	0	95	58	15	12	12	1.63
2847952--2848039	14	6.1	14	74	16	65	59	15	12	12	1.62
2857780--2857813	17	2.1	16	88	5	50	14	20	5	58	1.57
2869889--2869971	22	3.8	22	91	1	132	40	19	22	16	1.91
2870066--2870099	15	2.3	15	94	0	59	67	11	8	11	1.42
2870172--2870209	16	2.5	15	84	12	51	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870299--2870340	21	2.0	21	95	0	75	50	9	11	28	1.70
2877542--2877581	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
2892203--2892259	24	2.4	24	93	0	96	17	17	14	50	1.77
2894505--2894543	21	2.0	21	85	10	55	66	2	7	23	1.30
2894573--2894840	133	2.0	134	86	7	377	57	4	11	26	1.54
2894986--2895028	9	4.8	9	80	11	52	65	0	2	32	1.06
2895062--2895488	215	2.0	216	95	3	781	33	18	19	27	1.96
2896433--2897309	105	8.3	105	95	0	1499	23	18	24	33	1.96
2898058--2898097	5	8.0	5	83	10	55	0	17	0	82	0.67
2898053--2898097	15	3.0	16	81	15	60	0	17	0	82	0.68
2908740--2909020	140	2.0	142	92	1	467	58	4	11	25	1.51
2909008--2909062	18	3.1	17	73	21	51	70	1	7	20	1.20
2908739--2909108	140	2.6	137	82	8	320	58	4	11	25	1.50
2909098--2909129	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
2909191--2909245	13	4.2	13	72	22	53	65	0	1	32	1.03
2914931--2914957	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
2914972--2915019	2	24.0	2	91	0	78	45	0	0	54	0.99
2916234--2916276	3	14.7	3	95	4	79	32	0	0	67	0.91
2916733--2916762	15	1.9	16	93	6	53	73	3	23	0	0.98
2916733--2916763	16	1.9	16	93	0	53	74	3	22	0	0.96
2917651--2917691	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
2929032--2929079	1	48.0	1	78	0	51	89	0	10	0	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2929029--2929076	11	4.5	11	89	7	73	87	0	12	0	0.54
2929032--2929080	25	2.0	25	92	8	82	87	0	12	0	0.54
2929029--2929079	14	3.6	14	89	7	77	88	0	11	0	0.52
2929409--2929454	19	2.6	18	83	10	60	32	6	8	52	1.58
2930105--2930511	84	4.8	84	98	0	769	28	13	22	35	1.92
2931273--2931900	113	5.5	112	85	6	818	37	13	20	29	1.90
2931238--2931900	229	2.9	228	88	4	946	37	13	19	29	1.90
2931840--2931979	40	3.6	39	89	6	214	50	10	20	20	1.76
2932300--2932345	3	15.7	3	95	4	85	32	0	0	67	0.91
2932802--2932831	15	1.9	16	93	6	53	73	3	23	0	0.98
2932802--2932832	16	1.9	16	93	0	53	74	3	22	0	0.96
2933729--2933769	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
2934544--2934577	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
2951192--2951227	18	2.0	18	94	0	63	25	16	36	22	1.94
2951732--2951777	23	2.0	23	86	0	65	28	23	19	28	1.98
2951744--2951793	23	2.2	23	88	0	73	32	28	16	24	1.96
2961793--2961863	31	2.3	31	87	4	99	30	21	11	36	1.88
2967413--2967479	33	2.0	33	100	0	134	20	34	17	26	1.96
2972163--2972314	75	2.0	75	98	0	295	40	13	17	28	1.87
2974896--2974963	35	1.9	35	93	0	118	44	26	0	29	1.55
2974975--2975042	35	1.9	35	85	5	93	36	1	19	42	1.60
2978961--2979008	9	5.0	9	76	14	51	14	18	33	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2981527--2981617	24	3.8	24	79	5	103	25	14	19	40	1.89
2981532--2981626	48	2.0	48	83	4	120	27	12	20	40	1.88
2981530--2981634	24	4.4	24	77	4	95	25	11	21	40	1.87
2986257--2986348	24	3.8	24	76	13	82	25	15	19	40	1.90
2986263--2986357	48	2.0	48	80	12	106	27	13	20	38	1.90
2986297--2986365	24	2.9	25	76	8	63	28	10	21	39	1.86
2990906--2990996	24	3.8	24	82	5	112	25	15	17	41	1.88
2990962--2991013	24	2.2	24	85	0	68	26	9	21	42	1.83
2992864--2992920	30	1.9	30	88	0	87	29	3	10	56	1.50
2992956--2992994	19	2.1	19	100	0	78	30	5	10	53	1.56
2994857--2994913	25	2.4	23	76	18	62	43	0	3	52	1.18
2996236--2996304	2	34.5	2	88	5	104	49	1	1	47	1.19
2996277--2996316	20	2.0	20	90	0	62	45	10	5	40	1.60
2996323--2996402	37	2.1	38	84	9	101	47	6	8	37	1.60
2996446--2996507	22	2.8	22	83	11	74	41	1	6	50	1.38
2996503--2996591	7	12.7	7	84	0	97	19	1	40	39	1.59
2996588--2996612	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2996588--2996693	23	5.1	19	71	23	79	38	6	0	53	1.33
2996631--2996680	13	3.8	13	77	17	59	40	6	0	54	1.25
2996644--2996710	33	2.1	32	88	2	98	40	5	2	50	1.42
2996689--2996805	40	2.9	40	75	16	109	43	7	8	40	1.64
2996769--2996998	18	12.4	18	64	20	66	41	8	7	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2996856--2996967	40	2.8	41	76	15	126	40	9	8	41	1.70
2996896--2996964	20	3.6	19	73	7	68	37	11	8	42	1.72
2996948--2997014	33	2.1	32	91	2	107	50	4	5	38	1.47
2996965--2997074	23	5.3	19	72	22	87	53	1	6	38	1.37
2996978--2997080	12	7.8	13	72	18	63	54	1	5	37	1.36
2997046--2997082	6	6.2	6	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2997079--2997173	7	13.7	7	79	2	111	42	35	1	21	1.60
2997169--2997232	22	2.9	22	77	17	69	48	6	1	43	1.37
2997196--2997314	11	10.6	11	68	16	75	45	2	3	48	1.32
2997380--2997485	2	52.5	2	68	15	58	45	5	1	47	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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