genome.fa.s8016.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008016.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110482_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5469637

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  9  of  25  ( 2971 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1871157--1871197	17	2.3	19	79	12	50	26	21	7	43	1.79
1877484--1877862	187	2.0	186	92	2	636	41	3	7	46	1.51
1878899--1878924	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1879576--1879609	14	2.4	14	90	9	52	14	29	0	55	1.40
1879629--1879687	29	2.0	29	100	0	118	23	13	3	59	1.50
1881110--1881201	45	2.0	45	100	0	184	8	33	23	33	1.86
1885889--1885931	11	3.8	11	90	6	68	32	48	9	9	1.67
1885869--1885933	12	5.6	12	87	3	80	26	47	15	10	1.78
1887573--1887604	15	2.0	17	88	11	50	28	6	25	40	1.79
1890093--1890153	23	2.7	23	92	0	95	29	26	24	19	1.99
1890309--1890368	31	2.0	29	93	6	102	28	28	16	26	1.97
1895330--1895389	23	2.6	23	89	0	93	30	23	26	20	1.98
1900093--1900134	18	2.5	17	81	14	52	38	11	0	50	1.40
1900388--1900455	23	3.0	23	100	0	136	26	25	26	22	2.00
1902936--1902974	14	2.7	14	96	4	69	23	33	23	20	1.97
1903024--1903049	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
1904848--1905409	281	2.0	281	91	0	919	28	12	25	33	1.93
1905911--1905960	26	1.9	26	95	0	91	38	12	12	38	1.80
1919540--1919746	102	2.0	102	97	0	387	22	40	17	19	1.92
1921269--1921299	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
1921758--1921800	22	2.0	21	86	8	61	25	0	0	74	0.82
1923373--1923429	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1941625--1941704	23	3.5	23	81	5	74	53	13	16	16	1.73
1949887--1949913	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1957808--1957998	20	9.4	20	80	4	186	37	23	18	20	1.94
1957808--1957996	60	3.1	59	84	6	227	37	23	17	21	1.94
1957767--1958006	20	11.9	20	74	13	138	36	23	18	21	1.95
1958858--1958910	24	2.2	24	89	0	79	20	16	20	41	1.90
1961470--1961497	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
1961471--1961504	14	2.4	14	90	0	50	44	20	23	11	1.84
1961422--1961515	33	2.8	34	75	3	100	42	21	20	15	1.89
1961455--1961567	53	2.2	52	86	1	163	45	19	21	14	1.85
1961509--1961602	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
1961415--1961606	86	2.2	85	85	1	249	42	19	22	15	1.88
1961455--1961606	19	8.7	19	70	21	118	44	19	23	13	1.86
1961720--1961756	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
1963625--1963731	19	5.8	19	78	12	116	45	20	21	12	1.83
1963728--1963790	19	3.3	19	88	4	92	11	17	26	44	1.82
1963762--1963819	30	1.9	31	92	3	100	12	20	24	43	1.86
1963743--1963840	50	2.0	50	85	4	135	12	19	24	43	1.85
1963906--1964285	94	4.1	94	93	1	611	47	17	11	22	1.80
1965941--1966000	19	3.1	19	85	2	84	43	20	23	13	1.86
1966007--1966082	20	3.8	20	82	1	82	13	15	19	51	1.76
1966643--1966775	20	6.6	20	79	6	151	18	18	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1966642--1966836	81	2.4	81	81	3	214	18	18	25	37	1.93
1966784--1966836	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
1966663--1966818	61	2.6	61	75	11	151	18	17	25	38	1.93
1966886--1966939	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
1971515--1971543	10	2.7	11	89	10	51	44	0	0	55	0.99
1972812--1972845	17	2.0	17	88	0	50	35	2	5	55	1.39
1973219--1973261	14	3.1	13	84	15	59	20	2	4	72	1.14
1973210--1973318	55	1.9	57	81	7	134	25	5	7	61	1.44
1984716--1984774	15	3.8	14	75	20	55	76	0	11	11	1.03
1984716--1984784	7	10.4	7	75	20	60	76	0	11	11	1.01
1984736--1984784	17	2.8	17	93	6	80	79	0	10	10	0.93
1984716--1984774	8	7.5	8	76	16	61	76	0	11	11	1.03
1985672--1986021	136	2.6	136	93	0	576	35	18	21	24	1.95
1985939--1986113	91	1.9	92	87	3	255	39	15	21	23	1.91
1986271--1986437	91	1.8	92	89	3	266	41	14	19	23	1.88
1985941--1986642	332	2.1	331	88	2	1057	37	16	20	25	1.93
1988118--1988151	17	2.0	17	88	0	50	35	2	5	55	1.39
1994462--1994560	44	2.2	43	77	11	110	46	7	2	44	1.42
2019615--2019641	13	2.1	13	100	0	54	7	14	7	70	1.32
2028474--2028509	18	2.0	18	88	0	54	38	22	11	27	1.88
2039940--2040404	236	2.0	235	96	0	849	33	21	18	26	1.96
2055448--2055532	39	2.2	37	83	8	100	36	32	11	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061995--2062074	40	2.0	40	100	0	160	30	30	20	20	1.97
2066735--2066810	24	3.2	24	81	3	64	46	18	13	22	1.83
2066749--2066867	24	5.0	24	87	6	170	40	19	16	23	1.91
2066749--2066885	48	2.9	47	81	6	159	41	18	16	23	1.90
2066749--2066885	72	1.9	72	82	8	172	41	18	16	23	1.90
2068062--2068096	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2070359--2070403	18	2.5	18	88	0	63	13	15	51	20	1.76
2072697--2072925	111	2.1	112	99	0	451	33	13	8	44	1.74
2075319--2075385	33	2.1	33	86	8	93	44	13	19	22	1.85
2082114--2082478	190	1.9	192	86	4	526	38	5	9	46	1.60
2082114--2082521	189	2.1	189	84	5	520	37	5	10	46	1.60
2088229--2088286	28	2.1	28	100	0	116	29	17	13	39	1.88
2099494--2099862	20	18.5	20	84	4	449	34	26	18	20	1.96
2100545--2100591	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2100766--2100790	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2103127--2103214	14	5.6	14	70	23	59	45	20	22	11	1.83
2103074--2103359	33	8.5	34	87	9	269	46	18	20	13	1.83
2103141--2103359	85	2.6	85	96	0	402	46	18	21	14	1.83
2103105--2103318	118	1.8	119	96	1	403	47	18	21	13	1.82
2103102--2103359	52	5.0	52	81	14	258	46	17	21	13	1.83
2103366--2103467	19	5.6	19	82	12	142	15	23	16	44	1.86
2103574--2103610	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105591--2105647	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2105572--2105664	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2105535--2105669	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
2105665--2105793	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2105665--2105756	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2105825--2106290	93	5.0	93	97	1	891	46	18	12	21	1.83
2107992--2108081	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2107984--2108098	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2107991--2108103	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2108115--2108169	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2108099--2108169	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
2108110--2108191	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2108122--2108210	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2108290--2108360	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2108542--2108596	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2108742--2108934	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2108742--2108934	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2108990--2109041	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2111153--2111261	55	2.0	55	90	0	173	29	12	12	44	1.80
2114502--2114612	58	1.9	58	88	3	170	31	18	24	25	1.98
2116469--2116522	3	18.0	3	84	0	72	0	25	0	74	0.83
2121022--2121165	45	3.1	45	88	6	191	28	12	20	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129900--2130009	7	16.9	7	76	16	103	79	0	12	8	0.94
2129899--2130010	33	3.5	32	85	4	163	79	0	12	8	0.93
2129885--2130011	39	3.0	41	78	20	138	78	0	13	7	0.95
2129899--2130013	32	3.6	32	87	5	162	79	0	13	7	0.94
2131287--2131590	51	5.9	51	90	3	439	30	15	27	26	1.96
2131600--2131752	53	2.9	53	89	3	245	32	18	26	22	1.97
2132599--2132653	28	2.0	27	83	16	69	21	1	7	69	1.23
2134000--2134090	21	4.3	21	75	8	69	27	14	20	37	1.92
2134010--2134097	42	2.1	42	84	0	113	29	12	22	35	1.91
2135358--2135393	18	2.0	18	100	0	72	44	11	22	22	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25