genome.fa.s8016.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008016.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110482_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5469637

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550298--2550349	11	4.5	11	84	15	54	25	1	0	73	0.94
2550277--2550350	20	3.3	24	75	19	70	28	4	0	67	1.09
2550449--2550504	20	2.8	19	77	15	60	23	8	1	66	1.30
2554770--2554831	8	7.5	8	75	13	63	83	4	9	1	0.85
2554764--2554818	16	3.7	15	76	11	60	85	5	9	0	0.74
2554764--2554825	18	3.6	17	79	14	65	83	6	8	1	0.86
2556428--2557444	106	9.6	106	92	0	1611	34	24	17	22	1.96
2557252--2557623	186	2.0	186	91	0	609	35	24	18	20	1.95
2557358--2557520	80	2.0	80	91	0	263	36	24	20	18	1.94
2557146--2557677	292	1.8	292	91	0	877	34	24	18	22	1.96
2557438--2557678	106	2.3	106	90	0	365	33	24	19	22	1.97
2558426--2558530	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	31	1.85
2558926--2558973	23	2.0	24	84	4	62	31	0	2	66	1.03
2559000--2559050	5	9.8	5	76	16	50	33	1	1	62	1.17
2559001--2559050	26	2.0	25	88	4	73	34	2	2	62	1.18
2559162--2559289	33	4.2	28	70	22	73	29	2	1	66	1.13
2559179--2559317	27	5.1	25	72	21	77	29	3	0	66	1.14
2559191--2559320	21	6.0	20	72	24	79	29	3	0	66	1.09
2559186--2559317	19	7.4	17	70	23	78	29	3	0	66	1.09
2559212--2559305	13	7.4	12	70	17	57	30	3	0	65	1.08
2559231--2559320	43	2.1	42	82	10	103	30	3	0	66	1.07
2559403--2559459	20	2.9	19	75	14	62	22	8	1	66	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565373--2565418	17	2.6	18	82	3	58	45	0	2	52	1.13
2565384--2565455	25	2.8	25	74	2	72	47	1	1	50	1.18
2570653--2570724	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
2573761--2573815	24	2.3	23	87	9	76	18	25	29	27	1.98
2576416--2576469	23	2.3	23	80	0	72	12	12	22	51	1.74
2577301--2577556	138	1.9	138	84	0	350	36	19	15	28	1.92
2585271--2585327	21	2.6	21	80	5	69	52	7	1	38	1.39
2585313--2585349	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
2591504--2592043	270	2.0	270	100	0	1080	39	12	8	39	1.74
2593363--2593408	18	2.6	18	86	6	67	60	0	6	32	1.22
2593706--2593755	19	2.7	20	81	12	61	38	8	6	48	1.57
2595278--2595384	34	3.1	35	82	5	128	45	14	6	33	1.70
2596260--2596358	50	2.0	50	95	0	180	17	7	14	61	1.54
2597451--2597477	5	5.4	5	100	0	54	0	22	55	22	1.44
2603157--2603192	15	2.4	15	90	0	54	8	16	66	8	1.42
2617201--2617277	31	2.5	31	80	8	84	45	1	2	50	1.23
2617321--2617345	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2617378--2617458	41	2.0	41	85	4	110	50	1	2	45	1.22
2618565--2618604	17	2.4	17	100	0	80	35	47	0	17	1.48
2618909--2618978	22	2.9	23	74	20	63	31	1	1	65	1.10
2618919--2618974	21	2.7	20	78	15	60	28	1	0	69	0.98
2626071--2626110	21	1.9	21	84	0	53	22	0	17	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627277--2627406	20	6.3	20	78	6	91	22	20	20	36	1.95
2628365--2628616	81	3.1	81	90	2	375	35	21	20	23	1.96
2628365--2628616	40	6.2	40	83	6	312	35	21	20	23	1.96
2628423--2628675	121	2.1	122	85	7	336	35	20	20	22	1.96
2628363--2628680	21	15.7	21	67	7	165	35	20	21	22	1.96
2630833--2630903	29	2.4	29	97	0	133	40	15	15	28	1.88
2630977--2631064	24	3.8	23	71	17	74	19	14	12	53	1.72
2631013--2631065	14	4.1	14	72	18	51	13	15	15	56	1.67
2631322--2631395	23	3.2	23	84	5	96	8	10	21	59	1.56
2637705--2637759	24	2.3	26	76	23	66	29	0	3	67	1.08
2637711--2637779	17	3.8	18	71	21	56	36	0	1	62	1.04
2637742--2637779	18	2.0	20	85	14	55	44	0	2	52	1.14
2637746--2637788	16	2.4	18	81	11	54	44	0	2	53	1.13
2639523--2639570	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2639550--2639667	42	2.8	42	82	7	141	20	33	22	22	1.97
2639577--2639667	21	4.3	21	84	5	103	19	32	25	21	1.97
2640244--2641243	128	7.9	128	96	1	1721	31	21	24	22	1.98
2641321--2641361	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2645631--2645697	33	2.0	33	94	0	116	16	7	29	46	1.74
2646181--2646262	42	2.0	42	97	0	155	48	23	3	24	1.67
2646190--2646269	21	3.8	21	68	15	67	50	23	3	22	1.65
2650117--2650260	72	2.0	72	100	0	288	40	16	12	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2653798--2653841	12	3.8	12	79	11	56	36	18	27	18	1.94
2653798--2653842	22	2.0	22	91	0	72	37	17	26	17	1.93
2654542--2654576	18	1.9	18	94	0	61	28	31	22	17	1.96
2654685--2654728	23	1.9	23	85	0	61	27	25	27	20	1.99
2660081--2660166	9	10.2	8	75	16	52	58	0	0	41	0.98
2660105--2660164	2	33.5	2	75	21	53	55	0	0	45	0.99
2660098--2660164	16	4.2	16	80	10	75	56	0	0	43	0.99
2660078--2660152	34	2.2	33	97	2	141	58	0	0	41	0.98
2660077--2660162	34	2.6	33	85	14	124	56	0	0	43	0.99
2671657--2671691	15	2.3	15	90	0	52	57	0	34	8	1.29
2680919--2681074	64	2.4	64	80	8	183	34	19	18	27	1.95
2681452--2681532	29	2.8	29	92	3	128	43	14	22	19	1.88
2689175--2689252	37	2.1	37	87	0	111	32	15	10	42	1.80
2693501--2693850	175	2.0	175	100	0	700	33	32	5	28	1.79
2698111--2698145	17	1.9	19	88	11	56	60	0	0	40	0.97
2698113--2698199	27	3.2	27	71	17	74	59	2	1	36	1.17
2698671--2698708	15	2.5	15	91	0	58	34	28	36	0	1.58
2700449--2700497	16	3.1	16	87	0	71	55	22	10	12	1.66
2701424--2701470	24	2.0	24	91	0	76	57	23	10	8	1.60
2716291--2716528	118	2.0	120	97	1	453	31	30	8	29	1.87
2722734--2722771	5	7.6	5	100	0	76	18	0	81	0	0.69
2733972--2734237	133	2.0	133	100	0	532	30	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734144--2734347	102	2.0	102	100	0	408	30	25	17	26	1.97
2738012--2738273	146	1.8	145	84	6	361	37	7	7	47	1.61
2740464--2740498	6	5.7	6	90	6	52	20	14	11	54	1.70
2740465--2740532	33	2.0	34	85	2	93	19	13	8	58	1.60
2740471--2740544	14	5.5	13	72	20	55	17	14	10	56	1.66
2743284--2743313	8	3.8	8	100	0	60	80	0	20	0	0.72
2750889--2750913	13	1.9	13	100	0	50	0	28	56	16	1.41
2750890--2750931	18	2.3	18	87	0	57	0	21	57	21	1.41
2750902--2750933	9	3.6	9	91	0	55	0	21	53	25	1.46
2750929--2750966	10	4.0	9	87	12	58	31	31	23	13	1.93
2750929--2750966	19	2.0	19	90	10	60	31	31	23	13	1.93
2756557--2756610	28	1.9	28	88	0	81	11	24	35	29	1.90
2756744--2756799	3	19.0	3	82	10	71	67	0	0	32	0.91
2757394--2757844	225	2.0	225	87	3	658	27	18	16	36	1.93
2757398--2757844	113	4.0	112	86	3	630	27	19	16	36	1.93
2758606--2758709	54	1.9	54	90	0	163	27	22	12	37	1.90
2767201--2767290	26	3.6	26	67	27	68	12	18	0	68	1.20
2767212--2767255	21	2.1	22	84	16	58	13	13	0	72	1.12
2767199--2767290	47	2.0	46	85	6	123	11	18	0	69	1.18
2770488--2770537	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
2774593--2774817	114	2.0	114	90	0	360	36	22	14	26	1.92
2778183--2778219	20	1.9	19	89	10	58	48	5	21	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777976--2778328	178	2.0	171	90	5	548	35	6	22	35	1.80
2778389--2778463	37	2.0	37	82	5	89	49	4	1	45	1.29
2788814--2788919	43	2.4	44	87	4	153	26	2	18	51	1.60
2794542--2794594	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
2795468--2795521	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2798056--2798203	33	4.3	33	77	11	161	43	20	22	13	1.87
2798069--2798207	19	7.7	19	72	18	109	43	20	22	13	1.86
2798070--2798205	73	1.9	72	89	1	209	42	20	22	13	1.88
2798203--2798244	19	2.2	19	86	0	57	19	19	21	40	1.92
2798212--2798278	19	3.8	19	75	18	81	13	22	19	44	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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