genome.fa.s8071.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008071.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110569_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1969971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707097--707279	90	2.0	89	93	1	312	40	7	4	46	1.54
716977--717022	3	15.7	3	95	4	85	67	0	0	32	0.91
718347--718384	20	2.0	19	85	10	51	50	10	21	18	1.76
719641--719728	29	3.0	28	71	15	79	36	22	1	39	1.62
722911--722954	21	2.0	22	86	4	63	27	22	13	36	1.92
727946--728331	45	8.7	45	73	8	227	15	26	14	44	1.85
727947--728295	177	2.0	177	81	1	412	15	25	14	44	1.85
734873--734904	5	6.4	5	100	0	64	78	21	0	0	0.76
738671--738707	19	2.0	19	89	5	58	29	2	5	62	1.31
745774--745958	60	3.1	60	81	3	167	34	10	4	50	1.56
745862--745952	29	3.1	28	72	17	76	32	14	4	48	1.63
745846--745928	31	2.7	31	73	17	84	36	10	4	48	1.60
753757--753822	24	2.7	24	77	11	62	27	1	6	65	1.25
756521--756581	28	2.1	30	84	9	81	54	1	0	44	1.10
756574--756609	3	12.0	3	88	11	56	66	0	0	33	0.92
758876--758921	23	2.0	23	87	4	67	26	13	17	43	1.85
763644--763714	31	2.3	31	97	2	135	12	53	8	25	1.66
764051--764119	3	22.7	3	94	2	120	34	1	0	63	1.03
764111--764141	14	2.1	15	94	5	55	61	0	0	38	0.96
764616--764651	15	2.4	15	90	9	56	77	2	19	0	0.88
765414--765449	19	1.9	19	94	5	65	19	0	5	75	1.00
765474--765517	20	2.1	21	87	4	63	36	2	2	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766236--766280	14	3.2	14	84	6	56	24	6	6	62	1.44
776793--776892	7	14.0	7	79	13	98	82	0	16	2	0.77
776796--776893	9	11.9	8	78	17	87	81	0	16	2	0.78
776793--776893	27	3.8	27	85	10	127	81	0	16	1	0.79
776805--776893	24	3.7	24	75	20	80	80	0	16	2	0.80
776793--776893	32	3.1	32	78	8	114	81	0	16	1	0.79
777219--777264	19	2.6	17	81	15	58	30	6	13	50	1.66
778019--778495	84	5.7	84	95	3	833	27	13	22	36	1.92
778019--778495	166	2.9	166	97	1	877	27	13	22	36	1.92
778020--778495	250	1.9	248	96	1	891	27	13	22	36	1.92
779216--779776	116	4.9	113	94	2	876	37	14	19	28	1.91
779216--779776	229	2.5	224	89	4	838	37	14	19	28	1.91
780095--780185	3	30.7	3	94	2	157	34	2	0	63	1.06
780184--780218	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
780627--780672	24	1.9	24	81	0	56	63	6	30	0	1.20
780631--780674	20	2.1	21	83	4	54	63	6	29	0	1.20
781473--781508	19	1.9	19	94	5	65	19	0	5	75	1.00
781533--781576	20	2.1	21	87	4	63	36	2	2	59	1.23
790870--790897	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
795704--795738	3	12.0	3	93	6	63	65	0	0	34	0.93
801766--801791	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
806578--806627	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807120--807170	25	2.0	25	96	0	93	31	29	3	35	1.76
807604--807718	59	2.0	59	83	6	146	47	14	10	26	1.77
815057--815092	5	7.2	5	93	0	63	77	0	2	19	0.88
815349--815405	16	3.6	16	85	2	62	38	12	19	29	1.88
815361--815405	16	2.8	16	89	0	72	37	13	17	31	1.89
832450--832496	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
835123--835303	59	3.1	59	87	4	233	38	14	14	32	1.87
837468--837557	35	2.6	35	81	8	94	12	23	22	42	1.87
846761--847132	185	2.0	184	92	0	609	46	8	3	41	1.52
848088--848115	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
849257--849354	31	3.2	31	83	1	135	57	11	9	22	1.62
853441--853483	20	2.2	20	84	16	54	34	2	9	53	1.46
857510--857757	130	1.9	130	94	0	433	35	14	12	36	1.85
857524--857788	130	2.0	129	82	4	318	39	12	13	34	1.83
858071--858133	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
858213--858246	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
858369--858411	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
858380--858465	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
860367--860472	29	3.7	29	94	0	185	16	34	25	23	1.95
860529--860555	14	1.9	14	100	0	54	7	33	37	22	1.82
861725--861809	31	2.9	29	66	13	73	42	11	11	34	1.78
873855--873886	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874271--874301	3	10.0	3	93	6	53	64	0	3	32	1.09
876532--876646	58	2.0	59	81	5	135	37	12	14	35	1.84
880292--880322	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
881319--881389	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
885232--885261	5	6.0	5	100	0	60	40	0	20	40	1.52
888153--888204	15	3.2	17	72	22	58	36	21	0	42	1.53
888773--888819	16	2.9	16	87	0	67	42	0	0	57	0.98
890095--890208	42	2.7	43	90	4	178	18	14	16	50	1.77
890408--890489	24	3.5	22	73	12	65	51	1	1	46	1.16
890400--890514	31	3.8	30	74	17	96	47	0	0	50	1.13
890410--890566	29	5.6	27	72	20	83	49	0	1	48	1.13
890569--890613	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
890708--890746	19	2.0	20	85	5	53	61	0	0	38	0.96
890729--890787	22	2.7	22	81	7	66	52	0	1	45	1.10
890956--891034	36	2.5	31	76	21	90	30	17	7	44	1.77
890956--891001	15	3.1	15	78	6	58	30	15	8	45	1.76
890956--891034	15	4.9	15	67	24	54	30	17	7	44	1.77
895556--895593	20	1.9	20	100	0	76	36	5	28	28	1.79
895786--895827	20	2.1	20	100	0	84	38	4	0	57	1.20
896858--896888	16	1.9	16	100	0	62	32	9	6	51	1.60
897608--897646	15	2.6	15	87	0	60	41	7	17	33	1.79
897631--897698	20	3.4	20	95	0	127	41	10	14	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897864--897954	28	3.2	28	78	17	91	52	2	1	43	1.20
897957--898033	34	2.4	33	81	12	90	50	0	1	48	1.09
897953--898033	18	5.0	16	67	22	53	50	0	1	48	1.08
897960--898033	36	2.1	34	83	14	89	51	0	1	47	1.09
897979--898059	24	3.4	25	78	10	80	50	0	0	49	1.00
897999--898044	21	2.3	19	85	7	56	50	0	0	50	1.00
897921--898044	54	2.3	52	78	17	137	50	0	0	47	1.12
897975--898052	33	2.4	33	81	14	99	50	0	0	50	1.00
898233--898352	42	2.9	42	92	0	195	47	17	17	17	1.83
899425--899481	24	2.4	24	96	0	105	19	0	35	45	1.50
900400--900432	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
905284--905381	45	2.2	44	83	5	126	26	6	13	54	1.62
907805--907907	28	3.5	28	88	10	152	35	7	14	41	1.75
913603--913658	26	2.2	26	84	9	71	50	12	1	35	1.51
914364--914457	20	4.7	20	82	2	125	42	19	21	17	1.89
914364--914476	20	5.6	20	80	3	109	41	18	23	16	1.90
914509--914559	20	2.5	20	90	0	84	27	27	21	23	1.99
914747--914790	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
915034--915077	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
916396--916439	18	2.5	18	85	3	63	27	43	15	13	1.85
916830--916858	12	2.3	13	94	5	51	0	3	17	79	0.87
916915--916970	20	2.8	20	83	2	69	37	23	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916954--917048	19	5.6	19	65	27	70	47	21	18	12	1.82
916962--917045	31	2.6	33	86	5	127	48	20	19	11	1.79
916970--917026	14	3.9	14	73	13	51	50	22	15	10	1.74
917060--917116	14	3.9	14	71	13	51	10	15	24	49	1.76
917055--917132	32	2.4	33	85	6	115	11	17	23	47	1.80
917105--917171	19	3.5	19	85	4	80	16	23	22	37	1.94
917117--917171	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
919183--919236	19	2.8	19	91	0	90	48	14	20	16	1.81
919255--919312	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
920372--920425	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8