genome.fa.s8071.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008071.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110569_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1969971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  1  of  8  ( 922 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4411--4550	13	11.0	11	85	11	59	40	44	0	15	1.51
1--10825	7	1591.4	7	92	5	10264	28	43	13	14	1.83
10865--11071	7	31.1	7	90	8	328	14	55	29	0	1.41
10863--11071	13	15.8	13	88	8	255	15	54	30	0	1.41
10865--11071	20	10.4	21	92	7	292	14	55	29	0	1.41
11085--11135	7	7.4	7	80	12	61	29	45	11	13	1.79
11105--11162	20	2.9	20	92	0	89	31	48	13	6	1.69
11152--11278	7	18.1	7	99	0	245	15	56	27	0	1.40
11098--11142	14	3.3	13	81	9	54	31	46	13	8	1.74
14910--14934	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
15121--15167	24	2.0	24	86	0	67	31	19	19	29	1.96
16282--16345	19	3.6	19	82	14	75	12	23	20	43	1.85
16364--16414	7	7.3	7	77	16	52	27	45	15	11	1.81
21038--21457	214	2.0	213	96	0	777	27	15	20	36	1.92
23258--23293	18	2.0	18	100	0	72	16	11	44	27	1.82
23307--23411	20	5.2	20	76	8	79	23	14	22	39	1.91
23912--23983	20	3.5	20	88	1	99	40	18	23	18	1.91
24014--24066	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
24468--24534	19	3.5	19	81	2	80	49	23	16	10	1.77
24530--24600	19	3.7	19	92	3	115	11	19	21	47	1.80
24535--24611	39	2.0	39	87	5	111	9	19	24	46	1.79
24779--24814	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24997--25123	33	3.9	32	82	8	166	15	21	18	44	1.87
25065--25123	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
24990--25122	66	2.0	66	92	0	221	17	21	18	42	1.89
25859--25932	19	4.5	16	81	16	57	12	20	20	47	1.81
25874--25922	19	2.6	19	100	0	98	14	20	16	48	1.80
25836--25950	52	2.2	52	80	0	122	18	21	21	38	1.94
27852--27914	19	3.3	19	82	4	81	38	23	23	14	1.92
27903--27960	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
27887--27965	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
27972--28033	19	3.6	18	75	18	69	12	20	22	43	1.86
27977--28068	32	2.8	33	88	3	141	16	18	20	44	1.87
28052--28106	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
28588--28632	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
29953--29994	20	2.1	20	86	0	57	50	21	16	11	1.77
30036--30086	19	2.7	19	100	0	102	9	21	27	41	1.84
30285--30333	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
30292--30335	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
30523--30636	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
30503--30638	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
30626--30701	21	3.7	21	80	3	100	15	25	18	40	1.90
30565--30699	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
30645--30711	20	3.3	20	79	4	89	16	23	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30626--30715	41	2.2	41	100	0	180	16	24	17	41	1.90
42955--42997	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
43227--43281	27	2.0	27	96	0	101	29	27	23	20	1.99
47885--47927	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
48157--48210	27	2.0	27	92	0	90	29	25	22	22	1.99
50649--50679	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
55200--55226	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
60889--61460	182	3.2	182	88	4	784	42	12	16	27	1.85
61863--61938	19	3.9	19	82	3	89	47	2	18	31	1.62
61863--61938	39	2.0	38	84	2	98	47	2	18	31	1.62
61807--61989	97	1.9	97	88	0	276	43	3	16	36	1.67
63244--63299	24	2.5	22	77	13	60	41	1	7	50	1.40
67459--67515	23	2.4	23	85	2	78	36	10	10	42	1.74
67552--67616	23	2.8	23	90	0	103	38	16	6	38	1.74
77851--77886	12	3.1	11	92	8	54	61	0	2	36	1.11
77896--77948	29	1.9	26	88	11	79	47	7	0	45	1.31
77896--77952	27	2.2	25	81	15	62	47	7	0	45	1.30
77922--77970	22	2.2	22	88	0	71	46	6	2	44	1.39
77954--78151	37	5.3	38	79	10	158	41	8	4	45	1.53
77974--78164	37	5.1	37	79	11	187	40	9	4	45	1.56
78014--78040	13	2.1	13	100	0	54	40	7	7	44	1.60
77995--78164	75	2.3	73	83	10	202	40	9	3	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78174--78226	16	3.3	16	74	7	54	43	1	0	54	1.11
82829--82877	22	2.2	23	85	10	66	20	2	26	51	1.59
85355--85413	24	2.5	24	82	0	82	18	11	16	52	1.74
87340--87365	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
96689--96746	28	2.1	28	100	0	116	48	13	13	24	1.79
101256--101314	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
106473--106513	17	2.3	18	87	4	66	75	17	7	0	1.02
116736--116769	17	2.0	17	94	0	59	35	32	5	26	1.81
119365--119405	21	1.9	22	90	5	66	19	21	24	34	1.97
120072--120112	19	2.4	16	78	21	55	39	0	0	60	0.96
120077--120126	19	2.6	19	96	0	91	40	0	0	60	0.97
130278--130307	11	2.7	11	100	0	60	60	0	10	30	1.30
132310--132347	19	2.0	20	84	5	51	60	0	2	36	1.11
133093--133129	19	1.9	19	94	0	65	35	21	18	24	1.96
133172--133230	21	2.7	22	73	5	66	22	27	20	30	1.98
133215--133348	20	6.7	20	78	6	128	29	22	21	26	1.99
133215--133353	40	3.5	40	83	3	163	30	21	21	26	1.98
133215--133353	60	2.3	60	78	8	156	30	21	21	26	1.98
134167--134244	24	3.2	24	94	0	129	21	19	20	38	1.94
134431--134467	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
136502--136532	12	2.6	12	94	0	53	48	29	6	16	1.70
136710--137030	20	16.7	20	75	13	253	35	21	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136735--136890	54	2.9	54	91	0	242	35	23	20	20	1.96
137164--137243	30	2.4	34	80	20	114	55	15	3	26	1.57
137179--137244	30	2.2	30	100	0	132	54	13	3	28	1.54
138619--138730	42	2.7	42	76	5	111	23	18	36	21	1.95
139216--139301	20	4.4	20	95	2	140	40	26	17	15	1.89
139227--139302	20	3.8	20	98	0	143	40	25	18	15	1.90
139345--139432	20	4.4	20	89	0	131	18	21	26	34	1.96
139584--139629	18	2.6	18	100	0	92	41	4	21	32	1.73
141364--141444	20	4.2	19	84	3	90	38	24	18	18	1.93
141412--141455	19	2.3	19	88	7	63	43	27	18	11	1.84
141832--141873	22	1.9	22	95	0	75	19	14	38	28	1.90
142048--142121	20	3.7	20	90	0	112	29	20	24	25	1.99
142048--142144	20	4.8	20	84	3	97	27	19	23	28	1.98
142387--142556	75	2.2	75	89	2	250	23	31	24	21	1.98
148319--148379	23	2.9	19	81	11	59	21	36	26	16	1.94
150995--151203	75	2.8	76	85	2	269	23	31	23	21	1.98
151934--151992	21	2.7	22	73	5	66	32	18	25	23	1.97
153288--153339	24	2.2	24	100	0	104	11	7	59	21	1.56
156071--156122	26	2.0	26	88	0	77	28	3	30	36	1.75
159757--159870	57	2.0	57	89	0	174	28	14	21	35	1.92
159844--159881	20	1.9	20	94	0	67	34	10	21	34	1.87
159849--159890	20	2.1	20	90	0	66	35	14	21	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159939--159979	20	2.0	20	95	0	73	24	19	19	36	1.95
159801--160030	77	3.0	75	81	7	257	30	14	19	35	1.92
162286--162387	34	2.9	36	89	7	172	27	14	13	44	1.83
162922--163687	105	7.3	105	89	2	1087	22	17	26	34	1.96
164291--164614	65	4.8	65	73	11	240	39	11	19	29	1.86
164424--164817	36	11.4	35	68	18	193	39	13	19	28	1.89
164435--164546	37	3.1	36	83	8	138	42	15	19	22	1.88
164375--164630	138	1.8	139	87	3	381	39	13	19	26	1.89
164460--164699	103	2.3	101	85	2	318	40	13	18	27	1.88
164554--164971	37	12.2	37	63	23	157	37	12	19	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8