genome.fa.s8076.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008076.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110578_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1136582

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459--3568	84	13.4	84	83	4	1271	28	25	20	24	1.99
2459--3568	165	6.7	164	88	4	1409	28	25	20	24	1.99
2459--3568	249	4.5	249	86	4	1435	28	25	20	24	1.99
4191--4230	4	10.0	4	86	0	53	22	0	2	75	0.93
4224--4287	32	2.0	32	84	3	85	50	4	4	40	1.44
4222--4469	35	6.9	35	72	16	127	45	4	6	43	1.51
4241--4475	36	6.6	36	75	12	193	45	4	6	43	1.50
4253--4470	73	3.0	69	77	14	199	45	4	6	43	1.50
4408--4537	30	4.2	29	77	9	109	42	3	6	48	1.43
4292--4588	35	8.5	36	68	20	93	43	3	7	45	1.48
4592--4666	3	25.7	3	84	12	95	28	2	0	69	1.02
5948--5973	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8384--8470	27	3.2	27	86	0	120	34	6	44	13	1.71
15291--15342	3	17.0	3	84	4	68	36	1	0	61	1.07
16254--16443	93	2.0	93	84	4	249	30	10	24	34	1.89
24895--24942	4	11.8	4	80	12	53	18	6	0	75	1.01
24903--24943	19	2.1	20	82	13	50	17	7	0	75	1.02
28465--28522	12	4.8	13	76	16	54	74	0	15	10	1.08
28465--28541	22	3.3	23	73	10	66	74	0	18	7	1.06
29708--30483	66	11.8	66	94	0	1342	30	20	17	32	1.95
30417--30884	111	4.2	111	87	3	604	30	22	16	30	1.96
30417--30884	220	2.1	221	85	3	620	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31085--31136	3	17.0	3	84	4	68	36	1	0	61	1.07
32043--32232	93	2.0	93	85	4	258	31	10	23	34	1.89
35410--35465	29	1.9	29	85	0	76	16	35	26	21	1.94
35472--35537	29	2.4	28	89	5	98	9	39	27	24	1.85
35511--35582	37	1.9	37	88	0	108	12	31	29	26	1.93
35627--35684	29	2.0	29	89	0	89	22	27	36	13	1.92
46427--46466	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
50847--50943	30	3.3	30	78	9	110	57	11	13	17	1.64
50832--50949	60	2.0	58	85	6	157	58	12	11	16	1.63
51639--51663	13	1.9	13	100	0	50	72	12	0	16	1.13
51745--51939	92	2.1	90	85	4	266	57	14	12	14	1.65
51813--52042	118	1.9	118	87	3	336	60	12	10	16	1.59
52659--52761	2	51.5	2	98	0	197	51	0	48	0	1.00
62458--62494	17	2.1	18	90	5	58	43	0	0	56	0.99
63791--63844	20	2.7	20	97	0	99	33	16	20	29	1.95
63942--63976	18	1.9	18	100	0	70	17	22	34	25	1.96
70223--70276	20	2.7	20	97	0	99	33	16	20	29	1.95
70813--70847	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
77660--77730	18	3.9	18	88	0	106	19	18	33	28	1.95
83898--83949	20	2.6	20	100	0	104	30	21	23	25	1.99
84501--84535	18	1.9	18	94	0	61	28	17	25	28	1.97
86604--86656	18	2.9	18	85	0	79	22	20	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88702--88761	28	2.0	31	84	9	81	46	1	0	51	1.10
90084--90144	32	1.9	31	90	9	97	60	3	0	36	1.13
106159--106237	36	2.3	34	82	10	97	39	6	1	53	1.35
106581--106631	22	2.3	22	86	0	66	27	39	11	21	1.88
110774--110823	20	2.5	20	86	0	64	16	16	24	44	1.86
110998--111080	39	2.1	39	93	0	139	16	14	21	46	1.83
111354--111390	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
111777--111826	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
111887--111928	20	2.1	20	95	0	75	42	16	23	16	1.88
111939--111998	20	3.0	20	82	0	84	36	25	16	21	1.94
112322--112356	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
112315--112355	18	2.3	18	95	0	73	17	2	24	56	1.53
114418--114442	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
114617--114670	24	2.2	24	83	6	65	42	12	18	25	1.86
114796--114829	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
115575--115784	20	10.6	20	75	11	98	27	14	24	33	1.94
115590--115692	40	2.6	40	87	6	147	23	15	25	35	1.94
115575--115693	20	6.0	20	82	7	127	25	15	24	35	1.94
115676--115715	21	1.9	21	94	0	71	35	17	25	22	1.95
115902--115942	18	2.3	19	79	12	50	21	0	9	68	1.18
117556--117582	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
119224--119256	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119256--119288	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
122104--122521	211	2.0	210	90	0	665	32	24	8	33	1.86
127206--127295	45	2.0	45	100	0	180	20	28	6	44	1.76
135851--136014	63	2.6	62	81	5	166	32	20	20	26	1.97
136543--136621	22	3.8	22	78	13	103	17	24	31	26	1.97
136544--136640	40	2.4	40	92	0	158	19	22	30	26	1.98
136568--136639	18	3.8	18	74	13	63	18	22	31	27	1.97
139456--139493	18	2.2	16	90	9	58	57	0	2	39	1.12
157618--157674	26	2.2	26	79	17	66	56	0	0	43	0.99
158085--158125	22	1.9	22	85	5	57	53	9	2	34	1.47
158392--158426	18	1.9	18	100	0	70	22	22	34	20	1.97
161248--161306	26	2.3	25	77	5	64	44	8	16	30	1.78
168986--169034	20	2.4	20	79	3	53	26	32	14	26	1.94
170126--170176	25	2.0	26	84	3	68	47	9	5	37	1.61
171862--171908	15	3.1	15	82	14	53	25	2	8	63	1.34
171868--171914	15	3.1	15	82	11	51	29	4	8	57	1.48
172009--172041	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
172065--172125	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
175974--176013	21	1.9	21	84	0	53	45	5	30	20	1.72
182639--182694	15	3.9	14	77	11	51	78	5	14	1	1.00
182639--182694	8	7.7	7	73	15	51	78	5	14	1	1.00
183799--184058	107	2.4	105	88	3	369	32	24	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185960--186002	15	2.8	16	83	13	54	27	2	9	60	1.40
185962--186008	15	3.1	15	82	11	51	29	4	8	57	1.48
189026--189235	105	2.0	105	85	0	285	39	21	14	24	1.91
189374--189537	53	3.1	53	62	19	124	33	19	7	39	1.81
189375--189588	106	2.0	106	95	0	383	32	21	7	38	1.82
198850--198874	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
207021--207119	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
207086--207279	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
207086--207279	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
207659--207729	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
207808--207903	21	4.8	20	82	6	122	45	17	23	12	1.83
207806--207902	41	2.4	40	87	1	140	46	17	24	11	1.81
207939--207968	13	2.3	13	94	0	51	10	20	23	46	1.80
207927--208040	32	3.5	33	92	4	196	9	22	21	46	1.80
207945--208032	14	5.7	14	72	22	70	9	23	23	43	1.82
209714--210083	90	4.1	93	95	3	682	21	12	19	45	1.84
209714--210083	183	2.0	182	95	3	674	21	12	19	45	1.84
210145--210256	19	6.5	18	75	17	105	46	28	17	7	1.75
210184--210240	14	3.8	13	74	26	51	43	29	19	7	1.77
210165--210256	32	2.8	32	88	8	141	45	28	18	7	1.76
210252--210337	19	4.8	19	79	13	83	11	18	23	46	1.82
210288--210353	19	3.4	19	87	6	89	10	16	27	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210805--210864	20	3.0	20	70	4	57	25	36	18	20	1.94
218435--218482	19	2.5	19	90	10	71	39	4	14	41	1.65
218496--218530	13	2.8	13	91	4	54	57	0	0	42	0.99
221453--221490	8	4.9	8	80	6	51	34	0	28	36	1.58
221560--222486	124	7.6	125	91	6	1504	22	25	19	32	1.98
223742--223841	14	6.6	15	71	16	55	60	4	0	36	1.16
230172--230209	16	2.4	16	90	0	58	26	42	13	18	1.87
238949--238994	23	2.0	23	95	0	83	32	2	21	43	1.65
248583--248618	6	6.0	6	96	0	54	16	22	50	11	1.77
249104--249202	50	2.0	49	94	2	171	34	17	5	43	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6