genome.fa.s8076.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008076.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110578_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1136582

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676528--676661	19	7.6	19	76	17	128	46	23	19	10	1.81
676657--676785	19	7.3	19	75	17	125	8	16	28	46	1.76
676657--676748	33	2.8	33	93	3	150	7	17	28	46	1.75
676833--677580	93	8.1	93	99	0	1480	46	19	12	21	1.83
679284--679340	14	3.7	14	75	20	60	42	24	24	8	1.83
679276--679357	33	2.5	33	95	0	155	46	20	23	9	1.80
679298--679362	19	3.7	19	74	19	68	43	23	23	10	1.85
679374--679430	14	3.7	14	75	20	60	10	24	22	42	1.85
679371--679435	33	2.0	33	100	0	130	10	24	21	43	1.84
679414--679491	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
679415--679490	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
679570--679640	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
679822--679876	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
680023--680156	20	6.7	20	78	8	128	17	17	26	38	1.92
680143--680225	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
680123--680221	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
680542--680589	24	2.0	24	84	8	62	45	4	14	35	1.64
683594--683664	22	3.2	22	91	0	124	45	14	19	21	1.85
684210--684299	46	1.9	46	88	6	137	22	17	26	33	1.96
684211--684307	23	4.3	22	82	10	117	21	15	27	35	1.94
688780--688809	15	2.0	15	93	0	51	33	10	0	56	1.32
689287--689318	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693139--693170	12	2.7	12	100	0	64	0	15	9	75	1.05
699100--699163	31	2.1	30	82	8	76	43	4	20	31	1.72
699139--699178	21	1.9	21	84	0	53	50	5	15	30	1.65
703611--703649	17	2.3	17	90	0	60	66	7	0	25	1.18
706248--706288	16	2.6	16	84	0	55	26	4	0	68	1.10
706245--706285	17	2.4	17	84	12	57	24	4	0	70	1.06
706246--706292	16	3.1	15	79	11	51	27	4	0	68	1.08
712667--712691	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
712691--712721	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
714123--714205	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
718896--718978	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
720281--720346	25	2.6	25	100	0	132	43	0	6	50	1.27
724332--724389	20	2.7	21	81	7	64	18	22	34	24	1.96
728001--728044	21	2.2	20	84	12	54	27	13	9	50	1.72
736989--737050	9	6.5	10	79	17	62	33	0	0	66	0.92
737001--737051	3	17.0	3	88	8	77	37	0	0	62	0.95
738042--738087	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
738287--738359	11	6.5	11	78	10	58	31	2	2	63	1.23
738309--738370	3	21.0	3	77	9	65	30	1	0	67	1.00
738317--738366	27	1.9	25	92	8	82	32	2	0	66	1.03
738368--738411	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
739165--739205	17	2.4	16	84	11	55	26	2	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740902--740939	14	2.7	14	91	0	58	21	15	10	52	1.72
740921--740963	20	2.2	20	82	0	50	13	9	13	62	1.53
749077--749131	22	2.5	22	93	0	92	34	10	14	40	1.81
749538--750874	113	11.8	113	82	7	1475	38	14	19	28	1.90
749819--750872	229	4.6	225	82	8	1187	38	13	19	28	1.90
749531--750874	577	2.4	557	89	4	2018	38	14	18	28	1.90
750815--750911	40	2.4	40	98	0	185	49	9	21	19	1.76
751276--751344	3	23.0	3	88	5	104	37	0	0	62	0.96
751717--751779	27	2.3	28	83	8	76	69	12	15	1	1.26
751717--751778	29	2.2	28	82	8	72	70	11	16	1	1.23
752534--752593	3	20.3	3	81	10	70	28	1	1	68	1.09
752534--752593	14	4.1	14	81	10	75	28	1	1	68	1.09
755187--755243	27	2.1	27	96	0	105	35	7	17	40	1.77
755187--755252	27	2.4	27	87	5	89	34	10	15	39	1.82
766215--766345	34	3.6	34	68	22	104	17	24	29	28	1.97
766223--766389	77	2.2	77	100	0	334	18	25	28	27	1.98
768368--769323	23	44.3	22	66	23	156	40	2	7	49	1.43
768385--769323	8	122.5	8	76	16	803	40	2	7	49	1.44
768405--769276	31	27.5	31	75	17	660	40	2	7	49	1.44
768368--769244	39	23.0	39	80	13	633	40	2	7	49	1.44
771577--771935	172	2.1	173	90	1	569	37	18	5	39	1.72
772388--772431	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772448--772501	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93
772895--772945	22	2.3	22	93	0	84	27	19	37	15	1.92
772962--773035	23	3.2	23	96	0	121	12	24	40	22	1.88
773481--773839	172	2.1	173	90	1	569	39	5	18	37	1.72
775578--775602	6	4.2	6	100	0	50	16	0	64	20	1.30
776149--776860	31	21.8	31	77	16	633	49	7	1	41	1.41
776189--776965	39	20.4	38	80	14	602	49	6	2	41	1.43
776406--776928	31	16.5	31	82	13	491	49	6	2	41	1.42
776937--776986	14	3.6	13	81	7	55	52	2	2	44	1.24
776102--776948	8	110.5	8	76	16	690	49	6	2	41	1.42
778950--779087	43	3.4	43	68	20	143	27	28	25	18	1.98
778993--779123	34	3.6	34	68	22	104	28	29	24	17	1.97
778949--779115	77	2.2	77	100	0	334	27	28	25	18	1.98
780247--780285	20	2.0	20	94	0	69	56	17	12	12	1.67
780431--780474	22	2.0	22	95	0	79	20	13	22	43	1.87
780741--780855	59	1.9	59	82	6	144	40	4	22	33	1.74
782192--782221	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
782933--782980	4	12.0	4	95	0	51	39	0	10	50	1.37
782984--783404	38	12.1	35	74	17	171	44	3	7	45	1.46
783049--783139	27	3.1	27	76	15	92	40	2	6	50	1.41
783112--783404	38	8.4	33	81	10	236	45	3	6	45	1.44
783053--783398	68	5.2	68	77	17	266	44	2	6	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783419--783463	3	15.3	3	82	17	51	26	0	0	73	0.84
783427--783473	18	2.6	18	81	18	62	23	2	0	74	0.93
784630--784734	4	25.5	4	70	19	56	20	3	0	75	1.02
784632--784695	25	2.6	25	85	2	85	20	3	0	76	0.92
784646--784743	42	2.3	41	82	12	108	22	3	1	73	1.03
784630--784712	13	6.5	13	79	10	82	18	3	0	78	0.90
784666--784761	17	5.9	16	68	24	51	23	3	1	71	1.06
788506--788557	21	2.5	21	100	0	104	53	15	11	19	1.71
790244--790276	13	2.5	13	90	0	57	24	0	0	75	0.80
790231--790280	21	2.3	22	89	3	75	26	0	2	72	0.96
790537--790574	8	4.8	8	87	12	60	65	2	0	31	1.06
790536--790589	24	2.3	23	78	12	56	68	1	0	29	1.00
792498--792604	21	5.1	21	95	0	187	30	23	21	24	1.99
792508--792623	21	5.6	21	91	3	114	31	21	22	24	1.98
792613--792722	21	5.2	21	78	8	107	27	21	20	30	1.98
792805--792871	6	11.5	6	90	1	93	32	50	14	1	1.52
797806--797962	20	7.8	20	73	6	93	38	25	17	19	1.93
797806--797962	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	19	1.93
797929--798138	20	10.5	20	79	6	192	37	24	18	19	1.94
798821--798867	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
799042--799066	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
801251--801467	19	12.4	19	77	19	240	46	18	21	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801251--801467	33	6.2	34	81	14	216	46	18	21	13	1.83
801279--801489	52	4.0	52	98	1	413	45	17	23	13	1.83
801336--801489	33	4.5	34	76	18	158	45	17	23	13	1.84
801279--801489	105	2.0	105	99	0	415	45	17	23	13	1.83
801514--801610	19	5.4	19	84	13	134	14	22	17	45	1.85
801496--801610	51	2.2	53	95	3	207	13	24	19	43	1.86
801717--801753	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
803737--803793	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
803718--803810	33	2.8	33	93	0	159	46	21	21	10	1.81
803681--803815	19	7.6	19	75	16	119	45	23	20	11	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6