genome.fa.s8076.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008076.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110578_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1136582

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803811--803939	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
803811--803902	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
803987--804548	93	6.1	93	99	0	1108	46	19	12	21	1.83
806241--806315	33	2.3	33	95	0	132	49	16	24	10	1.76
806497--806551	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
806698--806891	20	9.6	20	79	7	196	19	19	24	36	1.95
806700--806871	60	2.8	60	84	2	229	20	19	25	35	1.95
806697--807012	60	5.2	60	75	10	227	20	18	25	36	1.95
806858--806955	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
806858--807014	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
806858--807014	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93
807740--807791	16	3.3	15	81	10	59	55	28	11	3	1.53
807740--807814	32	2.3	32	84	4	89	50	28	13	8	1.69
807908--807953	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
808223--808248	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
808579--808617	20	1.9	20	84	5	51	61	15	0	23	1.33
816768--816864	34	3.1	31	76	12	90	39	0	2	58	1.10
818582--818629	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
818633--818700	21	3.2	21	89	6	102	19	36	25	19	1.94
819215--819321	34	3.1	34	86	0	151	57	3	3	35	1.35
826121--826189	29	2.4	29	95	0	120	21	30	28	18	1.97
830270--830330	11	5.9	11	74	16	51	32	1	1	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830685--830862	57	3.1	57	89	0	266	33	33	6	26	1.81
831447--831489	16	2.8	15	79	13	52	60	0	2	37	1.10
842164--842238	37	2.0	37	82	10	91	50	4	0	45	1.20
847347--847392	19	2.5	19	82	10	51	60	0	2	36	1.09
850240--850285	21	2.2	21	100	0	92	30	19	8	41	1.82
850317--850399	43	1.9	43	97	0	157	28	9	14	46	1.76
856070--856126	24	2.4	24	87	0	78	33	22	22	21	1.97
856115--856162	23	2.1	23	88	0	69	35	27	20	16	1.94
856534--856582	19	2.6	19	96	0	89	51	16	10	22	1.74
859033--859060	14	2.0	14	100	0	56	64	14	14	7	1.48
865771--865921	20	7.6	20	69	14	89	32	23	13	31	1.93
866811--866864	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
869432--869481	20	2.5	20	90	0	82	44	24	18	14	1.86
870000--870050	24	2.1	24	88	0	75	33	3	15	47	1.64
870360--870446	39	2.2	39	95	0	156	47	19	14	18	1.83
870620--870682	20	3.2	20	93	0	108	44	25	15	14	1.84
872326--872421	21	4.6	21	78	8	88	25	16	35	22	1.95
872327--872421	42	2.3	42	80	7	111	25	15	35	23	1.94
874215--874267	21	2.3	24	75	15	58	56	16	1	24	1.50
874571--874608	20	1.9	20	94	0	67	50	21	18	10	1.76
874817--874864	14	3.4	14	72	11	53	70	2	8	18	1.22
874813--874870	28	2.1	28	100	0	116	72	3	6	17	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874938--874989	22	2.3	23	80	9	63	28	11	36	23	1.90
875117--875160	20	2.2	20	87	0	61	22	18	18	40	1.91
877001--877041	6	7.2	6	86	8	59	17	31	17	34	1.93
878518--878544	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
880320--880383	13	4.9	13	72	10	51	35	1	1	60	1.15
880858--880919	27	2.4	24	75	17	61	19	24	9	46	1.79
892556--892582	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
895698--895741	21	2.2	20	83	4	52	61	4	2	31	1.28
900854--900879	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
904345--904371	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
914789--914832	23	1.9	23	100	0	88	52	11	13	22	1.72
927112--927171	30	2.0	30	100	0	120	30	16	10	43	1.81
931316--931354	19	2.1	19	90	9	62	61	0	0	38	0.96
936004--936046	22	2.0	22	100	0	86	69	4	0	25	1.07
936008--936159	4	35.5	4	71	15	74	73	3	3	20	1.12
946726--946777	23	2.3	23	100	0	104	30	30	5	32	1.81
949573--949605	14	2.3	15	89	5	50	66	3	18	12	1.36
950842--950883	12	3.7	12	78	12	52	42	0	7	50	1.30
950836--950887	22	2.4	22	96	0	95	42	0	5	51	1.25
954455--954541	43	2.0	43	100	0	174	32	26	16	25	1.96
958980--959301	125	2.6	125	88	1	457	33	15	27	23	1.95
960029--960219	36	5.3	36	77	9	194	36	21	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960029--960199	71	2.4	70	80	6	195	36	21	19	22	1.95
960343--960527	42	4.5	42	79	2	212	25	22	22	29	1.99
960343--960527	83	2.2	83	97	0	352	25	22	22	29	1.99
960640--960824	42	4.5	41	77	2	199	24	21	22	30	1.99
960640--960824	83	2.2	83	92	0	307	24	21	22	30	1.99
960232--961030	297	2.7	297	91	2	1266	31	16	19	31	1.94
961288--961476	37	5.1	37	89	0	279	37	20	16	25	1.93
961184--961337	78	2.0	78	82	7	188	33	22	18	25	1.97
964329--964370	18	2.3	18	87	4	57	54	2	0	42	1.13
970619--970668	21	2.4	21	86	0	64	12	26	36	26	1.91
971356--971387	12	2.7	12	100	0	64	34	18	6	40	1.76
971485--971565	16	5.2	15	84	8	83	40	2	0	56	1.12
971508--971568	2	31.0	2	88	9	90	45	3	0	50	1.17
971597--971731	17	8.1	16	65	26	50	25	5	1	68	1.19
971601--971674	37	2.1	36	87	7	107	25	5	2	66	1.27
971674--971724	16	3.2	17	78	10	54	23	3	0	72	1.01
971830--971874	10	4.7	9	81	13	54	15	4	0	80	0.87
971839--971872	9	3.7	9	84	7	50	14	2	0	82	0.79
971830--971874	19	2.3	19	96	3	81	15	4	0	80	0.87
971843--971889	19	2.5	19	86	3	60	21	6	0	72	1.07
971919--971960	19	2.2	19	87	8	59	16	2	2	78	0.96
971919--971962	10	4.5	10	80	13	56	18	2	2	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
971954--972007	26	2.0	27	86	10	76	12	7	5	74	1.21
971928--972005	29	2.6	28	74	20	70	14	3	5	76	1.09
975121--975166	25	1.9	23	86	8	65	78	2	15	4	1.01
975119--975170	11	4.5	11	75	13	50	80	1	13	3	0.93
975254--975388	69	2.0	69	87	0	198	37	21	14	26	1.91
976326--976411	32	2.7	31	78	7	82	32	15	18	33	1.92
977032--977236	106	1.9	106	91	2	331	37	23	17	22	1.94
977155--977291	63	2.2	62	85	5	177	32	25	17	24	1.97
977490--977576	37	2.4	36	88	5	131	25	19	11	43	1.84
977592--977668	37	2.1	36	83	7	93	24	19	15	40	1.90
977656--977689	15	2.3	15	94	0	59	23	14	20	41	1.89
977554--977791	117	2.0	117	88	1	352	30	16	13	39	1.87
977709--977795	37	2.4	36	80	3	102	25	17	12	44	1.83
977723--977793	37	1.9	37	88	0	106	25	18	14	42	1.87
977940--978056	36	3.2	36	81	9	148	26	18	14	40	1.89
979281--979353	20	3.7	20	70	22	55	24	5	0	69	1.09
979431--979523	33	2.8	33	79	12	93	27	3	2	66	1.18
979515--979552	18	2.1	18	85	9	51	18	5	0	76	0.97
979743--979784	19	2.2	19	87	8	59	16	2	2	78	0.96
979743--979786	10	4.5	10	80	13	56	18	2	2	77	0.98
981508--981567	23	2.6	23	89	0	84	61	6	6	25	1.45
982216--982252	17	2.2	17	86	13	51	54	0	8	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988933--988994	28	2.2	28	100	0	124	37	35	12	14	1.85
994466--994519	24	2.2	25	80	9	76	20	20	50	9	1.75
997826--997963	21	6.7	21	80	8	149	21	19	25	33	1.97
997826--997960	42	3.3	40	86	4	180	20	19	25	34	1.96
998562--998599	6	6.5	6	96	3	69	0	15	52	31	1.43
998689--998763	19	3.7	19	70	13	60	32	22	18	26	1.97
998818--998931	20	5.6	20	81	12	108	24	21	20	34	1.97
998837--999110	21	13.2	21	80	9	233	23	21	24	30	1.99
998818--998973	82	1.9	82	88	5	235	23	21	23	32	1.98
998837--999104	104	2.6	106	86	5	370	23	21	24	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6