genome.fa.s8092.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008092.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110607_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2324158

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384--443	19	2.8	23	75	19	74	36	5	20	38	1.74
452--492	20	2.1	20	86	4	57	31	12	7	48	1.68
804--871	23	3.0	23	77	12	77	33	4	22	39	1.74
875--909	18	1.9	18	88	0	52	31	14	8	45	1.75
1222--1291	21	3.3	21	80	9	79	34	4	22	38	1.74
1217--1278	21	2.8	22	82	7	81	35	4	22	37	1.76
1217--1287	23	3.2	23	76	13	76	33	4	22	39	1.74
1217--1310	44	2.1	44	80	7	102	34	6	19	40	1.77
102--2274	414	5.2	420	91	7	3395	40	7	12	39	1.72
1629--1692	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
1629--1704	23	3.3	23	83	9	91	35	3	21	39	1.72
1699--1741	21	2.1	21	86	4	61	30	11	6	51	1.65
2053--2102	22	2.4	22	86	6	68	36	6	24	34	1.80
2576--2623	23	2.1	23	92	0	78	33	16	12	37	1.86
4922--5014	21	4.6	20	77	4	87	39	17	24	18	1.91
4939--5014	21	3.7	21	80	3	100	40	18	25	15	1.90
4922--5014	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
5000--5050	20	2.5	20	77	3	57	45	19	15	19	1.86
5045--5091	19	2.4	20	96	3	87	29	25	17	27	1.97
5277--5316	21	1.9	21	94	0	71	22	40	17	20	1.92
6898--6941	18	2.5	18	85	3	63	27	43	15	13	1.85
7411--7475	17	3.6	17	82	10	76	43	21	20	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7445--7531	30	2.8	32	83	13	119	48	19	18	13	1.81
7564--7649	19	4.5	19	84	4	84	15	20	22	41	1.89
7573--7646	39	1.9	38	83	2	94	16	22	22	37	1.93
9625--9665	19	2.2	19	100	0	82	48	14	21	14	1.80
9627--9676	19	2.8	18	90	6	75	42	18	22	18	1.90
9676--9732	20	2.9	20	92	2	89	17	22	22	36	1.94
10782--10825	23	2.0	22	90	4	70	27	18	22	31	1.97
10997--11021	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
13270--13400	19	7.7	19	66	23	85	42	19	22	15	1.88
13270--13396	33	3.8	33	83	4	175	42	18	22	15	1.89
13275--13403	66	2.0	66	93	0	222	42	17	22	17	1.89
13573--13609	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
14939--15005	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
14939--15061	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
17063--17146	33	2.5	33	88	0	123	40	26	21	11	1.88
17118--17206	19	4.7	19	90	5	144	47	22	20	10	1.80
17789--17861	20	3.7	20	96	0	110	26	20	27	26	1.99
17810--17926	61	1.9	61	83	0	153	23	17	23	35	1.95
17870--17923	20	2.7	20	100	0	108	27	16	24	31	1.96
17790--17922	40	3.3	39	79	6	131	25	18	25	30	1.98
17810--17944	61	2.2	61	80	2	146	22	19	23	34	1.97
17994--18034	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325--21377	21	2.5	21	84	0	70	22	0	26	50	1.49
25443--25479	19	1.9	19	88	0	56	48	0	8	43	1.32
26290--26318	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28689--28770	2	41.5	2	80	7	96	51	1	3	43	1.27
30666--31376	84	8.4	84	81	2	755	25	19	23	31	1.98
30666--31376	168	4.2	168	86	1	922	25	19	23	31	1.98
30647--31354	337	2.1	337	87	2	1034	25	19	23	32	1.98
32232--32486	95	2.7	95	92	1	415	31	18	16	32	1.94
36428--36458	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
36473--36518	15	3.2	15	85	11	53	60	0	6	32	1.22
36772--36813	11	3.8	11	84	6	50	78	0	2	19	0.86
39081--39227	50	2.9	49	86	6	188	40	8	17	34	1.79
40027--40159	70	1.9	70	92	0	221	54	18	15	12	1.71
42871--42895	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
49389--49424	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
50744--50789	22	2.0	23	88	12	69	45	0	4	50	1.21
50918--51041	45	2.8	45	98	0	239	33	18	24	23	1.97
52124--52227	55	1.9	55	89	0	163	27	22	13	36	1.92
55695--55761	32	2.1	32	88	0	98	19	13	19	47	1.82
59119--59156	15	2.6	15	87	4	51	63	7	15	13	1.51
59119--59160	7	6.0	7	86	10	50	59	9	16	14	1.60
59236--59319	43	2.0	42	87	0	114	33	20	10	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62795--62852	3	18.7	3	75	7	53	58	0	3	37	1.15
63084--63185	35	2.9	35	97	0	186	43	26	1	28	1.66
63189--63261	35	2.1	35	86	0	101	34	0	23	42	1.54
64349--64386	13	2.8	14	80	8	51	55	18	5	21	1.62
66855--66933	15	5.3	15	98	0	149	39	7	7	45	1.61
75174--75221	21	2.3	21	85	0	60	14	18	45	20	1.85
75333--75809	42	11.5	42	70	10	230	31	23	15	30	1.95
75427--75809	84	4.6	83	76	10	284	30	23	15	30	1.96
75496--75849	124	2.8	124	81	5	403	27	22	18	31	1.97
75542--75765	82	2.7	81	79	8	211	29	23	16	29	1.97
85983--86057	36	2.1	36	90	5	116	49	1	2	46	1.24
86933--86988	24	2.3	24	77	14	62	53	1	1	42	1.21
88012--88063	18	2.9	18	88	0	77	28	30	21	19	1.97
88111--88187	21	3.7	21	74	6	59	37	22	15	24	1.93
89077--89115	20	2.0	20	85	5	53	30	30	12	25	1.93
98151--98213	3	21.0	3	78	12	67	60	1	0	38	1.07
98140--98209	14	5.6	13	79	17	78	57	1	0	41	1.08
98140--98213	24	3.0	25	81	18	93	58	1	0	40	1.07
98157--98219	18	3.2	19	85	14	83	58	1	0	39	1.07
98140--98195	27	2.0	27	89	6	85	57	1	0	41	1.09
98338--99361	302	3.4	304	97	1	1919	35	21	21	22	1.96
98338--99361	153	6.7	151	97	1	1888	35	21	21	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98338--99361	76	13.5	76	97	1	1894	35	21	21	22	1.96
100036--100090	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
111078--111143	3	22.0	3	79	11	73	60	1	0	37	1.06
111067--111143	24	3.0	25	92	7	120	58	1	0	40	1.06
115191--115243	25	2.1	25	89	0	79	49	1	9	39	1.46
116551--116592	10	4.2	10	85	11	59	30	28	0	40	1.57
116716--116935	110	2.0	110	93	1	379	36	7	9	45	1.66
118787--118821	3	11.7	3	87	0	52	37	28	31	2	1.72
122900--122940	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
123197--123253	23	2.5	23	80	5	62	45	8	14	31	1.75
123296--123343	23	2.1	23	88	0	69	37	6	20	35	1.78
123179--123418	87	2.8	87	90	0	390	42	10	14	32	1.79
123371--123418	23	2.1	23	84	7	62	35	12	18	33	1.89
123459--124093	198	3.2	198	87	3	875	31	15	14	38	1.87
124199--124243	16	2.9	16	80	12	58	55	0	0	44	0.99
126443--126488	18	2.6	18	100	0	92	13	21	50	15	1.78
126513--126588	10	7.6	10	87	10	111	35	28	21	14	1.92
126513--126588	21	3.8	20	91	6	111	35	28	21	14	1.92
132272--132296	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
133723--133788	8	8.5	8	75	17	50	21	21	42	15	1.89
133749--133779	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
133736--133771	18	2.0	18	100	0	72	11	22	50	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133792--133858	10	6.6	10	83	10	91	37	28	19	14	1.91
133792--133859	11	6.6	11	82	14	92	36	27	19	16	1.93
133792--133858	21	3.3	21	91	4	102	37	28	19	14	1.91
134651--134733	30	2.8	31	79	13	86	49	1	1	48	1.16
134659--134759	14	7.2	14	70	13	57	48	1	0	48	1.19
134672--134740	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
134723--134767	14	3.1	15	84	6	58	55	2	0	42	1.12
134776--134827	24	2.2	24	80	16	65	42	0	5	51	1.25
135081--135130	23	2.2	23	88	0	73	32	16	12	40	1.84
135158--135208	23	2.2	23	85	0	66	35	19	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12