genome.fa.s8092.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008092.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110607_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2324158

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979233--1979278	21	2.1	22	92	4	76	21	21	32	23	1.98
1979818--1979869	20	2.5	21	78	3	52	26	19	26	26	1.99
1980393--1980548	65	2.4	64	84	5	190	27	21	16	35	1.94
1987089--1987126	20	2.0	18	90	10	58	55	23	10	10	1.65
1991028--1991059	17	1.9	16	93	6	55	59	0	6	34	1.23
1992734--1992792	25	2.3	26	80	16	79	44	0	0	55	0.99
1996493--1996533	18	2.3	18	86	0	55	29	2	0	68	1.03
1996577--1996622	23	2.0	23	82	0	56	30	2	4	63	1.26
1996574--1996645	33	2.2	31	81	16	83	27	2	4	65	1.25
2001354--2001466	35	3.2	35	86	2	154	41	22	0	35	1.60
2003225--2003335	35	3.2	35	87	1	152	35	0	22	41	1.60
2005908--2005961	26	2.1	26	89	0	81	48	12	16	22	1.80
2006759--2006797	21	1.9	20	89	5	60	20	30	5	43	1.73
2006650--2006970	160	2.0	160	98	1	617	30	25	6	37	1.82
2018628--2018703	29	2.6	29	85	8	91	30	13	7	48	1.70
2018653--2018888	118	2.0	118	89	4	361	29	14	5	50	1.65
2021433--2021487	28	2.0	29	89	7	87	29	3	16	50	1.62
2021433--2021501	28	2.4	28	80	7	77	24	4	15	55	1.59
2022006--2022053	23	2.2	21	81	7	51	33	4	0	62	1.14
2023628--2023688	29	2.1	29	100	0	122	26	18	22	32	1.97
2037581--2037635	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2038251--2038318	21	3.1	21	66	22	59	22	23	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038241--2038327	44	2.0	44	90	4	140	22	21	25	29	1.99
2039027--2039062	16	2.2	17	90	5	56	36	2	19	41	1.66
2039119--2039171	21	2.5	21	93	0	97	26	41	18	13	1.87
2039719--2039754	16	2.2	17	90	5	56	36	0	19	44	1.51
2041330--2041408	13	5.9	13	70	14	54	69	5	2	22	1.20
2041890--2041931	21	2.0	21	85	0	57	19	19	35	26	1.95
2048555--2048631	3	25.7	3	91	0	127	33	3	0	62	1.14
2049181--2049222	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
2049181--2049222	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
2050081--2050120	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
2050769--2050812	17	2.6	17	85	3	54	31	6	0	61	1.22
2050816--2050853	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
2054086--2054119	16	2.1	16	94	0	59	29	20	5	44	1.75
2061391--2061445	7	8.1	7	82	13	71	85	0	14	0	0.60
2061392--2061446	27	2.0	28	89	10	87	83	0	16	0	0.64
2061391--2061445	20	2.7	20	83	13	76	85	0	14	0	0.60
2061757--2061801	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
2062585--2063302	83	8.7	83	97	1	1313	28	13	21	36	1.91
2064034--2064704	116	5.9	116	89	4	913	36	12	20	30	1.89
2064034--2064704	229	2.9	227	88	5	955	36	12	20	30	1.89
2065021--2065100	3	26.7	3	97	0	151	33	1	0	65	1.01
2065650--2065691	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065650--2065691	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
2065863--2065888	10	2.6	10	100	0	52	0	26	61	11	1.30
2066245--2066300	30	1.9	30	89	7	89	42	8	1	46	1.45
2066559--2066598	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
2066994--2067022	13	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2070262--2070388	37	3.4	37	98	0	236	40	2	25	31	1.69
2072807--2072879	9	7.6	9	79	11	67	41	2	1	54	1.23
2072798--2072862	3	22.0	3	77	3	60	35	3	1	60	1.22
2077735--2077781	21	2.3	21	85	3	60	17	10	8	63	1.49
2077749--2077816	21	3.4	20	82	8	68	20	8	7	63	1.47
2077716--2077825	47	2.3	47	80	10	127	19	11	8	60	1.55
2082131--2082307	75	2.4	75	81	1	212	35	15	18	30	1.92
2083176--2083283	54	2.0	54	90	0	171	38	13	20	26	1.90
2084581--2084647	30	2.2	30	97	0	125	34	25	16	23	1.95
2087210--2087235	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2089940--2090012	30	2.4	30	93	0	119	31	23	20	24	1.98
2089998--2090062	31	2.1	31	85	0	85	33	23	18	24	1.96
2091654--2091720	22	3.0	22	88	0	98	37	14	8	38	1.78
2091682--2091740	22	2.7	22	86	0	73	35	16	10	37	1.83
2092397--2092918	45	11.6	45	93	0	873	23	23	19	33	1.97
2093040--2093129	45	2.0	45	86	0	126	30	21	18	30	1.97
2093388--2093468	3	27.0	3	80	5	83	35	1	1	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095772--2095805	17	2.0	17	100	0	68	29	11	17	41	1.85
2107925--2107977	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2109384--2109447	25	2.6	25	89	0	101	46	18	4	29	1.69
2113406--2113519	4	28.5	4	89	3	77	38	0	14	47	1.44
2120043--2120080	20	1.9	20	94	0	67	21	28	10	39	1.86
2120695--2120787	44	2.1	45	90	4	145	29	18	13	38	1.89
2120710--2120796	44	2.0	44	90	4	140	31	18	9	41	1.82
2129115--2129143	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2130368--2130427	31	1.9	31	86	0	84	41	8	8	41	1.65
2130878--2130927	16	2.9	16	78	18	55	56	0	2	42	1.11
2133756--2134396	105	6.1	106	87	3	863	21	18	26	33	1.97
2133756--2134396	204	3.1	208	88	5	929	21	18	26	33	1.97
2134636--2134975	37	9.9	35	65	16	115	38	14	20	27	1.91
2134672--2134937	99	2.7	101	90	6	418	37	13	19	28	1.91
2134867--2134991	37	3.4	38	80	7	152	42	14	20	23	1.88
2136494--2136553	21	2.8	20	72	18	50	1	18	8	71	1.19
2136503--2136550	23	2.2	23	85	7	64	2	14	8	75	1.13
2136502--2136551	22	2.3	21	80	12	57	2	18	8	72	1.19
2137223--2137429	105	2.0	105	99	0	405	39	14	10	36	1.79
2138631--2138702	36	2.0	35	86	7	101	23	36	11	29	1.89
2139134--2139332	98	2.0	99	95	3	357	50	7	10	32	1.64
2141399--2141484	30	2.8	31	92	3	138	52	11	6	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149989--2150022	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
2151238--2151295	14	4.3	14	81	14	77	36	0	6	56	1.26
2151236--2151304	27	2.5	27	83	6	86	37	0	7	55	1.28
2156135--2156255	60	2.0	60	100	0	242	38	19	9	32	1.85
2156557--2156613	25	2.2	25	81	9	62	54	3	5	36	1.40
2157168--2157215	25	2.0	23	88	8	69	68	2	0	29	1.01
2157183--2157229	18	2.4	21	86	13	66	68	2	0	29	1.02
2157323--2157347	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
2157695--2157746	23	2.3	23	87	12	72	26	5	1	65	1.26
2163626--2163695	35	2.0	35	86	5	97	41	5	10	42	1.62
2164040--2164103	18	3.7	18	77	8	78	26	6	4	62	1.39
2164051--2164098	22	2.3	20	85	7	60	25	8	2	64	1.32
2164079--2164154	26	2.8	26	79	13	80	30	3	6	59	1.41
2164051--2164154	34	3.2	34	73	13	110	28	4	5	60	1.40
2164475--2164512	17	2.3	16	86	13	51	39	0	2	57	1.12
2172192--2172236	22	2.0	23	86	4	65	42	2	2	53	1.25
2173521--2173672	18	9.1	17	69	21	83	46	4	3	45	1.40
2173514--2173716	98	2.1	98	94	0	352	47	4	4	43	1.43
2173692--2173736	15	3.1	15	84	6	58	48	6	4	40	1.49
2173566--2173736	13	12.3	13	71	15	85	46	5	5	43	1.48
2173726--2173765	18	2.2	18	95	0	71	62	5	2	30	1.29
2173742--2173857	53	2.2	53	87	1	160	46	1	5	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173973--2174020	2	23.0	2	79	8	51	43	2	6	47	1.40
2173975--2174020	16	2.9	15	90	6	65	43	2	6	47	1.41
2173959--2174036	20	4.2	20	77	12	76	38	6	7	47	1.58
2174038--2174124	21	4.1	21	72	5	77	25	1	26	47	1.59
2174370--2174408	17	2.2	19	86	9	55	28	28	2	41	1.69
2174502--2174548	22	2.1	22	96	0	85	53	4	0	42	1.20
2175454--2175498	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2175611--2175686	20	4.0	20	89	3	86	43	0	27	28	1.55
2175637--2175690	20	2.7	20	94	0	90	40	0	31	27	1.57
2176444--2176498	16	3.4	16	82	7	76	36	12	29	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12