genome.fa.s8092.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008092.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110607_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2324158

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135065--135286	87	2.6	85	94	1	381	32	14	11	41	1.82
135252--135460	46	4.7	46	68	16	159	34	15	9	40	1.80
135252--135339	23	3.8	23	96	0	158	36	17	9	37	1.81
135158--135460	133	2.3	131	90	1	471	33	15	9	40	1.80
135385--135460	23	3.3	23	96	0	134	36	19	7	35	1.81
141048--141368	103	3.1	103	94	0	579	37	23	12	25	1.91
141919--141976	21	2.8	21	97	0	107	17	27	22	32	1.96
148012--148062	23	2.2	23	89	0	75	31	23	23	21	1.98
148091--148411	103	3.1	103	96	0	590	36	24	13	25	1.92
148954--148996	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
149892--149988	19	5.2	18	80	14	99	80	4	12	3	0.97
149891--149988	11	8.5	11	74	12	65	80	4	12	3	0.96
149891--149993	7	14.1	7	70	19	52	79	4	12	2	1.00
149891--149993	32	3.3	31	76	16	88	79	4	12	2	1.00
149892--149985	37	2.5	37	78	15	102	79	4	12	3	0.99
151523--151605	43	1.9	43	82	4	105	31	30	15	22	1.95
152034--152277	37	6.9	37	73	15	221	26	18	13	41	1.88
152119--152277	73	2.2	73	85	3	205	25	19	13	40	1.89
152225--152379	67	2.3	70	82	8	194	29	21	12	36	1.90
152329--152422	33	2.8	32	84	6	116	39	18	9	32	1.83
152034--152377	173	2.0	172	81	8	396	27	19	13	40	1.88
152329--152409	34	2.4	32	87	6	108	38	17	9	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154127--154156	8	3.9	8	91	8	53	23	0	0	76	0.78
154127--154155	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
154243--154283	19	2.2	19	86	8	57	43	0	0	56	0.99
160859--160912	23	2.3	23	80	0	72	31	25	25	16	1.97
162469--162506	20	1.9	20	88	0	58	23	23	18	34	1.96
162517--162674	64	2.5	61	81	10	183	24	25	18	31	1.97
165646--165727	23	3.6	23	96	0	155	29	28	26	15	1.96
167197--167234	20	1.9	20	94	0	67	26	23	18	31	1.97
169928--170047	60	2.0	60	84	9	156	38	10	0	50	1.44
173245--173272	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
174704--174745	20	2.1	20	86	8	59	45	2	4	47	1.36
176787--176958	78	2.2	78	87	4	258	27	20	16	34	1.95
177362--177402	17	2.4	16	84	11	55	19	14	12	53	1.72
177780--177859	39	2.1	39	100	0	160	17	11	25	46	1.81
180323--180366	20	2.2	20	83	0	52	40	4	11	43	1.61
180915--180980	34	1.9	34	100	0	132	51	6	21	21	1.69
183748--183802	3	18.3	3	92	0	83	61	0	5	32	1.19
184808--184838	15	2.1	15	100	0	62	25	38	6	29	1.81
184979--185038	30	2.0	30	100	0	120	10	20	20	50	1.76
185439--185471	11	3.0	11	95	0	57	66	0	15	18	1.25
188299--188488	36	5.3	36	90	0	272	20	22	22	34	1.97
189994--190030	19	1.9	19	94	0	65	32	16	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191554--191620	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
193030--193056	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
193098--193128	14	2.2	14	94	0	53	45	0	9	45	1.36
198506--198566	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
198625--198810	62	3.0	61	67	24	174	34	24	16	24	1.95
198677--198712	18	2.0	18	94	0	63	33	30	22	13	1.93
198680--198861	59	3.0	59	66	24	153	35	25	13	24	1.93
198573--198936	121	3.0	121	93	0	620	36	24	14	25	1.93
198798--198833	18	2.0	18	94	0	63	33	33	19	13	1.91
200140--200183	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
205178--205234	24	2.4	24	96	0	105	43	10	26	19	1.83
209959--210100	36	4.0	36	91	0	223	33	20	26	20	1.97
231416--231484	28	2.4	28	77	15	70	78	5	7	8	1.10
231422--231474	21	2.6	20	77	16	63	81	5	3	9	0.98
235440--235479	20	2.0	20	85	9	55	50	10	2	37	1.50
236528--236610	36	2.3	34	76	13	85	50	3	0	45	1.19
236605--236633	14	2.1	14	100	0	58	31	20	6	41	1.79
237417--237527	32	3.8	27	80	16	98	34	2	7	55	1.41
237444--237527	32	2.7	31	89	7	125	34	1	7	57	1.34
244032--244069	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
253044--253080	17	2.2	17	86	13	51	40	0	5	54	1.24
264914--264945	15	2.1	15	100	0	64	6	18	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264908--264941	15	2.4	14	85	9	50	8	17	0	73	1.08
265760--265816	21	2.7	21	94	0	96	42	15	15	26	1.87
277583--277778	20	9.6	20	79	7	189	26	23	20	30	1.99
277943--277999	22	2.6	22	88	0	87	22	42	17	17	1.89
278399--278449	20	2.5	20	90	0	75	13	13	21	50	1.76
278382--278457	20	3.8	20	82	1	73	15	14	21	48	1.80
280163--280212	18	2.8	18	96	0	91	32	18	6	44	1.74
280430--280496	20	3.5	19	86	8	91	17	19	26	35	1.94
280984--281087	21	5.0	21	74	3	75	23	35	18	23	1.95
280984--281091	42	2.6	41	76	14	112	23	37	17	22	1.94
281227--281260	13	2.6	13	100	0	68	50	26	17	5	1.69
282470--282531	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
282630--282682	20	2.7	20	87	0	70	45	24	16	13	1.83
282677--282719	20	2.2	20	83	4	52	27	20	23	27	1.99
282726--283016	20	14.9	20	82	5	321	27	19	20	32	1.97
282987--283256	140	1.9	140	99	0	531	41	15	13	29	1.86
283313--283351	12	3.2	12	85	0	51	15	2	25	56	1.52
283316--283350	18	1.9	18	94	0	61	17	2	22	57	1.53
285562--285615	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
286426--286505	20	4.0	20	88	0	115	27	21	25	26	1.99
286426--286503	40	2.0	40	92	0	129	28	20	24	26	1.99
286427--286553	20	6.3	20	87	1	114	27	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286457--286613	60	2.6	61	75	7	158	29	19	19	31	1.96
286482--286568	20	4.3	20	91	2	131	26	20	14	37	1.92
287377--287462	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
287431--287473	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
287596--287629	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
288097--288344	130	1.9	130	91	0	406	37	13	14	35	1.85
293525--293554	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
293696--293960	41	6.5	39	96	1	379	18	20	24	36	1.94
293696--293960	123	2.2	123	96	1	487	18	20	24	36	1.94
293696--293960	82	3.2	82	97	1	487	18	20	24	36	1.94
294078--294127	6	8.5	6	93	2	84	34	50	16	0	1.45
294263--294292	13	2.3	13	100	0	60	26	40	6	26	1.81
294459--294517	6	10.5	6	98	1	90	0	16	54	28	1.43
294601--294723	41	3.0	41	89	3	140	38	24	19	17	1.93
294626--294723	41	2.4	41	94	0	169	37	25	18	18	1.93
294649--294722	21	3.6	21	70	3	78	35	28	17	18	1.94
294711--294780	19	3.6	19	77	11	79	32	18	27	21	1.97
294719--294780	19	3.2	19	78	13	81	32	16	29	22	1.95
295528--295557	3	9.7	3	92	7	51	63	0	3	33	1.11
295522--295557	13	2.8	13	91	4	56	61	0	5	33	1.19
295801--295918	48	2.5	47	88	4	173	32	16	21	29	1.95
295837--296393	113	4.9	113	91	1	812	31	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297075--297398	161	2.0	162	97	2	616	41	13	16	28	1.86
297716--297765	11	4.5	11	82	10	57	6	18	0	76	0.99
297739--297786	17	2.8	17	80	3	51	8	12	4	75	1.18
304381--304427	24	1.9	25	82	4	60	10	29	2	57	1.44
304893--304922	11	2.7	11	89	0	51	46	10	20	23	1.80
307986--308065	41	2.0	41	95	2	144	56	11	10	22	1.64
314719--314775	10	5.4	10	74	12	51	26	26	40	7	1.81
314695--314779	33	2.6	33	92	0	134	25	28	37	8	1.85
314816--314883	10	6.5	10	73	9	55	8	33	32	25	1.86
314825--314902	34	2.3	33	84	2	102	11	33	32	23	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12