genome.fa.s8092.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008092.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110607_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2324158

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703356--703381	12	2.2	12	100	0	52	30	0	42	26	1.56
705385--705505	42	2.9	40	69	11	109	26	19	19	33	1.96
705338--705564	83	2.7	82	81	2	256	24	21	19	34	1.96
707212--707255	21	2.1	21	91	0	70	56	11	15	15	1.66
708408--708457	21	2.2	22	79	13	57	70	4	2	24	1.15
708410--708452	21	2.0	22	86	4	61	69	4	0	25	1.07
713662--713708	22	2.4	19	77	19	51	42	6	4	46	1.48
713751--713793	23	1.9	22	85	4	59	58	4	4	32	1.39
713938--713991	23	2.5	21	77	16	65	50	7	5	37	1.54
714240--714375	33	4.2	33	75	7	100	50	6	4	38	1.49
714579--714621	17	2.5	17	92	0	68	48	16	16	18	1.81
717793--717877	21	4.0	21	74	8	64	25	30	24	18	1.98
731021--731059	20	2.0	20	89	0	60	43	10	15	30	1.80
731086--731124	20	2.0	19	90	5	60	30	15	28	25	1.96
732320--732403	32	2.6	32	86	0	105	35	15	17	30	1.91
733293--733352	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
733505--733549	18	2.5	18	100	0	90	15	26	4	53	1.61
733497--733549	18	3.0	16	91	8	61	16	26	5	50	1.67
737646--737691	20	2.3	20	81	7	58	26	23	19	30	1.98
738640--738692	8	6.2	8	77	18	54	50	1	35	11	1.49
738647--738692	18	2.6	18	92	0	83	52	2	34	10	1.49
746374--746435	21	2.9	20	68	23	54	22	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747641--747680	17	2.4	17	91	0	62	52	7	2	37	1.43
754025--754073	19	2.6	19	100	0	98	22	4	20	53	1.63
756075--756951	5	181.6	5	88	10	1307	59	0	0	40	1.02
764006--764047	22	2.0	22	90	4	68	16	23	21	38	1.93
765985--766054	15	4.7	15	87	0	104	30	5	20	44	1.74
766188--766238	24	2.1	24	81	0	57	17	23	25	33	1.96
769183--769259	39	2.1	36	82	7	91	44	1	3	50	1.28
770865--770924	17	3.4	17	69	24	52	20	23	8	48	1.76
771101--771848	112	6.7	111	85	6	851	28	18	15	37	1.91
771101--771848	224	3.3	225	88	2	1076	28	18	15	37	1.91
771101--771848	336	2.2	337	89	1	1117	28	18	15	37	1.91
775552--775641	8	11.0	8	77	13	69	2	15	1	81	0.86
775552--775641	19	4.9	18	80	9	101	2	15	1	81	0.86
775552--775640	38	2.4	38	88	3	128	2	14	1	82	0.84
775552--775613	1	62.0	1	78	0	52	1	11	0	87	0.62
775834--776130	165	1.8	165	88	1	461	26	22	13	37	1.91
779286--779324	14	2.8	14	84	0	51	56	5	10	28	1.54
779575--779659	43	2.0	44	85	2	118	31	24	10	32	1.89
781025--781070	20	2.2	20	81	11	58	67	0	4	28	1.10
781060--781098	19	2.2	19	86	9	55	74	2	2	20	1.06
782208--782259	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
782248--782362	20	5.7	20	82	6	115	32	25	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782245--782376	61	2.2	61	87	0	183	35	24	16	23	1.95
782857--782894	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
783031--783085	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
784214--784261	18	2.7	18	93	0	78	25	43	14	16	1.86
784734--784800	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
784789--784846	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
784773--784863	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
784880--784937	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
784882--784986	33	3.2	33	89	1	167	13	16	20	50	1.78
784896--784986	17	5.4	18	68	23	72	14	16	18	50	1.78
784971--785022	20	2.6	19	85	8	68	15	25	23	36	1.93
785388--785468	42	1.9	42	85	5	110	23	43	12	20	1.86
786410--786454	19	2.4	19	96	0	81	4	26	24	44	1.72
786870--786905	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
787042--787109	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
787136--787223	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
787116--787203	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
787418--787509	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
787494--787545	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
787742--787775	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
788330--788383	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
788558--788594	12	3.1	12	100	0	74	72	0	27	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790881--791011	19	7.7	19	65	23	85	43	19	22	14	1.87
790881--791007	33	3.8	33	87	4	193	43	19	22	14	1.88
790882--791014	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	16	1.89
791007--791048	19	2.2	19	91	0	66	16	19	23	40	1.91
791016--791082	19	3.8	19	75	18	81	11	22	20	44	1.84
791189--791225	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
792593--792708	21	5.5	21	67	8	65	24	21	31	22	1.98
792612--792750	42	3.3	42	79	4	172	23	19	36	20	1.95
792603--792778	84	2.1	84	97	0	334	24	17	36	21	1.94
792633--792775	42	3.4	42	82	0	196	23	17	37	21	1.94
792998--793181	91	2.0	91	90	6	291	47	18	12	21	1.81
794875--794973	33	3.0	33	90	1	153	39	22	26	12	1.89
794850--794995	19	8.1	19	70	17	96	43	19	24	12	1.86
794991--795034	18	2.4	19	88	3	63	9	15	27	47	1.76
795590--795684	41	2.3	41	82	7	113	20	18	23	37	1.94
795654--795703	21	2.4	21	83	3	66	18	22	20	40	1.92
795734--795774	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
799067--799136	36	2.0	36	94	2	124	62	14	8	14	1.53
799177--799210	17	2.0	17	88	11	52	47	8	20	23	1.78
800460--800500	21	2.0	21	90	0	64	31	29	19	19	1.96
801074--801107	16	2.1	16	89	10	52	23	0	0	76	0.79
817970--818036	21	3.2	20	72	8	62	28	7	7	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817988--818545	85	6.6	85	78	6	524	26	18	5	49	1.69
817997--818531	169	3.1	168	78	8	557	26	18	5	49	1.68
817970--818545	43	13.5	42	77	9	438	26	18	5	49	1.69
820920--820948	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
822318--822885	134	4.2	134	88	2	786	28	17	22	31	1.97
823194--823288	42	2.3	41	81	1	109	33	22	18	25	1.97
823638--823691	28	1.9	28	96	0	99	29	12	16	40	1.86
824680--824708	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
826817--826850	13	2.8	12	86	4	50	50	8	14	26	1.72
832180--832222	20	2.3	19	84	11	61	23	27	9	39	1.85
832185--832222	20	1.9	20	94	0	67	23	26	10	39	1.87
834674--834745	17	4.2	17	100	0	144	65	5	12	16	1.44
836674--836721	20	2.3	21	82	3	62	29	25	16	29	1.97
839894--840107	107	2.0	107	100	0	428	36	13	10	40	1.78
849741--849775	18	1.9	18	100	0	70	28	34	22	14	1.93
850838--850902	22	3.0	22	86	0	94	41	16	21	20	1.90
852530--852587	30	1.9	31	82	3	73	34	24	8	32	1.86
852575--853803	612	2.0	609	99	0	2415	37	17	9	35	1.82
859548--859588	21	2.0	21	90	0	64	26	19	21	31	1.97
860319--860398	25	3.3	24	75	17	85	26	26	23	23	2.00
865808--865839	12	2.7	12	95	0	55	37	18	25	18	1.94
866609--866701	25	3.8	24	72	16	75	27	24	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866618--866697	25	3.3	24	77	17	94	26	26	25	22	2.00
870706--870794	30	3.0	30	81	0	97	38	22	24	14	1.92
870717--870796	30	2.7	30	82	0	106	36	23	25	15	1.93
871372--871411	20	2.0	21	90	5	64	30	22	27	20	1.98
873653--873703	24	2.1	24	88	0	75	13	23	33	29	1.93
874213--874240	13	2.2	13	100	0	56	14	17	21	46	1.84
876183--876379	96	2.1	96	87	1	279	26	14	17	41	1.87
876480--876549	32	2.2	32	89	0	104	18	28	28	24	1.98
880396--880460	28	2.3	28	86	0	85	21	26	26	26	2.00
887713--887738	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12