genome.fa.s8100.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008100.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110630_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1372717

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--39	19	2.0	19	100	0	76	21	15	26	36	1.93
6735--6768	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
7193--7264	37	2.0	36	91	5	119	47	15	5	31	1.68
7198--7284	35	2.4	36	84	5	106	42	16	9	32	1.79
9118--9146	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
9830--9882	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
10483--10580	31	3.0	31	79	7	97	33	10	10	45	1.72
13258--13365	7	15.4	7	72	3	65	25	0	27	47	1.52
13236--13395	42	3.8	41	75	8	144	26	0	26	46	1.53
13258--13374	28	4.1	27	70	17	78	25	0	27	47	1.53
13300--13409	14	7.8	14	71	15	57	24	0	27	48	1.52
13279--13451	28	6.1	29	70	12	101	26	0	25	47	1.56
13323--13479	57	2.8	56	80	5	190	24	0	28	46	1.57
13295--13409	21	5.4	21	71	10	81	25	0	27	46	1.53
15395--15427	12	2.8	12	95	0	57	33	27	18	21	1.96
16526--16894	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
17576--17622	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
20095--20387	19	16.4	19	83	14	392	47	18	20	14	1.83
20123--20409	52	5.4	55	90	8	356	46	17	21	14	1.83
20095--20409	128	2.6	128	88	7	462	46	18	20	14	1.83
20416--20517	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
20624--20660	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22562--22696	19	7.6	19	75	16	110	45	25	18	9	1.80
22618--22674	14	3.7	14	72	20	51	45	28	19	7	1.76
22599--22691	33	2.8	33	91	0	159	47	24	19	8	1.77
22562--22696	52	2.5	54	77	18	149	45	25	18	9	1.80
22692--22820	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
22692--22783	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
22864--23333	93	5.1	93	97	2	894	46	18	12	22	1.82
22864--23333	184	2.6	184	98	0	906	46	18	12	22	1.82
25032--25121	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
25024--25138	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
25031--25143	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
25155--25209	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
25139--25209	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
25150--25231	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
25162--25250	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
25328--25398	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
25580--25634	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
25780--25973	20	9.6	20	81	6	212	19	19	25	35	1.95
25780--25973	60	3.2	60	82	1	244	19	19	25	35	1.95
26029--26080	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
35480--35524	23	2.0	23	81	0	54	17	13	11	57	1.64
49584--49622	19	2.1	19	85	0	51	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54815--54873	3	19.7	3	96	0	109	69	0	0	30	0.89
55148--57949	113	24.8	111	91	3	4292	28	20	14	36	1.92
60954--61176	114	2.0	113	88	0	329	30	20	15	33	1.94
63339--63375	12	3.1	12	92	7	58	0	16	0	83	0.64
63338--63392	19	2.7	20	77	11	67	1	21	0	76	0.88
66183--66235	6	8.7	6	81	4	61	52	7	15	24	1.68
66183--66235	12	4.3	12	95	4	97	52	7	15	24	1.68
67717--67775	20	2.9	21	80	12	61	67	3	0	28	1.06
67755--67790	19	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
67747--67790	20	2.3	19	88	11	63	68	0	0	31	0.90
78933--78998	25	2.8	24	72	9	64	65	1	0	33	1.02
80740--80791	9	6.1	9	76	13	56	32	1	1	63	1.16
80739--80788	17	3.0	17	91	2	75	34	2	4	60	1.27
80748--80793	16	2.9	16	87	6	58	30	2	2	65	1.16
88462--88549	38	2.4	36	92	5	149	9	11	39	39	1.73
88462--88549	37	2.4	37	94	3	151	9	11	39	39	1.73
89338--89383	18	2.7	18	93	6	78	28	32	6	32	1.83
98336--98699	182	2.0	182	98	0	710	31	15	21	31	1.94
100462--100493	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
107736--107787	21	2.4	22	81	12	72	19	36	23	21	1.95
107770--107807	20	1.9	20	84	10	51	26	36	26	10	1.89
113919--114081	64	2.6	63	87	7	242	34	20	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114462--114539	37	2.1	38	87	2	113	26	21	14	37	1.92
114545--114740	36	5.4	36	91	0	275	23	21	14	39	1.91
122320--122405	24	3.6	24	96	0	154	12	43	17	26	1.85
122713--122895	91	2.0	91	100	0	366	21	28	21	27	1.99
124807--124872	31	2.1	31	94	0	114	31	15	30	22	1.95
128467--128658	72	2.6	75	85	8	245	20	24	31	23	1.98
130607--130646	20	2.0	21	85	5	55	30	0	15	55	1.41
130998--131057	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
134846--134885	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
136826--136949	54	2.3	55	88	2	180	21	23	32	22	1.98
140685--140739	24	2.4	21	75	16	56	40	5	1	52	1.35
141084--141141	15	3.9	15	80	10	75	31	15	1	51	1.53
148940--149008	34	2.0	34	94	0	120	36	7	13	43	1.71
152678--152720	20	2.3	19	88	8	61	51	9	18	20	1.74
152870--152944	37	2.0	37	85	10	100	50	2	1	45	1.24
155764--155799	17	2.1	17	94	0	63	22	36	25	16	1.94
155911--155965	16	3.4	16	87	0	74	23	25	12	38	1.90
156221--156267	14	3.7	14	71	26	50	42	0	6	51	1.27
156221--156266	23	2.0	24	95	4	85	41	0	6	52	1.27
156832--156884	24	2.2	24	82	0	61	45	28	22	3	1.70
157843--157871	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
159431--159655	102	2.2	102	94	0	387	50	17	8	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159919--160044	6	21.3	6	68	9	62	11	0	43	44	1.45
159927--160075	18	8.3	18	73	12	83	14	2	41	41	1.59
159908--159984	29	2.7	29	77	0	82	12	1	40	45	1.51
159925--160077	54	2.8	52	79	14	168	14	2	41	41	1.59
160034--160075	19	2.3	18	91	4	66	16	7	38	38	1.76
160750--160827	13	5.6	15	75	20	64	50	1	0	48	1.09
160780--160832	10	4.7	11	82	15	56	50	0	0	49	1.00
160760--161038	31	9.0	29	72	21	135	49	2	2	45	1.28
160779--160935	14	10.5	14	74	17	61	49	0	2	47	1.19
160939--161032	34	3.0	30	73	18	91	50	3	4	42	1.38
161021--161062	22	2.0	21	90	9	68	50	9	4	35	1.56
161179--161230	24	2.2	24	86	6	70	42	7	5	44	1.57
161179--161244	22	2.8	23	82	13	73	42	10	6	40	1.64
161322--161376	19	2.8	20	83	5	76	21	0	34	43	1.53
163763--163800	19	2.0	20	85	15	53	5	34	0	60	1.19
164992--165036	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
169679--169733	20	2.6	20	83	11	65	23	29	29	18	1.98
169679--169740	23	2.9	21	83	7	72	20	33	25	19	1.96
169722--169761	21	1.9	21	84	0	53	25	37	25	12	1.91
172017--172101	34	2.5	34	100	0	170	37	0	29	32	1.58
172076--172197	61	2.0	61	98	0	235	40	7	24	27	1.82
173297--173367	37	2.0	36	83	5	90	40	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173584--173752	2	86.0	2	73	16	113	44	5	1	48	1.35
173651--173759	15	7.3	15	69	19	50	46	4	1	46	1.34
173582--173767	9	20.7	9	68	16	75	45	4	1	47	1.33
173767--173809	18	2.4	18	88	0	59	32	6	2	58	1.38
173777--173816	18	2.2	18	100	0	80	30	5	5	60	1.40
173806--173991	13	13.1	14	65	25	72	43	3	5	46	1.45
173640--173833	89	2.1	89	84	5	246	43	5	2	48	1.40
173869--174027	18	9.5	18	70	17	94	45	1	4	49	1.30
173855--174014	83	1.9	84	93	1	277	46	2	4	46	1.36
173956--174014	9	6.6	9	72	14	50	44	0	5	50	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7