genome.fa.s8105.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008105.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110637_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5962497

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3418--3467	20	2.6	19	87	3	64	24	24	20	32	1.98
3419--3467	19	2.5	20	86	3	64	24	24	18	32	1.97
7268--7305	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7746--7804	21	2.8	21	75	10	57	22	0	28	49	1.50
10077--10103	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
10110--10172	30	2.1	31	87	3	92	41	1	12	44	1.52
10116--10199	30	2.8	30	78	12	91	44	2	9	44	1.49
10628--10688	23	2.6	24	80	12	81	44	14	14	26	1.84
12984--13021	16	2.3	17	95	4	69	42	0	0	57	0.98
12983--13023	17	2.4	18	88	12	68	41	0	0	58	0.98
13975--14008	17	2.0	17	100	0	68	17	29	5	47	1.71
28581--28619	13	3.0	13	92	7	62	71	0	23	5	1.05
28597--28637	21	2.0	21	85	0	55	78	0	12	9	0.98
29659--30145	55	8.9	55	87	5	648	31	16	24	27	1.96
29659--30107	111	4.1	111	89	4	642	31	16	24	28	1.96
29659--30107	166	2.7	167	89	5	662	31	16	24	28	1.96
35077--35225	3	49.7	3	89	0	226	61	0	3	34	1.17
35559--35605	24	2.0	23	84	12	60	14	21	6	57	1.60
35544--36441	113	8.0	113	96	0	1584	28	18	14	38	1.90
37023--37566	83	6.6	83	96	0	966	36	22	13	28	1.91
38726--38787	16	3.9	15	82	16	63	4	11	0	83	0.78
38710--38781	26	2.9	25	82	12	69	4	13	0	81	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38737--38792	13	4.3	13	78	17	55	3	12	0	83	0.76
38726--38787	24	2.5	24	80	10	72	4	11	0	83	0.78
38723--38798	32	2.4	31	82	6	98	5	14	0	80	0.88
38710--38787	25	3.2	25	79	15	74	3	14	0	82	0.81
38712--38793	33	2.5	33	86	8	112	3	14	0	81	0.82
49459--49483	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
51571--51719	3	49.7	3	91	0	244	63	0	2	33	1.14
54470--54548	20	4.0	20	77	12	81	45	6	7	40	1.58
61462--61488	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
89773--89830	30	1.9	30	96	0	107	51	5	13	29	1.63
92000--92053	25	2.2	25	86	6	74	1	22	9	66	1.30
92445--92485	15	2.9	14	85	7	55	41	0	2	56	1.13
92478--92544	3	22.3	3	93	0	116	62	0	2	34	1.10
92681--93517	113	7.5	113	89	5	1184	28	20	14	37	1.91
94187--94662	83	5.7	83	91	1	758	36	22	13	26	1.92
95755--95794	13	3.1	13	85	10	55	0	12	0	87	0.54
95755--95794	11	3.5	11	93	3	62	0	12	0	87	0.54
95764--95794	15	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.46
108499--108533	15	2.4	15	95	4	63	37	0	0	62	0.95
108532--108589	3	19.3	3	96	0	107	63	0	1	34	1.04
109780--109846	32	2.1	32	81	10	75	35	25	7	31	1.84
119524--119638	60	1.9	60	91	7	180	33	14	12	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126536--126575	18	2.2	19	86	4	55	35	0	7	57	1.27
127928--128032	37	2.9	36	77	19	103	45	0	5	48	1.26
127977--128107	37	3.4	37	75	23	128	39	0	8	51	1.32
127977--128049	15	4.5	15	74	22	67	42	0	4	53	1.20
128029--128158	32	4.4	32	81	18	190	35	0	11	53	1.37
128084--128126	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
128052--129052	54	18.6	54	71	16	348	33	0	13	52	1.42
128005--128908	134	6.8	134	78	13	718	34	0	13	52	1.42
128185--128343	32	4.8	32	68	15	106	34	0	13	51	1.42
128106--128737	80	7.9	80	86	6	911	33	0	14	52	1.43
128218--128308	22	4.0	22	78	10	110	32	0	15	51	1.44
128320--128362	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
128373--128443	22	3.0	23	75	15	81	29	0	16	53	1.44
128445--128492	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
128534--128576	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
128565--128618	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
128700--128742	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
128288--129052	300	2.5	299	91	4	1224	34	0	12	52	1.41
128722--129037	80	3.9	80	87	8	467	34	0	12	52	1.39
128110--128950	166	5.2	165	83	9	807	33	0	13	52	1.42
128745--128871	40	3.2	39	68	31	115	34	0	12	52	1.39
128722--129052	166	2.0	166	95	3	596	35	0	12	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128292--129051	134	5.6	131	72	16	484	34	0	12	52	1.41
129067--129125	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
139337--139517	60	3.0	59	77	7	186	33	23	4	37	1.77
139442--139521	30	2.6	31	74	18	80	35	27	3	33	1.75
147815--147957	59	2.4	61	79	8	159	35	16	4	43	1.69
148542--148689	60	2.5	59	81	3	172	41	6	25	27	1.80
163441--163485	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
164062--164096	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
164153--164196	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
164418--164463	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
165101--165404	149	2.0	149	96	0	563	28	17	19	34	1.95
165383--165427	23	2.0	23	81	0	54	20	24	31	24	1.98
168537--168580	21	2.2	20	87	4	61	31	27	25	15	1.96
169158--169192	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
169247--169290	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
169513--169540	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
170177--170478	149	2.0	147	95	1	541	27	17	20	34	1.95
170457--170501	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
173629--173673	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
174253--174287	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
174344--174387	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
174606--174645	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175290--175591	147	2.0	148	96	1	552	28	17	19	34	1.95
175570--175614	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
177976--178126	81	1.9	78	94	4	266	36	13	10	39	1.79
181034--181209	5	36.0	5	91	8	292	39	0	0	60	0.97
182568--182597	13	2.3	13	94	0	51	56	3	6	33	1.42
182924--182982	29	2.0	29	100	0	118	59	13	6	20	1.57
188779--188901	51	2.4	50	78	10	140	36	8	13	40	1.76
189287--189325	20	2.0	20	85	10	53	46	0	0	53	1.00
191360--191422	27	2.3	27	100	0	126	22	34	7	34	1.83
193425--193459	14	2.5	15	86	13	56	51	0	0	48	1.00
193648--193715	29	2.3	29	94	0	127	26	22	20	30	1.98
194756--194795	19	2.2	18	86	8	55	42	0	0	57	0.98
194916--195184	131	2.1	131	100	0	538	38	14	8	37	1.78
196267--196314	25	1.9	26	87	8	73	50	4	0	45	1.21
198504--198664	58	2.8	59	74	11	152	43	8	18	29	1.79
200111--200176	27	2.4	27	80	5	80	36	33	9	21	1.85
202696--202772	32	2.4	32	88	0	109	32	22	15	29	1.95
205507--205539	7	4.9	7	92	7	59	72	0	0	27	0.85
208862--208907	23	2.0	24	83	12	60	34	8	19	36	1.83
223645--223679	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
223817--223857	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
226434--227106	4	169.2	4	95	1	1156	22	0	27	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227793--227853	28	2.2	28	85	5	79	39	8	8	44	1.64
228475--228541	24	2.8	24	73	13	66	55	1	0	43	1.09
232152--232206	21	2.6	21	79	0	74	12	20	34	32	1.90
232591--232683	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
232588--232683	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
232591--232683	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
232672--232766	20	4.7	20	77	2	82	35	24	16	23	1.95
232669--232746	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
234596--234640	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
235113--235179	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30