genome.fa.s8105.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008105.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110637_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5962497

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235152--235262	32	3.4	32	92	1	186	46	23	19	9	1.80
235168--235257	14	5.9	14	71	19	63	47	24	18	8	1.77
235269--235408	19	7.6	19	79	10	130	13	20	23	42	1.88
235316--235389	39	1.9	38	88	2	112	14	24	22	37	1.92
237259--237294	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
237401--237477	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
237411--237477	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
237891--237926	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
238033--238109	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
238043--238109	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
237009--238347	632	2.1	633	99	0	2644	32	12	19	35	1.89
239214--239272	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
239447--239471	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
241766--241852	19	5.1	19	66	25	77	44	17	24	13	1.85
241766--241863	33	2.9	35	90	3	123	44	18	23	13	1.85
241766--241852	33	2.6	33	98	0	165	44	17	24	13	1.85
241859--241901	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
241887--241920	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
242042--242078	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
243435--243528	42	2.2	42	81	7	102	22	21	34	22	1.97
243465--243557	42	2.2	42	79	9	100	24	16	36	22	1.94
245582--245680	33	3.0	33	89	1	144	39	21	26	13	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245652--245702	19	2.7	19	96	0	93	45	21	21	11	1.84
245698--245764	19	3.5	19	83	2	80	10	16	23	49	1.77
246306--246383	41	1.9	41	83	0	102	21	15	21	41	1.90
246287--246380	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
246369--246464	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
246369--246461	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
248748--248809	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
249743--249774	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
258826--258881	15	3.6	15	74	9	58	41	12	12	33	1.81
258829--258879	17	3.1	17	72	11	52	41	11	9	37	1.75
258923--259031	33	3.4	33	88	3	161	45	13	8	32	1.73
259020--259061	21	2.0	21	90	0	66	50	7	11	30	1.66
263505--263838	150	2.2	154	85	6	430	47	6	17	29	1.72
268149--268175	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
271618--271710	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
271699--271813	20	5.7	20	81	6	106	31	25	18	25	1.97
271618--271710	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
271696--271833	41	3.4	41	78	6	145	34	23	17	24	1.96
272309--272365	20	2.8	20	86	0	69	17	17	21	43	1.88
273685--273729	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
274205--274250	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
274216--274270	20	2.8	19	78	10	58	40	20	21	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274260--274317	14	3.9	14	75	16	62	50	22	17	10	1.76
274244--274336	32	2.8	33	91	3	152	47	20	19	12	1.82
274351--274408	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
274346--274424	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
274411--274464	20	2.7	20	94	0	90	14	22	24	38	1.91
274411--274480	20	3.5	20	86	0	59	14	18	24	42	1.87
276484--276551	19	3.8	19	81	14	92	47	16	22	14	1.82
276570--276627	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
277684--277737	24	2.2	24	86	0	72	24	14	20	40	1.90
277912--277936	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
280217--280333	19	6.7	19	73	18	119	43	18	23	13	1.86
280217--280333	52	2.2	52	95	0	207	43	18	23	13	1.86
280329--280418	33	2.7	33	92	0	144	13	21	21	44	1.85
280358--280418	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
280344--280400	14	3.7	14	72	20	51	8	22	22	45	1.80
280525--280561	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
281918--281984	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
284132--284201	19	3.7	19	96	0	122	47	21	20	11	1.81
284064--284147	33	2.5	33	94	1	141	38	22	26	13	1.91
284197--284263	19	3.5	19	79	2	80	8	14	22	53	1.69
285666--285743	32	2.5	30	82	12	86	55	15	10	19	1.68
286060--286097	18	2.1	19	90	5	60	47	0	5	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290981--291050	29	2.4	29	90	0	104	25	14	27	32	1.94
291392--291435	22	2.0	22	95	0	79	38	20	9	31	1.84
293149--293180	16	1.9	17	93	6	57	56	0	3	40	1.15
293768--293792	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
293828--293866	19	2.1	19	90	0	60	53	0	0	46	1.00
301708--301771	32	2.0	32	93	0	110	29	6	15	48	1.70
309115--309166	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
309156--309254	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
309221--309414	20	9.6	20	80	5	212	35	25	19	19	1.95
309221--309414	60	3.2	60	82	0	244	35	25	19	19	1.95
309796--309866	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
311098--311122	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
311297--311343	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
312015--312403	20	19.5	20	87	4	480	20	19	25	34	1.96
313356--313395	21	1.9	21	89	0	62	72	5	0	22	1.04
314550--314598	25	1.9	26	83	4	64	48	10	10	30	1.70
315135--315195	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
315796--315860	32	2.0	32	81	0	76	35	35	7	21	1.82
316608--316649	5	8.2	5	80	15	50	40	2	0	57	1.12
319181--319296	59	1.9	62	81	11	143	70	1	9	18	1.22
320454--320748	37	8.1	37	77	14	260	46	6	4	42	1.48
320454--320716	138	1.9	136	84	11	343	47	6	3	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330633--330692	2	30.5	2	96	3	113	50	0	0	50	1.00
333089--333120	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
336413--336487	36	2.1	36	100	0	150	44	10	21	24	1.84
336902--337220	170	1.9	167	81	4	390	39	11	9	39	1.74
355057--355089	9	3.8	9	88	8	50	18	0	9	72	1.10
380140--380276	68	2.0	68	98	0	265	32	16	13	38	1.86
383962--384045	31	2.9	28	79	11	96	36	10	15	36	1.82
387762--387833	25	2.8	25	80	4	72	38	19	5	36	1.75
388242--388664	151	2.8	148	77	3	450	41	7	16	33	1.77
388661--388705	23	2.0	23	95	0	81	42	4	11	42	1.60
391849--391889	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
391928--392087	59	2.7	58	78	13	164	35	20	3	41	1.68
392254--392365	29	3.8	29	71	11	84	35	3	26	33	1.74
392266--392412	58	2.5	58	80	10	138	36	4	25	33	1.77
393392--393500	57	1.9	58	94	1	193	31	16	19	33	1.94
394360--394398	18	2.2	18	85	0	51	38	2	2	56	1.27
395145--395194	22	2.3	22	96	0	91	46	4	16	34	1.65
395931--396009	30	2.6	30	86	7	99	25	24	5	45	1.73
396701--396786	30	2.8	31	74	10	95	26	13	4	54	1.59
400810--400857	18	2.7	18	87	3	62	33	8	27	31	1.86
402370--402423	10	5.4	10	75	16	58	18	0	5	75	0.98
402370--402424	20	2.8	20	100	0	110	18	0	5	76	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
402653--402704	19	2.8	19	77	13	54	65	0	0	34	0.93
402653--402704	6	8.7	6	79	8	52	65	0	0	34	0.93
403687--403730	20	2.2	20	84	4	54	20	27	22	29	1.99
403769--403844	21	3.6	21	92	0	125	30	15	19	34	1.93
403769--403870	42	2.5	42	83	4	118	28	17	20	33	1.96
406489--406975	43	11.7	43	76	11	395	35	19	20	24	1.96
406529--406975	85	5.4	85	77	12	419	34	20	20	25	1.96
406685--406826	74	1.9	74	94	0	248	35	20	21	22	1.96
410626--411007	41	9.4	42	79	8	355	34	17	18	29	1.94
410626--411007	82	4.7	82	83	3	418	34	17	18	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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