genome.fa.s8105.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008105.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110637_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5962497

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415497--2415574	19	4.1	19	88	1	93	41	19	23	16	1.90
2415505--2415574	19	3.6	19	88	1	95	40	20	24	15	1.91
2415585--2415648	20	3.2	20	82	8	85	17	25	25	32	1.96
2415615--2415674	20	3.0	20	87	2	75	21	15	26	36	1.93
2416023--2416077	21	2.6	21	80	5	67	25	40	12	21	1.89
2416014--2416103	40	2.2	41	82	4	110	23	38	14	23	1.91
2416044--2416122	40	1.9	42	82	5	99	22	37	18	20	1.94
2416653--2416709	19	2.9	19	75	14	62	66	1	8	22	1.29
2416796--2416928	22	6.0	21	69	17	74	66	0	4	27	1.16
2416799--2416918	24	4.9	23	69	23	68	65	0	4	30	1.17
2417119--2417165	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
2417527--2417597	37	1.9	37	91	0	115	32	12	11	43	1.78
2422420--2422475	20	2.8	20	94	0	94	32	33	16	17	1.92
2422524--2422589	26	2.5	26	95	0	123	24	22	22	30	1.99
2428367--2428447	23	3.7	23	73	8	87	27	24	24	23	2.00
2431159--2431246	45	2.0	45	88	4	133	28	26	18	27	1.98
2432243--2432267	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2434458--2434516	12	5.0	12	76	10	59	55	0	3	40	1.16
2434464--2434516	3	17.7	3	76	0	52	56	0	3	39	1.17
2434465--2434526	27	2.3	28	81	10	76	53	0	3	43	1.17
2434996--2435028	14	2.3	15	94	5	59	69	0	0	30	0.88
2435719--2435805	41	2.1	42	89	2	131	35	20	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437128--2437178	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2437202--2437240	12	3.6	12	74	25	50	25	17	30	25	1.97
2437194--2437249	20	2.8	20	97	0	103	23	19	32	25	1.98
2437022--2437229	65	3.2	64	80	13	239	27	16	25	29	1.97
2437565--2437644	31	2.6	31	91	0	124	31	35	2	31	1.71
2438680--2438797	44	2.7	42	79	8	128	26	18	26	28	1.98
2444212--2444374	65	2.5	64	84	3	220	26	15	26	30	1.96
2444322--2444372	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2444216--2444423	65	3.2	65	81	12	207	26	17	25	29	1.97
2449565--2449635	3	23.7	3	100	0	142	33	0	0	66	0.92
2450893--2450934	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2456441--2456487	24	2.0	24	95	0	85	40	12	14	31	1.84
2456554--2456605	21	2.4	21	90	3	86	40	15	19	25	1.90
2459008--2459144	21	6.4	21	77	3	139	37	24	14	23	1.92
2458975--2459063	23	4.0	23	76	5	92	33	25	16	23	1.96
2459001--2459144	42	3.4	42	82	1	162	35	25	14	24	1.94
2461247--2461289	21	2.0	22	86	9	61	58	4	2	34	1.32
2461247--2461294	21	2.3	19	82	13	51	62	4	2	31	1.26
2472732--2473033	54	5.5	54	80	7	311	25	26	21	26	2.00
2472735--2473000	27	9.5	28	68	19	128	25	27	21	25	2.00
2472732--2473033	55	5.5	55	80	6	299	25	26	21	26	2.00
2472735--2472946	113	1.9	114	93	1	372	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472735--2473033	109	2.7	110	85	4	343	25	26	21	26	2.00
2473808--2473865	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2474688--2474767	42	1.9	42	85	10	110	56	2	2	38	1.26
2474979--2475032	25	2.1	27	82	6	67	20	3	0	75	0.95
2475589--2475679	46	2.0	46	91	0	146	27	40	18	13	1.88
2480267--2480306	21	1.9	21	89	0	62	17	25	17	40	1.91
2480262--2480314	21	2.5	21	78	0	61	20	22	18	37	1.94
2480308--2480395	20	4.3	20	79	2	113	38	20	20	20	1.94
2480308--2480395	41	2.2	40	85	2	113	38	20	20	20	1.94
2480565--2480625	18	3.0	22	68	26	60	27	39	14	18	1.90
2480957--2481004	20	2.4	20	85	0	69	35	25	18	20	1.95
2481047--2481096	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
2482982--2483087	20	5.3	20	91	0	167	37	19	18	23	1.94
2483225--2483279	20	2.8	20	100	0	110	16	18	23	41	1.89
2483755--2483859	21	5.0	21	74	3	95	21	36	19	22	1.95
2483752--2483862	42	2.6	42	78	5	118	21	36	18	22	1.95
2485216--2485251	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2485357--2485428	33	2.1	34	92	2	119	45	19	22	12	1.83
2485437--2485581	19	7.8	19	88	9	228	15	21	17	46	1.84
2485586--2485674	20	4.4	20	87	2	126	19	22	23	34	1.96
2485662--2485688	14	1.9	14	100	0	54	7	22	29	40	1.81
2488117--2488174	24	2.4	24	88	0	89	36	15	20	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489012--2489110	20	4.9	20	83	2	69	25	19	18	37	1.94
2489022--2489148	40	3.2	40	83	5	157	24	18	18	39	1.92
2489022--2489148	20	6.3	20	77	3	130	24	18	18	39	1.92
2489145--2489190	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2491749--2491848	21	4.8	21	97	0	182	34	22	23	21	1.97
2491749--2491928	42	4.5	42	81	14	220	34	23	22	19	1.97
2491815--2491878	33	1.9	33	96	0	119	35	25	20	18	1.95
2491848--2491928	21	3.9	21	87	6	112	34	24	22	18	1.96
2491794--2491901	54	2.0	54	96	0	198	35	25	21	18	1.96
2491848--2491943	21	4.7	21	73	19	78	34	23	21	19	1.97
2491752--2491928	96	1.8	96	89	4	277	34	23	22	19	1.97
2499114--2499144	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2505032--2505056	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2506487--2506521	4	8.5	4	93	6	61	22	0	0	77	0.78
2507985--2508011	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
2509670--2509818	31	5.0	31	87	8	220	37	19	20	22	1.94
2509670--2509818	58	2.5	61	89	7	218	37	19	20	22	1.94
2510563--2510607	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2513517--2513669	31	5.0	31	91	3	247	37	20	19	22	1.95
2513517--2513665	61	2.4	61	92	3	237	36	21	19	22	1.95
2514032--2514070	16	2.4	16	83	12	53	43	17	5	33	1.72
2514418--2514457	21	2.0	20	85	5	53	17	25	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515264--2515290	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
2524260--2524303	7	5.6	8	89	10	65	75	0	13	11	1.06
2524260--2524325	9	7.9	9	81	11	54	74	0	13	12	1.08
2524237--2524303	16	4.2	16	80	14	68	76	2	13	7	1.12
2524245--2524302	22	2.6	22	86	8	73	75	1	13	8	1.10
2524260--2524308	16	3.1	16	82	2	64	75	0	14	10	1.04
2525713--2525737	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2531875--2531900	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
2531899--2531931	17	1.9	17	88	11	50	24	0	0	75	0.80
2536397--2536470	37	2.0	36	84	7	96	51	2	0	45	1.15
2538646--2538722	3	25.7	3	94	0	136	64	1	1	32	1.09
2538877--2539716	116	7.3	116	90	4	1249	28	20	14	35	1.92
2538859--2539739	229	3.8	229	91	2	1289	28	20	14	36	1.92
2540319--2540877	84	6.7	84	97	1	1068	36	22	13	26	1.92
2541909--2541955	5	9.4	5	80	17	53	0	14	0	85	0.61
2541907--2541955	15	3.2	15	85	5	71	0	16	0	83	0.64
2541909--2541955	20	2.3	20	92	7	78	0	14	0	85	0.61
2552575--2552624	18	2.8	18	79	8	59	72	2	0	26	0.96
2554273--2554318	23	2.1	22	84	11	60	0	28	4	67	1.10
2554715--2554794	3	26.7	3	94	0	142	65	1	1	32	1.09
2557306--2557463	79	2.0	79	100	0	316	18	13	17	49	1.80
2559560--2559933	184	2.0	183	93	1	633	46	7	3	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571203--2571247	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
2573311--2573356	23	2.0	23	86	0	65	34	10	17	36	1.85
2573400--2573434	16	2.2	16	100	0	70	48	28	5	17	1.69
2574083--2574464	150	2.6	149	80	6	427	34	8	17	40	1.79
2576727--2576752	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
2584553--2584587	6	5.7	6	93	6	61	17	20	31	31	1.95
2585061--2585135	29	2.5	29	89	4	105	38	9	10	41	1.72
2588048--2588094	22	2.1	23	84	7	62	27	29	8	34	1.87
2588298--2588329	14	2.3	14	94	0	55	40	37	0	21	1.54
2597872--2598080	65	3.2	64	82	12	239	31	23	18	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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