genome.fa.s8166.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008166.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110747_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2544747

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1931--1976	22	2.2	21	84	7	58	30	13	26	30	1.93
2461--2940	81	6.0	81	91	1	768	35	10	21	32	1.88
5398--5432	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7763--8729	81	12.0	81	89	0	1405	36	10	20	32	1.87
9494--9539	20	2.3	20	88	3	67	39	0	21	39	1.54
19116--19150	18	1.9	18	100	0	70	40	17	2	40	1.64
21176--21265	18	5.2	18	76	17	84	16	46	20	16	1.84
21197--21259	13	4.5	13	74	18	63	15	46	22	15	1.84
21180--21259	31	2.6	30	88	5	124	16	46	21	16	1.84
21233--21287	8	7.5	8	80	19	75	14	38	25	21	1.92
21249--21288	7	5.4	7	91	8	62	12	35	27	25	1.92
21249--21287	15	2.6	15	100	0	78	12	35	25	25	1.92
23773--23872	24	4.2	24	71	5	85	24	13	16	47	1.81
26048--26110	13	4.5	13	74	18	63	15	46	22	15	1.84
26026--26116	18	5.2	18	78	16	93	16	47	19	16	1.83
26030--26110	31	2.6	31	90	0	135	16	46	20	16	1.83
26084--26138	8	7.5	8	80	19	75	14	38	25	21	1.92
26100--26139	7	5.4	7	91	8	62	12	35	27	25	1.92
26100--26138	15	2.6	15	100	0	78	12	35	25	25	1.92
28627--28726	24	4.2	24	71	5	85	24	13	16	47	1.81
34921--34978	25	2.3	25	96	0	107	27	32	12	27	1.92
41026--41051	12	2.2	12	100	0	52	23	0	53	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41747--41808	21	2.9	21	85	4	70	16	25	35	22	1.94
52533--52581	13	3.8	13	94	0	80	32	20	12	34	1.90
61103--61193	29	3.1	28	70	9	74	37	16	4	41	1.68
61962--61990	13	2.2	13	100	0	58	27	0	27	44	1.54
63057--63109	21	2.4	22	78	18	56	49	1	0	49	1.12
63796--63888	46	2.1	44	83	4	114	29	8	3	59	1.43
63818--63884	28	2.5	26	73	20	64	26	7	4	61	1.42
64683--64801	6	19.7	6	91	5	195	2	47	0	49	1.14
65555--65605	20	2.5	20	77	0	57	31	21	17	29	1.96
71659--71696	19	2.0	20	89	5	60	10	34	0	55	1.34
77386--77520	60	2.3	61	87	6	188	32	17	5	44	1.71
77675--77837	60	2.7	60	80	5	161	46	4	13	34	1.65
82816--83287	233	2.0	235	88	4	695	40	12	14	32	1.84
84741--84936	70	2.8	69	88	1	257	27	18	23	29	1.98
86114--86193	35	2.3	35	86	4	117	45	22	0	32	1.53
86114--86209	35	2.7	35	82	6	88	42	26	2	29	1.66
86377--86780	148	2.7	147	94	1	684	37	8	9	44	1.67
88508--88575	25	2.6	27	86	6	95	16	23	22	38	1.93
89831--89910	35	2.3	35	88	0	124	33	0	25	41	1.56
91391--91419	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
92209--92260	18	2.7	19	79	11	61	51	0	3	44	1.19
92200--92281	42	1.9	44	82	9	107	51	1	3	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92253--92284	2	17.0	2	87	12	50	53	0	0	46	1.00
92209--92262	21	2.7	20	78	21	60	51	0	3	44	1.19
99393--99484	39	2.4	39	86	0	130	21	16	10	51	1.75
99518--99756	121	2.0	122	80	13	280	26	20	15	37	1.93
99775--100171	157	2.5	156	82	8	459	27	21	15	35	1.93
102617--102678	14	4.4	14	81	8	63	4	14	0	80	0.87
102597--102713	33	3.7	33	76	14	104	5	14	0	80	0.88
102607--102720	45	2.6	44	82	13	128	4	14	0	80	0.86
102609--102724	29	3.7	31	79	10	112	4	15	0	80	0.87
110061--110442	157	2.4	162	83	5	449	28	22	14	35	1.93
112558--112719	83	2.0	82	90	6	256	43	13	3	38	1.62
115954--116041	13	6.5	13	80	14	97	18	45	20	15	1.85
116003--116055	8	7.5	8	73	26	57	15	43	22	18	1.87
115972--116032	31	2.0	31	93	0	104	19	47	18	14	1.82
115949--116041	44	2.1	43	90	2	141	18	46	20	15	1.84
115980--116020	18	2.3	18	86	0	64	21	48	19	9	1.77
117333--117368	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
118509--118582	23	3.2	23	83	9	96	24	17	21	36	1.95
118515--118589	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
120780--120868	13	6.5	13	82	12	106	17	46	20	15	1.85
120794--120859	31	2.1	31	91	0	105	19	48	18	13	1.81
120830--120882	8	7.5	8	73	26	57	15	43	22	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120775--120868	44	2.1	44	92	0	152	18	46	20	14	1.83
120807--120847	18	2.3	18	86	0	64	21	48	19	9	1.77
122173--122208	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
123368--123435	22	3.0	22	85	8	100	26	16	22	35	1.94
123368--123441	24	3.2	24	88	3	107	25	17	21	35	1.95
147090--147171	22	3.8	21	73	19	71	78	0	13	8	0.97
147080--147177	28	3.5	27	74	15	76	78	0	13	8	0.96
148381--148496	37	3.2	37	90	4	175	37	18	23	21	1.94
148392--148500	35	3.0	36	90	5	168	36	19	22	22	1.95
148504--148692	55	3.5	54	73	10	161	30	17	22	29	1.97
149110--149134	11	2.3	11	100	0	50	56	0	24	20	1.43
151250--151316	30	2.2	30	86	0	89	40	4	17	37	1.70
152278--152316	20	1.9	21	89	5	62	30	5	28	35	1.79
152278--152328	20	2.5	20	84	12	61	31	3	29	35	1.76
153563--153607	22	2.0	22	95	0	81	35	2	13	48	1.54
157376--157415	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
161182--161260	23	3.6	21	73	13	70	26	25	20	27	1.99
163923--164055	63	2.1	64	81	8	155	27	21	20	31	1.98
166960--167085	47	2.8	45	85	5	164	32	21	7	38	1.81
171138--171197	17	3.5	17	95	0	102	40	6	18	35	1.77
171135--171215	34	2.4	34	82	0	99	39	11	16	33	1.83
185868--186014	77	1.9	78	82	9	185	39	10	6	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198396--198434	21	1.9	20	94	5	69	28	15	25	30	1.96
198478--198536	21	2.8	22	87	5	86	25	18	22	33	1.96
205153--205332	41	4.4	41	80	4	166	37	22	8	30	1.85
205153--205332	82	2.2	82	80	2	200	37	22	8	30	1.85
208649--208686	20	1.9	20	88	0	58	63	2	7	26	1.35
208748--208782	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
209230--209331	34	2.9	36	88	7	163	28	13	13	44	1.82
209879--210815	105	9.0	105	91	1	1382	23	16	25	34	1.96
211458--211615	68	2.4	66	84	4	201	35	8	22	32	1.85
211459--211851	65	5.7	67	73	12	189	38	11	20	28	1.88
211591--211871	36	8.0	35	78	12	272	40	14	19	25	1.90
211539--211852	138	2.3	137	84	1	423	39	13	20	27	1.89
211627--211815	102	1.9	102	88	2	290	40	13	19	26	1.89
211733--211905	36	4.8	36	85	4	172	39	16	20	23	1.91
212801--212849	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
212813--212856	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
213489--213569	23	3.5	22	71	15	65	1	13	8	76	1.07
213509--213586	8	10.1	7	79	17	68	0	15	7	76	0.99
213503--213557	16	3.4	17	78	7	53	0	16	9	74	1.06
213549--213592	16	2.8	16	90	10	65	0	13	9	77	0.99
213488--213585	46	2.1	46	81	10	112	1	15	8	75	1.08
216772--216806	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216817--216854	20	1.9	20	88	0	58	63	2	7	26	1.35
216917--216941	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
217348--217486	37	3.8	37	83	5	167	31	13	12	41	1.83
217382--217482	34	2.9	34	91	4	157	29	13	11	44	1.80
218853--218911	21	2.8	21	97	0	109	16	25	18	38	1.92
218912--219045	20	6.7	20	83	6	146	31	21	20	26	1.98
218912--219007	40	2.4	40	98	0	183	34	18	21	25	1.96
219865--219918	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
220108--220144	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
222173--222207	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10