genome.fa.s8166.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008166.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110747_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2544747

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813963--814083	17	6.8	18	68	18	67	72	2	7	17	1.18
813971--814049	22	3.7	20	72	21	54	74	3	5	16	1.14
814039--814084	13	3.7	13	80	11	60	71	0	10	17	1.13
814534--814559	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
814600--814670	31	2.4	29	74	17	74	61	0	5	32	1.19
814637--814667	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
815867--815900	11	3.1	11	95	0	59	70	0	2	26	1.01
819540--819706	62	2.7	60	81	9	176	35	14	2	46	1.58
824009--824059	26	2.0	25	96	3	93	43	11	17	27	1.84
824542--824599	20	2.8	21	81	5	73	27	34	12	25	1.91
826097--826266	89	1.9	88	89	4	261	44	7	10	37	1.66
831249--831309	33	1.9	33	83	12	83	24	11	9	54	1.66
831768--831809	21	2.0	21	90	9	68	38	14	9	38	1.78
834703--834741	20	2.0	20	90	5	62	23	25	25	25	2.00
834727--834784	19	2.8	21	77	17	68	18	17	36	27	1.94
839294--840013	54	13.5	53	91	2	1110	25	26	17	30	1.97
839286--840013	107	6.8	107	91	2	1141	25	26	17	30	1.97
841349--841423	1	75.0	1	81	0	78	6	4	0	89	0.59
841340--841423	24	3.6	23	84	10	100	7	3	1	88	0.68
841340--841423	39	2.2	37	89	4	123	7	3	1	88	0.68
841359--841431	24	3.0	24	80	11	60	9	8	0	82	0.85
850478--850831	177	2.0	177	100	0	708	28	38	14	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852664--852762	23	4.4	23	88	8	134	33	18	23	25	1.97
856010--856972	480	2.0	482	99	0	1894	26	18	13	41	1.88
858985--859023	20	2.0	20	95	5	71	20	25	28	25	1.99
859408--859751	54	6.4	54	84	2	406	37	19	15	27	1.92
860605--860669	16	4.0	16	74	22	55	76	3	16	3	1.03
860606--860710	18	5.2	21	72	12	71	74	2	20	2	1.08
860675--860733	26	2.2	27	82	14	70	72	3	23	0	0.99
860605--860731	22	6.0	21	72	10	80	74	3	20	2	1.07
862835--862900	33	2.0	34	93	3	116	39	7	18	34	1.79
862772--862955	89	2.1	90	86	5	257	37	9	15	37	1.80
862840--862914	34	2.2	33	88	6	107	40	10	14	34	1.81
862873--863172	55	5.5	55	83	3	245	34	8	15	42	1.76
862872--863172	109	2.8	109	78	7	308	34	7	15	41	1.76
863026--863197	54	3.2	53	83	4	202	29	8	18	44	1.78
864665--864878	117	1.8	117	88	2	331	35	14	25	23	1.93
864740--865535	203	3.9	203	84	3	960	34	16	20	28	1.95
865514--865616	42	2.5	42	77	3	118	29	20	16	33	1.94
868839--868971	59	2.2	59	77	13	139	37	17	13	31	1.88
870537--870584	2	24.0	2	86	0	69	47	0	52	0	1.00
870537--870583	12	3.9	12	91	0	76	46	0	53	0	1.00
872369--872601	54	4.3	54	83	2	279	29	18	20	32	1.96
872390--872595	108	1.9	108	88	2	315	30	17	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874293--874691	196	2.0	197	97	0	755	26	22	11	39	1.87
876942--877015	37	2.0	37	94	0	130	28	17	10	43	1.83
879372--879715	54	6.4	54	82	3	397	29	17	17	36	1.93
879372--879715	162	2.1	162	85	1	447	29	17	17	36	1.93
884385--884419	17	2.0	18	88	5	54	2	20	5	71	1.19
885791--885989	99	2.0	99	83	1	247	35	20	12	31	1.90
889497--889555	26	2.3	26	93	0	100	28	3	25	42	1.71
891291--891324	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
892994--893027	12	2.7	13	86	9	52	76	2	0	20	0.92
893552--893894	134	2.5	132	82	6	388	25	18	29	26	1.98
893897--894078	65	2.8	66	83	2	224	41	13	19	25	1.88
893898--894094	66	3.0	66	84	2	245	40	12	19	27	1.88
912461--912502	13	3.2	13	89	0	66	30	21	9	38	1.85
912499--912719	85	2.6	84	85	6	297	32	18	19	28	1.96
913782--913812	12	2.6	12	94	0	53	70	9	6	12	1.31
923930--923973	22	2.0	22	100	0	88	50	9	18	22	1.75
926504--926539	15	2.3	16	90	4	56	66	5	11	16	1.40
929275--929319	19	2.4	19	92	0	72	31	24	13	31	1.93
932317--932390	27	2.7	27	82	0	103	45	14	33	5	1.68
932644--932680	12	3.0	12	92	4	56	18	54	16	10	1.71
932715--932779	24	2.6	26	79	16	75	55	0	0	44	0.99
932733--932772	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932777--932842	12	5.6	12	80	3	62	24	46	15	13	1.81
933174--933243	29	2.4	29	97	2	133	25	17	22	34	1.96
936808--936840	16	2.0	17	88	5	50	45	21	6	27	1.75
936934--936993	10	5.1	11	88	11	52	56	0	0	43	0.99
936929--937026	25	4.1	23	76	13	83	55	3	0	41	1.15
936935--936995	19	3.2	19	88	11	81	55	0	0	44	0.99
936948--937000	2	28.0	2	88	11	85	52	0	0	47	1.00
936985--937041	26	2.1	27	83	3	71	49	7	0	43	1.29
937924--937983	26	2.3	27	82	5	70	35	3	6	55	1.43
948309--948794	81	6.0	81	87	0	621	28	24	11	35	1.91
948309--948787	243	2.0	244	87	1	701	28	24	11	35	1.90
948744--948933	67	2.8	66	90	2	281	29	25	15	30	1.96
953826--954013	81	2.3	81	84	0	232	31	22	10	35	1.88
953887--954157	144	1.9	144	85	0	380	30	19	10	38	1.86
954031--954188	81	2.0	81	87	2	228	30	20	10	37	1.87
954141--954311	66	2.5	68	85	3	222	29	24	14	32	1.94
954500--954634	57	2.4	58	81	8	163	37	17	6	39	1.76
954982--955050	22	3.3	22	94	6	117	30	15	15	37	1.90
955120--955171	21	2.5	21	93	3	88	30	23	17	28	1.97
959469--959535	21	3.2	21	100	0	134	22	19	13	44	1.85
959534--959906	81	4.7	81	78	5	397	28	22	12	35	1.91
959668--959812	73	2.0	73	82	2	175	29	20	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959587--959891	154	2.0	152	87	1	439	29	21	12	37	1.89
959856--960037	67	2.7	67	89	2	267	28	24	15	31	1.96
960226--960350	57	2.2	57	88	2	180	35	17	7	40	1.77
960698--960759	22	2.9	22	97	2	117	30	17	14	37	1.90
960698--960773	22	3.6	21	91	5	102	30	19	15	34	1.93
964865--964889	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
966384--966464	26	3.3	26	80	11	73	37	2	4	55	1.35
966565--966591	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
985283--985327	21	2.1	21	87	0	63	44	0	4	51	1.21
989090--989136	14	3.4	14	79	2	51	23	38	0	38	1.55
997435--997480	22	2.1	22	87	0	65	47	10	2	39	1.51
1012928--1012984	20	2.9	18	76	16	60	75	3	14	7	1.14
1014833--1014890	26	2.3	25	82	8	64	36	1	3	58	1.25
1014849--1014912	22	2.9	21	80	15	67	37	1	6	54	1.35
1017981--1018019	17	2.2	18	90	4	62	38	7	0	53	1.30
1018733--1018791	28	2.1	28	93	0	100	35	20	15	28	1.93
1018742--1018802	28	2.2	28	87	0	86	40	21	11	26	1.87
1030929--1030979	26	2.0	26	100	0	102	39	5	11	43	1.66
1039883--1039920	16	2.4	16	82	4	51	36	0	21	42	1.53
1041145--1041180	18	2.1	18	89	5	56	50	16	2	30	1.60
1041521--1041564	24	1.9	22	86	9	61	40	0	0	59	0.98
1041520--1041564	22	1.9	22	86	13	63	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1045902--1045954	24	2.2	24	86	3	72	20	22	22	33	1.97
1049172--1049209	16	2.4	16	95	0	67	23	13	26	36	1.91
1052650--1052704	28	2.0	28	96	0	101	38	5	21	34	1.77
1052725--1052809	23	3.7	23	88	0	98	18	23	22	35	1.96
1056616--1056649	17	1.9	18	88	5	52	55	26	17	0	1.42
1063888--1063931	14	3.1	14	80	6	54	27	9	11	52	1.67
1073485--1073527	21	2.1	20	91	4	68	32	23	0	44	1.54
1073488--1073530	11	4.0	11	78	6	52	32	23	0	44	1.54
1074333--1074420	31	2.9	29	75	12	88	34	15	9	40	1.79
1074953--1075031	39	2.0	39	97	0	149	35	15	21	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10