genome.fa.s8166.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008166.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110747_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2544747

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146705--2146767	2	32.0	2	96	3	119	49	0	0	50	1.00
2148883--2148938	27	2.1	27	100	0	112	21	21	26	30	1.98
2152591--2152709	59	2.0	59	82	9	145	27	15	24	31	1.96
2153692--2153729	16	2.4	16	90	0	58	60	21	0	18	1.36
2155313--2155392	20	3.9	20	86	3	88	42	16	13	27	1.86
2163285--2163366	40	2.0	40	95	0	146	24	17	24	34	1.96
2163470--2163574	44	2.3	47	85	6	144	40	7	20	31	1.81
2171688--2171729	20	2.0	21	86	13	61	16	7	2	73	1.15
2177322--2177361	20	2.0	21	85	14	57	17	5	2	75	1.10
2192988--2193061	29	2.6	29	81	12	75	48	9	9	32	1.68
2202112--2202160	24	2.0	24	96	0	89	30	12	12	44	1.78
2208682--2208713	15	2.0	17	88	11	50	40	6	0	53	1.26
2218041--2218100	19	3.1	19	77	13	59	0	15	3	81	0.81
2218041--2218094	14	3.9	14	80	7	65	0	14	3	81	0.82
2218043--2218123	27	3.2	25	84	11	94	1	16	3	79	0.95
2218042--2218123	13	6.3	13	73	13	62	1	15	3	79	0.94
2218043--2218123	24	3.4	23	78	18	78	1	16	3	79	0.95
2218064--2218120	21	2.9	18	76	19	51	1	17	3	77	1.00
2233434--2233502	24	2.9	24	86	0	93	43	18	14	23	1.87
2233434--2233515	24	3.4	24	81	3	85	43	18	14	23	1.86
2237848--2237916	29	2.4	29	85	2	95	31	14	10	43	1.79
2240321--2240365	14	3.4	14	76	17	60	15	24	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240310--2240376	11	5.5	11	72	19	53	17	25	29	26	1.98
2240308--2240377	25	2.8	25	97	0	131	18	25	30	25	1.98
2247602--2247641	20	2.0	20	90	0	62	40	5	25	30	1.77
2254614--2254723	46	2.4	46	84	3	143	33	18	9	39	1.82
2254828--2254988	40	4.1	40	92	0	279	35	25	14	24	1.94
2258467--2258506	13	3.1	14	82	13	50	45	0	25	30	1.54
2259487--2259528	21	2.0	21	85	0	57	52	0	23	23	1.47
2260012--2260071	29	2.1	29	96	0	111	48	0	15	36	1.45
2263076--2263103	13	2.2	13	100	0	56	53	0	14	32	1.41
2263076--2263128	20	2.7	20	76	2	54	49	1	20	28	1.60
2265269--2265310	21	2.0	21	85	0	57	52	2	21	23	1.59
2271154--2271189	10	3.9	10	79	20	51	0	11	22	66	1.22
2271145--2271187	17	2.5	17	96	0	77	2	11	23	62	1.40
2271405--2271509	45	2.4	45	87	7	144	32	14	21	31	1.93
2273687--2273725	13	3.1	13	88	3	53	48	2	7	41	1.45
2274194--2274246	20	2.7	20	100	0	106	20	28	24	26	1.99
2282360--2282578	116	1.9	118	83	5	293	38	9	17	35	1.81
2285068--2285182	40	2.9	39	89	2	176	24	17	26	31	1.97
2285639--2286043	205	2.0	204	94	0	711	33	9	13	43	1.76
2292703--2292733	13	2.4	13	88	0	53	22	41	22	12	1.88
2295060--2295188	24	5.4	24	80	7	127	26	13	19	40	1.89
2295060--2295188	48	2.7	48	80	2	143	26	13	19	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297247--2297465	117	1.9	117	85	3	307	42	9	14	34	1.78
2300031--2300206	40	4.5	39	80	1	181	26	16	24	32	1.96
2303396--2303433	19	2.0	20	89	5	60	34	10	7	47	1.67
2306095--2306226	40	3.4	40	80	5	153	23	18	24	33	1.97
2322227--2322268	22	1.9	22	90	0	66	38	26	19	16	1.92
2322291--2322344	20	2.7	20	76	0	63	16	16	37	29	1.91
2324004--2324046	17	2.5	17	81	7	52	37	9	9	44	1.69
2324028--2324070	17	2.5	17	78	14	52	41	13	6	37	1.72
2324077--2324138	30	2.0	30	84	6	79	25	9	8	56	1.59
2327640--2327737	41	2.4	41	82	0	115	38	18	9	33	1.82
2334181--2334272	44	2.1	44	93	0	157	40	3	15	41	1.63
2334482--2334748	55	4.9	55	91	0	401	31	16	17	34	1.92
2338053--2338259	65	3.2	63	75	10	179	32	23	16	27	1.96
2343638--2343738	43	2.4	40	76	14	103	28	23	23	23	1.99
2346372--2346578	65	3.2	64	80	10	215	31	22	17	28	1.96
2346557--2346597	19	2.3	17	87	8	55	24	21	19	34	1.97
2348877--2349002	47	2.8	44	84	5	144	30	23	7	38	1.83
2349107--2349228	40	3.0	40	100	0	244	32	27	17	22	1.96
2353046--2353163	6	19.3	6	71	15	73	5	16	2	75	1.11
2353040--2353083	17	2.6	17	82	13	63	4	18	2	75	1.09
2353080--2353146	27	2.5	26	79	15	73	7	13	2	76	1.12
2353025--2353115	17	5.6	16	71	19	55	6	16	4	72	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353095--2353165	33	2.2	33	82	12	85	8	15	0	76	1.02
2353106--2353165	15	3.9	16	85	10	63	8	15	0	76	1.00
2353122--2353166	17	2.6	18	92	3	74	4	15	0	80	0.87
2356026--2356151	47	2.8	45	86	5	173	30	23	7	38	1.82
2356255--2356336	40	2.0	40	97	0	155	34	26	17	21	1.95
2364456--2364550	29	3.3	29	83	5	113	51	8	6	33	1.57
2366785--2366819	16	2.2	16	89	0	52	80	2	2	14	0.95
2368107--2368170	17	3.7	17	81	8	76	40	10	4	43	1.61
2368103--2368170	35	1.9	35	88	5	102	39	11	4	44	1.61
2371812--2371910	40	2.4	41	81	10	112	48	4	1	46	1.27
2371855--2371910	2	30.0	2	79	13	57	46	1	1	50	1.22
2375202--2375283	41	2.0	41	100	0	164	24	21	29	24	1.99
2377498--2377552	19	2.8	19	75	8	56	29	7	0	63	1.21
2377538--2377593	16	3.6	15	74	13	51	33	1	1	62	1.16
2377596--2377649	15	3.6	15	80	7	65	14	5	5	74	1.19
2377618--2377694	32	2.4	32	79	12	86	20	2	6	70	1.22
2388209--2388243	9	3.8	9	85	7	52	80	2	17	0	0.84
2389241--2389439	110	1.8	110	87	0	299	36	23	18	22	1.95
2390924--2390955	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2391045--2391076	15	2.1	15	94	0	55	12	9	0	78	0.97
2391046--2391099	21	2.6	20	80	13	56	14	5	5	74	1.19
2392715--2392764	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394006--2394083	39	2.0	39	87	0	111	15	24	12	47	1.80
2395172--2395213	22	2.0	21	86	9	59	26	38	21	14	1.91
2400589--2400647	23	2.6	22	78	5	64	22	28	27	22	1.99
2406080--2406109	5	5.8	5	92	7	51	0	20	0	80	0.72
2407983--2408048	26	2.5	26	77	0	69	33	27	13	25	1.94
2411537--2411582	21	2.1	22	88	8	67	43	19	15	21	1.87
2415373--2415453	40	2.0	40	100	0	162	34	9	7	48	1.65
2426104--2426178	26	2.9	26	90	4	107	30	29	13	26	1.94
2442068--2442105	20	1.9	20	84	10	51	44	0	2	52	1.14
2443054--2443094	20	2.1	20	86	4	57	46	2	2	48	1.28
2457523--2457585	12	5.2	12	72	14	58	26	12	22	38	1.90
2457508--2457622	24	4.8	24	87	4	160	25	13	20	40	1.88
2458586--2458629	16	2.8	15	76	10	52	50	9	9	31	1.65
2459030--2459142	47	2.4	47	82	5	140	26	15	24	32	1.96
2459192--2459317	48	2.6	48	82	3	137	18	21	25	34	1.96
2459246--2459345	49	2.0	49	80	0	110	18	24	28	30	1.97
2473524--2473589	19	3.0	21	80	14	64	45	1	0	53	1.09
2484252--2484600	194	1.8	193	86	1	511	38	12	10	38	1.77
2485473--2485513	19	2.2	19	100	0	82	14	19	41	24	1.89
2487837--2487886	20	2.5	20	96	0	91	26	24	22	28	1.99
2490969--2491005	17	2.2	17	95	0	65	32	27	24	16	1.96
2491704--2491757	21	2.6	21	93	0	90	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526746--2526904	49	3.2	49	88	0	237	37	14	22	25	1.92
2529134--2529172	20	2.0	20	90	10	62	33	0	10	56	1.33
2529973--2530030	28	2.2	26	84	6	71	22	6	0	70	1.10
2538980--2539031	20	2.5	20	75	3	50	25	21	19	34	1.96
2542172--2542302	45	2.9	45	85	4	158	40	7	20	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

The End!