genome.fa.s8166.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008166.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110747_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2544747

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
621104--621136	12	2.7	13	81	18	52	63	0	0	36	0.95
621099--621141	21	2.1	20	95	4	77	65	0	0	34	0.93
621982--622022	16	2.5	17	80	11	50	36	0	2	60	1.10
624377--624431	18	3.0	18	82	12	51	74	1	9	14	1.14
624518--624598	3	28.0	3	86	7	96	67	1	3	27	1.14
624732--624762	9	3.3	9	95	4	53	74	9	0	16	1.07
625422--625463	17	2.5	17	85	11	52	26	4	0	69	1.08
626101--626149	18	2.7	17	84	9	53	12	8	2	77	1.07
626639--626676	3	12.7	3	94	0	67	63	2	0	34	1.09
626974--627007	14	2.4	14	90	9	52	73	0	0	26	0.83
627299--627325	14	1.9	14	100	0	54	55	29	14	0	1.40
628372--628414	21	2.2	20	87	8	61	72	2	0	25	0.97
628896--628954	20	3.0	20	92	0	100	37	6	3	52	1.45
629009--629046	19	2.0	20	94	5	69	18	28	26	26	1.98
648707--648772	33	2.0	33	93	0	114	50	7	15	27	1.71
659358--659385	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
663370--663661	80	3.7	80	93	0	485	31	25	19	22	1.98
663618--663663	23	2.0	23	83	4	58	30	23	15	30	1.95
668892--668925	10	3.4	10	87	0	50	2	14	0	82	0.79
670045--670127	12	6.9	12	70	10	71	46	16	15	20	1.83
670038--670100	24	2.6	24	79	0	72	53	15	12	17	1.72
670031--670124	48	2.0	48	85	4	127	50	15	13	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670031--670141	48	2.3	47	80	11	118	49	16	14	19	1.79
670067--670141	24	3.1	24	77	7	73	46	17	17	18	1.84
674406--675377	487	2.0	486	93	1	1671	38	8	16	35	1.79
684396--684445	25	2.0	25	92	7	84	36	24	10	30	1.88
685712--685784	29	2.5	30	76	10	78	45	6	16	31	1.74
689082--689146	20	3.1	22	80	10	66	44	7	0	47	1.31
701740--701800	30	2.0	30	93	0	104	36	22	14	26	1.93
703493--703543	25	2.1	25	81	3	59	43	5	17	33	1.73
703905--703941	7	5.3	7	100	0	74	29	0	0	70	0.88
705855--705901	19	2.5	19	96	0	85	48	4	19	27	1.67
708401--708461	24	2.6	24	82	7	63	6	24	19	49	1.72
708421--708468	24	2.0	24	95	0	87	6	18	20	54	1.65
709760--709902	22	6.4	22	65	15	62	44	1	4	48	1.32
709777--709907	24	5.6	24	67	13	94	45	1	5	47	1.34
709786--709820	15	2.4	15	85	4	54	45	0	2	51	1.16
709907--709965	23	2.5	23	78	13	66	45	1	10	42	1.48
716180--716801	201	3.1	199	83	4	761	35	17	19	27	1.94
716237--716892	201	3.3	197	76	11	595	35	16	19	27	1.94
717728--717763	15	2.4	15	86	13	56	47	0	2	50	1.15
717924--717973	24	2.1	24	96	0	91	18	0	14	68	1.22
717922--717976	27	2.0	27	100	0	110	18	0	14	67	1.24
717927--717970	21	2.1	21	91	0	70	18	0	13	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717933--717976	3	14.7	3	95	0	52	22	0	9	68	1.18
718555--718973	229	1.8	225	84	8	569	30	11	16	41	1.84
719751--719832	32	2.6	32	92	0	128	12	10	35	41	1.78
720067--720134	22	3.3	22	68	19	74	7	22	36	33	1.82
720051--720139	39	2.3	39	94	0	160	5	21	41	31	1.76
720480--720516	18	2.1	18	94	0	65	29	24	5	40	1.77
724010--724045	5	7.2	5	87	0	54	77	5	0	16	0.94
724324--724443	30	4.0	30	78	5	102	61	5	10	23	1.47
725835--725897	24	2.9	21	72	22	58	63	4	1	30	1.24
725843--725897	24	2.3	24	81	6	67	63	5	0	30	1.17
726068--726548	133	3.6	131	81	4	524	24	17	33	24	1.96
726068--726548	263	1.8	263	85	4	675	24	17	33	24	1.96
726621--726757	37	3.7	37	85	8	174	34	13	17	35	1.88
726728--726939	66	3.3	60	74	13	183	43	12	12	30	1.80
727019--727079	32	1.9	32	86	0	86	31	31	13	24	1.93
739811--739862	26	2.0	26	100	0	104	57	7	11	23	1.59
740754--740818	32	2.0	32	87	0	94	66	3	10	20	1.36
742257--742296	3	14.0	3	89	10	66	65	0	0	35	0.93
744233--744275	21	2.0	21	81	0	50	32	0	11	55	1.36
744696--744730	18	1.9	18	88	0	52	31	2	17	48	1.61
750038--750089	26	2.0	26	84	3	68	19	1	19	59	1.47
750947--751342	83	4.8	83	84	1	465	28	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753678--753921	49	5.0	49	90	2	384	38	15	20	25	1.92
753678--753921	99	2.5	97	89	5	368	38	15	20	25	1.92
757258--757313	21	2.7	21	74	17	55	42	0	0	57	0.99
758567--758608	18	2.2	19	84	16	52	28	4	2	64	1.26
759119--759259	76	1.9	76	85	2	196	31	15	5	46	1.69
763207--763254	3	16.0	3	83	16	64	66	0	0	33	0.92
763459--763790	43	7.7	43	71	13	218	22	19	31	26	1.98
763500--763822	40	7.6	41	71	13	219	23	19	31	25	1.98
763405--763819	129	3.2	129	92	2	681	23	19	31	26	1.98
763868--763944	28	2.6	28	80	13	93	48	14	14	23	1.80
764365--764444	40	2.0	40	95	0	142	36	11	21	31	1.88
764462--764522	28	2.2	28	90	0	95	44	16	8	31	1.77
764452--764520	28	2.4	29	80	7	88	43	14	8	33	1.76
764485--764639	64	2.4	63	78	14	167	43	14	10	31	1.80
764801--765005	62	3.3	60	82	13	170	46	12	11	29	1.77
764860--765007	63	2.4	62	87	8	219	45	11	12	31	1.77
764910--765035	29	4.2	28	72	21	94	42	12	11	33	1.78
764860--765019	64	2.5	66	90	7	242	45	11	12	30	1.77
764975--765036	29	2.1	29	93	0	106	38	14	9	37	1.79
765032--765062	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
765068--765141	28	2.7	27	81	12	87	43	13	8	35	1.74
765124--765223	52	1.9	51	90	8	157	37	17	13	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765236--765395	57	2.9	55	84	6	225	45	14	10	29	1.78
765236--765395	28	5.8	28	87	5	211	45	14	10	29	1.78
767460--767504	24	1.9	24	86	4	65	4	13	11	71	1.29
772491--772526	16	2.2	17	90	5	56	77	5	0	16	0.94
774540--774589	3	17.0	3	84	12	68	66	0	0	34	0.92
774547--774585	19	2.1	18	95	4	69	69	0	0	30	0.89
774540--774596	30	1.9	30	85	0	78	64	1	1	31	1.13
786557--786596	19	2.1	19	85	0	53	42	15	0	42	1.46
791182--791214	15	2.2	16	89	10	52	84	0	3	12	0.72
791192--791301	45	2.4	45	76	15	120	74	1	7	16	1.12
791193--791278	44	2.0	43	84	11	113	73	2	5	18	1.15
791242--791306	31	2.1	30	83	8	78	73	1	12	12	1.16
791187--791300	44	2.6	43	76	19	110	75	1	7	15	1.10
791313--791352	21	2.0	20	85	5	53	65	5	15	15	1.44
791823--791922	32	3.1	32	72	17	80	62	1	4	33	1.21
791873--791944	16	4.6	16	78	13	69	69	1	1	27	1.05
791803--792011	31	6.6	31	68	17	94	66	1	3	28	1.20
791888--792011	46	2.7	46	72	19	107	69	2	2	25	1.13
793819--793857	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
793805--793967	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
795313--795525	116	1.8	117	80	9	256	50	7	15	25	1.72
796058--796097	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796057--796101	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
800996--801032	19	1.9	19	94	0	65	21	37	16	24	1.93
800982--801140	61	2.6	61	84	5	212	30	27	15	27	1.96
802142--802294	66	2.4	65	83	6	199	23	18	23	33	1.97
803154--803199	7	6.7	7	78	11	51	0	13	4	82	0.81
803154--803200	15	3.4	14	75	18	53	0	12	4	82	0.80
803240--803282	16	2.6	17	81	7	52	2	11	2	83	0.83
803239--803282	23	1.9	23	85	0	61	2	11	2	84	0.81
803240--803282	17	2.4	18	84	3	52	2	11	2	83	0.83
813953--813983	16	1.9	16	93	0	53	77	0	9	12	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10