genome.fa.s8166.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008166.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110747_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2544747

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1866203--1866349	30	4.8	30	74	6	96	28	28	13	29	1.94
1869702--1869731	16	1.9	16	93	6	53	40	20	6	33	1.78
1878477--1878519	20	2.2	20	87	8	61	25	16	4	53	1.62
1882379--1882424	18	2.5	20	83	16	64	41	4	2	52	1.33
1887131--1887259	65	2.0	65	90	0	204	37	21	13	27	1.92
1889068--1889286	41	5.3	41	81	1	206	31	10	21	36	1.87
1889088--1889285	82	2.4	82	82	0	234	30	11	21	35	1.89
1892793--1892842	23	2.2	23	96	0	91	44	24	8	24	1.80
1903273--1903484	41	5.2	41	77	5	223	30	11	21	36	1.89
1903213--1903487	123	2.2	123	80	2	311	31	11	21	35	1.89
1905457--1905522	33	2.0	33	96	0	123	24	46	0	28	1.52
1905566--1905620	21	2.6	21	85	0	83	20	29	9	41	1.82
1905703--1905735	15	2.2	15	94	0	57	15	63	3	18	1.43
1909643--1909727	37	2.3	37	91	2	143	28	8	16	47	1.75
1911456--1911498	14	3.0	14	86	3	59	18	23	37	20	1.94
1913155--1913291	62	2.2	62	98	0	265	29	21	17	31	1.96
1913691--1913730	20	2.0	21	90	5	64	32	20	20	27	1.97
1915419--1915469	20	2.6	20	78	15	61	54	0	0	45	0.99
1915423--1915469	18	2.4	19	86	10	60	57	0	0	42	0.98
1927412--1927474	3	21.0	3	83	6	83	33	34	0	31	1.58
1927412--1927474	24	2.6	24	97	0	117	33	34	0	31	1.58
1939767--1940203	214	2.1	210	92	3	734	40	6	18	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942917--1942950	4	8.5	4	87	12	52	76	0	0	23	0.79
1944136--1944200	7	9.3	7	88	5	96	56	1	0	41	1.08
1944223--1944281	11	5.1	11	74	22	50	47	8	0	44	1.33
1944208--1944458	75	3.3	75	82	11	280	46	7	1	44	1.42
1948235--1948294	17	3.4	17	67	24	52	56	3	15	25	1.54
1961757--1961790	14	2.5	14	90	4	52	61	0	32	5	1.20
1962966--1963019	26	2.1	26	92	0	90	35	25	14	24	1.94
1963734--1963774	20	2.0	20	85	0	55	43	17	0	39	1.49
1963998--1964057	31	2.0	29	83	6	75	41	8	16	33	1.78
1965233--1965271	20	2.0	20	89	0	60	30	0	23	46	1.53
1966909--1966984	26	2.9	26	94	0	134	26	11	25	36	1.90
1968667--1968701	16	2.3	15	90	5	52	45	0	0	54	0.99
1968923--1968960	18	2.1	18	100	0	76	50	13	5	31	1.63
1969369--1969412	22	1.9	23	81	9	54	31	11	2	54	1.48
1970127--1970184	25	2.4	25	79	2	73	34	24	17	24	1.96
1970870--1970927	25	2.4	25	79	2	73	34	24	17	24	1.96
1969929--1971420	743	2.0	743	100	0	2984	36	19	10	34	1.86
1972695--1972776	28	2.9	28	83	0	119	29	20	9	40	1.85
1973278--1973359	28	2.9	28	83	0	119	29	20	9	40	1.85
1972348--1973596	583	2.1	582	98	0	2419	35	21	8	34	1.85
1975405--1975478	24	3.1	24	80	7	89	33	24	20	21	1.97
1978455--1978485	11	2.8	11	100	0	62	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1978470--1978774	37	8.4	37	82	11	328	47	3	6	41	1.47
1978655--1978714	28	2.1	28	93	0	102	53	0	6	40	1.27
1978581--1978770	102	1.8	102	84	6	258	48	3	6	41	1.45
1978662--1978728	27	2.4	28	85	7	84	52	0	7	40	1.30
1978683--1978773	38	2.4	38	83	0	110	53	2	4	39	1.33
1978899--1978951	21	2.4	21	84	9	61	26	3	0	69	1.05
1989376--1989415	16	2.4	16	87	4	53	22	5	2	70	1.19
1989424--1989454	14	2.1	14	94	5	53	25	0	0	74	0.82
1992629--1992659	15	2.1	15	100	0	62	32	6	12	48	1.67
1993061--1993098	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
1999339--1999396	26	2.3	26	80	14	68	48	8	12	31	1.70
2004463--2004545	24	3.5	24	77	6	87	43	16	16	22	1.88
2006076--2006121	19	2.4	20	85	7	69	23	19	17	39	1.92
2010220--2010320	23	4.5	22	76	14	91	42	2	0	53	1.22
2013959--2014077	59	2.0	59	90	0	184	29	13	15	42	1.85
2014249--2014313	31	2.1	31	85	0	85	26	29	12	32	1.92
2017636--2017759	31	4.0	31	75	15	112	34	6	12	46	1.67
2025386--2025462	31	2.4	32	76	8	86	28	29	25	15	1.96
2031565--2031608	18	2.4	18	96	0	79	34	6	15	43	1.74
2034498--2034664	84	2.0	82	86	3	228	32	23	16	26	1.96
2034531--2034805	42	6.6	42	82	4	247	31	21	17	29	1.96
2034613--2034904	128	2.3	124	82	3	343	30	19	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034387--2034948	42	13.5	42	72	11	193	30	19	17	32	1.95
2034613--2034940	128	2.6	122	77	9	311	30	18	17	32	1.95
2034869--2034957	42	2.1	42	87	8	128	32	15	17	33	1.92
2043324--2043393	21	3.3	21	82	7	81	44	11	38	5	1.64
2043814--2043929	43	2.7	43	75	0	115	36	25	9	28	1.87
2044033--2044094	31	2.0	31	87	0	88	30	29	14	25	1.95
2044126--2044215	43	2.1	42	84	8	112	30	25	22	22	1.99
2043917--2044244	156	2.1	158	93	1	552	34	23	18	23	1.96
2044064--2044215	41	3.6	43	78	9	152	34	25	19	21	1.96
2044189--2044250	31	2.0	30	87	3	88	30	30	12	25	1.93
2046027--2046071	18	2.5	18	96	0	81	44	15	6	33	1.73
2056385--2056410	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
2057236--2057531	42	7.1	42	95	1	524	21	20	25	32	1.98
2057292--2057487	21	9.4	20	65	22	93	20	21	25	32	1.98
2057236--2057538	124	2.4	125	93	1	383	22	20	24	32	1.98
2057609--2057653	12	3.8	12	88	2	56	22	60	17	0	1.37
2057619--2057653	17	2.0	17	88	5	52	20	62	17	0	1.32
2058508--2058617	20	5.4	20	67	20	75	30	24	23	20	1.98
2058438--2058625	41	4.6	41	93	0	304	30	25	22	21	1.99
2061105--2061135	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2067085--2067257	94	1.8	95	85	3	242	39	13	21	25	1.90
2073278--2073599	55	5.9	54	92	0	482	34	11	18	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073833--2073946	49	2.3	49	85	4	142	30	15	25	28	1.96
2075360--2075393	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
2080627--2080689	25	2.3	28	78	21	87	28	22	19	30	1.98
2080636--2080691	25	2.2	25	100	0	112	28	21	17	32	1.96
2085311--2085690	54	7.1	54	90	0	573	33	20	19	26	1.96
2091396--2091439	20	2.3	19	80	4	52	34	20	2	43	1.64
2095512--2095555	22	2.0	22	82	8	54	40	9	2	47	1.48
2096012--2096126	59	1.9	59	91	3	187	32	26	18	23	1.97
2096024--2096146	59	2.1	59	87	0	174	33	22	16	27	1.95
2100018--2100051	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2101245--2101296	20	2.6	20	84	6	70	26	19	19	34	1.95
2103225--2103318	47	2.0	48	81	10	113	30	3	12	53	1.55
2105075--2105109	6	5.8	6	93	0	52	20	0	8	71	1.11
2110810--2110871	22	2.4	28	67	30	73	46	9	16	27	1.78
2110817--2110866	22	2.3	22	93	3	84	46	12	14	28	1.79
2119247--2119310	27	2.4	26	84	5	85	59	12	14	14	1.62
2120923--2120982	21	3.0	21	74	13	63	75	0	13	11	1.06
2121839--2121895	3	18.7	3	83	16	73	68	0	3	28	1.06
2121848--2121902	25	2.2	26	90	9	87	67	0	3	29	1.08
2121956--2122034	30	2.5	31	91	4	124	45	6	2	45	1.42
2122047--2122211	38	4.3	37	83	7	188	41	8	3	46	1.52
2122945--2122981	16	2.3	16	90	9	58	29	27	5	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128167--2128212	20	2.3	20	82	10	51	39	0	23	36	1.55
2129415--2129541	21	6.1	21	81	3	141	16	26	37	18	1.92
2129415--2129544	41	3.2	39	81	8	152	17	26	36	19	1.94
2129415--2129557	20	7.0	20	81	7	162	16	27	35	20	1.94
2132942--2133063	20	6.1	20	83	10	144	14	28	37	18	1.91
2134738--2134779	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2137955--2137980	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
2138942--2139067	46	2.8	45	89	3	191	29	23	7	38	1.83
2141474--2141498	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2143726--2143770	23	2.0	23	81	0	54	40	2	11	46	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10