genome.fa.s8213.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008213.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110839_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2348840

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  1  of  9  ( 1057 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7304--7357	16	3.2	16	78	5	54	68	1	0	29	1.00
7319--7357	17	2.3	18	82	13	55	66	2	0	30	1.05
7303--7358	25	2.2	26	83	3	69	69	1	0	28	0.98
7914--7959	22	2.1	22	100	0	92	47	0	4	47	1.21
10513--10545	13	2.5	13	95	0	57	9	15	0	75	1.03
11135--11177	16	2.8	15	80	13	52	27	6	0	65	1.18
11156--11196	13	3.3	13	80	10	50	24	4	0	70	1.06
16508--16554	22	2.1	22	96	0	85	51	8	6	34	1.58
23293--23327	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
24863--24932	12	5.8	12	76	6	70	52	17	14	15	1.74
24861--24955	24	4.0	24	80	5	102	49	16	13	20	1.79
24861--24952	48	1.9	48	86	0	130	50	16	14	19	1.79
24862--24969	24	4.5	24	74	11	80	49	16	14	19	1.80
27480--27524	13	3.5	13	90	0	72	15	22	44	17	1.86
36419--36477	19	3.4	19	69	26	67	54	0	23	22	1.45
36419--36491	32	2.3	32	97	0	137	53	1	23	21	1.54
38121--38159	18	2.2	18	100	0	78	51	25	0	23	1.49
42647--42779	3	44.7	3	92	1	223	63	0	2	34	1.07
43099--43770	113	6.0	113	94	0	1103	29	18	13	38	1.89
44449--45038	84	7.0	84	97	0	1092	34	22	13	29	1.92
46177--46234	19	3.0	20	80	12	59	3	13	1	81	0.91
56210--56247	17	2.3	17	86	4	51	57	2	2	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58771--58873	3	34.3	3	94	0	179	63	0	2	33	1.10
62266--62296	6	5.0	6	92	7	53	16	19	16	48	1.81
62266--62295	13	2.4	13	94	5	53	16	20	16	46	1.84
64662--64998	168	2.0	169	99	0	667	27	10	30	31	1.89
78463--78504	21	2.0	22	90	4	68	38	11	11	38	1.79
95137--95187	18	2.8	18	100	0	102	33	0	0	66	0.92
97613--97682	24	2.9	24	76	0	68	52	18	8	20	1.71
97642--97727	24	3.6	25	74	12	65	48	16	12	22	1.79
97609--97702	48	2.0	48	84	0	125	51	17	9	22	1.74
100149--100205	18	3.2	18	84	0	78	15	19	45	19	1.85
103491--103524	17	2.0	17	88	0	50	26	26	14	32	1.95
103484--103530	24	2.0	24	82	0	58	29	27	12	29	1.93
104314--104681	54	6.8	54	91	2	528	33	18	15	32	1.92
104993--105054	22	3.0	21	83	6	72	29	25	14	30	1.95
111133--111501	54	6.8	54	91	0	549	33	18	16	31	1.93
114438--114496	16	3.6	16	79	2	73	37	22	18	22	1.94
114690--114718	10	2.7	11	89	10	51	58	24	0	17	1.38
118410--118443	17	2.0	17	88	0	50	67	2	0	29	1.05
137855--137906	21	2.3	24	81	18	67	30	15	17	36	1.91
142206--142286	21	3.9	19	78	18	74	80	1	13	4	0.94
142204--142290	8	11.0	8	74	9	63	80	1	13	4	0.92
142204--142290	32	2.8	31	82	5	104	80	1	13	4	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142218--142290	31	2.3	32	83	6	96	79	1	15	4	0.95
143385--144077	133	5.2	133	78	4	673	31	21	16	31	1.95
143402--144077	262	2.6	261	81	5	788	31	21	15	31	1.95
144001--144164	88	1.9	88	88	0	247	27	23	17	31	1.97
144027--144164	41	3.2	41	66	18	100	26	25	18	30	1.98
147939--147985	12	3.8	12	85	5	58	48	2	31	17	1.58
152084--152905	421	2.0	420	89	1	1263	34	19	13	32	1.90
153893--153939	3	15.7	3	91	8	78	31	0	0	68	0.90
155456--155560	37	2.8	37	86	0	138	42	15	11	30	1.82
156037--156088	27	2.0	26	84	3	68	34	1	0	63	1.06
156264--156349	22	3.7	23	74	13	68	31	4	0	63	1.14
156436--156491	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
161078--161131	16	3.5	14	76	18	54	81	7	11	0	0.87
161076--161123	14	3.2	14	78	21	53	83	6	10	0	0.81
162709--163984	106	12.0	106	91	0	1962	33	25	18	22	1.96
164007--164097	32	2.7	33	79	6	103	30	28	18	21	1.97
164734--164838	37	2.8	37	83	0	138	40	15	13	31	1.85
165701--165757	20	2.9	19	75	14	62	22	8	1	66	1.29
166336--166383	24	2.0	24	100	0	96	54	4	25	16	1.60
168956--168994	20	2.0	20	90	10	62	48	2	5	43	1.38
168957--169001	19	2.2	21	84	7	58	55	2	2	40	1.24
168957--169002	20	2.3	21	77	11	51	56	2	2	39	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170541--171041	11	47.4	11	67	20	89	47	4	4	43	1.44
170789--170880	13	6.8	13	78	19	68	44	5	2	47	1.38
170621--170885	41	6.5	42	70	18	129	46	4	4	44	1.44
170743--170885	43	3.5	40	76	18	125	44	4	3	46	1.41
170773--170901	41	3.0	42	75	17	113	44	5	3	46	1.42
170395--170885	2	248.0	2	64	22	139	47	4	4	44	1.43
170924--170988	2	34.0	2	72	20	50	47	1	3	47	1.27
170612--171019	20	20.3	20	67	23	107	47	5	4	43	1.44
171063--171202	46	3.2	46	77	12	138	50	3	3	42	1.37
171090--171156	15	4.4	15	70	10	55	52	1	1	44	1.19
171078--171244	64	2.7	59	77	14	167	50	3	2	43	1.35
171057--171261	84	2.4	83	78	13	222	48	3	4	43	1.39
171710--171955	94	2.5	100	86	7	344	32	31	4	31	1.78
174237--174374	71	1.9	71	89	0	213	34	18	19	27	1.95
174239--174374	35	3.9	35	80	7	159	35	17	19	27	1.94
177929--177965	7	5.4	7	93	6	67	27	27	29	16	1.97
177929--177965	13	2.7	14	91	8	67	27	27	29	16	1.97
177962--178008	5	9.8	5	77	9	53	6	19	53	21	1.67
177963--178010	14	3.1	14	74	25	51	8	18	52	20	1.71
177966--178008	19	2.3	19	95	0	77	6	18	53	20	1.67
178005--178074	9	7.3	9	76	9	59	25	28	30	15	1.96
178010--178054	19	2.4	19	96	0	81	22	31	31	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178037--178075	20	1.9	21	89	5	62	30	25	25	17	1.97
179474--179579	54	2.0	52	96	3	194	38	24	12	24	1.90
182964--183131	84	2.0	84	100	0	336	35	23	21	19	1.96
185300--185351	5	10.8	5	79	8	63	3	19	53	23	1.61
185300--185353	19	2.8	19	94	0	99	5	18	53	22	1.65
185299--185360	19	3.3	19	88	0	88	6	22	50	20	1.71
185348--185393	9	4.9	9	82	10	56	28	30	28	13	1.94
187129--187159	4	7.5	4	96	3	53	74	0	3	22	0.96
188767--188815	23	2.1	24	81	11	57	75	6	6	12	1.17
189431--189457	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
193397--193453	22	2.6	22	85	0	78	52	19	12	15	1.74
193456--193502	24	2.0	24	91	0	76	38	14	14	31	1.87
193457--193508	24	2.2	24	85	0	68	40	17	15	26	1.89
193700--193724	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
195685--195753	23	3.0	23	82	0	84	17	24	24	33	1.96
196031--196070	18	2.2	18	86	0	53	40	0	25	35	1.56
199178--199225	12	4.0	12	76	10	53	50	18	14	16	1.79
199173--199219	24	2.0	24	91	0	76	53	19	12	14	1.73
202991--203275	141	2.0	142	97	2	545	31	23	19	25	1.98
203978--204045	24	2.8	24	77	0	73	54	16	11	17	1.71
208030--208108	30	2.6	30	89	0	122	31	17	25	25	1.97
210047--210087	22	1.9	21	85	5	55	51	12	9	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211925--212198	30	9.2	30	74	8	195	37	10	0	52	1.39
211925--212188	60	4.4	60	75	7	234	37	9	0	52	1.38
212136--212198	28	2.2	28	85	5	81	39	11	0	49	1.38
212151--212212	28	2.3	27	80	5	70	40	6	0	53	1.27
212273--212314	22	1.9	22	95	0	75	50	2	4	42	1.36
212347--212392	24	1.9	24	86	0	65	45	2	13	39	1.55
212371--212414	18	2.4	18	80	0	61	45	0	15	38	1.47
213535--213564	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
214305--214436	3	43.7	3	79	13	130	0	37	0	62	0.95
217048--217103	22	2.5	22	94	0	94	26	23	19	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9