genome.fa.s8213.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008213.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110839_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2348840

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1057 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106960--2107033	21	3.3	23	72	16	73	27	22	25	24	2.00
2111557--2111605	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2111622--2111767	64	2.5	56	78	17	186	26	15	28	30	1.96
2111641--2111754	36	3.4	36	65	22	111	28	14	25	31	1.95
2111674--2111724	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2111641--2111796	64	2.5	64	95	1	278	27	14	26	30	1.95
2111738--2111788	19	2.7	19	80	19	63	27	15	35	21	1.94
2111802--2111842	21	2.0	21	90	0	64	21	19	24	34	1.97
2114754--2114805	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
2116201--2116251	18	2.9	17	91	5	84	17	47	19	15	1.83
2116229--2116271	13	3.3	12	84	12	50	16	39	25	18	1.91
2116249--2116279	7	4.4	7	100	0	62	12	32	29	25	1.93
2116279--2116345	29	2.3	29	89	0	98	22	10	26	40	1.86
2116279--2116362	29	2.9	28	83	1	69	25	9	23	41	1.84
2123445--2123495	20	2.7	19	82	8	68	13	19	29	37	1.90
2123446--2123507	29	2.1	29	84	0	79	14	24	25	35	1.93
2123512--2123560	18	2.8	17	90	3	71	18	42	20	18	1.89
2123516--2123560	17	2.6	18	89	3	65	20	46	20	13	1.83
2123574--2123640	29	2.3	29	89	0	98	22	10	26	40	1.86
2123575--2123698	29	4.3	29	73	10	92	29	8	20	41	1.82
2132177--2132207	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
2136525--2136551	9	3.0	9	100	0	54	22	22	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136561--2136603	22	2.0	22	85	0	59	18	34	25	20	1.96
2151169--2151221	27	2.0	27	85	7	72	39	5	11	43	1.64
2152604--2152690	24	3.6	24	84	0	111	27	11	18	42	1.85
2152604--2152696	48	1.9	48	88	0	141	29	11	18	40	1.86
2162198--2162253	28	2.0	28	100	0	112	39	14	25	21	1.91
2194703--2194736	12	2.9	11	87	12	50	11	2	0	85	0.71
2195907--2195948	18	2.3	18	91	0	66	21	45	19	14	1.85
2195957--2196012	29	1.9	29	85	7	78	33	5	19	41	1.74
2196027--2196112	27	3.2	26	75	15	75	37	4	12	45	1.63
2195959--2196164	109	1.9	110	83	7	267	36	4	13	45	1.64
2197478--2197516	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
2200966--2201003	19	2.0	19	100	0	76	42	26	10	21	1.85
2201039--2201242	41	4.8	40	84	10	207	33	23	24	18	1.97
2201078--2201242	41	4.0	41	89	4	226	33	24	21	19	1.97
2201078--2201242	83	2.0	85	86	7	239	33	24	21	19	1.97
2201039--2201243	42	4.8	43	85	5	208	34	23	23	18	1.96
2202197--2202300	29	3.6	29	84	5	131	42	18	6	32	1.76
2208468--2208634	41	4.0	41	91	4	239	33	25	22	18	1.97
2208470--2208634	83	2.0	85	88	7	248	33	25	21	18	1.96
2209585--2209683	28	3.5	28	81	14	114	43	17	5	34	1.71
2209564--2209689	57	2.2	57	84	7	157	44	17	4	33	1.70
2209690--2209723	18	1.9	18	94	5	61	11	23	47	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209700--2209725	13	2.0	13	100	0	52	15	23	46	15	1.83
2212649--2212734	29	3.0	29	84	3	93	27	6	19	45	1.76
2212666--2212751	29	2.9	29	86	5	102	31	6	22	39	1.80
2223934--2224015	29	2.8	29	87	7	114	42	23	9	24	1.84
2224016--2224082	17	4.2	17	81	14	88	13	22	44	19	1.85
2224026--2224061	13	2.8	13	95	4	65	11	25	47	16	1.79
2231183--2231264	29	2.8	29	94	0	146	43	23	9	23	1.83
2231273--2231325	17	3.4	17	80	20	78	15	24	43	16	1.87
2231282--2231317	13	2.8	13	95	4	65	11	25	47	16	1.79
2233613--2233649	18	2.1	18	85	14	51	43	10	13	32	1.79
2235273--2235377	48	2.2	48	81	6	115	17	17	16	49	1.80
2235310--2235379	12	5.8	12	80	6	79	14	15	18	51	1.77
2235310--2235381	24	3.0	24	85	0	108	15	15	18	51	1.77
2238428--2238467	19	2.1	19	95	0	71	25	12	15	47	1.80
2241065--2241089	13	1.9	13	100	0	50	16	48	16	20	1.82
2243552--2243660	24	4.5	24	76	6	87	20	15	15	48	1.81
2243552--2243660	48	2.3	49	82	6	134	20	15	15	48	1.81
2248192--2248283	48	1.9	48	84	4	123	21	14	16	47	1.81
2248179--2248283	24	4.4	24	75	7	97	21	14	16	47	1.82
2252072--2252119	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2253502--2253577	38	2.0	38	81	0	89	53	19	6	19	1.66
2262059--2262190	29	4.6	29	76	3	104	47	15	3	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262199--2262256	18	3.2	18	85	0	80	13	20	44	20	1.85
2264154--2264197	13	3.3	13	80	3	52	34	22	25	18	1.96
2264155--2264192	20	1.9	19	94	5	67	39	21	21	18	1.93
2264232--2264263	15	2.1	15	94	0	55	25	21	37	15	1.93
2272821--2272853	14	2.3	15	89	5	50	24	12	0	63	1.28
2285999--2286056	13	4.3	13	88	4	80	15	43	22	18	1.88
2286017--2286063	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
2286033--2286064	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
2286017--2286063	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
2287374--2287409	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2288552--2288655	24	4.3	24	73	9	95	22	13	16	48	1.81
2288811--2288843	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2294980--2295134	77	2.0	77	96	3	287	47	10	15	27	1.78
2306348--2306413	18	3.9	18	73	18	79	19	48	18	13	1.81
2306347--2306371	13	1.9	13	100	0	50	16	48	24	12	1.79
2306349--2306409	31	2.0	31	93	0	104	19	49	16	14	1.80
2307627--2307662	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2308807--2308889	23	3.6	23	80	8	87	24	15	20	39	1.91
2308822--2308896	24	3.2	24	86	1	107	25	16	21	37	1.93
2311088--2311152	18	3.9	18	73	19	77	20	49	16	13	1.80
2311088--2311148	31	2.0	31	93	0	104	19	49	16	14	1.80
2311144--2311174	7	4.4	7	91	0	53	12	29	29	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312366--2312401	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2313539--2313638	23	4.2	24	82	3	105	24	15	21	40	1.91
2319534--2319571	14	2.9	13	81	14	51	81	0	2	15	0.80
2325740--2325773	12	2.8	12	86	0	50	11	2	0	85	0.71
2326609--2326664	16	3.5	16	81	13	62	64	7	12	16	1.48
2328285--2328317	14	2.3	15	89	5	50	24	12	0	63	1.28
2347183--2347214	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2347378--2347477	24	4.2	24	74	5	94	47	17	13	23	1.82
2347371--2347479	48	2.3	48	77	0	119	48	16	12	22	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!