genome.fa.s8213.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008213.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110839_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2348840

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776831--777258	214	2.0	214	98	0	831	37	15	16	29	1.90
778333--779314	39	25.1	39	87	2	1265	28	17	16	37	1.92
788665--788715	26	2.0	26	92	0	84	25	21	21	31	1.98
789804--790164	146	2.5	146	84	1	447	35	18	25	21	1.95
791270--791333	3	21.0	3	96	3	119	67	0	0	32	0.91
791980--792280	152	2.0	152	100	0	602	31	21	17	28	1.96
793636--793692	18	3.4	18	76	18	77	73	3	10	12	1.21
793622--793702	32	2.5	32	90	4	119	72	2	7	17	1.18
793712--793773	15	4.1	14	76	13	52	74	1	4	19	1.09
793719--793773	26	2.2	25	83	9	67	76	1	3	18	1.02
793741--793779	12	3.4	11	86	10	51	76	5	0	17	0.96
793766--793851	44	2.0	44	83	2	111	68	4	8	18	1.32
795135--795176	2	22.0	2	81	18	54	47	2	0	50	1.14
795122--795176	25	2.2	25	87	6	76	47	5	0	47	1.25
795163--795217	27	2.0	27	89	7	83	41	5	5	47	1.49
795157--795457	75	4.2	73	80	16	364	43	8	2	45	1.47
795176--795500	75	4.5	75	70	17	253	43	8	3	44	1.51
795257--795309	25	2.1	25	96	0	97	41	7	1	49	1.42
795219--795418	73	3.1	62	82	10	208	43	9	2	45	1.48
795100--795425	135	2.4	131	85	10	430	43	7	2	46	1.45
795281--795464	35	4.9	39	82	10	235	44	9	1	45	1.43
795506--795551	21	2.1	23	84	8	60	39	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795836--795933	18	5.2	19	69	22	64	63	5	0	31	1.16
795836--795890	19	2.9	19	76	10	58	67	3	0	29	1.08
802466--802504	15	2.7	15	84	7	55	15	0	2	82	0.79
803007--803089	43	2.0	42	92	2	139	46	12	8	32	1.71
803196--803285	25	3.6	25	81	13	87	64	5	2	27	1.28
812514--812560	22	2.1	22	96	0	85	38	4	10	46	1.58
813829--813870	20	2.0	21	86	13	61	54	2	0	42	1.13
813824--813998	90	2.0	89	91	1	287	46	6	9	37	1.62
834930--834965	14	2.6	14	100	0	72	19	13	36	30	1.91
836248--836331	8	9.0	9	72	21	50	61	1	2	34	1.16
836225--836278	19	2.8	18	83	8	54	53	3	5	37	1.42
836354--836391	20	1.9	20	88	0	58	42	0	5	52	1.24
836347--836397	20	2.5	20	80	0	57	45	0	5	49	1.26
836383--836449	35	1.9	35	81	6	82	62	4	1	31	1.24
838408--838461	28	1.9	28	92	0	90	40	24	9	25	1.85
841402--841440	20	2.0	20	90	10	62	71	5	2	20	1.17
841426--841488	3	20.3	3	78	12	65	66	1	1	30	1.10
841416--841486	13	5.6	13	80	6	83	67	2	2	26	1.18
841407--841488	16	5.1	16	74	12	69	67	2	2	28	1.16
841519--841682	36	4.5	35	79	11	168	44	6	4	45	1.48
841668--841697	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
841633--841744	52	2.1	53	86	6	156	46	6	3	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841632--841764	28	5.0	28	75	16	131	46	6	3	44	1.43
841543--841864	36	8.6	36	71	15	138	45	6	4	43	1.48
841543--841838	38	7.8	38	72	12	134	45	5	4	44	1.46
842508--843621	84	13.5	82	77	8	943	24	20	24	30	1.99
842485--843619	333	3.4	332	92	1	1701	24	20	24	30	1.99
842485--843621	164	6.9	164	85	3	1456	24	20	24	30	1.99
846650--846694	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
847315--847347	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
848390--848480	4	22.8	4	80	10	53	68	2	4	25	1.20
849960--850019	15	3.8	16	79	16	63	61	0	3	35	1.12
849940--850022	34	2.3	35	80	14	89	62	1	2	33	1.16
849973--850040	9	7.3	9	71	15	50	61	0	1	36	1.05
850064--850358	37	7.8	38	71	15	186	46	6	4	43	1.48
850171--850283	25	4.4	25	68	24	92	46	6	2	44	1.42
850190--850219	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
850155--850263	52	2.1	49	80	14	114	46	6	3	43	1.47
850248--850329	36	2.2	38	84	6	105	48	8	1	41	1.41
850985--851050	3	21.7	3	96	3	123	33	0	0	66	0.92
851308--851342	15	2.3	15	90	0	52	57	2	17	22	1.53
851765--851863	51	1.9	52	85	2	137	49	7	4	39	1.49
851765--851879	51	2.2	51	83	4	133	51	7	3	37	1.48
853840--853904	15	4.4	15	75	9	62	30	4	23	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853841--853894	29	1.9	27	88	7	81	31	3	24	40	1.72
854008--854081	23	3.2	23	82	0	76	22	21	24	31	1.99
854074--854129	24	2.4	24	87	3	87	25	25	19	30	1.98
854074--854136	24	2.7	24	85	2	74	23	25	22	28	1.99
856482--856524	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
859057--859130	32	2.3	32	79	4	78	25	25	25	22	2.00
859197--859242	22	2.0	23	87	4	67	50	26	0	23	1.50
860448--860511	18	3.4	18	78	6	56	32	1	0	65	1.02
860437--860503	21	3.1	21	73	12	55	31	2	0	65	1.07
860478--860836	179	2.0	179	97	0	673	32	2	9	54	1.47
867740--867772	14	2.3	15	89	5	50	15	15	3	66	1.37
867876--867930	28	1.9	29	81	3	67	9	18	1	70	1.22
868027--868065	19	2.1	19	100	0	78	25	10	0	64	1.25
871629--871669	18	2.3	18	87	4	57	41	12	4	41	1.64
873426--873573	59	2.5	58	89	4	217	29	4	10	55	1.53
875391--875415	13	1.9	13	100	0	50	40	12	24	24	1.88
876195--876245	19	2.6	19	81	9	59	33	25	15	25	1.95
881455--881495	18	2.3	18	87	4	57	41	12	4	41	1.64
883246--883390	59	2.5	58	85	4	193	31	2	11	54	1.51
884948--885019	24	3.0	24	83	2	92	50	16	12	20	1.78
884952--885020	12	5.8	12	75	10	61	49	17	14	18	1.80
887217--887256	7	5.4	7	82	11	53	25	25	35	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887208--887259	8	6.5	8	82	13	63	23	26	34	15	1.94
887208--887256	15	3.1	15	91	5	71	24	26	34	14	1.94
889358--889445	24	3.7	23	82	7	97	47	18	14	19	1.82
889358--889442	12	7.3	11	72	17	64	48	17	15	18	1.82
891574--891615	13	3.2	13	93	0	75	14	21	45	19	1.85
891577--891626	23	2.0	23	88	11	73	14	18	48	20	1.82
893399--893423	13	1.9	13	100	0	50	40	12	24	24	1.88
897491--897543	2	26.0	2	96	3	97	49	1	0	49	1.12
899017--899075	21	2.8	21	89	0	91	50	25	5	18	1.67
905674--905822	29	5.1	29	86	4	185	41	24	4	30	1.73
912893--913070	29	6.1	29	86	5	211	39	21	6	32	1.78
915853--915911	21	2.8	21	81	0	73	22	40	28	8	1.83
917616--917912	81	3.6	80	80	6	285	31	19	15	34	1.93
917707--917925	40	5.4	40	70	15	146	31	19	14	35	1.92
917695--917943	81	3.1	80	79	4	214	29	18	16	34	1.93
925064--925151	22	4.1	21	74	8	70	34	13	11	40	1.81
928351--928410	21	2.8	22	75	14	61	36	13	8	41	1.74
928994--929075	31	2.7	30	83	3	110	32	13	28	25	1.93
930087--930154	31	2.2	31	94	5	120	33	16	29	20	1.94
932579--932603	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
932818--932856	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
934993--935029	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940724--940881	75	2.1	76	96	2	291	43	9	12	34	1.74
940915--941005	25	3.7	25	95	1	166	31	8	12	47	1.71
943964--944004	15	2.6	15	84	7	55	63	0	9	26	1.25
945356--945395	13	3.0	13	82	7	53	57	0	5	37	1.21
945755--945784	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
947942--948005	26	2.5	26	89	0	101	37	18	17	26	1.93
951663--951708	24	2.0	24	82	4	58	43	2	6	47	1.41
962266--962323	22	2.6	22	94	2	98	37	17	29	15	1.90
962542--963076	117	4.6	117	82	6	618	36	14	22	26	1.92
962541--963076	233	2.3	233	84	5	670	36	14	22	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9