genome.fa.s8213.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008213.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110839_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2348840

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1585608--1585708	39	2.6	38	87	4	132	43	8	2	44	1.50
1585674--1585721	26	1.9	27	84	16	68	41	8	0	50	1.33
1585674--1585721	24	1.9	26	83	8	64	41	8	0	50	1.33
1590644--1590682	15	2.6	15	100	0	78	15	30	5	48	1.66
1591178--1591290	29	3.9	28	77	10	95	44	14	18	23	1.86
1591212--1591293	29	2.8	29	86	0	110	43	13	19	23	1.86
1591804--1591852	20	2.5	21	83	12	68	46	24	14	14	1.81
1593885--1593919	11	3.1	11	91	4	52	25	2	5	65	1.28
1594740--1594846	3	36.0	3	77	5	101	62	0	0	37	0.95
1597918--1598096	76	2.4	74	81	2	196	29	18	23	27	1.98
1598675--1598726	21	2.5	21	96	3	97	21	3	13	61	1.48
1604650--1604676	13	2.1	13	100	0	54	70	0	7	22	1.12
1617342--1617416	24	3.2	24	62	24	59	34	16	9	40	1.80
1617324--1617418	47	2.0	47	100	0	190	33	14	10	41	1.81
1618786--1618813	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1619463--1619706	114	2.1	115	85	3	332	43	9	9	38	1.68
1619710--1619740	14	2.3	14	94	5	55	58	0	0	41	0.98
1621403--1621491	3	30.0	3	82	6	110	68	0	1	30	0.97
1621461--1621509	21	2.3	21	79	6	55	73	4	2	20	1.10
1621755--1622422	113	5.9	113	92	0	1032	27	19	15	37	1.92
1622829--1622880	22	2.4	22	93	0	86	36	15	11	36	1.84
1623272--1623391	54	2.2	54	100	0	240	20	25	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1631106--1631136	14	2.2	14	94	0	53	54	3	12	29	1.53
1634971--1635062	3	31.0	3	80	6	107	67	0	1	31	0.98
1635032--1635080	21	2.3	21	79	6	55	73	4	2	20	1.10
1646408--1646443	7	5.3	7	86	6	56	13	30	25	30	1.94
1646408--1646444	13	2.8	13	91	4	56	13	29	24	32	1.93
1648066--1648097	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
1656064--1656133	32	2.2	31	82	2	77	27	27	30	15	1.96
1658039--1658096	13	4.3	13	88	4	80	15	43	22	18	1.88
1658057--1658103	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
1658017--1658062	18	2.6	18	100	0	92	17	52	17	13	1.75
1658073--1658104	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
1658057--1658103	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
1659413--1659448	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
1660591--1660690	24	4.2	24	72	10	87	22	13	17	48	1.81
1660857--1660881	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1662831--1662888	13	4.3	13	88	4	80	15	43	22	18	1.88
1662849--1662895	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
1662865--1662896	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
1662849--1662895	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
1664205--1664240	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
1665382--1665481	24	4.2	24	72	10	87	22	13	17	48	1.81
1665647--1665689	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666386--1666441	27	2.0	28	86	3	78	21	14	19	44	1.86
1677435--1677663	57	4.0	57	87	0	305	36	30	18	14	1.91
1683238--1683278	16	2.6	16	96	0	73	21	21	9	46	1.80
1684466--1684498	17	1.9	18	88	11	52	54	12	0	33	1.37
1689512--1689572	17	3.4	17	72	24	61	31	9	26	32	1.89
1690118--1690209	46	2.0	46	93	0	157	43	11	21	22	1.85
1690125--1690406	72	4.0	71	75	16	280	44	12	21	22	1.85
1690197--1690406	46	4.6	46	88	0	303	44	11	21	21	1.85
1690125--1690374	26	10.6	25	69	20	153	44	11	21	22	1.84
1690118--1690348	118	2.0	116	87	5	317	44	11	21	22	1.84
1698155--1698202	21	2.3	21	96	0	87	29	12	8	50	1.69
1703027--1703052	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
1719086--1719171	43	2.0	43	82	6	104	47	18	18	15	1.82
1722749--1722780	14	2.3	14	100	0	64	21	9	28	40	1.84
1731605--1731778	3	58.0	3	93	4	298	33	1	0	64	1.03
1734169--1734210	13	3.1	13	83	12	57	19	0	2	78	0.86
1734170--1734210	15	2.7	15	85	7	57	19	0	2	78	0.87
1735807--1735837	14	2.2	14	94	0	53	16	19	6	58	1.59
1738123--1738257	71	1.9	72	93	1	236	28	18	17	34	1.94
1741251--1741404	76	2.0	75	83	1	191	32	18	20	28	1.96
1742628--1742706	22	3.6	22	94	0	131	34	16	11	37	1.85
1743426--1743612	36	5.1	35	67	12	126	31	20	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1743438--1743559	37	3.3	37	68	11	106	30	21	14	33	1.93
1743393--1743612	73	3.0	73	95	1	388	30	20	14	35	1.92
1743634--1743967	123	2.7	123	92	1	528	41	14	17	26	1.89
1743880--1744241	137	2.6	136	84	5	426	38	16	19	25	1.92
1744549--1744591	16	2.7	16	100	0	86	23	32	13	30	1.93
1746344--1746378	11	3.1	11	91	4	52	25	2	5	65	1.28
1763728--1763808	24	3.4	24	87	3	119	25	16	20	37	1.93
1763718--1763811	24	4.0	24	85	2	118	24	14	21	39	1.91
1763769--1763818	24	2.1	24	84	0	64	28	12	20	40	1.87
1768342--1768400	17	3.5	17	68	13	50	30	13	8	47	1.73
1768391--1768436	18	2.6	18	92	0	74	32	6	13	47	1.68
1770943--1770976	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
1771136--1771183	24	2.0	24	100	0	96	37	20	20	20	1.95
1775942--1776034	33	2.8	33	95	1	161	45	13	6	34	1.70
1779953--1780137	101	1.8	102	80	3	221	25	21	23	29	1.99
1785837--1785916	29	2.8	29	88	0	106	25	20	15	40	1.90
1788513--1788703	64	2.9	67	81	12	191	42	5	7	44	1.54
1793471--1793586	24	4.8	24	86	6	155	24	17	18	40	1.91
1796494--1796610	3	37.0	3	70	19	60	58	0	4	36	1.24
1796495--1796532	10	4.0	10	80	13	53	68	0	0	31	0.90
1796543--1796607	19	3.4	19	85	8	96	56	0	6	36	1.24
1796494--1796610	38	3.5	32	76	14	110	58	0	4	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1797189--1797237	21	2.3	21	86	6	64	63	14	6	16	1.49
1798472--1798695	95	2.4	95	87	4	326	31	16	26	25	1.96
1798642--1798695	22	2.6	21	80	8	65	25	16	27	29	1.97
1799022--1799465	54	8.2	54	84	4	561	28	17	20	34	1.95
1799022--1799708	109	6.4	108	82	7	660	28	18	19	33	1.95
1799025--1799702	163	4.2	163	84	6	811	28	17	19	33	1.95
1799428--1799505	40	1.9	41	92	2	131	24	17	24	33	1.97
1799319--1799614	149	2.0	150	91	0	486	26	16	21	35	1.95
1799465--1799708	54	4.5	55	82	6	291	28	18	19	33	1.96
1799207--1799702	258	1.9	258	89	1	771	27	17	19	34	1.95
1805803--1805934	20	6.9	20	64	24	70	30	16	28	25	1.97
1805799--1806022	95	2.4	95	90	0	349	31	16	26	25	1.97
1806349--1807069	54	13.3	54	83	5	866	27	18	20	33	1.96
1806349--1807069	109	6.6	109	86	4	899	27	18	20	33	1.96
1806349--1807069	163	4.4	162	86	3	941	27	18	20	33	1.96
1807672--1807701	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1808457--1808490	17	2.0	17	94	0	59	32	0	0	67	0.91
1808466--1808529	26	2.5	27	69	20	66	37	1	1	59	1.16
1813379--1813616	131	1.8	131	88	5	365	39	18	10	31	1.83
1815209--1815260	9	5.3	10	82	13	72	13	19	30	36	1.90
1815267--1815337	20	3.9	17	81	13	79	16	43	21	18	1.88
1815295--1815323	13	2.3	13	94	5	51	17	44	24	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1815300--1815344	20	2.2	20	100	0	90	15	40	26	17	1.90
1815344--1815425	29	2.8	29	100	0	164	18	10	28	42	1.84
1821382--1821433	9	5.3	10	82	13	72	13	19	30	36	1.90
1821448--1821518	18	3.9	17	81	13	79	15	45	22	16	1.85
1821496--1821539	7	6.4	7	80	15	56	13	36	27	22	1.92
1821436--1821531	20	5.0	20	83	11	96	15	42	21	19	1.88
1821539--1821620	29	2.8	29	100	0	164	18	10	28	42	1.84
1826484--1826508	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
1827176--1827257	30	2.7	30	88	0	110	21	12	7	58	1.58
1827268--1827329	30	2.1	30	85	11	83	20	12	9	56	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9