genome.fa.s8225.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008225.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110858_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1890193

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345--2390	22	2.1	22	87	0	65	36	6	8	47	1.60
2365--2497	14	8.9	14	66	22	56	39	5	10	44	1.61
2345--2429	36	2.4	36	91	0	134	38	4	10	45	1.60
2379--2726	22	15.1	22	66	21	119	41	3	10	44	1.55
2379--2447	25	3.0	23	87	6	95	40	1	13	44	1.52
2552--2679	34	3.7	35	90	5	190	43	3	9	43	1.52
2579--2622	13	3.3	13	81	6	52	43	2	9	45	1.48
2653--2690	11	3.0	13	81	18	53	39	2	13	44	1.57
2653--2735	25	3.3	25	78	11	98	39	3	12	44	1.59
2653--2694	14	3.2	14	77	19	54	42	2	11	42	1.54
2788--2846	8	7.1	8	83	12	75	40	0	1	57	1.09
2832--2903	23	3.4	22	75	18	80	51	5	2	40	1.40
9470--9528	21	2.7	22	78	5	66	27	22	25	25	2.00
9469--9529	23	2.8	21	77	5	68	26	21	26	26	1.99
11345--11408	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
11424--11641	103	2.1	103	95	0	400	37	24	12	25	1.91
12090--12213	64	1.9	67	88	8	193	28	19	18	33	1.95
12102--12262	64	2.5	62	82	8	171	27	20	17	34	1.95
18359--18436	23	3.4	23	89	0	102	30	25	21	21	1.98
18461--18678	103	2.1	103	99	0	427	36	25	13	24	1.92
22160--22223	30	2.1	31	94	2	112	29	37	23	9	1.86
35863--35935	22	3.3	22	86	0	110	16	41	23	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42866--42898	16	2.0	17	94	5	59	30	12	3	54	1.52
43299--43772	237	2.0	237	100	0	948	42	15	13	29	1.84
53667--53748	7	12.3	7	81	8	91	1	34	0	64	1.01
53667--53748	18	4.7	18	85	5	107	1	34	0	64	1.01
54766--54814	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
54786--54995	65	3.2	64	79	12	232	25	19	24	30	1.98
55253--55345	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
55253--55345	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
55272--55406	41	3.3	41	84	4	148	38	20	20	20	1.94
55334--55427	20	4.7	20	80	2	89	34	24	17	24	1.96
55944--56010	19	3.5	19	83	2	80	47	23	16	11	1.80
56006--56152	20	8.1	19	71	18	98	12	22	22	42	1.86
56040--56127	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
58153--58245	42	2.2	42	82	0	114	21	38	16	23	1.92
59625--59660	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
59758--59811	20	2.8	19	91	5	90	46	20	20	12	1.83
59816--59966	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
59820--59946	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
59813--59945	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
62421--62474	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
63529--63586	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
63609--63682	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63605--63672	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
65690--65756	19	3.5	19	83	4	80	37	22	23	16	1.94
65690--65745	20	2.9	19	86	5	85	35	21	25	17	1.95
65745--65802	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
65729--65807	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
65836--65893	14	3.9	14	75	16	62	10	18	24	46	1.80
65819--65909	32	2.8	33	91	3	157	12	19	21	46	1.83
65894--65931	20	2.0	20	89	5	60	18	26	23	31	1.97
66421--66465	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
67750--67787	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
68049--68092	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
68280--68373	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
68260--68374	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
68363--68455	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
68302--68436	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
68363--68455	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
70772--70811	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
70837--70875	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
70772--70929	64	2.4	64	81	7	158	32	24	14	27	1.94
70945--70993	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
72498--72561	18	3.4	18	81	12	83	20	20	32	26	1.97
72498--72553	21	2.9	19	86	7	78	21	21	32	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72498--72574	39	2.0	39	89	5	120	24	18	31	25	1.97
74241--74290	24	2.1	24	88	0	73	24	26	18	32	1.97
76233--76289	29	2.0	29	89	0	87	36	24	1	36	1.66
76299--76329	16	2.0	16	93	6	55	25	19	6	48	1.72
85023--85112	37	2.4	37	87	3	119	43	13	8	34	1.75
85513--85606	35	2.6	36	79	17	88	29	2	2	65	1.15
85594--85643	26	1.9	26	84	8	66	38	2	0	60	1.09
85664--85689	13	2.0	13	100	0	52	23	7	0	69	1.14
85524--85715	96	1.9	96	81	10	226	30	5	1	62	1.28
85721--85860	27	5.4	27	64	20	66	28	2	2	65	1.21
85913--85975	24	2.7	23	72	16	56	20	6	1	71	1.16
90506--90558	15	3.5	15	79	5	61	79	7	9	3	1.05
90542--90580	13	2.9	14	88	7	55	82	7	10	0	0.86
90543--90593	21	2.5	20	76	20	52	76	7	13	1	1.09
91197--91251	22	2.5	22	93	0	101	36	25	12	25	1.91
92214--93488	106	12.0	106	93	0	2043	33	25	18	22	1.96
94697--94881	97	1.9	96	79	7	205	29	5	2	62	1.31
94993--95048	22	2.7	20	81	10	58	28	3	0	67	1.07
95013--95068	25	2.1	27	83	6	71	25	1	0	73	0.93
95013--95076	27	2.3	28	84	13	87	25	1	0	73	0.92
95013--95113	9	10.8	9	66	25	50	23	2	1	71	1.10
95014--95189	67	2.6	65	72	15	153	23	5	1	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95068--95123	28	2.0	28	85	3	76	21	5	3	69	1.24
95891--95923	14	2.4	14	90	5	50	51	0	9	39	1.34
96339--96390	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
96379--96492	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
96376--96492	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
97046--97089	18	2.4	19	84	7	63	47	27	15	9	1.76
97085--97230	19	8.1	19	72	17	114	12	24	20	42	1.86
97118--97205	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
97294--97348	25	2.2	24	78	15	58	16	7	23	52	1.68
99375--99483	21	5.2	21	61	12	53	22	38	18	21	1.93
99348--99486	42	3.3	41	80	5	179	20	37	19	22	1.94
99390--99505	21	5.5	21	66	8	65	22	33	21	22	1.97
99321--99495	84	2.1	84	97	0	332	20	37	17	24	1.94
99375--99525	42	3.6	41	76	8	151	23	36	19	21	1.95
99321--99525	84	2.4	84	88	3	261	21	36	18	23	1.95
100884--100919	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
101026--101086	19	3.5	19	70	21	60	45	19	21	13	1.84
101026--101115	33	2.7	33	89	0	135	44	20	21	14	1.86
101109--101238	66	2.0	66	90	0	206	16	22	17	43	1.88
101116--101242	33	3.9	32	82	8	157	17	21	17	44	1.87
103399--103443	3	15.0	3	85	0	63	0	26	0	73	0.84
103395--103443	12	4.1	12	100	0	98	0	26	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103618--103671	24	2.2	24	93	0	90	42	20	14	22	1.88
104472--104563	20	4.6	20	71	2	67	39	20	18	21	1.93
104777--104844	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
104893--104938	19	2.4	19	92	0	83	15	19	15	50	1.79
105075--105111	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
106979--107066	20	4.4	20	88	1	115	36	23	25	14	1.93
106960--107066	40	2.7	39	79	4	124	38	24	22	14	1.92
107055--107145	14	5.9	14	72	20	74	49	21	16	12	1.78
107039--107150	33	3.4	33	92	1	190	48	21	17	12	1.80
107039--107161	65	1.9	66	89	5	196	47	22	17	12	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10