genome.fa.s8225.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008225.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110858_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1890193

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1082 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107157--107252	19	5.7	18	71	21	82	12	18	22	45	1.83
107179--107236	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
107162--107252	32	2.8	33	93	3	157	12	17	23	47	1.81
107246--107291	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
107774--107818	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
109139--109197	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
109671--109805	20	6.7	20	80	7	121	24	17	24	33	1.96
109671--109808	61	2.3	61	85	0	195	23	17	23	34	1.96
109671--109826	61	2.6	61	82	2	161	23	19	23	33	1.97
113478--113519	16	2.6	16	92	0	66	28	28	28	14	1.95
126371--126452	28	3.2	25	75	14	69	23	2	2	71	1.09
126377--126472	11	9.1	11	71	18	71	22	4	1	71	1.09
126397--126472	20	3.7	20	70	10	64	22	5	0	72	1.04
126377--126462	32	2.5	35	83	12	108	23	3	1	72	1.07
126377--126462	5	16.4	5	75	14	59	23	3	1	72	1.07
126987--127019	16	2.0	17	94	5	59	24	6	0	69	1.10
137473--137520	9	5.6	9	85	9	73	89	10	0	0	0.48
137472--137520	1	49.0	1	79	0	53	89	10	0	0	0.48
137472--137520	16	2.9	16	88	8	71	89	10	0	0	0.48
137472--137520	25	2.0	24	92	7	82	89	10	0	0	0.48
138277--138997	105	6.9	105	97	0	1343	34	25	18	21	1.96
138277--139188	210	4.4	210	93	2	1484	34	25	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138277--139188	315	3.0	314	93	3	1491	34	25	18	22	1.96
138915--139216	92	3.2	92	81	9	374	34	24	18	22	1.96
138805--139216	191	2.1	194	88	4	616	34	25	18	22	1.96
138277--139174	105	8.8	99	92	4	907	34	25	18	21	1.96
139261--139302	20	2.1	20	95	0	75	26	21	16	35	1.94
140680--140761	5	15.4	5	70	20	51	24	3	1	70	1.10
140680--140771	15	6.1	15	73	10	64	23	4	1	70	1.12
140674--140750	27	2.9	26	79	9	75	24	2	2	70	1.13
140682--140752	33	2.3	31	80	11	83	25	2	1	70	1.09
140682--140766	23	3.5	23	74	15	64	23	4	1	70	1.13
140832--140864	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
141042--141085	19	2.4	18	81	11	54	13	20	6	59	1.57
141296--141328	16	2.0	17	94	5	59	24	6	0	69	1.10
149688--149728	18	2.2	20	86	8	59	41	2	0	56	1.13
156760--156789	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
157610--157722	40	2.8	40	78	11	108	53	1	2	42	1.25
159681--159726	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
161563--161607	19	2.3	20	92	7	83	33	42	0	24	1.55
162926--162958	16	1.9	18	88	11	52	30	12	9	48	1.71
163218--163279	19	3.8	15	73	23	54	79	1	6	12	1.00
164655--164722	18	3.6	18	69	11	55	60	0	2	36	1.12
164622--164688	15	4.1	15	72	22	55	64	0	1	34	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164623--164735	38	3.0	37	74	19	108	59	0	2	37	1.18
164791--164980	35	5.5	35	72	19	175	40	12	4	42	1.64
164734--164951	102	2.1	102	81	9	241	41	11	5	42	1.62
164861--164904	12	3.3	12	80	20	52	43	11	6	38	1.67
164881--164938	12	4.9	12	70	19	50	39	13	6	39	1.72
165520--165949	73	5.9	73	91	0	662	24	15	26	32	1.96
165719--165914	41	5.2	41	66	20	149	24	14	27	33	1.94
169729--169762	16	2.1	16	88	0	50	17	8	23	50	1.74
172154--172215	21	3.0	21	92	0	97	27	25	20	25	1.99
177487--177566	40	2.0	40	86	9	112	31	5	7	56	1.49
183204--183239	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
183941--184028	37	2.4	37	84	5	106	25	19	13	42	1.88
183974--184045	37	1.9	37	85	0	99	26	20	12	40	1.88
184644--185505	323	2.7	318	87	3	1169	34	24	18	23	1.96
184644--185505	106	8.0	106	87	3	1149	34	24	18	23	1.96
186549--186587	18	2.2	18	86	4	53	28	5	2	64	1.28
189974--190003	12	2.5	12	100	0	60	73	0	6	20	1.05
190015--190119	44	2.5	42	75	13	106	71	0	8	20	1.11
191381--191526	9	17.0	9	77	17	61	59	1	2	36	1.18
191377--191525	12	11.8	13	73	25	110	60	1	2	36	1.17
191384--191486	6	16.3	6	82	15	104	61	0	0	37	1.03
191519--191673	64	2.4	65	79	12	162	41	10	5	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191559--191603	22	2.0	24	91	8	76	42	6	4	46	1.50
191623--191793	36	4.9	36	78	14	207	40	11	4	43	1.59
191570--191793	102	2.3	99	92	3	362	41	12	4	42	1.62
191697--191750	28	1.9	28	92	0	90	44	14	1	38	1.56
191659--191781	66	1.9	63	91	5	201	41	12	4	42	1.61
191720--191792	35	2.1	35	89	0	110	43	10	2	42	1.54
194766--194826	27	2.4	25	86	10	95	29	13	18	39	1.88
194777--194829	27	2.0	27	100	0	106	26	15	16	41	1.88
198528--198595	27	2.6	27	95	4	122	30	11	16	41	1.84
203642--203687	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
205011--205043	12	2.7	13	90	9	52	60	3	0	36	1.12
205261--205285	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
205953--206132	90	2.0	90	98	0	351	44	4	5	46	1.45
208112--208145	17	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
214686--214812	60	2.1	60	81	5	141	35	21	1	41	1.63
229453--229488	17	2.2	17	90	5	56	75	2	0	22	0.94
231698--231771	29	2.8	25	75	18	71	27	2	0	70	1.01
231939--232004	34	1.9	35	93	3	116	21	30	31	16	1.95
232623--232658	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
233121--233170	19	2.7	18	81	6	55	30	2	2	66	1.14
233118--233170	18	2.9	18	77	5	61	28	1	1	67	1.11
235151--235235	41	2.0	42	86	2	118	31	8	24	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235352--235435	42	2.0	42	88	0	123	30	8	23	36	1.85
235149--235554	205	2.0	201	97	1	767	28	14	18	38	1.90
235512--235690	26	6.4	27	67	18	64	19	15	9	55	1.67
235642--235691	15	3.6	14	84	10	68	18	12	14	56	1.68
235660--235709	15	3.1	16	85	5	66	20	10	10	60	1.57
238587--238634	15	3.3	15	80	5	55	79	2	12	6	1.01
238614--238648	17	2.1	17	89	5	54	77	0	14	8	0.99
238607--238659	24	2.2	24	90	6	81	79	0	15	5	0.91
240978--241079	41	2.5	40	73	20	95	40	12	19	27	1.88
241066--241234	75	2.3	75	86	4	225	34	15	21	28	1.94
242085--242192	54	2.0	54	83	0	135	36	15	20	27	1.93
242550--242604	20	2.6	22	91	5	87	32	14	14	38	1.87
243349--243464	36	3.2	36	74	2	124	30	16	13	39	1.87
243342--243488	73	2.0	73	89	0	222	32	16	12	38	1.86
243644--243707	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
243510--243955	122	3.6	124	85	8	567	40	14	20	24	1.89
244357--244396	3	13.3	3	84	10	55	30	2	0	67	1.04
245588--245649	26	2.4	26	83	5	81	25	4	3	66	1.27
245692--245724	12	2.8	12	90	4	50	39	0	6	54	1.25
247870--248252	189	2.0	189	99	0	757	39	7	9	44	1.65
254999--255116	40	3.0	40	86	13	192	34	26	16	22	1.95
255356--255611	37	6.9	36	76	10	205	45	3	6	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255591--255640	25	1.9	27	88	8	77	42	2	6	50	1.38
255591--255654	27	2.4	27	84	5	76	42	1	6	50	1.37
255730--255789	3	20.7	3	74	19	56	28	3	0	68	1.05
255730--255766	11	3.5	11	82	17	51	32	0	0	67	0.91
255730--255765	14	2.5	15	95	4	65	33	0	0	66	0.92
255724--255789	21	3.0	22	84	13	73	28	3	0	68	1.05
255711--255792	23	3.6	21	83	12	85	28	2	1	68	1.10
257178--257230	21	2.5	22	81	3	63	9	9	3	77	1.11
257258--257305	17	2.7	18	80	6	53	25	6	0	68	1.12
259015--259060	19	2.4	19	92	0	74	13	10	6	69	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10