genome.fa.s8225.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008225.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110858_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1890193

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1082 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741963--742028	3	22.0	3	82	11	82	39	0	0	60	0.97
742034--742069	14	2.5	15	86	13	58	69	0	0	30	0.89
742035--742068	11	3.1	11	91	8	52	67	0	0	32	0.91
744040--744077	13	2.7	15	84	12	53	26	5	5	63	1.37
751058--751600	83	6.6	83	96	0	934	27	12	21	37	1.90
754263--754341	22	3.6	22	87	3	106	32	15	13	37	1.87
754780--755463	110	6.2	110	95	0	1066	37	14	19	28	1.91
755442--755480	17	2.2	18	90	4	62	56	5	17	20	1.60
755369--755553	90	2.1	87	95	3	334	36	15	18	29	1.91
755456--755813	113	3.2	113	90	6	570	39	14	19	27	1.90
756079--756139	9	6.5	10	78	16	51	32	0	1	65	1.02
756087--756140	3	18.0	3	85	14	76	37	0	0	62	0.95
760497--760564	33	2.0	33	85	8	91	44	0	0	55	0.99
761306--761348	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
764978--765025	11	4.5	11	87	7	64	83	6	10	0	0.81
764978--765034	16	3.8	15	76	15	64	84	5	10	0	0.77
764978--765044	23	3.0	22	81	14	75	82	5	11	0	0.84
764978--765035	7	7.9	7	80	17	57	82	5	12	0	0.82
764998--765043	23	2.0	24	91	4	76	80	6	13	0	0.89
765631--765674	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
766638--766760	36	3.4	36	80	8	151	25	21	13	39	1.90
766736--766892	68	2.4	68	84	5	205	31	22	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767534--768257	105	7.0	105	93	1	1158	33	26	16	22	1.96
767534--768257	207	3.5	208	91	2	1143	33	26	16	22	1.96
769401--769443	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
770437--770485	15	3.3	15	91	5	82	55	0	4	40	1.19
770529--770564	17	2.2	16	90	5	54	52	0	0	47	1.00
770939--770982	14	3.0	14	90	6	61	38	2	0	59	1.10
771488--771535	24	2.0	24	100	0	96	50	16	4	29	1.64
773783--773820	20	1.9	20	94	0	67	36	18	18	26	1.94
774714--774846	32	4.2	32	81	10	141	30	18	16	34	1.93
775043--775132	31	2.8	33	79	14	100	31	16	18	33	1.94
775483--777922	4	621.5	4	94	5	4342	25	0	24	50	1.51
778119--778171	21	2.5	21	81	0	61	20	24	18	35	1.95
778163--778274	20	5.6	20	73	10	111	35	20	20	23	1.96
778163--778294	40	3.3	40	91	1	201	34	21	20	24	1.97
778221--778292	20	3.6	20	75	20	87	31	23	19	25	1.98
778858--778906	20	2.5	20	82	0	62	34	22	20	22	1.97
778948--778997	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
778965--779019	20	2.8	20	88	0	74	10	14	23	50	1.74
778983--779027	20	2.2	21	84	4	56	13	8	20	57	1.62
780553--780683	20	6.8	20	82	10	166	42	20	18	18	1.89
780553--780700	20	7.8	19	76	13	135	41	20	18	18	1.90
780707--780870	20	8.9	20	74	17	140	16	18	22	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781348--781391	21	2.3	19	88	11	63	27	34	13	25	1.93
782811--782846	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
783019--783087	20	3.8	19	73	21	76	14	21	18	44	1.85
783025--783120	33	2.9	34	88	3	140	13	23	20	41	1.88
783092--783205	20	5.7	20	91	2	169	19	21	24	34	1.96
785383--785409	14	1.9	14	100	0	54	7	11	29	51	1.64
786507--786693	20	9.3	20	85	2	250	22	19	18	39	1.93
786486--786693	60	3.4	59	84	5	197	23	19	18	38	1.93
789658--789695	20	1.9	20	94	0	67	36	18	18	26	1.94
790704--790786	32	2.7	32	83	3	107	28	19	16	34	1.94
790818--790884	30	2.2	31	84	7	84	22	17	25	34	1.96
790896--791234	167	2.0	170	97	2	648	36	12	17	33	1.87
793762--793943	92	1.9	96	86	6	264	29	12	21	36	1.90
794560--794835	137	2.0	139	96	3	513	31	11	19	37	1.88
798521--798586	31	2.2	31	83	2	80	34	12	9	43	1.73
799961--799996	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
802233--802671	217	2.0	214	96	3	763	30	19	24	25	1.98
806471--806520	21	2.4	21	80	6	66	22	26	18	34	1.96
806510--806562	20	2.7	20	96	0	97	43	16	18	20	1.88
806592--806664	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
806654--806765	20	5.6	20	85	6	129	39	20	18	21	1.93
806654--806747	41	2.3	41	87	5	129	41	19	19	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807282--807348	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
807366--807421	14	3.6	14	74	21	58	12	25	23	39	1.89
807349--807445	33	2.9	33	92	1	158	12	23	21	42	1.87
807377--807461	20	4.6	19	76	18	90	14	23	21	41	1.89
807349--807470	20	6.8	19	71	20	84	13	22	19	44	1.85
809148--809330	91	2.0	90	88	8	273	21	12	18	47	1.81
809604--809670	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
809552--809670	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
811001--811036	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
811144--811223	19	4.5	19	72	15	80	45	17	22	15	1.85
811160--811242	33	2.5	33	86	0	121	48	19	20	12	1.80
811281--811345	19	3.7	19	72	19	68	13	23	18	44	1.85
811248--811345	33	3.0	32	86	3	124	16	20	18	44	1.86
813638--813662	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
813837--813890	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
813837--813904	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
814695--814768	20	3.7	20	75	10	69	36	21	18	22	1.95
814693--814783	41	2.2	40	84	1	119	39	20	16	23	1.92
814715--814782	20	3.3	20	77	2	73	41	22	16	20	1.90
815004--815063	20	3.0	20	76	9	77	40	23	23	13	1.90
815092--815157	33	2.0	33	90	0	105	15	18	18	48	1.81
816723--816814	42	2.2	42	84	5	125	22	15	40	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817152--817224	20	3.7	20	90	0	74	34	27	15	23	1.94
817158--817243	40	2.2	40	83	8	104	34	26	18	19	1.95
817178--817253	20	3.8	20	84	8	102	35	23	22	18	1.96
817295--817356	19	3.5	19	72	20	71	11	17	20	50	1.77
817312--817367	14	3.6	14	74	21	58	10	17	25	46	1.80
817295--817387	33	2.8	33	90	1	141	11	20	23	44	1.85
817359--817410	20	2.6	20	93	0	86	17	23	26	32	1.96
819297--819338	20	2.1	20	95	0	75	54	19	16	9	1.69
819610--819659	22	2.4	21	81	15	59	22	12	42	24	1.87
819618--819661	22	2.0	22	91	8	72	18	13	45	22	1.84
819834--819971	41	3.4	41	79	2	161	23	15	24	35	1.94
819854--819967	20	5.7	20	77	2	102	24	16	26	32	1.96
819861--819989	41	3.2	41	80	7	113	25	17	24	32	1.96
819978--820030	21	2.5	20	79	8	70	33	18	26	20	1.96
820350--820473	60	2.1	60	80	3	133	29	16	4	49	1.66
823272--823702	55	7.9	55	84	7	445	30	24	15	29	1.96
823268--823681	165	2.5	164	83	6	505	30	24	15	29	1.96
824969--825054	45	1.9	45	83	4	111	16	29	17	37	1.91
825090--825177	7	12.4	7	83	7	56	4	18	0	77	0.94
825087--825267	30	6.2	30	76	15	150	5	17	0	77	0.95
825110--825267	8	20.8	8	73	22	103	6	15	0	77	0.95
825051--825267	37	5.8	37	74	17	164	6	16	0	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825078--825288	60	3.5	60	75	16	197	7	17	0	75	1.01
834869--834994	45	2.8	45	91	1	180	38	19	11	30	1.88
838366--838480	60	1.9	60	87	3	169	42	4	20	32	1.72
838385--838484	29	3.4	29	67	15	78	42	4	21	33	1.71
838380--838513	60	2.2	59	82	8	155	42	4	19	33	1.71
839628--839999	187	2.0	183	96	3	692	38	13	14	33	1.86
841657--842226	124	4.8	117	87	8	679	26	19	16	37	1.92
842605--842684	22	3.6	22	78	18	94	38	15	13	32	1.86
842871--842974	54	1.9	54	84	0	136	28	21	11	38	1.88
850581--850698	57	2.0	59	95	4	213	17	22	20	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10