genome.fa.s8258.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008258.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110911_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1617810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  1  of  8  ( 931 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--657	4	169.0	4	92	6	1111	50	25	0	24	1.50
998--1141	39	3.7	38	77	5	146	32	22	25	19	1.97
2700--2777	29	2.7	29	83	0	102	33	17	21	26	1.96
2757--2818	22	2.8	22	100	0	124	30	22	24	22	1.99
3453--3505	22	2.4	22	87	6	72	30	18	28	22	1.98
5585--5645	3	19.7	3	80	6	68	37	3	0	59	1.14
5589--5657	26	2.7	26	80	4	79	42	2	0	55	1.15
7302--7333	12	2.8	11	95	4	55	28	3	0	68	1.04
7332--7410	36	2.2	36	95	0	140	46	2	3	46	1.34
7724--7793	12	5.7	12	84	3	77	52	1	0	45	1.09
7741--7793	2	27.0	2	88	3	81	54	0	0	45	0.99
8273--8343	28	2.6	26	80	6	79	33	4	1	60	1.25
13675--13736	32	1.9	32	90	0	97	41	19	19	19	1.90
16452--16934	149	3.2	149	92	2	785	34	16	20	29	1.94
18936--19548	73	8.4	73	90	2	874	26	18	20	34	1.96
19677--19734	3	18.7	3	78	7	62	36	1	1	60	1.17
21353--21453	11	9.5	11	71	20	54	27	3	1	66	1.20
21423--21454	3	11.3	3	87	12	50	31	0	0	68	0.90
21423--21454	8	3.8	9	84	16	50	31	0	0	68	0.90
26586--26619	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
27052--27169	39	3.1	38	85	3	155	33	21	25	19	1.97
31512--31591	17	5.0	16	79	8	74	42	11	12	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31497--31591	32	2.9	32	87	4	118	42	11	12	33	1.79
40462--40502	17	2.4	17	88	8	57	34	14	12	39	1.84
41614--41648	13	2.6	14	90	9	63	31	22	25	20	1.98
42176--42231	23	2.4	23	96	0	103	23	19	14	42	1.88
48257--48321	31	2.2	30	83	8	80	29	3	0	67	1.05
48299--48335	17	2.1	19	90	10	60	37	0	0	62	0.96
48307--48343	2	19.5	2	83	10	51	43	0	0	56	0.99
48370--48491	22	5.3	23	78	11	124	25	0	22	51	1.53
48415--48479	24	2.6	25	83	9	89	23	0	20	56	1.42
48370--48491	47	2.6	45	81	7	138	25	0	22	51	1.53
48521--48571	24	2.2	24	82	6	61	9	11	1	76	1.10
48630--48666	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
59559--59596	10	3.7	10	89	3	58	89	10	0	0	0.49
59559--59588	12	2.5	12	94	0	51	90	10	0	0	0.47
60690--60934	64	3.8	64	92	1	418	33	25	20	19	1.96
60691--60977	129	2.2	130	91	2	465	33	26	20	19	1.97
62663--62700	11	3.5	11	86	13	53	34	0	0	65	0.93
62662--62763	17	5.9	17	69	17	52	34	0	0	64	1.00
62688--62771	25	3.3	26	80	12	86	34	1	0	64	1.02
62704--62767	20	3.0	20	78	15	58	35	1	0	62	1.05
62685--62757	38	1.9	37	83	8	94	31	1	0	67	1.00
62796--62917	22	5.3	23	78	11	124	25	0	22	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62841--62905	24	2.6	25	83	9	89	23	0	20	56	1.42
62796--62917	47	2.6	45	81	7	138	25	0	22	51	1.53
63058--63085	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
69169--69333	90	1.8	89	94	1	294	46	6	8	38	1.61
69722--69754	16	2.1	16	100	0	66	30	9	30	30	1.88
75866--76042	90	2.0	89	95	1	318	44	6	11	37	1.67
77440--77783	86	4.0	86	85	6	475	24	18	20	35	1.95
77440--77767	170	1.9	170	88	5	493	24	19	20	35	1.96
81357--81399	14	2.9	15	82	10	52	67	6	9	16	1.40
83281--83315	6	5.8	6	100	0	70	85	0	14	0	0.59
83697--83722	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
83717--83769	18	2.9	17	81	15	54	79	3	3	13	1.01
85547--85585	17	2.4	17	91	4	62	48	5	0	46	1.24
85689--85714	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
85774--85813	21	1.9	21	100	0	80	25	25	25	25	2.00
87823--87849	13	2.1	13	100	0	54	22	0	22	55	1.44
88379--88475	20	4.8	20	74	18	76	73	4	7	15	1.21
88392--88484	12	7.6	12	69	20	59	75	4	5	15	1.14
88402--88494	27	3.5	27	72	12	75	77	4	5	12	1.09
88444--88502	28	2.1	27	84	9	75	76	3	6	13	1.12
88496--88537	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
88613--88687	7	10.1	7	73	20	55	77	0	8	14	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88694--88750	16	3.6	16	76	19	57	71	1	10	15	1.21
88693--88755	17	3.7	18	78	21	66	71	1	9	17	1.20
88774--88802	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
90871--91266	84	4.7	84	84	2	476	23	18	22	34	1.96
90871--91266	167	2.4	168	85	4	514	23	18	22	34	1.96
91310--91580	124	2.2	124	89	0	407	23	14	27	33	1.94
91736--91838	43	2.4	43	91	0	170	24	15	30	30	1.96
91884--92010	59	2.2	58	83	5	152	29	11	21	37	1.89
92951--93213	95	2.7	94	84	6	332	33	17	15	32	1.92
96103--96236	17	7.8	17	72	17	91	76	0	8	14	1.00
96095--96196	38	2.7	38	77	14	97	80	0	6	12	0.90
96106--96172	31	2.1	33	88	5	102	80	0	7	11	0.90
96097--96196	27	3.6	27	70	16	62	81	0	7	12	0.88
96106--96193	31	2.8	32	81	11	101	80	0	6	12	0.89
96103--96365	14	17.7	14	65	22	58	73	0	7	18	1.12
96322--96351	12	2.5	12	94	0	51	73	0	16	10	1.09
97251--97275	13	1.9	13	100	0	50	0	16	52	32	1.44
98814--98866	21	2.6	21	84	3	63	32	33	28	5	1.81
101473--101504	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
109126--109176	20	2.5	20	96	0	93	11	11	23	52	1.70
109557--109612	3	18.7	3	89	7	87	66	0	3	30	1.09
109874--110278	137	2.9	138	86	0	560	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110281--110406	65	1.9	65	83	3	164	42	12	19	25	1.87
110694--110769	37	2.1	37	92	2	127	42	11	17	28	1.84
110698--110758	21	3.2	20	65	29	51	36	14	19	29	1.92
120048--120164	59	2.0	59	86	3	164	27	17	23	32	1.96
121784--121829	24	1.9	24	82	8	58	36	6	4	52	1.47
123908--123960	19	2.8	19	91	0	88	22	13	45	18	1.84
124623--125011	126	3.1	126	86	0	519	24	18	27	29	1.98
125116--125188	37	1.9	38	83	2	94	41	12	16	30	1.85
125268--125356	32	2.8	32	80	0	106	32	23	13	30	1.93
125498--125549	25	2.1	25	86	10	72	48	1	15	34	1.56
128649--128690	6	7.3	6	80	20	54	47	16	19	16	1.83
128649--128690	10	3.7	11	87	12	59	47	16	19	16	1.83
128649--128688	16	2.7	15	85	14	57	45	17	20	17	1.86
130215--130394	65	2.8	64	80	9	170	26	18	23	30	1.98
130235--130394	65	2.5	64	84	5	200	26	18	23	31	1.97
133383--133420	3	12.7	3	83	10	51	63	0	2	34	1.09
141578--141934	135	2.7	134	78	4	337	30	18	20	30	1.96
142825--143521	42	16.7	42	77	10	635	38	17	18	26	1.92
142825--143521	125	5.6	123	79	10	609	38	17	18	26	1.92
142825--143521	212	3.3	209	83	6	839	38	17	18	26	1.92
144670--144752	44	1.9	44	80	11	100	33	19	10	36	1.86
151638--151683	21	2.2	21	88	0	65	23	26	34	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151648--151693	21	2.2	21	92	0	74	21	23	36	17	1.94
154169--154203	18	2.0	17	88	5	52	48	11	14	25	1.77
154565--154608	21	2.1	21	91	0	70	70	9	0	20	1.14
155922--155976	3	18.7	3	81	10	69	61	0	1	36	1.06
156319--156432	42	2.7	41	77	6	122	30	21	21	27	1.98
156311--157099	270	2.9	270	89	4	1148	33	19	16	30	1.94
156969--157285	91	3.3	94	83	9	376	37	19	10	31	1.86
159232--159280	10	4.5	11	82	14	57	0	18	0	81	0.69
159230--159279	13	3.9	13	85	12	68	0	18	0	82	0.68
159232--159280	18	2.9	17	77	14	57	0	18	0	81	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8