genome.fa.s8258.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008258.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110911_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1617810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159232--159279	25	2.0	25	91	4	80	0	18	0	81	0.70
163492--163553	27	2.3	27	94	0	106	50	17	19	12	1.78
165739--165783	16	2.9	16	86	3	56	75	2	2	20	1.01
169361--169409	24	2.1	24	88	7	75	42	0	2	55	1.11
175515--175589	39	1.9	39	100	0	150	25	21	22	30	1.99
176174--176233	22	2.6	24	74	15	63	70	6	20	3	1.25
177246--177359	30	3.9	29	78	4	111	20	14	6	58	1.57
177258--177388	58	2.2	59	82	2	165	19	12	6	61	1.54
177251--177386	30	4.6	29	76	5	103	19	13	7	59	1.57
182413--182450	19	2.0	19	94	0	67	36	15	13	34	1.87
190411--190474	32	2.0	32	90	0	101	18	14	10	56	1.67
192244--192341	28	3.7	28	73	16	84	74	6	16	3	1.14
192283--192336	12	4.9	11	76	15	58	77	7	12	1	1.05
193953--194054	40	2.5	40	76	13	102	28	35	17	18	1.94
193804--194289	134	3.6	135	84	3	558	26	31	17	24	1.97
194948--195024	21	3.7	21	92	0	127	18	10	32	38	1.84
195298--195325	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
196828--196920	28	3.2	29	77	10	109	19	13	4	62	1.48
197788--197831	22	2.0	22	86	8	63	50	9	2	38	1.47
197788--197835	23	2.1	22	85	11	62	52	8	2	37	1.44
206847--206908	3	21.3	3	84	12	85	32	1	0	66	1.02
210156--210180	13	1.9	13	100	0	50	8	8	8	76	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219301--219339	21	1.9	21	84	5	53	28	15	20	35	1.93
224508--224563	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
228186--228329	21	6.7	21	68	9	74	36	25	14	23	1.93
228238--228329	42	2.1	44	88	4	134	40	25	11	22	1.88
229623--229674	21	2.5	20	79	11	61	30	17	25	26	1.97
230169--230453	54	5.3	54	87	0	381	28	18	19	33	1.96
232954--233110	60	2.6	59	80	12	167	39	4	21	35	1.73
233153--233234	15	5.5	15	71	9	51	46	7	2	43	1.44
234008--234144	65	2.1	66	87	2	197	33	19	18	27	1.96
236642--236720	23	3.6	21	75	14	61	26	22	24	26	2.00
240534--240754	117	1.9	117	85	3	311	28	14	8	48	1.73
243221--246858	4	945.2	4	85	11	5128	24	0	24	50	1.53
246880--246906	8	3.4	8	100	0	54	59	0	14	25	1.36
249156--249216	4	16.0	4	74	16	58	72	0	1	26	0.94
249167--249216	19	2.5	19	87	9	64	74	0	0	26	0.83
257135--257179	17	2.7	17	86	3	56	2	8	11	77	1.07
258251--258282	17	1.9	16	93	6	55	25	0	0	75	0.81
260086--260129	22	2.0	21	83	12	54	29	6	6	56	1.51
267935--267994	12	4.8	12	77	22	61	78	0	20	1	0.84
267935--267994	8	7.5	8	77	19	63	78	0	20	1	0.84
267936--267994	20	3.0	19	79	16	75	77	0	20	1	0.85
267936--267991	27	2.1	27	90	6	87	78	0	19	1	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268934--269214	136	2.1	133	84	3	375	34	19	19	26	1.96
270840--270918	38	2.1	36	83	4	95	15	1	5	78	0.99
270840--270909	28	2.6	28	76	17	67	14	1	5	78	1.00
276098--276144	17	2.8	16	84	15	60	74	2	8	14	1.15
276102--276153	18	2.8	19	77	19	65	73	1	7	17	1.16
279587--279699	59	1.9	59	87	0	163	28	18	26	26	1.98
279751--279846	42	2.3	41	80	8	122	32	20	18	28	1.97
279849--279880	15	2.1	15	100	0	64	56	18	0	25	1.42
280117--280169	20	2.7	20	90	0	88	26	24	26	22	2.00
280354--280467	42	2.7	41	81	6	140	30	21	21	27	1.98
280142--280929	293	2.7	293	90	1	1231	35	20	14	29	1.92
280631--280754	42	3.0	41	80	2	131	29	25	21	23	1.99
280814--281041	111	2.0	112	85	0	305	40	18	10	31	1.84
280822--281041	58	3.9	57	77	9	236	40	18	9	31	1.82
282989--283023	10	3.4	10	92	7	61	0	8	0	91	0.42
282989--283023	11	3.3	11	96	4	63	0	8	0	91	0.42
287036--287084	24	2.0	24	84	7	64	71	8	2	18	1.21
291392--291436	16	2.8	16	79	0	63	28	22	11	37	1.88
291597--291669	21	3.7	21	72	18	57	50	1	2	45	1.24
291670--291755	14	7.2	13	68	25	64	38	6	1	53	1.36
291664--291720	22	2.7	23	86	10	77	36	7	0	56	1.27
291669--291755	35	2.4	36	90	5	133	37	6	1	54	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291677--291778	22	4.6	22	77	18	72	37	8	2	50	1.48
291746--291806	23	2.6	22	78	19	70	31	9	6	52	1.60
291822--291863	7	6.0	7	86	10	59	33	9	0	57	1.31
292324--292370	20	2.4	20	80	13	53	42	12	2	42	1.55
292854--292892	18	2.3	16	86	8	51	71	0	7	20	1.10
294035--294101	3	21.0	3	78	19	57	70	0	1	28	0.96
294065--294110	4	11.8	4	77	13	51	71	0	0	28	0.86
294035--294114	20	4.2	20	82	14	75	70	0	1	28	0.96
294054--294090	16	2.3	16	95	0	65	75	0	2	21	0.92
294195--294438	74	3.3	72	75	16	223	44	6	2	45	1.43
294109--294438	36	9.1	35	73	14	224	44	6	2	47	1.40
294352--294489	61	2.2	61	86	6	181	45	6	1	46	1.38
294403--294457	26	2.1	27	93	3	94	43	5	0	50	1.25
294353--294501	63	2.4	63	83	9	182	45	6	2	45	1.42
295150--295774	80	7.9	80	89	2	958	21	21	24	32	1.98
296550--296812	95	2.7	95	89	3	375	32	18	16	33	1.93
298651--298719	12	5.9	11	77	19	52	75	1	0	23	0.89
298668--298715	4	11.8	4	78	12	53	77	0	0	22	0.78
298668--298715	24	2.0	25	87	4	71	77	0	0	22	0.78
298667--298716	16	3.3	15	79	20	59	78	0	0	22	0.76
298702--298745	23	2.0	23	90	4	72	59	2	0	38	1.10
298771--298878	33	3.4	30	79	14	119	46	8	0	44	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298783--298876	29	3.0	30	82	10	118	46	8	1	43	1.41
298839--299078	38	6.2	38	77	16	208	44	5	2	47	1.40
299644--299938	80	3.7	80	86	0	403	21	18	25	34	1.96
299644--299939	160	1.9	160	89	2	461	21	18	25	34	1.96
300663--300819	65	2.4	64	87	5	210	28	17	24	29	1.97
300663--300863	64	3.1	65	80	10	182	28	16	23	31	1.96
301512--302354	432	2.0	432	97	0	1596	33	19	22	25	1.97
303937--304013	21	3.5	23	68	21	65	23	20	28	27	1.99
307570--307985	208	2.0	209	93	4	727	30	18	13	37	1.90
309756--309935	65	2.8	63	82	9	202	28	17	23	30	1.97
309776--309935	65	2.5	64	87	5	216	28	16	23	31	1.96
309756--309983	64	3.5	63	77	8	226	27	17	23	31	1.97
310229--310497	80	3.4	80	90	1	407	22	20	24	32	1.98
314969--315086	8	15.2	8	66	18	54	67	0	6	25	1.15
316296--316707	34	11.7	35	73	15	264	43	8	2	45	1.48
316452--316667	105	2.1	102	81	11	242	44	7	2	44	1.46
316335--316727	142	2.8	136	77	15	385	45	7	2	44	1.47
317286--317349	29	2.5	25	80	14	60	37	4	7	50	1.52
317304--317346	19	2.3	19	80	8	52	34	4	6	53	1.49
317771--317810	2	21.5	2	85	14	59	50	0	0	50	1.00
317847--317907	25	2.4	25	84	10	72	37	8	1	52	1.41
316765--318307	558	2.8	563	86	6	2082	47	6	12	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318578--318932	2	181.0	2	66	22	114	49	3	4	42	1.39
318622--318701	31	2.7	30	83	12	96	46	7	0	46	1.31
318627--318701	29	2.6	29	85	10	91	44	8	0	48	1.32
318657--318746	37	2.4	37	85	7	110	44	4	3	47	1.39
318696--319064	24	15.0	26	68	24	143	50	2	6	39	1.43
318732--319052	25	13.6	23	69	19	148	51	3	6	38	1.44
318680--318828	75	2.0	76	82	11	182	50	2	6	40	1.43
318692--318985	30	9.5	30	69	22	130	50	2	6	40	1.41
318696--318880	75	2.4	78	77	14	192	50	2	6	40	1.42
318657--318955	102	2.9	100	71	20	228	49	3	5	41	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8